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[期刊] 中南林业科技大学学报  [作者] 王保明  谭晓风  胡孝义  石明旺  莫华  
在构建油茶近成熟种子cDNA文库的基础上,分离鉴定了油茶钙调素基因CoCaM1、CoCaM2的cDNA序列(Gen Bank登录号:EU856536和FJ649316),它们的长度分别为953 bp和1024 bp,均含有447 bp的开放读码框,编码的149个氨基酸完全相同;它们编码区的核苷酸序列高度一致,仅有25个碱基替代,证实了"多个基因编码一种蛋白"的假设。该蛋白含有19种氨基酸,属于酸性亲水性蛋白,理论等电点4.10,相对分子量16.83 kDa;它含有EF-手臂、半胱氨酸等结构域。该蛋白的亲水性/疏水性、柔性、抗原性具有较好的一致性,并表现高度的柔性。Blast及遗传进化分析表明:该蛋白的氨基酸序列与其它植物钙调蛋白的氨酸序列同源性较高。油茶CoCaM1在花芽到子房形成中的表达量较高;而CoCaM2在果实形成、膨大、油脂积累过程中的表达量较多,而在叶片和成熟种子中较少。这表明它们在花芽发育、果实形成、种子油脂合成积累中发挥着不同的调控作用。
[期刊] 华北农学报  [作者] 周硕  刘永伟  董福双  杨帆  赵和  柴建芳  吕孟雨  孙果忠  王海波  
为了研究小麦类钙调素基因的功能和在植物逆境响应中的分子机制,以电子克隆结合RT-PCR的方法,在小麦中克隆到一个类钙调素基因TaCML79。该基因的开放阅读框长度为588bP,编码的蛋白长度为195个氨基酸,推测的分子量为20.45kDa,等电点为4.6,属于酸性蛋白,具有2个典型的和一个不完整的EF-hanD结构域。多序列比对和系统进化树分析表明,TaCML79与野生稻的ObCML35和水稻的OsCML10亲缘关系较近,相似性分别为84.6%和86.8%。该基因的表达在根和地上部分受到热激、naCL、渗透和冷胁迫的诱导或抑制,初步推断该基因可能与植物抗逆有密切的关系。
[期刊] 华北农学报  [作者] 贾伟哲  焦博  王娇  陈文烨  杨帆  刘永伟  董福双  赵立群  周硕  
为挖掘小麦抗逆基因,研究类钙调素基因在植物抗逆反应的分子机制,利用电子克隆结合RT-PCR的方法克隆小麦类钙调素基因TaCML8-A。生物信息学分析显示,该基因的CDS区全长为519 bp,编码172个氨基酸,包含PTZ00184和FRQ1超家族,含有4个EF-hand结构域,其中包含4个钙离子结合位点;编码蛋白质分子质量为18.31 ku,等电点为4.54,属于酸性蛋白质。亚细胞定位结果显示,TaCML8-A蛋白质在细胞核和细胞膜中均有分布。核苷酸序列比对发现,TaCML8-A与水稻OsCML14亲缘关系最近,相似性为79.17%。qRT-PCR结果显示,在盐、渗透和冷胁迫处理中,TaCML8-A基因在小麦地上部分和根中的表达均上升,表明植物可能通过提高TaCML8-A基因的表达来响应盐、渗透和冷胁迫;热激时TaCML8-A基因在根和地上部分分别受到诱导和抑制,从而发挥不同的功能。从小麦中成功克隆出类钙调素基因TaCML8-A,并进行表达分析,初步推测该基因可能参与调控植物的非生物胁迫,其结果可为后续研究其生物学功能提供基础理论支撑。
[期刊] 林业科学研究  [作者] 徐亮  刘振宇  吕全  梁军  张星耀  
松材线虫病是由松材线虫(Bursaphelenchus xylophilus)侵染引起的严重病害,引起重大的经济和生态损失。钙调素(CaM)是真核生物中Ca2+主要传导蛋白,本研究采用RT-PCR方法,首次从马尾松中克隆获得CaM,命名为pmCaM,并检测了其响应松材线虫侵染的表达特征。序列分析表明:pmCaM完整的开放阅读框核苷酸序列为450bp,编码149个氨基酸的蛋白质;该蛋白含有4个EF-hand结构域,具有钙调素的典型特征,与其它植物的CaM蛋白均有较高同源性。实时荧光定量PCR分析显示:接种松材线虫后30 180 min时间段,马尾松苗根、茎、叶器官中的pmCaM均下调表达,但不同...
