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[期刊] 中南林业科技大学学报  [作者] 苏文娟   曹瑞兰   周增亮   赵娜红   张运煜   胡冬南   刘娟   
【目的】WRKY转录因子在植物应对生物和非生物胁迫中起重要调控作用。油茶是我国南方丘陵地区重要的经济树种,常受各种逆境胁迫影响。深入挖掘油茶WRKY基因家族成员并探讨其应对逆境胁迫的表达调控模式具有重要意义。【方法】以油茶全基因组数据为参考,利用生物信息学方法,鉴定分析了CoWRKYs基因家族成员,并基于油茶逆境胁迫的相关转录组数据,明确CoWRKYs在低磷、干旱和低温等非生物胁迫下的表达模式,最后基于qRT-PCR方法解析CoWRKYs在不同逆境胁迫下的瞬时表达特征。【结果】CoWRKYs基因家族包含89个成员(CoWRKY1~CoWRKY89)。根据系统发育特征可将其分为3大类,I类、II类和III类的数量分别为20、55和14。保守基序分析表明,进化关系密切的CoWRKYs蛋白具有相同或相似的基序组成。CoWRKYs在低磷、干旱、低温等非生物胁迫下表达谱分析的结果显示,65个CoWRKYs呈现显著表达差异,其中17个CoWRKYs同时受三种非生物胁迫的调控,且大部分基因在逆境胁迫下表现为上调表达,推测这些CoWRKYs在油茶的非生物逆境胁迫中可能起正调控作用。qRT-PCR结果表明,5个基因(CoWRKY11、CoWRKY14、CoWRKY20、CoWRKY29和CoWRKY56)在低磷、干旱和高盐胁迫下均被诱导表达,但不同基因在各逆境胁迫下的表达模式存在差异。其中,CoWRKY14在低磷胁迫24 h表达量是对照组的44倍(P <0.05),呈现高表达模式,推测其在油茶干旱胁迫响应中具有重要作用。【结论】大部分CoWRKYs基因参与油茶抗逆胁迫响应,且表现为正向调控。其中CoWRKY11、CoWRKY14、CoWRKY20、CoWRKY29和CoWRKY56在低磷、干旱和盐胁迫下可以被快速诱导激活,参与油茶逆境胁迫响应。本研究为油茶WRKY转录因子的进一步功能分析奠定了理论基础,为油茶抗逆品质的遗传改良提供参考依据。
[期刊] 华北农学报  [作者] 赵爽   葛朝红   石鹤飞   闵卓   王广鹏   李伟明  
WRKY转录因子在植物生长和防御反应的调控中发挥着重要作用。为了探究WRKY基因家族在板栗抗旱中的功能,对板栗WRKY基因家族成员进行了鉴定,对其编码蛋白的理化性质、系统发育、结构等进行分析,并通过转录组测序和qRT-PCR技术分析其在干旱胁迫下的表达特征。通过生物信息学技术在板栗中共鉴定到65个WRKY基因家族成员,将其分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ3组,其中Ⅱ组根据其结构和系统发育关系分为5个亚组。WRKY基因的结构和保守基序分析表明,外显子数目为1~7个,同一亚组的外显子数目和基序分布类似。WRKY基因保守结构域发生了一定的变异,包括WRKY七肽结构域的缺失,锌指结构的缺失,七肽结构域变异为WRKYGKK、WRKYGRK和WRKYGRK等。转录组测序数据表明,有4个WRKY基因家族成员在样品中没有表达,干旱胁迫诱导表达的WRKY基因家族成员表达量上调的有49个,而表达量下调的WRKY家族成员有11个。以上结果表明,板栗WRKY基因在对干旱胁迫的响应中发挥了重要作用。
[期刊] 华北农学报  [作者] 李辉  康泽培  邱财生  戴志刚  邱化蛟  
通过鉴定红麻全基因组中WRKY基因家族所有成员,并分析其在盐胁迫下的表达特征,从而为研究WRKY基因家族成员在红麻响应盐胁迫过程中的生物学功能奠定坚实基础。利用生物信息学的方法对红麻全基因组中的WRKY基因家族成员进行鉴定,并对WRKY基因家族各成员的理化性质、系统发育和保守功能域进行分析,同时利用实时荧光定量PCR技术分析盐胁迫下WRKY基因家族各成员的表达特征。结果表明,共鉴定出33个WRKY基因家族成员,且该基因家族成员不均匀地分布在12条染色体上,每个基因家族成员的理化性质如氨基酸数目、分子质量、理论等电点都存在一定的差异,且每个基因家族成员的氨基酸保守序列WRKYGQK没有发生变异。