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[期刊] 林业科学研究
[作者]
钟雅婷 邹东霞 廖旺姣 黄宁 罗辑
[目的]植食性昆虫肠道微生物的多样性与其食物密切相关,本研究通过探讨油桐尺蛾(Buzura suppressaria)幼虫肠道菌群及其取食的桉树叶内生菌群的多样性,分析两者之间的关系。[方法]利用Illumina Miseq技术对油桐尺蛾5龄幼虫肠道和桉树叶部内生的细菌16s rDNA和真菌ITS rDNA进行测序,分析油桐尺蛾肠道和桉树叶部内生的细菌和真菌的多样性和丰度。[结果]油桐尺蛾肠道细菌共注释到6门、11纲、19目、38科、43属,真菌共注释到8门、29纲、67目、159科、257属;桉树叶部内生细菌共注释到10门、19纲、26目、54科、74属,真菌共注释到8门,31纲,79目,171科,291属。桉树叶内和油桐尺蛾肠道中均发现桉树主要病害病原菌所属菌属,分别为炭疽菌属(Colletotrichum)、假单胞菌属(Pseudomonas)、假尾孢属(Pseudocercospora)、短梗霉属(Aureobasidium)、壳针孢属(Septoria)、毛色二孢属(Lasiodiplodia)、新壳梭孢属(Neofusicoccum)。[结论]油桐尺蛾肠道的细菌、真菌的多样性和丰度与桉树叶之间存在差异,桉树叶对油桐尺蛾肠道微生物的群落结构有重要影响,而携带某些病原菌的油桐尺蛾啃食或其排泄物接触可能是导致该病原菌侵染健康桉树叶的原因。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
钟雅婷 邹东霞 廖旺姣 赵鹏飞 黄宁 罗辑
【目的】轮斑病是桉树的常见叶部真菌病害。本研究探讨健康和轮斑病害桉树叶内生真菌群落的结构差异，并筛选对轮班病菌具有拮抗作用的菌株。【方法】采用Illumina Miseq技术对健康和轮斑病害桉树叶内生真菌ITS rDNA进行测序，分析两组样品内生真菌的多样性和丰度。采用平板对峙法检测本实验室保存菌株对轮斑病菌生长的影响，并用PCR法验证抗病菌株是否存在于健康和病害叶片中。【结果】生物信息学分析结果表明健康桉树叶的内生真菌共注释到2门、15纲、55目、139科、238属、300种；轮斑病害桉树叶共注释到2门、12纲、55目、88科、130属、183种。轮斑病害桉树叶内生真菌群落多样性和优势菌种的集中程度均较健康叶片无显著改变，处于相对稳定的状态。而轮斑病害桉树叶内生真菌群落丰度较健康叶显著降低，两组叶片中真菌群落结构和组成存在较大差异。病害和健康桉树叶内均存在轮斑病菌Coniella eucalyptorum、花斑病菌Aureobasidium pullulans和枝枯病菌Lasiodiplodia theobromae，其中轮斑病菌为病害叶内的优势真菌。平板对峙试验结果发现，本实验室保存的菌种中，仅有贝莱斯芽孢杆菌Bacillus velezensis对轮班病菌具有较强的拮抗作用。用PCR分别扩增轮斑病害和健康桉树叶基因组DNA中的GyrA基因片段，PCR产物的琼脂糖凝胶电泳结果表明B.velezensis仅存在于健康桉树叶内，而在轮斑病害桉树叶中未能检测到。【结论】桉树叶部内生真菌的群落结构可能受轮斑病菌侵染的影响，导致染病叶内生真菌群落的丰度下降；而贝莱斯芽孢杆菌对桉树轮斑病菌的生长具有一定的拮抗作用，有望成为一种新的针对桉树轮斑病的生物防治方法。本研究为明确桉树轮斑病的成因和开发轮斑病生防制剂提供了一定的理论和实验依据。
关键词：
桉树 轮斑病 内生真菌 贝莱斯芽孢杆菌
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