[期刊] 上海海洋大学学报  [作者] 郑丽明  周发林  杨其彬  黄建华  邱丽华  苏天凤  杨丽诗  江世贵  
采用cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNAends,RACE)获得了1 672 bp的斑节对虾钙网蛋白(Penaeusmonodon calreticulin,PmCRT)基因cDNA序列。该序列包含37 bp的5'非编码区(UTR)和414 bp的3'非编码区(UTR)以及1 221 bp的开放阅读框(ORF),可编码406个氨基酸。预测的分子量约为46.8ku,理论等电点为4.13。序列比对分析表明PmCRT与中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)的相似性和同源性最高,分别为100%和98.8%。实时荧光定量PCR对组织表达...
[期刊] 林业科学研究  [作者] 黄国文  管天球  赵雨云  陈莫林  刘宏辉  
[目的]克隆油茶的SOC1同源基因(CoSOC1-like),分析其序列特征和表达模式及其蛋白进化。[方法]以3年生油茶嫩叶为材料提取RNA,利用RT-PCR和RACE方法克隆油茶的CoSOC1-like基因,用生物信息学工具分析其序列特征,用荧光定量PCR分析其表达模式,用基因瞬时表达法分析其蛋白的亚细胞定位。[结果]油茶CoSOC1-like基因的CDS全长为654 bp,推测蛋白质由127个氨基酸组成,蛋白分子量为24.958 kD,等电点(pI)为6.8,基因库的登录号为MT036382。CoSOC1-like具有植物Ⅱ型MADSbox基因的蛋白结构,且C末端含有MOTIF结构域,是一个MADS-box家族转录因子。CoSOC1-like蛋白有31个磷酸化位点,建立在二级结构基础上的CoSOC1-like蛋白的三级结构具有明显活性部位;CoSOC1-like基因瞬时表达分析表明,油茶CoSOC1-like蛋白定位于细胞核,符合转录因子的细胞核定位特征。系统进化分析表明:油茶CoSOC1-like与茶树SOC1-like蛋白聚类在同一个进化支上。荧光定量PCR分析表明:CoSOC1-like基因存在于油茶所有的器官中,尤其在花芽中的相对表达量最多。[结论]CoSOC1-like基因在油茶的花芽分化中起重要作用,也可能参与根、茎、叶和种子等器官的生长发育。本结果为进一步研究油茶成花的分子机制奠定了基础。
[期刊] 渔业科学进展  [作者] 沈淑芳  朱玲  李加琦  薛素燕  李阳  陈琼琳  毛玉泽  庄志猛  方建光  
通过cDNA末端快速扩增(Rapid amplification of c DNA ends,RACE)技术克隆得到魁蚶(Scapharca broughtonii)C型凝集素(C-type lectin,Sb-Lec1)基因,该基因全长为700 bp,其中,5′-UTR为29 bp,3′-UTR为167 bp,开放阅读框长度为504 bp,编码167个氨基酸,包括长度为23个氨基酸的信号肽序列、129个氨基酸的糖识别结构域(CRD)以及参与二硫键形成的6个半胱氨酸。预测蛋白分子量为19.11 k Da,
[期刊] 中国农业科学  [作者] 孙海龙  宋娟  高志红  倪照君  章镇  
【目的】从‘大嵌蒂’果梅中克隆PmKNAT2,并对其结构特征及表达模式进行分析,为研究果梅雌蕊败育的分子机理和分子育种奠定基础。【方法】在NCBI中查找与果梅相似性很高的桃KNOPE2(KNAT2的同源基因)序列(EF093491),根据桃的KNOPE2序列设计特异引物;采用改良CTAB法提取‘大嵌蒂’果梅花芽总RNA;通过RT-PCR和RACE技术获得基因cDNA序列全长;使用DNAMAN软件进行序列拼接;利用NCBI数据库中的BLASTn和BLASTp程序进行相似性分析;通过生物信息学方法分析结构特征;用DNAMAN软件分析基因的ORF和氨基酸序列;MEGA4.0软件进行系统进化树的构建;...