红麻和拟南芥的WRKY基因家族系统进化树分析表明,33个WRKY家族成员分成了3个类群,GroupⅠ、GroupⅡ、GroupⅢ,其中GroupⅢ包含了5个亚组。实时荧光定量PCR技术分析结果表明,盐胁迫诱导表达的WRKY家族成员有26个,其中23个具有正向调控作用,3个具有负向调控作用。共鉴定出红麻WRKY家族成员33个,其中26个WRKY家族成员参与了红麻盐胁迫响应过程。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 康玉妹   薛珠政   李永平   马慧斐   黄昊  
【目的】WRKY转录因子在植物响应低温胁迫中发挥重要的调控作用,但丝瓜[Luffa cylindrica(L.) Roem.]WRKY基因家族的全基因组鉴定及其响应低温胁迫分子机制的报道较少。【方法】本研究采用生信数据处理等方法全基因组鉴定丝瓜WRKY基因家族,分析丝瓜WRKY基因家族特点、功能及表达情况,并利用LC-MC技术检测丝瓜响应低温胁迫分子机制。【结果】丝瓜全基因组中共鉴定出62个LcWRKYs,非均匀地分布在13条染色体上;系统进化树分析发现,丝瓜WRKY成员被分成3大类群(Ⅰ-Ⅲ),第Ⅲ类群又被分成5个亚群(Ⅲa-e);共线性分析发现,丝瓜和拟南芥(Arabidopsis thaliana) WRKY基因家族之间具有共线基因对56个,LcWRKYs基因之间具有片段复制基因对17个;分析启动子发现,LcWRKYs启动子具有顺式调控元件,多种与激素和逆境响应等相关;低温胁迫表达分析发现,4个LcWRKYs受低温胁迫显著上调表达;基于LC-MC检测获得激素JA、MEJA、SA、ABA含量,分析丝瓜响应低温胁迫分子机制,LcWRKYs含有茉莉酸甲酯、脱落酸、水杨酸响应元件,可能参与调节丝瓜的生物学过程及逆境胁迫响应。【结论】该研究结果为解析WRKY基因在丝瓜低温胁迫响应中的作用以及WRKY基因家族的进一步功能分析提供新信息,并为后续耐低温LcWRKY功能、编辑等研究提供基础,为创制耐寒材料及培育丝瓜耐寒品种提供技术支持。
[期刊] 华北农学报  [作者] 孙威  姜晶  李天来  鲁少尉  
以普通栽培番茄(Lycopersicon esculentum)品种桃太郎为试材,通过半定量RT-PCR方法研究了5个转化酶基因在果实不同发育阶段不同部位的表达,并进一步研究了苗期番茄在亚高温、亚低温、NaCl盐胁迫和渗透胁迫下转化酶基因的表达变化。结果表明:果实膨大期主要受Lin5、Lin6和Lin8表达的调控;绿熟期仅有Lin8在发挥作用,而在果实完熟期Lin6、Lin8和AI2的表达明显。这说明在番茄果实发育的不同时期及果实的不同发育部位都受到酸性转化酶基因家族的不同成员的共同调控。亚适温对AI2的影响最明显,无论是亚低温还是亚高温,均能明显抑制AI2的基因表达;而对细胞壁束缚性的转化酶...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)  [作者] 王东姣  张畅  阙蓓蓓  尤垂淮  罗俊  苏亚春  
从甘蔗栽培种R570基因组数据库中挖掘到60个ShWRKY(ShWRKY1~ShWRKY600)基因,分布于10条染色体上,每条染色体上有3~13个ShWRKY基因.系统进化树分析表明60个ShWRKY蛋白中,属于Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ类的分别有10、32和18个.所有ShWRKY家族成员皆为亲水性核定位蛋白,且除ShWRKY13为稳定蛋白外,其余家族成员都不稳定.ShWRKY基因家族的外显子数目为1~5个,保守基序数目为3~7个.启动子区域序列预测显示,ShWRKY基因包含多个与胁迫、生长发育和激素响应相关的顺式作用元件.表达谱分析显示,ShWRKY基因在甘蔗不同组织中差异表达,且参与对黑穗病菌胁迫的响应过程.RT-qPCR检测结果显示,接种黑穗病菌7 d后,ShWRKY37基因在2个甘蔗抗病品种和1个感病品种中上调表达,而在另外1个感病品种中下调表达;ShWRKY51基因则在抗病品种中下调表达,而在感病品种应答早期(1 d)上调表达.