钟雅婷 邹东霞 廖旺姣 赵鹏飞 黄宁 罗辑
【目的】轮斑病是桉树的常见叶部真菌病害。本研究探讨健康和轮斑病害桉树叶内生真菌群落的结构差异，并筛选对轮班病菌具有拮抗作用的菌株。【方法】采用Illumina Miseq技术对健康和轮斑病害桉树叶内生真菌ITS rDNA进行测序，分析两组样品内生真菌的多样性和丰度。采用平板对峙法检测本实验室保存菌株对轮斑病菌生长的影响，并用PCR法验证抗病菌株是否存在于健康和病害叶片中。【结果】生物信息学分析结果表明健康桉树叶的内生真菌共注释到2门、15纲、55目、139科、238属、300种；轮斑病害桉树叶共注释到2门、12纲、55目、88科、130属、183种。轮斑病害桉树叶内生真菌群落多样性和优势菌种的集中程度均较健康叶片无显著改变，处于相对稳定的状态。而轮斑病害桉树叶内生真菌群落丰度较健康叶显著降低，两组叶片中真菌群落结构和组成存在较大差异。病害和健康桉树叶内均存在轮斑病菌Coniella eucalyptorum、花斑病菌Aureobasidium pullulans和枝枯病菌Lasiodiplodia theobromae，其中轮斑病菌为病害叶内的优势真菌。平板对峙试验结果发现，本实验室保存的菌种中，仅有贝莱斯芽孢杆菌Bacillus velezensis对轮班病菌具有较强的拮抗作用。用PCR分别扩增轮斑病害和健康桉树叶基因组DNA中的GyrA基因片段，PCR产物的琼脂糖凝胶电泳结果表明B.velezensis仅存在于健康桉树叶内，而在轮斑病害桉树叶中未能检测到。【结论】桉树叶部内生真菌的群落结构可能受轮斑病菌侵染的影响，导致染病叶内生真菌群落的丰度下降；而贝莱斯芽孢杆菌对桉树轮斑病菌的生长具有一定的拮抗作用，有望成为一种新的针对桉树轮斑病的生物防治方法。本研究为明确桉树轮斑病的成因和开发轮斑病生防制剂提供了一定的理论和实验依据。
关键词：
桉树 轮斑病 内生真菌 贝莱斯芽孢杆菌
[期刊] 中国农业科学
[作者]
邹昌瑞 魏国清 刘朝良 朱保建 王在贵 杨文静
【目的】研究柞蚕肠道菌群结构及产酶菌,探寻具有新的生理功能的微生物,用于研制微生态制剂,以提高柞蚕生产的叶丝转化率及抗病能力。【方法】采用培养法分离柞树叶饲喂的5龄柞蚕幼虫肠道细菌,通过生理生化特性结合16S rDNA系统发育分析,对其肠道细菌群落类型进行鉴定,采用筛选培养基筛选产纤维素酶、蛋白酶、脂肪酶的菌株。【结果】获得的柞蚕肠道菌有芽孢杆菌、葡萄球菌、肠杆菌,其中以芽孢杆菌为主要菌群。芽孢杆菌是肠道菌中产纤维素酶、蛋白酶的主要菌群;葡萄球菌产蛋白酶能力较弱;肠杆菌不产酶。【结论】柞蚕肠道菌与家蚕肠道菌群结构相似,筛选出的产酶菌活性较高,可以制备微生态制剂用于蚕业生产。
关键词：
柞蚕 肠道菌 菌群结构 产酶菌
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
周金敏 吴志新 曾令兵 王树云 毕鹏 陈孝煊
对黄颡鱼肠道及所处水体菌群的数量和组成进行了分析。结果显示,黄颡鱼各肠段中好氧和兼性厌氧菌数量的对数值分别为5.27±0.74、6.26±0.36、7.56±0.61。厌氧菌数量远大于好氧和兼性厌氧菌,相差约2～3个数量级,双歧杆菌为厌氧菌的优势菌。养殖水体中细菌数量的对数值为4.80±0.73,表明水体中营养盐浓度不高。黄颡鱼肠道与养殖水体中的优势菌基本相同,均为气单胞菌属、肠杆菌科和不动杆菌属。此外,对患细菌性出血病的黄颡鱼肠道菌群的研究结果显示,患病鱼肠道细菌数量显著增加,气单胞菌相比健康黄颡鱼增加18.3%～33.6%,细菌种类明显减少。表明气单胞菌等重要条件致病菌需要在一定条件下、达...
