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[期刊] 华北农学报
[作者]
付静 刘堰凤 梅眉 黄永红
在前期研究发现,韭菜处理可以减轻香蕉枯萎病和根结线虫病害的发生,推测韭菜中含有能抑制病原菌及致死根结线虫的生防菌。对韭菜根际真菌和内生(叶片和根系)真菌的种群结构及多样性进行比较分析,以期为分离鉴定韭菜中抑菌和杀根结线虫的生防真菌提供理论依据。通过Illumina平台对韭菜根际真菌和内生(叶片和根系)真菌样品中的18S rRNA序列进行测序,并进行生物信息学分析。结果表明:从韭菜根际土壤、根系、叶片中获得348 484高质量序列和123个操作分类单元(OTU)。根际真菌的Chao、ACE、Shannon指数显著高于内生真菌(叶片和根系),而Simpson指数则显著小于内生真菌。根际真菌群落主要由子囊菌门(Ascomycota)(67. 20%)和担子菌门(Basidiomycota)(24.44%) 2个菌门组成;而内生真菌主要由子囊菌门组成,在叶片和根系中含量分别为91. 39%和96. 60%。在检测到的5个菌门中,内生真菌中子囊菌门显著高于根际土壤,其他菌门则显著低于根际土壤。叶片和根系中内生真菌稍有不同,但是差异并不显著。该研究表明,韭菜根际真菌和内生真菌的种群结构存在显著差异,根际真菌的多样性及丰富性显著高于内生真菌。该研究为分离鉴定韭菜中抑制植物病原菌及致死根结线虫的生防真菌提供参考。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
方扬 张小平 陈露遥 黄怀琼
通过对四川省重点推广的4个花生品种——天府11号、12号、13号和岳易各生育期、各部位内生细菌种群动态的系统研究,分离出内生细菌170株,其中放线菌15株;鉴定结果表明,天府系列花生内生细菌共16个属,其中芽孢杆菌属11个种,为花生内生细菌的优势种群。对链霉菌属放线菌进行了抗菌性检测,其中13株对枯草芽孢杆菌有拮抗作用,淡紫灰类群菌株11-02和13-10的抑菌效果最为显著。
关键词：
天府花生 内生细菌 种群多样性
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
王国娟 曹妍 王芳 马焕成 郑艳玲 伍建榕
苏铁为古老孑遗植物，被誉为＂植物界的大熊猫＂和＂活化石＂。为了研究苏铁珊瑚状根内生放线菌的多样性，通过１６Ｓ ｒ ＤＮＡ克隆文库开展了珊瑚状根内生放线菌种群多样性研究，从１６Ｓ ｒ ＤＮＡ克隆文库中随机挑选了１６４个克隆子进行序列测定，对测序结果进行了ＢｌＡＳｔ对比，结果表明，苏铁珊瑚状根中放线菌多样性十分丰富，存在５个目７个科１０个属，主要类群为短小杆菌属ＣｕｒｔｏＢＡＣｔｅｒｉｕｍ、利夫森氏菌属ｌｅｉｆＳｏＮｉＡ、考克氏菌ＫｏＣｕｒｉＡ、鸟氨酸微菌属ｏｒＮｉｔｈｉＮｉｍｉＣｒｏＢｉｕｍ、微球菌属ｍｉＣｒｏＣｏＣＣｕＳ、丙酸杆菌属ＰｒｏＰｉｏＮｉＢＡＣｔｅｒｉｕｍ、链霉菌属ＳｔｒｅＰｔｏｍｙ．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
贺字典 高增贵 高玉峰 张洋
采用传统的形态学特征和分子方法(ITS、TEF序列和UP-PCR)研究了蔬菜保护地土壤中木霉菌种群多样性及其影响因素。结果表明:提交genbank 11个木霉种的序列,分别为长枝木霉(Trichoderma longibrachiatum)、拟康氏木霉(Trichoderma pseud-okoningii)、黄绿木霉(Trichoderma aureoviride)、棘孢木霉(Trichoderma asperellum)、深绿木霉(Trichoderma atroviride)、哈茨木霉(Tri-choderma harzianum)、非钩木霉(Trichoderma inhamatum)...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