[期刊] 西南农业学报  [作者] 陈啸   陈淑颖   朱渊铭   倪林   邹双全  
【目的】为进一步研究WRKY基因家族在调控栀子盐胁迫中的功能作用、培育栀子抗盐新品种。【方法】利用生物信息学方法对栀子WRKY基因家族成员(GjWRKY)进行全基因组鉴定和相关分析。【结果】共鉴定出47个WRKY基因,非均匀地分布在10条染色体上,通过系统发育树将其分为3大组:Group Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ。GjWRKY基因以串联重复为主要扩增方式,且多数基因成员含有3个外显子。GjWRKY基因家族启动子2000 bp区域含有大量激素类和胁迫类响应顺式作用元件。46个GjWRKY基因在中度(MS)和重度盐胁迫(SS)下具有不同程度的高表达,部分GjWRKY基因产生特异性表达,17个GjWRKY基因表现为上调表达,推测这部分GjWRKY基因可能起正调控作用。【结论】GjWRKY基因在栀子抗盐胁迫中发挥了重要作用。
[期刊] 华北农学报  [作者] 赵长江  都梦翔  宋巨奇  徐尚缘  贺琳  徐晶宇  杨克军  李佐同  
NRL(NPH3/RPT2-Like)是植物所特有的一类光响应蛋白,在向光素信号途径中发挥重要作用。利用生物信息学手段结合qRT-PCR技术,在玉米基因组水平对该家族基因进行鉴定并对其编码蛋白的性质、结构、进化、生育期组织表达和逆境表达进行分析。结果鉴定了31个ZmNRL基因,不均匀地分布于玉米9条染色体上,编码的氨基酸序列长度在464~749个,预测具有叶绿体、细胞核和细胞质等亚细胞定位。依据蛋白保守性将ZmNRL家族划分为四大类,基因结构也具有一定的保守性,多数基因含有4个外显子。基因启动子存在大量脱落酸、茉莉酸、光响应和抗氧化等顺式元件分析,其中G-box和Sp1等两类光相关元件数量较多。ZmNRL家族基因在生育期组织部位表达具有一定的时空特异性,总体表达量不高,仅有ZmNRL2、ZmNRL4、ZmNRL24和ZmNRL29相对高表达。通过生育期组织表达数据共表达及其模块GO富集分析发现,6个ZmNRL基因可通过叶绿体等生物发生及组装生物过程,参与对叶片生长发育的调控。qRT-PCR结果表明,高温处理玉米幼苗ZmNRL12上调表达显著,干旱、盐和病原物接种处理ZmNRL5、ZmNRL7和ZmNRL19基因下调表达。综上,在玉米基因组鉴定出31个ZmNRL基因,该家族基因不仅具有明显的组织表达特异性,而且可参与玉米幼苗对生物和非生物逆境应答。
[期刊] 草业科学  [作者] 刘璇   陈虞超   郭生虎   钟楠   石磊   甘晓燕  
芦竹(Arundo donax L.)生长周期短、纤维素及粗蛋白含量高,在燃烧过程中能够产生较高的热值,是一种新型的经济能源饲草,具有广阔的应用前景。TCP是一类植物特有的转录因子,在调控植物生长发育过程中具有重要作用,但目前该基因家族在芦竹中的分布以及生物学功能未见报道。本研究以芦竹为对象,利用生物信息学方法对AdTCP基因家族的基本理化性质、染色体定位、基因间的共线性关系、基因结构、蛋白的保守基序、多序列比对及与其他物种的亲缘进化关系进行了系统分析,运用实时荧光定量PCR测定了盐胁迫下7个AdTCP基因的相对表达量。结果表明,芦竹含有37个AdTCP基因,分布在不同染色体上。其蛋白理化性质各不相同,且均为亲水性、不稳定蛋白,多数定位在细胞核中。该家族基因结构中均只含有外显子,无内含子,共线性分析鉴定出22个片段复制基因对;其家族蛋白包含15个不同的保守基序,序列相似性为30.52%。通过与拟南芥、水稻TCP基因进行亲缘关系比较,结果发现82个TCPs可以分为TCP-P和TCP-C两大亚家族,其中TCP-P仅包含PCF分支,而TCP-C包含CYC与CIN两个分支。随着盐胁迫浓度的升高,7个AdTCP基因的表达量呈现先上升后下降的趋势,说明AdTCP参与盐胁迫响应过程。本研究为解析芦竹基因功能及创制芦竹新种质奠定基础。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 宋迎辉   付森杰   朱灿灿   代书桃   秦娜   景雅   张真   薛淑霞   李君霞  