[期刊] 渔业科学进展  [作者] 熊钢  周先文  马晓  曾丹  陈贞年  康骊  王晓清  
为研究GHITM基因在中华鳖(Trionyx sinensis)胚胎发育及生长中的作用,本研究通过RT-PCR和RACE方法获得了中华鳖GHITM全长c DNA序列;采用实时荧光定量PCR对GHITM m RNA组织表达及不同温度孵化胚胎发育过程中的表达特性进行分析。结果显示,中华鳖GHITM c DNA序列长度为2650 bp,开放阅读框为1050 bp,5’非编码区为123 bp,3’非编码区为1477 bp,编码349个氨基酸,编码蛋白的等电点为10.01,分子量为37.12kDa。GHITM编码氨基酸序列由胞外区、跨膜区和胞内区组成,7个跨膜域组成跨膜区。GHITM编码氨基酸序列的同源性分析显示,中华鳖与锦龟(Chrysemys picta bellii)和绿海龟(Chelonia mydas)同属一个分支,3种鳄鱼构成一个分支,7种鸟类形成一个分支。实时荧光定量检测显示,GHITM基因在肝脏、肌肉和脑垂体中的表达水平较高,显著高于心脏、性腺、肠、肾脏和脾脏组织(P<0.05);低温胁迫孵化能显著抑制胚胎肝脏中GHITM基因的表达(P<0.05)。上述研究结果表明,GHITM基因与中华鳖生长和胚胎发育密切相关,其在中华鳖胚胎中的表达受孵化温度调节。本研究为探讨中华鳖胚胎发育和生长提供理论依据。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 刘峰  黄妤  郭清泉  张学文  李良勇  邓晶  谢玲玲  
【目的】分离苎麻尿苷二磷酸葡萄糖脱氢酶(UDPGDH)基因。【方法】通过简并引物RT-PCR结合RACE技术和半定量RT-PCR。【结果】成功克隆苎麻Boehmeria nivea(Linn.)Gaud.尿苷二磷酸葡萄糖脱氢酶(UDPGDH)基因cDNA序列,序列长1837bp,编码一480个氨基酸的蛋白质(GenBank No.EF178294)。半定量RT-PCR分析显示,UDPGDH在苎麻根、皮、茎和叶组织中均有表达,其表达量为茎>皮>叶>根,相对表达量依次为0.7075,0.3051,0.2651,0.1490。【结论】苎麻UDPGDH与其它植物相应序列具有较高同源性,在苎麻茎中有较高...
[期刊] 水产学报  [作者] 杨莹莹  张其中  李春涛  陈霞  朱成科  李超  
白细胞介素1β(interleukin-1β,IL-1β)作为炎症反应的关键介导物,通过开启基因的表达来调控免疫反应。为了丰富鱼类该基因的研究,实验采用RT-PCR和RACE-PCR技术,首次从鲇形目鱼类大鳍鳠中获得IL-1β基因cDNA的全序列。大鳍鳠IL-1β基因cDNA全长1 194 bp,包括3'非编码区域(UTR)为224 bp,5'UTR为82 bp,开放阅读框(ORF)为888 bp,编码296个氨基酸。预测的蛋白质分子量为33.843 43 ku,等电点为5.00。与斑点叉尾等其他8种脊椎动物进行同源性分析发现,大鳍鳠IL-1β氨基酸序列与斑点叉尾相似性最高,为79.0%,与原...
