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[期刊] 林业科学
[作者]
钮世辉 袁虎威 陈晓阳 李伟
生殖调控是针叶树种遗传改良与良种生产过程中的重要环节,已经有许多实践经验积累,然而对其中雌雄球花发育及调控的分子生物学基础研究仍相当匮乏。以油松多个体多组织样本均一化cDNA文库为材料,通过转录组测序,获得46 584个油松单基因簇;基于这些基因信息,设计并定制油松表达谱芯片;通过对雌雄球花基因表达芯片分析,筛选到2 460个在球花发育后期显著差异表达的基因,其中1 309个在雄球花优势表达,1 151个在雌球花优势表达。分别从雄球花与雌球花优势表达的基因中各挑选1个表达水平差异超过800倍的基因,由于其功能未知,分别命名为MCE1(Male Cone Expressed 1)与FCE1(Fe...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
金刚 唐向民 周琼 陈鹏 周瑞阳
利用Agilent棉花寡核苷酸表达谱芯片,以2个同核异质的红麻材料P3A和P3B为试材,分析了棉花表达谱芯片应用于红麻表达谱研究的可行性。结果表明:芯片杂交扫描图像信号清晰,信噪比较高,整体背景较低,各阳性质控点信号均匀一致,空白点和阴性质控点信号低。P3A在棉花的寡核苷酸芯片上共检测到37 640个表达位点,占芯片总位点的85.93%;P3B在棉花的寡核苷酸芯片上共检测到37 629个表达位点,占芯片总位点的85.90%。34 290个探针在不育系和保持系中均具有显著的杂交信号,占总探针数43 803的78.28%。表明红麻花药cRNA与棉花表达谱芯片上寡核苷酸探针之间的远缘杂交非常有效,用...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
张华新 李军 李国锋 沈熙环
于１９８５～１９９５年在河南省卢氏县油松种子园连续观测了３１个无性系的雌雄球花产量，结果表明，雌、雄球花量无性系间差异达极显著水平，两者无性系重复力在分析的６ａ中分别高于６５．１２％和８６．４９％。无性系雌、雄球花量与年度的互作效应亦达到极显著水平，其方差分量分别为１２．０３％和３７．９４％。由于雌、雄球花量存在大小年现象，无性系选择尚须在稳定性筛选的基础上进行。不同无性系雌、雄球花量年份稳定性差异大，所分析的３１个无性系中，雌、雄球花量稳定的无性系各有２０和２２个，因此，选择花量大且稳定的无性系建园是可能的。此外，还就雌、雄球花量变异对球果中饱籽和空籽数及种子遗传组成的影响作了讨论
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵紫霞 许建 白庆利 杨世勇 蒋立坤 陈葆华 Palti Yniv Gao Guangtu 徐鹏
本研究旨在对国内虹鳟(Oncorhynchus mykiss)代表性养殖群体开展全基因组水平的遗传评估。利用57K单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,检测了来自不同地域的6个虹鳟养殖群体样本共计48尾,包括黑龙江虹鳟、黑龙江金鳟、四川虹鳟、四川金鳟、北京虹鳟和北京金鳟,共获得有效SNP位点50201个,在中国虹鳟中的多态比例达到97.7%,表明该芯片虽然基于美国和挪威虹鳟群体设计,但对中国群体同样具有良好的适用性。各群体最小等位基因频率均值为0.240~0.267,与国外主流养殖群体相近,黑龙江虹鳟、四川虹鳟和北京虹鳟群体内遗传多样性丰富,多态位点比例为83.6%~84.9%,与国外主流养殖群体相近,而黑龙江金鳟、四川金鳟和北京金鳟,多态位点比例相对较低,在60.2%~76.9%范围内。应用6个中国虹鳟群体和2个美国虹鳟群体数据开展系统发育分析、主成分分析和群体遗传结构STRUCTURE分析,结果显示8个群体可分为3个祖源类群,其中3个金鳟群体为遗传联系较紧密的一个类群,黑龙江虹鳟和北京虹鳟为一个类群,而四川虹鳟与2个美国虹鳟群体为一个类群,部分中国养殖群体中有显著离群个体存在,表明群体遗传背景不均一。本研究表明,高密度SNP芯片在我国虹鳟养殖群体遗传分析中具有广泛的应用前景,能够为种质资源评估、本土化良种培育、制种和引种工作提供基因组水平的参考信息。
关键词：
虹鳟 SNP芯片 遗传多态性 群体结构
[期刊] 西南农业学报
[作者]
吴萍 王晓宇 李青苗 郭俊霞 张松林 方清茂