【目的】研究LBD(Lateral organ boundaries domain) 基因家族在调控高粱干旱胁迫中的作用,为高粱(Sorghum bicolor)耐旱分子育种提供依据。【方法】利用生物信息学的方法鉴定高粱基因组中的LBD基因家族,对其理化性质、染色体分布、系统进化、基因结构、保守基序、顺式调控元件以及组织表达模式进行分析。【结果】鉴定出32个LBD基因,不均匀地分布在除6号染色体外的9条染色体上;系统发育树分析将其分为Class ?和Class II两组,均含有CX2CX6CX3C结构域,其中Class ?有25个家族成员,含有相对完整的GAS和LX6LX3LX7L结构域,Class II有7个家族成员,甘氨酸组成的保守序列均为GRA,LX6LX3LX7L结构域不完整。同一组内的成员保守结构域蛋白序列一致性更高,基因结构和保守基序高度相似;系统进化分析发现高粱LBD蛋白与单子叶植物的同源性大于双子叶植物;顺式调控元件分析发现,SbLBD启动子序列中光响应元件G-box、脱落酸响应元件ABRE数量最多,其次是茉莉酸甲酯响应元件CGTCA-motif和厌氧诱导响应元件ARE,另外检测到低温响应元件LTR和干旱诱导元件MBS。表达分析发现,Class II中的7个成员和Class ?中的SbLBD24在高粱各生育期和多数组织中表达量均较高。在模拟干旱处理下,高粱幼苗中SbLBD6下调表达,SbLBD26上调表达。【结论】不同组SbLBD基因保守序列存在差异。高粱LBD家族基因可以响应低温、干旱、光强和光周期等多种逆境条件,且具有组织表达特异性。SbLBD6和SbLBD26可能在高粱干旱胁迫响应中具有重要作用。
[期刊] 沈阳农业大学学报  [作者] 王天宠  艾万峰  刘汉嶂  刘琳  马素娟  陆秀君  
蒙古栎(Quercus mongolica Fisch. ex Ledeb.)是中国东北次生落叶阔叶林的主要建群树种之一,耐干旱耐贫瘠。植物MYC转录因子可以响应干旱胁迫。基于蒙古栎全基因组数据,利用生物信息学手段对QmMYC基因家族进行结构和功能预测,结果显示,QmMYCs有11个成员,命名为QmMYC1~11,分为4个组,其CDS长度和编码氨基酸长度分别介于1293~2139bp和430~712aa之间,分子量为48~79KDa,二级结构由α-螺旋、延伸链和无规则卷曲组成,均为不稳定亲水蛋白并被定位到细胞核上,且每个组内基因和蛋白结构较为相似。11个QmMYCs分别定位到蒙古栎的6条染色体上。QmMYCs启动子区域存在多个与蒙古栎激素调节和逆境等相关的顺式作用元件。qRT-PCR分析显示,除QmMYC11外,其余QmMYCs均受到10%PEG6000模拟干旱胁迫的显著影响:QmMYC5/8/9和QmMYC1/3/4/6/7分别是胁迫6h和12h的主要响应因子,其中QmMYC4响应最显著,12h后多数基因表达下调,而QmMYC2/10表达有一定滞后性,于24h表达最高。研究结果对于进一步认识QmMYC基因家族,阐明QmMYCs在蒙古栎抵御干旱胁迫时的生物学功能提供参考依据。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 张兴月   陈金鑫   王欣   刘国元   余春梅   张健   魏辉  
【目的】类胡萝卜素裂解双加氧酶(CCD)催化多种类胡萝卜素裂解成更小的分子,这一过程对于植物的生长、发育和对非生物胁迫的响应至关重要。深入理解类胡萝卜素的生物合成和降解机制,对精确调控其在植物体内的含量至关重要。【方法】选取中国本土品种旱柳(Salix matsudana)为实验材料,利用旱柳的全基因组数据库,采用构建系统进化树、分析顺式作用元件、探究保守基序和基因结构、进行共线性分析、构建蛋白互作网络、GO注释分析,以及转录组分析等方法,对旱柳CCD家族成员(SmCCD)进行鉴定分析。【结果】从旱柳基因组中成功鉴定出17个CCD基因,这些SmCCD成员被归类为两个亚家族:SmCCD和SmNCED。