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[期刊] 华北农学报
[作者]
王阳 卢虹 黄镇 刘璐 刘霞 刘亚萍 田正书 徐爱遐
类黄酮是一种重要的植物次生代谢产物,查耳酮异构酶(CHI)是类黄酮生物合成早期阶段的一个关键酶,在种皮发育和颜色形成过程中具有重要的调控作用。为深入研究CHI基因在种皮发育和颜色形成中的作用及生物学功能。以16份三大类型黄、褐籽油菜为试验材料,采用同源克隆法克隆得到CHI基因的序列,并进行分子进化分析。将克隆得到的序列利用NCBI在线软件预测ORF Finder分析该基因的开发阅读框(ORF),结果发现,CHI基因ORF长度为756 bp或759 bp,编码251个或252个氨基酸。利用DNAMAN(v5
关键词：
油菜 查尔酮异构酶 CHI 克隆 SNP
[期刊] 西南农业学报
[作者]
周露 崔群香 刘同金 班秋妍 袁颖辉 宁坤 范俊俊 张敏 沈慧玲
【目的】探究茄子花青素合成通路中关键酶SmCHI2的蛋白特性和表达特性，为完善茄子花青素生物合成途径和品质育种提供一定的理论基础。【方法】通过同源克隆获得茄子SmCHI2基因全长序列，利用在线分析工具对其蛋白理化性质进行预测，利用ClustalX1.7、GeneDoc2.7.0和Mega6.0软件进行蛋白序列比对和系统进化树分析，利用qRT-PCR分析SmCHI2的表达模式。【结果】SmCHI2编码区全长633 bp，编码210个氨基酸。蛋白理化性质分析显示SmCHI2蛋白分子量为23.98 kDa，理论等电点为4.81，且为不稳定的亲水性蛋白。二级和三级结构预测显示SmCHI2蛋白结构主要包括α-螺旋、随机卷曲、延伸链和β-转角。多序列比对表明SmCHI2与LcCHI（枸杞AIC33515.1）、LrCHI（黑枸杞AQZ26680.1）、CaCHI2（辣椒XP＿016573438.1）和StCHI3（马铃薯XP＿006365329.1）等Ⅳ型CHI蛋白具有相同的活性和识别位点，且在系统进化树中属于同一分支。亚细胞定位结果显示，SmCHI2蛋白在细胞核、细胞膜和细胞质中均有分布。表达分析显示，SmCHI2基因主要在紫色组织中表达，且在白色果皮中表达量显著低于紫色果皮。【结论】茄子中Ⅳ型CHI蛋白SmCHI2正调控茄子花青素的生物合成。
[期刊] 林业科学
[作者]
刘长英 赵爱春 李军 吕蕊花 余亚圣 王茜龄 鲁成 余茂德
以果叶兼用新桑品种‘嘉陵30号’的果实为材料,采用同源克隆法和抑制PCR法克隆桑树查尔酮异构酶基因(MaCHI)全序列。该基因的基因组序列全长2402bp,包含2112bp长的ORF和290bp长的3'UTR序列,ORF由4个外显子和3个内含子组成,该基因编码219个氨基酸。预测MaCHI编码蛋白质的分子质量为23.8ku,理论等电点为5.29。采用RT-PCR法分析MaCHI在不同组织中的表达水平,在叶片和果中的表达量较高,在根中表达量较低。构建pET-28a(+)-MaCHI原核表达重组质粒,并在大肠杆菌中诱导表达。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘秀明 杨文婷 张雪萌 焦重达 姚娜 杨美英 官丽莉 李海燕 李校堃
【目的】克隆红花(Carthamus tinctorius L.)黄酮合成途径中的关键酶查尔酮异构酶(Chalcone isomerase,CHI)基因的全长序列,研究其组织表达特异性,为红花代谢调控研究提供参考。【方法】利用RT-PCR技术克隆CHI基因的cDNA全长,并对其全长基因进行生物信息学分析;构建系统发育树,研究其与相似序列的同源性;利用实时荧光定量PCR方法,分析CHI基因在红花不同开花时期的表达量。【结果】CHI基因全长1 161bp,开放阅读框长654bp,编码217个氨基酸,理论分子质量约为23.14ku,等电点为5.67,序列含有典型的加尾信号序列AATAA和Poly(A...