关键词：
黄颡鱼 肠道 水体 菌群
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
时云朵 孙豪
采用PCR–DGGE和Q–PCR技术,分析黑眉锦蛇空肠、回肠和直肠中菌群的结构。结果显示:黑眉锦蛇空肠、回肠和直肠中菌群的多样性指数分别为2.84、3.14、2.69,均匀度分别为0.78、0.86、0.74,丰富度分别为17.20、23.40、14.80,且各肠段中均以厚壁菌门细菌和拟杆菌门细菌居多,总菌和厚壁菌门细菌、拟杆菌门细菌的丰度分别达10(8.07)、10(6.82)和10(6.30) CFU/g以上,梭菌属细菌、乳酸菌属细菌和Akkermansia细菌的丰度均达10(5.05)CFU/g以上
关键词：
黑眉锦蛇 肠道菌群 微生态 益生菌
[期刊] 水产学报
[作者]
尚碧娇 左志晗 窦春萌 李文悦 孙金生
为分析荚膜红细菌和蜡样芽孢杆菌2株益生菌对凡纳滨对虾肠道菌群结构的影响,本实验对凡纳滨对虾进行为期30 d的养殖饲喂实验,饲喂后期利用高通量测序凡纳滨对虾肠道微生物的16S rDNA V4区,来分析不同益生菌饲喂后凡纳滨对虾肠道菌群的结构特征,并结合对虾体质量增加率和攻毒后累计死亡率的宏观指标来进行分析。结果显示:(1)空白组(CK)、荚膜红细菌组(Rc)和蜡样芽孢杆菌组(Bc)样品OTU范围为374～506,其中CK组对虾肠道菌群OTU数量最低,饲喂益生菌后的2组对虾肠道菌群中OTU数量相对较高;(2)在门分类水平上,3组的变形菌门数均为最多,CK组主要为变形菌门和少量拟杆菌门,Bc组主要有变形菌门、拟杆菌门、无壁细菌门、厚壁细菌门和假单胞菌,Rc组主要是变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、酸杆菌门、放线细菌、梭杆菌门和蓝细菌;(3)稀释曲线和Shannon指数结果可见,CK组样品物种丰度和复杂度最低,且Bc组样品丰度和复杂度相对较高;(4)PCA分析发现,Rc组和CK组样品微生物组成较为接近,结合宏观对虾体质量增加率和攻毒后累计死亡率的结果分析,可见相较于荚膜红细菌,蜡样芽孢杆菌对凡纳滨对虾肠道微生物菌群影响更显著,且益生效果更佳。研究表明,饲喂益生菌可以扩增对虾肠道微生物菌群丰度,并能抑制弧菌属等有害菌群的生长,提高对虾体质量增加率并降低死亡率,从而达到益生效果,其中以饲喂蜡样芽孢杆菌菌株效果更佳。
[期刊] 水产学报
[作者]
张正 廖梅杰 李彬 王印庚 王岚 荣小军 陈贵平
