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[期刊] 林业科学研究
[作者]
马婧 邓楠 褚建民 纪敬 史胜青 江泽平 成铁龙
［目的］为了更好的了解泡泡刺黄酮类生物合成途径及其潜在的抗逆作用，［方法］应用高通量ＲＮＡ－ｓｅｑ测序技术对泡泡刺当年生新叶进行了转录组测序及相关生物信息学分析。［结果］表明：泡泡刺当年生叶中获得了１３ ０１３ ４４４ ｔｏｔＡｌ ＲｅＡｄｓ，总核苷酸数为１ １７１ ２０９ ９６０ ｂｐ（１．０９ Ｇｂ），组装拼接后得到４８ ９２１条ｕＮｉＧｅＮｅ序列；ＮＲ、ｓｗｉｓｓｐＲｏｔ、ＣｏＧ、Ｇｏ、ＫｅＧＧ等数据库分析显示，有３０ ４０７个ＮＲ注释，１９ ６７１个ｓｗｉｓｓｐＲｏｔ注释，９ ２７３个ＣｏＧ功能注释，４６ １５３个Ｇｏ功能注释，１３ ６５４个ＫｅＧＧ注释，并从ＫｅＧＧ通路中找到参与黄酮．．．
[期刊] 林业科学研究
[作者]
邓楠 史胜青 常二梅 刘建锋 兰倩 江泽平
应用新一代高通量测序技术(Illumina Solexa),对中麻黄(Ephedra intermedin)同萌期的种子进行转录组测序,数据重头(denovo)组装后,共获得52 007条Unigene序列,总长为25 043 596 bp。COG功能注释、GO分类及KEGG代谢通路分析后,获得了64 751个GO功能注释,17 701个COG功能注释以及16 942个KEGG注释,并从KEGG通路中找到参与黄酮类化合物合成途径的关键基因片段283个,其中包含了查尔酮合酶基因、细胞色素相关基因和花青素还原酶等基因。中麻黄转录组测序工作的完成,极大地扩充了麻黄的基因资源,为麻黄属植物分子系统进化...
关键词：
中麻黄 转录组 黄酮类化合物 高通量测序
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
杨朋三 徐丹丹 刘小兰 孙莉琼 唐晓清 王康才 张凯
[目的]通过比较番红花不同部位的代谢物和黄酮含量，为番红花非药用资源的开发和利用提供科学依据。[方法]以番红花的花瓣、雌蕊和雄蕊为试验材料，采用LC/MS技术对样本进行非靶向代谢组学分析，同时采用比色法测定不同部位的总黄酮含量，用UPLC测定相对含量较高的黄酮类化合物含量。[结果]花瓣、雄蕊、雌蕊中分别鉴定出851、825、877个代谢物；三者共有代谢物有769个，在雌蕊、雄蕊中特有代谢产物各4个；花瓣无特有代谢物。差异代谢物主要以羧酸及其衍生物、含氧有机化合物、黄酮为主。花瓣相对于雌蕊上调和下调的代谢物数量分别为237、251个，其中上调的前15个化合物中有7个为黄酮，且差异代谢物在黄酮类生物合成和黄酮及黄酮醇生物合成通路中显著富集，主要包括紫云英苷、6–羟基黄酮、槲皮素、飞燕草素、木犀草素、香叶木素等。比色法结果显示番红花的花器官的黄酮主要分布于花瓣。[结论]番红花不同部位含有丰富的代谢物，尤其是花瓣富含黄酮类成分，研究结果可为番红花资源的开发利用提供参考依据。
[期刊] 林业科学
[作者]
邓敏捷 董焱鹏 赵振利 张晓申 范国强
利用新一代高通量测序技术平台Illumina Solexa对泡桐进行转录组测序和数据denovo组装,并对得到的unigene进行功能注释、分类及代谢通路分析。结果表明,N50值为2278bp、平均长度为1410bp的泡桐unigene共有188019条,将其与NCBI的Nr和Swiss-Prot数据库比对后发现,分别有120808条和85880条unigene与其他物种的基因具有同源性。利用COG数据库可将有关的41914条泡桐unigene分成25类,KEGG数据库分析发现共有43553个unigene参与215种代谢通路。找到与木质素合成相关的泡桐unigene。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
杨楠 赵凯歌 陈龙清
蜡梅是特产于我国的具有优良观赏性状的传统花卉,除了用于园林绿化外,还具有重要的药用价值。蜡梅的分子生物学研究开展较晚,基因数据库资源极少。本文采用Illumina GAIIx高通量测序——转录组测序(RNA-seq)技术对蜡梅花进行转录组测序,获得了超过3.8Gb的数据。将获得的Unigene与4个基因数据库进行比较,并对Unigene进行功能预测。结果表明,蜡梅花转录组数据库中的Unigene可归纳到43个GO聚类中,其中有大量的基因与代谢过程、催化反应、结合过程和细胞进程相关。代谢途径的分析有助于对基因生理功能的预测,库中31142个Unigene可定位到266个不同的代谢分支中。对蜡梅花...