林海燕 刘昌伟 杨勇 张志旭 曾超珍 伍岗 刘仲华
以碧香早和茗丰作为研究对象，采用高效液相色谱等方法测定茶叶中的化学成分，并运用高通量测序技术对比分析不同茶树品种的鲜叶和根部的微生物群落。结果显示：碧香早和茗丰茶鲜叶的优势细菌门为Proteobacteria、Bacteroidetes等，优势细菌属为Chryseobacterium、Sphingomonas、Rhizobium、Methylobacterium和Aureimonas等；茶树根系中的优势细菌门主要是Proteobacteria、Actinobacteria和Firmicutes等，优势细菌属为Planococcaceae、Rhizobium和Sphingomona；碧香早叶片中内生菌群的丰富度高于茗丰的，茗丰根系中的内生菌丰富度高于碧香早的；茶树根系内生细菌的多样性高于茶鲜叶的；茶树根和叶的内生菌OTU数少于土壤微生物的；同源性分析表明，茶树叶片内生菌主要来源于叶表，而根部内生细菌主要来自土壤；茗丰鲜叶中的茶氨酸、氨基酸、可可碱、咖啡碱、儿茶素、没食子儿茶素没食子酸酯、表没食子儿茶素没食子酸酯、麦芽糖含量均显著高于碧香早的，碧香早鲜叶中的表没食子儿茶素、蔗糖含量和酚氨比显著高于茗丰的；相关性分析结果显示，部分关键细菌属的相对丰度与茶叶中的部分化学成分的含量呈显著正相关或负相关，推测不同的内生菌群可能参与了茶树品质成分的合成，从而影响茶叶的品质。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
林海燕 刘昌伟 杨勇 张志旭 曾超珍 伍岗 刘仲华
以碧香早和茗丰作为研究对象，采用高效液相色谱等方法测定茶叶中的化学成分，并运用高通量测序技术对比分析不同茶树品种的鲜叶和根部的微生物群落。结果显示：碧香早和茗丰茶鲜叶的优势细菌门为Proteobacteria、Bacteroidetes等，优势细菌属为Chryseobacterium、Sphingomonas、Rhizobium、Methylobacterium和Aureimonas等；茶树根系中的优势细菌门主要是Proteobacteria、Actinobacteria和Firmicutes等，优势细菌属为Planococcaceae、Rhizobium和Sphingomona；碧香早叶片中内生菌群的丰富度高于茗丰的，茗丰根系中的内生菌丰富度高于碧香早的；茶树根系内生细菌的多样性高于茶鲜叶的；茶树根和叶的内生菌OTU数少于土壤微生物的；同源性分析表明，茶树叶片内生菌主要来源于叶表，而根部内生细菌主要来自土壤；茗丰鲜叶中的茶氨酸、氨基酸、可可碱、咖啡碱、儿茶素、没食子儿茶素没食子酸酯、表没食子儿茶素没食子酸酯、麦芽糖含量均显著高于碧香早的，碧香早鲜叶中的表没食子儿茶素、蔗糖含量和酚氨比显著高于茗丰的；相关性分析结果显示，部分关键细菌属的相对丰度与茶叶中的部分化学成分的含量呈显著正相关或负相关，推测不同的内生菌群可能参与了茶树品质成分的合成，从而影响茶叶的品质。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
盛浩 汪丹丹 李海超 刘西平
【目的】对杨凌和长武两地小麦根际土壤中能产生1-氨基环丙烷-1-羧酸(ACC)细菌的多样性进行调查比较。【方法】以ACC为唯一氮源从小麦根际土壤中富集和纯化产ACC脱氨酶细菌,使用Mi-seq高通量测序平台对富集产物进行多样性检测,构建16SrDNA基因克隆文库,对所分离的产ACC脱氨酶细菌进行系统发育分析;利用R语言绘图,对两地区该类细菌群落结构进行对比研究。【结果】长武地区小麦根际土壤2个样品中优化后的序列共计55 715条,基于97%的相似性被划分为35个OTU,Shannon多样性指数为1.43和
关键词：
ACC脱氨酶 根际细菌 种群多样性 小麦