为研究疾病发生情况下鱼类肠道菌群的结构变化,运用高通量测序方法分别对感染腹水病和皮肤溃疡病的工厂化养殖半滑舌鳎病鱼及同一养殖系统中健康鱼的肠道菌群结构进行了对比分析。结果发现,养殖半滑舌鳎肠道中的细菌种类要明显少于环境中的细菌种类,仅为养殖池进水和颗粒饲料中细菌种类总数的14.3%~44.7%。在疾病发生后,病鱼肠道中的细菌种类数量仅是同一养殖系统中健康鱼肠道细菌种类数量的45.8%和64.5%,病鱼肠道中细菌多样性下降非常明显。进一步分析肠道菌群结构的组成发现,虽然发病鱼和健康鱼肠道中超过60%的细菌种类不相同,但优势菌群的结构组成差异不明显,丰度最高的前10种细菌种类基本相同,其比例超过肠...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李文红 向立刚 郑苹 李凤良 汪汉成 余知和
【目的】探究溴氰虫酰胺胁迫对小菜蛾肠道酶活、微生物菌群、相关功能基因及抗性基因的影响，为双酰胺类杀虫剂处理小菜蛾肠道微生物的结构和功能研究提供参考。【方法】采用宏基因组测序技术研究浓度为0.15 mg/L溴氰虫酰胺浸叶饲喂小菜蛾后其肠道微生物群落结构及其功能的变化情况。【结果】溴氰虫酰胺浸叶饲喂后小菜蛾肠道中羧酸酯酶和谷胱甘肽-S-转移酶活性显著增高，而多功能氧化酶活性显著降低。溴氰虫酰胺未处理与处理小菜蛾肠道的微生物分别注释到34和35个门、66和64个纲、120和125个目、200和214个科、261和294个属、347和401个种，其中微孢子门（Microsporidia）、厚壁菌门（Firmicutes）为处理与对照组的共有优势菌门，小孢子虫属（Nosema）、肠球菌属（Enterococcus）为处理组与对照组的共有优势菌属，但溴氰虫酰胺处理后2种优势菌属的相对丰度均有降低。小菜蛾肠道微生物在eggNOG与KEGG数据库中分别注释到11682和6437个功能基因，分布于水化合物转运与代谢、翻译后修饰、蛋白质翻转、遗传信息处理等功能类群；在CAZy和CARD数据库中分别注释到410个碳水化合物活性酶基因及18类311个抗生素耐药性本体。溴氰虫酰胺处理改变了肠道微生物菌群的代谢功能，其在eggNOG与KEGG数据库、CAZy数据库中及CARD数据库中可注释的功能基因均增加，分别为15432和8591个功能基因、577个碳水化合物活性酶基因及22类419个抗生素耐药性本体。【结论】溴氰虫酰胺浸叶处理增加小菜蛾肠道羧酸酯酶和谷胱甘肽-S-转移酶活性、降低多功能氧化酶活性，降低肠道优势细菌的相对丰度，但增加碳水化合物活性酶基因、抗生素耐药性等功能基因的数量。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈慧洁 郭朦朦 冯丽贞 林燕萍 许诺 邹霖湘
对桉树(Eucalyptus spp.)叶片蛋白质的提取方法、溶解方法、溶解条件和上样量进行了优化.结果表明,TCA/丙酮沉淀/苯酚抽提法是桉树叶片蛋白质样品制备的最优方法;裂解缓冲液Ⅰ(7 mol·L-1尿素+2 mol·L-1硫脲+0.04 g·m L-1CHAPS+60 mmol·L-1DTT+0.5%(体积分数)IPG Buffer)可保证蛋白质样品的溶解,较适用于桉树叶片蛋白裂解;对于18 cm、p H 4-7的线性胶条,当每根胶条上样量为50μg时,采用银染可得到质量较高的2-DE图谱.