【目的】为获得白芷转录组序列信息,了解不同产地间白芷的差异表达基因情况。【方法】以白芷根为研究对象,采用Illumina HiSeq X Ten平台对不同产地白芷进行高通量转录组测序,并对其差异表达基因进行筛选和分析。【结果】川白芷产地间、亳白芷产地间及川白芷与亳白芷间的差异基因总数分别为2686、1704、11 549条,分别被GO富集注释11 038、434、5604条,差异基因的主要功能与细胞组成、细胞、细胞器、结合、催化活性、细胞过程及代谢过程有关。KEGG通路分类显示,差异表达基因被分为4大类,24个小类,所在通路主要与代谢过程相关。与白芷主要化学成分香豆素和挥发油合成相关的4-香豆酸连接酶、丙氨酸氨解酶、3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶在川白芷中表达量升高,1-脱氧-D-木糖-5-磷酸合成酶、脱氢多萜醇焦磷酸合成酶在川白芷中表达量降低。【结论】通过转录组测序分析了不同产地白芷根基因差异表达状况,为白芷药材道地性品质的形成提供了理论依据。
关键词：
白芷 转录组测序 差异表达基因
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
牛付安 曹黎明 储黄伟 程灿 周继华 罗小金 顾永平 袁勤 罗忠永
［目的］本文旨在研究水稻籼粳交杂种优势的分子基础。［方法］利用Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ水稻表达谱芯片分析了强优势水稻籼粳交组合‘申９Ａ／繁３１’与母本‘申９Ａ’和父本‘繁３１’在幼穗分化初期剑叶组织的基因表达差异，并对差异表达基因进行了基于生物学过程的ＧＯ（Ｇｅｎｅ ＯｎｔＯｌＯＧｙ）功能分类和代谢通路分析。［结果］幼穗分化初期杂种与双亲的表型已经产生了明显差异；共有２ ２５８个基因在杂种与亲本之间差异表达（差异倍数≥２或≤０．５），杂种与双亲均显示差异表达的基因有３２７个，杂种与父本之间的差异表达基因远多于母本。杂种差异表达基因具有多种表达模式，具有正效应基因的增强表达和具有负效应基因的抑制表达．．．
关键词：
水稻 表达谱芯片 杂种优势 分子基础
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
牛付安 储黄伟 程灿 周继华 罗小金 曹黎明 袁勤 罗忠永
[目的]为了研究水稻籼粳交杂种优势的分子基础,[方法]利用Affymetrix水稻表达谱芯片分析了强优势籼粳交水稻组合“申9A/繁31”与母本“申9A”和父本“繁31”在幼穗分化初期剑叶组织的基因表达差异,并对差异表达基因进行了基于生物学过程的GO(Gene Ontology)功能分类和代谢通路分析。[结果]幼穗分化初期杂种与双亲的表型已经产生了明显差异;共有2258个基因在杂种与亲本之间差异表达(差异倍数≥2或≤0.5),杂种与双亲均显示差异表达的基因有327个,杂种与父本之间的差异表达基因远多于母本。杂种差异表达基因具有多种表达模式,具有正效应基因的增强表达和具有负效应基因的抑制表达对杂种...
关键词：
水稻 表达谱芯片 杂种优势 分子基础
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘建军 赵瑜 鲁琳 胡月新 刘慰华
赤霉素是一类重要的植物激素,在高等植物生长发育的各个阶段都具有重要的调控作用。利用突变体研究赤霉素代谢和信号转导途径是目前的研究热点。文章以水稻Affymetrix表达谱芯片的数据为例,应用生物信息学方法进行数据挖掘与研究水稻gid2-1突变体与野生型差异表达基因,初步探讨赤霉素信号途径相关基因的表达调控网络。
关键词：
水稻 赤霉素 突变体 表达谱芯片
[期刊] 西南农业学报
[作者]
曾黎琼 张伟 段玉云 李援亚 程在全 黄兴奇
通过GenBank搜索已发布的花序发育基因序列,设计特异性的引物,采用PCR法扩增,获得了50个相应的基因片段,利用这些基因片段制备基因芯片。应用此芯片与已标记的非洲菊cDNA杂交,比较分析了同一基因在非洲菊不同发育时期的表达情况和同一基因在不同肥料条件下的表达情况。选取基因NM118013、AJ009726和AJ554702分别进行了RT-PCR验证,结果与芯片检测一致。本研究揭示了非洲菊花序基因时空和营养因子作用下的表达规律,有助于了解非洲菊花序的生长发育机理,进而指导非洲菊的遗传育种。
关键词：
基因芯片 非洲菊 花序发育基因
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈聪 宋江波 孟刚 童晓玲 代方银 鲁成