[期刊] 中国农业科学
[作者]
翁佩芳 陈希 沈锡权 吴祖芳 任静
【目的】揭示在低盐浓度条件下榨菜不同盐度腌制体系细菌种群分布及优势菌变化规律,为进一步确定微生物类型与榨菜腌制质量品质之间的相关性提供微生物学基础。【方法】采用16S rDNA基因克隆文库及克隆子分析方法,对5%和7%盐度条件下榨菜腌制体系的微生物多样性、优势种群及其变化规律进行分析。【结果】5%盐度腌制体系的中前期优势种群为乳杆菌属(Lactobacillus)、明串珠菌属(Leuconostoc)和魏斯氏菌属(Weissella);7%盐度腌制体系的中前期优势乳酸菌为希腊魏斯氏菌(Weissella hellenica);腌制后期,起主导作用的种群均变成了植物乳杆菌(Lactobacill...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
谢文霖 杨燕 于龙飞 蒋萍 蒋海峰 罗金洲 余马
【目的】探究感病羊肚菌[Morchella esculenta (L.) Pers.]内生细菌的多样性、丰度及菌群功能。【方法】以健株羊肚菌为对照，提取感病程度为轻度、中度、重度及完全感病的羊肚菌内生细菌基因组总DNA，进行Illumina Miseq高通量测序，并对测序获得的内生细菌ASVs（Amplicon Sequence Variants）进行生物信息学分析，探究羊肚菌子实体感病过程中内生细菌的群落结构及其多样性。【结果】羊肚菌子实体内生细菌菌群丰度指数为：中度感病组>完全感病组>轻度感病组>重度感病组>健康组；多样性指数为：中度感病组>健康组>轻度感病组>重度感病组>完全感病组；均匀度指数为：健康组>重度感病组>轻度感病组>完全感病组>中度感病组。健株羊肚菌子实体内生细菌主要归类于变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes），其中假单胞菌属（Pseudomonas）和黄杆菌属（Flavobacterium）为健株羊肚菌内生细菌中的优势属，分别占健株羊肚菌子实体内生细菌总数的46.92%和41.07%。感病羊肚菌子实体中假单胞菌属相对丰度随感病程度增加呈上升趋势，至重度时超过95%，而黄杆菌属相对丰度呈下降趋势，至重度时低于3%。此外，所有感病子实体中均有厚壁菌门（Firmicutes）的内生菌。【结论】对羊肚菌子实体内菌群的平衡调控，如对假单胞菌属内生细菌的抑制及黄杆菌属内生细菌的促生，可能有助于降低羊肚菌大面积病害和减产，保障羊肚菌稳产。
关键词：
羊肚菌 内生菌 多样性 群落结构
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李秋桦 夏体渊 任禛 裴妍 尹敏 陈泽斌 唐佐芯 字学庆
【目的】探究三七不同部位内生细菌群落多样性。【方法】采用高通量测序技术对三七内生细菌16S rRNA基因V5～V7区进行序列测定,并对三七不同部位内生细菌多样性进行生物信息学分析。【结果】在三七的根、茎和叶中分别获得了385、206和226个OTU,3个部位中相同的OTU数为167个,占比19.04%。归类物种分类结果表明,叶部内生细菌种类归属于16门27纲74目134科222属,优势属为Cutibacterium和劳尔氏菌属(Ralstonia),分别占28.70%和14.57%;茎部内生细菌种类归属于12门20纲58目108科178属,优势属为假单胞菌属(Pseudomonas),占45.50%;根部内生细菌种类归属于19门24纲75目137科202属,优势属为Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia和埃希氏-志贺菌属(Escherichia-Shigella),分别占24.78%和21.94%。从整体结果看,根部物种的丰度高于茎部和叶部。【结论】三七不同部位的内生细菌含有丰富的群落多样性,但不同部位的丰度不同,整体表现为根>叶>茎,且各部位的优势属并不相同,部分优势属细菌具有一定的功能作用,可进一步的开发利用。通过对三七不同部位内生细菌多样性进行研究,为后续筛选生防菌株奠定基础。