关键词：
桉树 叶片 双向电泳 优化
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘增新 柳学周 史宝 徐永江 刘权
采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术和生物信息学分析方法,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)工厂化人工育苗模式下仔稚幼鱼阶段6个不同发育时期18个样品的16S rRNA基因测序文库,共获得7462个OTU(Operational Taxonomic Unit),分类为42个菌门972个菌属。对肠道菌群的形成过程及结构多样性变化分析显示,牙鲆初孵仔鱼的菌群组成多样性丰富,体内的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Ba
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
高思源 陈丝雨 王凡 夏兆飞
为全面、客观分析犬猫肠道菌群研究的发展脉络和热点方向，本研究采用文献计量学方法，检索Web of Science核心数据库近20年关于犬猫肠道菌群的文章，应用软件Citespace、VOSviewer和Microsoft Excel对发文量、发文时间、发文国家和机构、发文作者、发文期刊、文献共被引频次和关键词进行分析。结果表明：1）在犬猫肠道菌群领域，近20年Web of Science共发表相关文献413篇，且发文量呈逐年上升趋势。2）美国得克萨斯A&M大学是发文最多的机构，形成了以学者Suchodolski和Swanson为核心的学术共同体；PLOS ONE是发文量最多的期刊。3）研究方向可分为4方面，分别是营养素对犬猫肠道菌群的影响、益生菌对犬猫肠道菌群的影响、疾病和犬猫肠道菌群紊乱的相关性以及肥胖和犬猫肠道菌群的相关性。犬猫食物补充剂如何通过调控肠道菌群进而提高健康水平是未来研究的关注重点。综上，近年来犬猫肠道菌群相关研究正逐步受到研究者的关注，本研究为改善犬猫的健康水平和生活质量提供重要的参考依据。
关键词：
犬 猫 肠道菌群 文献计量学 研究热点
[期刊] 水产学报
[作者]
郁二蒙 张振男 夏耘 谢骏 王广军 余德光
为了探究投喂冰鲜杂鱼和人工配合饲料对大口黑鲈肠道菌群的影响,本研究采用变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE)对摄食不同饵料的2组鲈鱼肠道内容物的细菌群落结构进行了比较分析。结果显示,冰鲜组与饲料组的大口黑鲈肠道菌群组成相似性较低(相似性24%),且冰鲜组肠道菌群多样性高于饲料组。对2组大口黑鲈中共有条带和特异性条带进一步测序分析显示,2组大口黑鲈肠道共有菌有红螺菌、梭菌、保科爱德华菌、嗜麦芽窄食单胞菌和蓝细菌。冰鲜组大口黑鲈肠道中的特异性菌归属为拟杆菌、肉食杆菌、魏斯氏菌和邻单胞菌;饲料组大口黑鲈肠道中的特异性菌归属为黄杆菌、鲸杆菌、柠檬明串珠菌、缺陷短波单胞菌。研究表明,与投喂冰鲜杂鱼的大...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
茹文红 郑晓婷 段亚飞 董宏标 刘青松 张家松
采用Illumina MiSep高通量测序技术,比较室内养殖条件下巴里坤卤虫(Artemia parthenogenetica)在无节幼虫期(S1)、后无节幼虫期(S2)、拟成虫期(S3)和成虫期(S4)的肠道菌群结构特征。结果显示:1)在门水平上,变形菌门和厚壁菌门为各发育时期优势菌群,拟杆菌门和放线菌门相对丰度随发育进行逐渐增加。2)在纲水平上,无节幼虫期优势菌群为α-变形菌纲,而后无节幼虫期、拟成虫期和成虫期为γ-变形菌纲。3)在属水平上,假单胞菌属相对丰度随发育进行呈递增趋势,而微小杆菌属相对丰度处于波动状态。结果表明,巴里坤卤虫不同发育时期的肠道菌群结构存在明显差异。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李辰钰 李乐康 高小平 孔赤平 许群 张宝 鲍宝龙 龚小玲
为了探究鄱阳湖刀鲚（Coilia nasus）和短颌鲚（Coilia brachygnathus）的来源地，采集了长江干流、鄱阳湖、长江口和嵊泗海域，不同月份样本，运用16s rRNA高通量测序法，比较分析了它们肠道微生物差异，结果显示，（1）刀鲚不同群体之间，3月份彭泽段样本的肠道菌群丰富度显著高于鄱阳湖、青草沙和嵊泗的；PCoA 分析结果显示，4月份鄱阳湖刀鲚（PC-4）有一组样本以及青草沙的样本菌群组成与嵊泗（SC-3）的相似度高，提示它们可能是从嵊泗洄游而来。（2）在短颌鲚不同采样群体之间，不同水域短颌鲚肠道菌群差异较大，同一水域不同月份之间的差异较小，而5月份鄱阳湖短颌鲚的肠道菌群和其余月份显著不同，提示其可能从不同地方洄游而来。（3）鄱阳湖短颌鲚肠道菌群平均丰富度和多样性均高于鄱阳湖刀鲚的。以上肠道微生物组成分析表明，鄱阳湖的刀鲚和短颌鲚群体肠道菌群的分析结果看，它们可能都存在洄游群体。
关键词：
刀鲚 短颌鲚 鄱阳湖 肠道微生物 洄游
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