[期刊] 华北农学报
[作者]
吴彦庆 赵大球 王静 陶俊
为了丰富芍药ＣＨＩ基因研究的基础数据，首先利用ＲＡＣＥ技术对芍药ＣＨＩ基因的ＣＤＳ区进行克隆，并通过ＥＭＢＯＳＳ软件分析序列的密码子偏好性，其次利用生物信息学软件和在线数据库对芍药ＣＨＩ进行蛋白结构与功能预测。结果表明，克隆获得芍药ＣＨＩ基因Ｃ ＤＮＡ序列长度为８９８ Ｂｐ（ＧＥＮ ＢＡＮｋ序列号：ＪＮ１１９８７２），芍药ＣＨＩ基因偏好使用以Ａ／Ｕ结尾的密码子，２８种偏好密码子（ＲＳＣＵ＞１），其中偏好性较强的有ＵＵＧ、ＵＧＵ、ＣＡＵ、ＡＧＡ、ＡＧＧ、ＣＧＧ（ＲＳＣＵ≥２），在密码子的使用频率上，芍药ＣＨＩ基因与酵母、大肠杆菌等模式生物基因组的差异均大于拟南芥基因组。芍药ＣＨＩ为非跨膜亲水的稳．．．
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
乔枫
为探究枸杞查耳酮异构酶CHI1基因在不同组织中的表达模式和功能，利用同源克隆的方法获得1个枸杞（Lycium chinense）LcCHI1基因（Genbank No. OR026273），通过生物信息学方法分析其理化性质、结构及进化关系，利用荧光定量PCR(qRT-PCR)技术对其组织表达的特异性进行分析，并进行原核表达分析。结果表明：1）枸杞查耳酮异构酶LcCHI1基因的cDNA序列全长695 bp，开放阅读框为633 bp，编码210个氨基酸，含有1个保守的Chalcone＿3 family结构域。2）氨基酸序列比对显示，LcCHI1蛋白符合Chalcone蛋白结构特征且与其他物种Chalcone蛋白具有高度的相似性。聚类分析表明，LcCHI1蛋白与茄科的CHI蛋白单独聚成一支。3)LcCHI1在枸杞花、嫩叶与嫩枝中表达量较高，在根中表达量较低。随着枸杞果实的发育，LcCHI1表达呈先升高后降低趋势，在变色果中表达量最高。4）在原核表达载体中构建LcCHI1重组蛋白，经SDS-PAGE电泳分析在63 ku处出现表达蛋白。综上，LcCHI1基因在枸杞花和变色果中表达较高，并能进行原核蛋白表达，研究结果为枸杞类黄酮合成途径中CHI基因的功能验证奠定基础。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
周兴文 李纪元 范正琪
利用RT-PCR和RACE技术,从我国珍稀濒危植物金花茶花瓣中获得了查尔酮异构酶(Chalcone isomerase,CHI)基因的cDNA全长,命名为Cn-CHI,GenBank登录号HQ269805.1。碱基序列分析表明,Cn-CHI基因全长953bp,包含56 bp的5’非翻译区、204 bp的3’非翻译区和一个长为693 bp编码230个氨基酸的开放阅读框。氨基酸序列比对分析表明,Cn-CHI基因编码蛋白与蔷薇科、杜鹃花科、茄科等植物的CHI蛋白同源性都在75%以上,与山茶科山茶属茶树CHI蛋白同源性高达99%。相对荧光定量PCR分析表明,Cn-CHI基因在金花茶花蕾发育过程中呈现先...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
刘英冠 吴庆珂 何关顺 汪阳东 杨素素 陈益存 高暝
在转录组测序结果分析基础上,以山鸡椒c DNA为模板,克隆得到山鸡椒1-脱氧木酮糖-5-磷酸还原异构酶DXR基因c DNA全长,以山鸡椒基因组DNA为模板,设计引物、扩增拼接后获得山鸡椒DXR基因全长,命名为Lc DXR。序列分析表明,Lc DXR c DNA全长为1 501 bp,5’非编码区长34 bp,3’非编码区长53 bp,开放阅读框长1 413 bp,预测编码含有470个氨基酸残基的蛋白质,等电点为6.62,分子量为51.12 k D。Lc DXR基因全长为12 601bp,其中外显子12个,内含子11个。对来自10个种源的Lc DXR基因编码区单核苷酸变异位点进行分析表明:在c ...