关键词：
蜡梅 转录组 基因注释 次生代谢途径
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
李涛 张泽坤 顾连峰
单细胞转录组测序(scRNA-seq)使研究人员能够在单细胞分辨率下研究基因的表达，了解细胞的动态发育轨迹.然而，单细胞分辨率的基因表达矩阵往往具有高维度和高稀疏性的特点，使后续数据处理面临巨大的挑战.因此，本文综述了scRNA-seq数据分析的一般流程和常用软件，这将有助于研究人员选择更合适的分析软件和流程.
[期刊] 西南农业学报
[作者]
吴萍 王晓宇 李青苗 郭俊霞 张松林 方清茂
【目的】为获得白芷转录组序列信息,了解不同产地间白芷的差异表达基因情况。【方法】以白芷根为研究对象,采用Illumina HiSeq X Ten平台对不同产地白芷进行高通量转录组测序,并对其差异表达基因进行筛选和分析。【结果】川白芷产地间、亳白芷产地间及川白芷与亳白芷间的差异基因总数分别为2686、1704、11 549条,分别被GO富集注释11 038、434、5604条,差异基因的主要功能与细胞组成、细胞、细胞器、结合、催化活性、细胞过程及代谢过程有关。KEGG通路分类显示,差异表达基因被分为4大类,24个小类,所在通路主要与代谢过程相关。与白芷主要化学成分香豆素和挥发油合成相关的4-香豆酸连接酶、丙氨酸氨解酶、3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶在川白芷中表达量升高,1-脱氧-D-木糖-5-磷酸合成酶、脱氢多萜醇焦磷酸合成酶在川白芷中表达量降低。【结论】通过转录组测序分析了不同产地白芷根基因差异表达状况,为白芷药材道地性品质的形成提供了理论依据。
关键词：
白芷 转录组测序 差异表达基因
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
黄勇 龚望宝 陈海刚 孙西红
运用高通量技术对杂交鳢进行转录本测序和数据分析,经拼接与组装,最终获得52 065条unigenes,长度范围201～12 407 bp,序列平均长度为710 bp。从长度分布、GC含量和基因表达量等方面对unigenes进行评估,数据显示测序质量较好。进一步的数据分析,共鉴定出20 535个CDS,37 324个SNP位点和7 830个微卫星。用6大数据库Swiss–Prot、Nr、Pfam、KEGG、KOG和GO注释杂交鳢转录组unigenes,分别对应有20 955、28 938、19 339、14 052、19 358和18 635条unigenes获得注释。根据GO数据库的注释,可将这些unigenes分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类共50亚类。KEGG代谢通路分析表明,这些unigenes参与了5大类30亚类共268个代谢通路,其中,参与信号转导通路的unigenes数量最多,有1 716条。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王身昌 胡尚连 曹颖 徐刚
分析梁山慈竹及其体细胞突变体的转录组，挖掘功能基因并对其差异表达基因进行筛选和分析，为梁山慈竹遗传改良提供理论依据。利用ＲＮＡ－Ｓｅｑ技术进行转录组测序，对测序结果进行ｄｅ Ｎｏｖｏ拼接和功能注释；并对差异表达基因进行筛选及ＣｏＧ、Ｇｏ、ＫｅＧＧ数据库中进行比对注释，此外，基于ＳｗｉＳＳ－ＰＲｏｔ功能注释结果，分析纤维素和木质素相关功能基因的表达量差异。测序结果表明，共获得８６ ５７５ ６３１条ＲｅＡｄＳ，ｄｅ Ｎｏｖｏ组装得到８４ ７４１条ｕＮｉＧｅＮｅＳ，共有４９ ８２９条被ＮＲ、ＣｏＧ、Ｇｏ、ＫｅＧＧ、ＳｗｉＳＳ－ＰＲｏｔ注释。从梁山慈竹实生植株（对照）和体细胞突变体Ｎｏ．３０这２个测序．．．
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
张珉 钟晓红 李良导
为开发利用皱皮柑资源,根据皱皮柑果皮完全为青皮、部分变黄和完全变黄将其分为未成熟、未完全成熟和完全成熟3个时期,应用高效液相色谱技术分析不同成熟期皱皮柑果皮中主要黄酮类成分的含量,并与温州蜜柑、哈姆林甜橙、沙田柚果皮中主要黄酮类成分进行比较.结果表明,皱皮柑果皮中新橙皮苷、柚皮苷、橙皮苷含量在未成熟期、未完全成熟期、完全成熟期的变化趋势均为先上升后下降,即在皱皮柑果皮部分变黄时,其果皮主要黄酮类成分含量最高,新橙皮苷、柚皮苷、橙皮苷含量(干重)分别为15.53、1.60、0.86mg/g,且3个时期的主要黄酮类成分均为新橙皮苷;温州蜜柑、哈姆林甜橙、沙田柚果皮中均未检测出新橙皮苷.