【目的】鉴于sirtuin家族基因重要而多样性的功能,从家蚕全基因组中鉴定sirtuin家族基因,并进行基因结构、蛋白结构及其理化性质、基因进化、组织表达芯片分析及在不同组织中的定量表达情况分析,为研究家蚕sirtuin家族基因的功能和推动家蚕模式生物系统化的研究奠定基础。【方法】基于家蚕基因组数据库,通过生物信息学手段,利用比较基因组学方法,鉴定家蚕sirtuin家族成员;开放阅读框(ORF)的预测用ORFfinder进行;使用SIM4进行ORF的内含子和外显子的预测;用GSDS和ExPaSy在线工具分别进行基因结构图和蛋白序列理化性质的预测;用CLUSTAL_X软件进行多序列联配及对其二级...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王身昌 胡尚连 曹颖 徐刚
分析梁山慈竹及其体细胞突变体的转录组，挖掘功能基因并对其差异表达基因进行筛选和分析，为梁山慈竹遗传改良提供理论依据。利用ＲＮＡ－Ｓｅｑ技术进行转录组测序，对测序结果进行ｄｅ Ｎｏｖｏ拼接和功能注释；并对差异表达基因进行筛选及ＣｏＧ、Ｇｏ、ＫｅＧＧ数据库中进行比对注释，此外，基于ＳｗｉＳＳ－ＰＲｏｔ功能注释结果，分析纤维素和木质素相关功能基因的表达量差异。测序结果表明，共获得８６ ５７５ ６３１条ＲｅＡｄＳ，ｄｅ Ｎｏｖｏ组装得到８４ ７４１条ｕＮｉＧｅＮｅＳ，共有４９ ８２９条被ＮＲ、ＣｏＧ、Ｇｏ、ＫｅＧＧ、ＳｗｉＳＳ－ＰＲｏｔ注释。从梁山慈竹实生植株（对照）和体细胞突变体Ｎｏ．３０这２个测序．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
柳淑芳 马骞 马慧 孙中之 柳学周 庄志猛
为研究半滑舌鳎雌雄个体大小和生长速度差异悬殊的分子机理,采集来自同一亲本、同一发育阶段的半滑舌鳎雄鱼和雌鱼脑垂体,分别与Affymetrix的斑马鱼基因芯片杂交,筛选差异表达基因。芯片杂交结果显示二者共有1 051个基因检测到明显的杂交信号,其中上调基因486个,下调基因561个。进一步比较雄鱼和雌鱼杂交信号的比值(Ratio值),有39个基因的Ratio值小于0.6或大于1.5,其中sh3gl1b、meis2.1、acta1、Noxa、slc25a5这5种上调基因和col1a2、klf7、acta2这3种下调基因可能与半滑舌鳎雌雄生长差异相关。这一结果为深入研究半滑舌鳎雌雄性别分化与生长调控...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
束婧婷 姬改革 单艳菊 章明 肖芹 屠云洁 盛中伟 张笛 邹剑敏
【目的】肌纤维类型的差异是直接影响肌肉生长发育和肉品质的重要因素,红肌纤维比例高的肌肉肉品质要显著优于白肌纤维比例高的肌肉,然而,目前对于鸡骨骼肌纤维类型形成及转换的分子调控机制尚不明确。本究以中国优良的地方品种清远麻鸡为研究对象,首次对其骨骼肌中不同类型肌肉的转录组差异进行了研究,以期挖掘在鸡肌纤维生成和类型转换中发挥调控作用的关键因子。【方法】采用Agilent鸡全基因组表达谱芯片对清远麻鸡骨骼肌表型差异较大的比目鱼肌和趾长伸肌中与肌纤维类型组成和转换相关的候选基因进行系统筛查,采用荧光定量PCR对芯
[期刊] 华北农学报
[作者]
徐维华 郑秋玲 刘万好 沙玉芬 范书亭 唐美玲
为了研究FT/TFL类基因山葡萄雌花和雄花中的表达模式,以山葡萄3个雄花品系和3个雌花品系为材料,根据Gen Bank上已经发表的3个葡萄FT/TFL类基因设计引物,利用实时荧光定量PCR技术研究Vv FT、Vv TFL1A和Vv TFL1B这3个基因在山葡萄雌花和雄花中的表达。3个基因在山葡萄雌花和雄花中都有表达。Vv FT基因在雌花中的表达量显著高于雄花。而Vv TFL1A和Vv TFL1B这2个基因在雄花中的表达量略高于雌花。Vv FT基因的表达高峰出现在花序刚开始展露期(5月14日);而Vv TFL1A和Vv TFL1B表达高峰出现在芽体膨大期(4月30日)。结果表明,这两类基因在山葡...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵宝存 赵芊 葛荣朝 沈银柱 黄占景
【目的】研究小麦在不同盐胁迫时间下根部基因的应答反应。【方法】利用基因芯片技术,分析盐胁迫下耐盐小麦RH8706-49的小麦根部基因的表达情况。【结果】获得了61215个小麦基因的差异表达图谱。在不同盐胁迫时间下大量根部基因的表达发生很大变化,即有盐诱导表达的基因,也有盐抑制表达的基因,同时对杂交数据进行多种聚类分析,并对基因表达差异的原因进行了初步分析。【结论】小麦耐盐机理非常复杂,是大量基因协调表达的结果,其中盐诱导表达基因的作用非常重要。
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