关键词：
三七 多样性 内生细菌 高通量测序
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王爱华 殷幼平 熊红利 李颜方 李佳 贤家旭 王中康
【目的】对柑橘健康植株和感染黄龙病植株的韧皮部内生细菌的多样性进行比较分析,为研究柑橘植株韧皮部内生细菌与黄龙病菌之间的相互关系奠定基础。【方法】采用常规分离培养与分子鉴定的方法和基于16S rDNA基因的限制性酶切长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)分析的方法。【结果】用常规分离与分子鉴定方法获得10个属细菌类群,其中芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、考克氏菌属(Kocuria sp.)为无症健株的优势菌群;微杆菌属(Microbacterium sp.)、芽孢杆菌属、假单...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈泽斌 陈兴位 夏体渊 林丽 任禛 靳松 华金珠 李健文
采用稀释涂布平板法，从食用玫瑰花瓣中分离到２１９株内生细菌。利用细菌菌落表征性状和１６Ｓ ｒＤＮＡ序列对这些内生细菌进行了多样性分析。通过数值分析比较了８个菌落形态表征性状，以类平均连锁聚类法的方式进行聚类分析，在３．６０的水平上可分成６个表观群。１６Ｓ ｒＤＮＡ序列分析表明２１９株内生细菌可分为１０个类群。经测序比对分析表明，这２１９株内生细菌分别与ＧｅＮ ＢＡＮｋ中３类细菌中的１０个已知种相似性达到９８．５１％～１００％。其中约氏不动杆菌（ＡｃｉＮｅｔｏＢＡｃｔｅｒ ｊｏｈＮＳｏＮｉｉ）、嗜麦寡养食单胞菌（ＳｔｅＮｏｔｒｏｐｈｏｍｏＮＡＳ ｍＡｌｔｏｐｈｉｌｉＡ）、ｅＮｈｙＤｒｏＢＡｃｔｅ．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李小林 辜运富 张小平 涂仕华 伍仁军
【目的】研究烟草成熟期的根际及非根际土壤硝化细菌群落结构和多样性。【方法】运用PCR-DGGE技术对攀枝花市盐边县主要烟区采集的5个烟草根际土样和5个非根际土样进行分析。【结果】所有样品的DGGE图谱表明:各个土壤的硝化细菌群落结构和多样性有较大差异。根际土壤的多样性指数(H)、丰度(S)及均匀度(EH)并非都高于非根际土壤,这可能与烟草成熟期根系分泌物对硝化细菌的抑制有关。不同的土壤类型间的硝化细菌结构有较大的差异。回收的DGGE条带序列结果显示,大部分与冰川、溶岩等极端环境中非培养硝化螺菌属(Nitrospira sp.)相近,而小部分与目前尚未可知的非培养硝化细菌相近。【结论】成熟期的烟...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
盛浩 汪丹丹 李海超 刘西平
【目的】对杨凌和长武两地小麦根际土壤中能产生1-氨基环丙烷-1-羧酸（ACC）细菌的多样性进行调查比较。【方法】以ACC为唯一氮源从小麦根际土壤中富集和纯化产ACC脱氨酶细菌，使用Miseq高通量测序平台对富集产物进行多样性检测，构建16S rDNA基因克隆文库，对所分离的产ACC脱氨酶细菌进行系统发育分析；利用R语言绘图，对两地区该类细菌群落结构进行对比研究。【结果】 长武地区小麦根际土壤2个样品中优化后的序列共计55 715条，基于97%的相似性被划分为35个OTU，Shannon多样性指数为1.43
关键词：
ACC脱氨酶 根际细菌 种群多样性 小麦
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