[期刊] 水产学报  [作者] 许宝红  肖真明  肖调义  陈开健  刘巧林  周伟  刘敏  姚一彬  
Dmrt2是参与性腺发育最古老的发育基因家族Dmrt家族成员之一,在维持胚胎组织的正常发育、精子的发生、神经系统和感觉器官发育等方面起重要作用。目前在哺乳动物人类、鸟类红原鸡以及水生动物青鳉中都克隆到Dmrt家族成员并证明其与性腺和生长发育的密切相关性。研究采用RACE方法克隆了大鲵Dmrt2基因全长cDNA序列共2 026 bp,开放阅读框长1 581 bp,5′非编码区长58 bp,3′非编码区长387 bp,基因序列提交GenBank的登录号为FJ859987。该基因编码蛋白含526个氨基酸,依生物信息学方法预测该氨基酸为非跨膜蛋白,无信号肽,定位在细胞质内,无分泌蛋白。CDD数据库分析...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 丁为群  梁宏伟  邹桂伟  王晓阳  曹磊  刘迪秋  李忠  
【目的】克隆鲢胰岛素样生长因子结合蛋白1(IGFBP-1)基因,分析其编码蛋白的结构与功能,并分析低氧胁迫下该基因在鲢肝脏中的表达情况。【方法】采用cDNA末端快速扩增技术(Rapid amplification of cDNAends,RACE)扩增鲢IGFBP-1基因的全长cDNA,通过半定量RT-PCR法对鲢肌肉、心脏、脑、肾脏、肝脏、腮和脾等组织器官IGFBP-1mRNA的表达水平进行检测,利用Real-time PCR法检测急性低氧胁迫0,2,4,6,8,10和12h后鲢肝脏组织中IGFBP-1表达量的变化。【结果】鲢IGFBP-1全长cDNA为1 081bp,具有73bp的5′非编...
[期刊] 水产学报  [作者] 王瑶  杨志刚  郭子好  姚琴琴  曾奇韬  杨筱珍  成永旭  
根据陆地蟹RXR基因保守区序列设计上下游引物,采用逆转录聚合酶链反应(RTPCR)以及cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆中华绒螯蟹RXR基因并进行各组织间的表达分析。序列分析表明,中华绒螯蟹RXR cDNA全长1 517 bp,编码433个氨基酸。经BLASTn和BLASTx分析表明,中华绒螯蟹RXR基因的氨基酸序列与陆地蟹RXR基因的氨基酸序列相似性最高,为96%。系统进化树分析显示,中华绒螯蟹RXR的氨基酸序列与陆地蟹RXR聚为一支。荧光定量PCR结果显示,RXR在所有检测的组织中均有表达,且在中华绒螯蟹Y器官中表达量最高,肝胰腺、鳃和肌肉中少量表达,心脏、胃、肠、胸神经节和脑神经节...
[期刊] 华北农学报  [作者] 卢其能  杨清  却志群  黄友明  
设计简并引物,用RT-PCR法从马铃薯野生种(Solanum pinnatisectum)克隆到了CHS(Chalcone synthase,查尔酮合酶)基因的全长cDNA,并用半定量RT-PCR法进行了表达分析。序列分析表明,CHS基因编码一个389个氨基酸残基的多肽,在氨基酸水平上与其他茄科植物的同源性达到89%~93%,多重比较和系统发育分析均表明该基因为CHS家族中的一个新成员;检测了CHS基因的空间表达模式,该基因在花和匍匐茎中表达量最高,在根和块茎中没有检测到,这与花和匍匐茎呈淡紫色有花色苷合成,而根和块茎呈白色无花色苷合成是相一致的;发现在块茎中CHS受光诱导表达,光照后的第3天...
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