关键词：
山鸡椒 DXR 基因克隆 SNPs
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
王小霞 刘志勇 李承彧 辛喜凤 冯辉
查尔酮合成酶(chalcone synthase,CHS)是类黄酮合成途径前期的1个关键酶。本研究从大白菜花瓣中克隆到1个查尔酮合成酶家族基因,命名为BrCHS1。序列比对发现BrCHS1氨基酸序列与其他物种CHS氨基酸序列的同源性多数在80%以上,利用实时荧光定量PCR技术分析BrCHS1在大白菜黄色和白色花各种花器官中的表达水平,结果表明:BrCHS1在黄色花瓣中的表达量远高于其他花器官。以FT50×H1的F2代分离群体为试材,根据BrCHS1周围序列设计SSR1引物,寻找与大白菜白色花基因紧密连锁的分子标记,结果显示,BrCHS1基因与白花性状基因并不连锁。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
胡朝阳 周友凤 龚一富 金思 王何瑜 赵群芬
【目的】从紫色马铃薯中克隆CHS的cDNA全长序列,并分析其组织表达水平以及诱导剂处理后基因的表达与花青素含量积累之间的关系。【方法】采用RT-PCR和RACE方法克隆紫色马铃薯CHS的cDNA全长序列,通过在线软件进行核苷酸序列和氨基酸序列分析,半定量RT-PCR检测StCHS在紫色马铃薯组织中的表达特异性以及蔗糖和赤霉素处理后StCHS的表达。采用分光光度计法测定紫色马铃薯花青素含量。【结果】克隆获得紫色马铃薯CHS的cDNA全长1 490 bp,包含1 170 bp的ORF,该基因编码389个氨基酸。推测StCHS蛋白含有Cys164、Phe215、His303和Asn3364个活性位点...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
肖玲 卢长明
脂肪酸延长酶基因fae1是调控油菜芥酸合成的关键基因。本研究利用GenBank中的fae1基因序列AF490462为模板设计引物,通过多聚酶链式反应(PCR)从白菜、甘蓝和甘蓝型油菜(包括2个人工合成种)的12个不同品种中扩增出长1007bp的fae1基因片段。PCR产物经与克隆载体pGEM-Tvector连接和序列测定,获得12个品种的fae1基因片段的DNA序列。对来自12个不同品种的fae1基因序列进行比较分析表明:fae1基因具有高度序列保守性,扩增长度均为1007bp,核苷酸序列相似度达98%以上,氨基酸序列的保守性更高。在1007bp的区间内共发现23个SNP(singlenucl...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李丹 吴楠 郑成忠 张琳 马建 曲静 张卓 付永平 王丕武
【目的】克隆大豆查尔酮还原酶1(CHR1)基因,以构建的过表达载体pCAMBIA3301-CHR1转化大豆,获得含有CHR1基因的阳性植株,为研究该基因的功能奠定基础。【方法】以大豆基因组DNA为模板,通过PCR扩增克隆CHR1基因,构建植物过表达载体pCAMBIA3301-CHR1,对其进行PCR及双酶切鉴定。采用农杆菌介导法将该载体转入大豆"吉农28"中,对转基因植株进行PCR、Southern杂交检测,对CHR1基因mRNA相对表达量进行荧光定量PCR检测。【结果】克隆得到的CHR1基因大小为1 100bp。成功构建了植物过表达载体pCAMBIA3301-CHR1,将其转化大豆后,通过P...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
吴彦庆 姜宇 赵大球 陶俊
为了揭示查尔酮异构酶基因(chalcone isomerase gene,CHI)在芍药花瓣中的表达规律与特点,以不同芍药托桂型品种(‘金辉’‘彤云金焰’‘红楼锦菊’)4个不同发育时期(花蕾期、初开期、盛开期、衰败期)中的内、外花瓣为对象,用qPCR分别检测CHI基因的表达水平,分析其在不同芍药品种、不同发育时期以及内外花瓣之间的表达差异。结果显示:不同发育时期同一品种芍药花瓣组织CHI基因的表达量存在一定差异,从花蕾期到衰败期整体表现为上升趋势;不同品种同一发育时期‘彤云金焰’花瓣组织(内瓣和外瓣)CH
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张超 王丕武 张卓
【目的】克隆大豆查尔酮还原酶3基因(chr3),并分析其编码蛋白体外催化活性,为研究大豆苷元的合成与调控研究提供参考。【方法】以大豆品种"吉农17"为材料,采用RACE技术扩增大豆chr3基因,对其编码蛋白的结构和功能位点进行分析。将目的基因chr3连接到大肠杆菌载体pET28a上,然后转化到大肠杆菌BL21中,构建重组大肠杆菌原核表达载体BL21-pET28a-chr3,并通过高效液相色谱技术(HPLC)验证重组蛋白的催化性质及效率。【结果】成功克隆chr3基因,其全长序列长1 416bp(GenBank登录号:KF927169),成功构建了大肠杆菌原核表达载体BL21-pET28a-chr...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
周军 陶建敏 彭日荷 熊爱生 蔡斌 徐锦涛 金晓芬 张斌 高峰 高建杰 章镇 姚泉洪
克隆了葡萄查尔酮合成酶基因4(CHS4),并采用半定量RT-PCR技术,以actin为内参,分析了CHS4在巨峰葡萄果实发育阶段不同组织的表达。对CHS4的序列分析表明:CHS4含有1个内含子,2个外显子;与CHS1、CHS2、CHS3在核苷酸水平的同源性分别为99.3%、92.6%和76.0%。半定量RT-PCR分析结果表明:CHS4在果皮、果肉、种子、叶片和根系中均有表达,在花后30d的果皮中表达强烈,随后迅速降低,到花后70d表达又增强;CHS4在花后30～45d的果肉中表达强烈,随后迅速降低;在花后45d的种子中也表达强烈,随果实发育,其表达逐渐下降。高温处理抑制CHS4在巨峰葡萄幼叶...
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