SmCCD亚家族进一步细分为SmCCD1、SmCCD4、SmCCD7和SmCCD8等类别。共线性分析揭示片段重复是导致SmCCD基因扩增的关键因素。通过对比杨树、拟南芥、水稻与旱柳之间的基因共线性分析,发现杨树与旱柳和拟南芥之间的基因对数量多于旱柳与水稻之间的基因对,这表明旱柳与杨树等双子叶植物之间存在较近的进化关系。转录组分析结果表明,SmCCD基因在旱柳遭遇盐胁迫和淹水胁迫时表达水平显著变化,这暗示该基因在旱柳适应环境压力中可能发挥的关键作用。【结论】揭示SmCCD基因家族的多样性和在环境胁迫下的表达模式,为理解旱柳的适应性和进化关系提供新的分子证据。这有助于指导旱柳的育种和生态恢复工作,以应对环境变化的挑战。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)  [作者] 黄小芳  毕楚韵  王和寿  陈其俊  胡韵卓  黄碧芳  许明  杨志坚  陈选阳  林世强  
利用生物信息学方法从未经注释的甘薯(Ipomoea batatas)基因组中鉴定得到143个bHLH转录因子,对其保守结构域、motif组成、染色体分布情况、系统进化以及尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum f. sp.batatas,Fob)胁迫下和低温胁迫下的差异表达基因进行分析.结果表明,甘薯bHLH结构域约由54个氨基酸组成,其中21个氨基酸位点保守性在50%以上;74.8%(107个)的家族成员具有E-盒结合活性,56.6%(81个)的家族成员具G-盒结合活性.bHLH基因在15条染色体上的分布不均匀,在1、2、5、6以及14号染色体上分布较多,9和12号染色体上分布较少.MEME分析得到甘薯bHLH转录因子含有5个保守基序,motif 1和motif 2共同组成了bHLH结构域,存在于90%以上的家族成员中;系统进化分析将甘薯bHLH基因家族分为22个亚组.甘薯bHLH转录因子中有6个家族成员响应尖孢镰刀菌胁迫,其中4个基因表达下调,2个基因表达上调;在低温胁迫下甘薯bHLH家族成员中有44个基因表达量发生变化,其中13个基因在4个处理组中表达量均有变化,8个基因表达下调,5个基因表达上调.
[期刊] 草业科学  [作者] 杜超  
WRKY转录因子家族是植物体内最大的转录因子超家族之一,广泛分布在多种植物中。WRKY转录因子家族因具有高度保守的WRKY结构域而得名,它可以结合靶基因启动子W-box顺式作用元件,从而调控多种类型靶基因的表达,在植物响应生物及非生物胁迫(盐胁迫、干旱胁迫、氧化胁迫等)过程中起到重要的调控作用。本文介绍了WRKY转录因子家族的分子结构特征及作用机制,分析了其在植物响应生物和非生物胁迫过程中的生物学功能及分子调控机理,总结了WRKY转录因子家族在牧草中的研究进展,指出深入研究野生植物体内WRKY转录因子的调控机理,可能会为我们探索WRKY转录因子调控功能提供新的视角。本文为深入研究WRKY转录因子家族的调控机理,及其在牧草中发挥的生物学功能奠定理论基础和提供研究思路。
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 苗永美  宁宇  沈佳  贾利  李季  娄群峰  翁益群  陈劲枫  
利用RT-PCR技术从耐冷黄瓜品种‘Chipper’中克隆鉴定了1个赖氨酸脱羧酶(LDC)基因的ORF,命名为CsLDC,在GenBank中的登录号为KC202438。该基因ORF全长为645 bp,编码215个氨基酸的肽链,相对分子质量为23 625.2,等电点为5.99。BLASTp发现该蛋白具有赖氨酸脱羧酶保守序列,与毛果杨的同源性最高,进化树分析表明CsLDC与矮牵牛LDC亲缘关系最近;该蛋白无信号肽但存在一个明显跨膜区,并存在多个蛋白质位点;SWISS-MODEL预测该蛋白的3D结构与拟南芥At2G37210基因编码赖氨酸脱羧酶蛋白2a33相似性为88.89%。荧光实时定量PCR检测...
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