关键词：
皱皮柑果皮 黄酮类成分 新橙皮苷
[期刊] 林业科学
[作者]
陈昊 谭晓风
【目的】油桐种仁中产出的桐油经济利用价值极高。桐油中α-桐酸的含量高达70%,然而植物体内α-桐酸代谢通路的研究还未见报道,这对直接筛选油桐α-桐酸代谢通路相关酶基因造成一定的困难。α-亚麻酸作为α-桐酸的同分异构体,其代谢通路的研究则较为深入,能为α-桐酸代谢通路的解析提供参考。因此,本研究期望在油桐种仁转录组数据的基础上,解析油桐的α-亚麻酸代谢途径,为油桐α-桐酸代谢机理的阐明提供理论参考。此外,通过调控这些基因的表达模式以及开发与之紧密连锁的分子标记,可大大加快油桐遗传改良和分子育种的进程。【方法】采用RNA-Seq技术对油桐种仁3个不同油脂合成期的转录组进行比较,获得大量差异表达的U...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
刘丽婷 温强 黄小春 刘琪璟
［目的］采用高通量测序技术ＩｌｌｕｍＩｎａ ｍＩ Ｓｅｑ２５０获得蕨类植物芒萁的孢子体转录组数据，以期为芒萁的生长、发育、代谢调控、微进化机制分析等提供重要的分子信息。［方法］应用生物信息学方法对测序获得的大量单基因簇（ｕｎＩｇｅｎｅ）进行基因功能注释、代谢途径及微卫星分析等。［结果］本研究共获得１８ ４６３ ２９６条序列读取片段（ｒｅａｄＳ），总碱基数为４．６２ｇｂｐ序列信息，经序列组装最终得到６３ １６９个ｕｎＩｇｅｎｅ，平均单条ｕｎＩｇｅｎｅ长度为８６３ ｂｐ，ｎ５０为１ ５８７ ｂｐ，其中分布在２００ ５００ ｂｐ长度区间ｕｎＩｇｅｎｅ占总数的５５．４％。数据库中的序列同源性比较表明，．．．
关键词：
芒萁 转录组 功能注释 微卫星
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
葛明菊 金则新 李钧敏 钟章成 张利龙
大血藤为一种传统药用植物。为了了解大血藤的药用成分,利用聚酰胺薄层层析及HPLC法分析了大血藤各器官黄酮类化合物的组成。聚酰胺薄层层析及HPLC法分析都显示大血藤叶片含有10种不同的黄酮甙,而嫩茎、叶柄与老茎中分别含有10种、8种及5种不同的黄酮甙;大血藤叶片黄酮类化合物经盐酸水解后HPLC分析显示有8种不同的黄酮类化合物。大血藤叶片及嫩茎的黄酮类化合物组成成分较多,具有一定的应用开发前景。图3表1参8
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
杨英士 陈伟 杨海燕 辛志宏
从昆仑雪菊中分离纯化具有抗氧化活性的单体化合物。以抗氧化活性为指标,采用活性追踪的方法,筛选最佳的昆仑雪菊黄酮类化合物提取溶剂并对粗提物进行分离纯化得到单体化合物,并采用铁离子还原/抗氧化力测定法(FRAP法)、1,1-二苯基-2-硝基苯肼自由基清除法(DPPH法)和2,2-联氮基-双-(3-乙基苯并噻唑啉-6-磺酸)二氨盐自由基清除法(ABTS法)对化合物进行活性评价。结果表明:最佳的提取溶剂为甲醇,利用常压硅胶柱层析和Sephedex LH-20柱层析从粗提物中分离得到2个单体化合物;采用核磁共振(NMR)和电喷雾质谱(ESIMS)鉴定其化学结构:化合物1为2',3,4,4'-四羟基查尔酮...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
杨英士1 2 陈伟1 2 杨海燕1 辛志宏2*
以抗氧化活性为指标,采用活性追踪的方法,筛选最佳的昆仑雪菊黄酮类化合物提取溶剂并对粗提物进行分离纯化得到单体化合物,并采用铁离子还原/抗氧化力测定法(FRAP法)、1,1-二苯基-2-硝基苯肼自由基清除法(DPPH法)和2,2-联氮基-双-(3-乙基苯并噻唑啉-6-磺酸)二氨盐自由基清除法(ABTS法)对化合物进行活性评价。结果表明:最佳的提取溶剂为甲醇,利用常压硅胶柱层析和Sephedex LH-20柱层析从粗提物中分离得到2个单体化合物,采用核磁共振(NMR)和电喷雾质谱(ESIMS)鉴定其化学结构:化合物1为2′,3,4,4′-四羟基查尔酮,化合物2为4,2′,4′-三羟基查尔酮。抗氧化...
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