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[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
安俊 郑彩霞 姚阳 陈彬丽
为利用微卫星分子标记技术进一步研究油松胚珠发育分子调控机制以及微卫星对油松胚珠发育的影响，本文以前期高通量测序结果为基础，用ＭＩＳＡ软件对所获得的转录组数据进行ＳＳＲ位点的发掘和分析，为后续研究提供重要信息资源和数据保障。得到的１ ４１２个ＳＳＲ位点存在于１ ２７４条序列中，平均每２．１５ ｋｂ出现一个ＳＳＲ。油松胚珠转录组微卫星中存在８７种重复基元，其中（Ａ／Ｔ）ｎ比例最高，约占４５．８９％；出现频率较高的重复类型是单核苷酸（４６．８８％）和三核苷酸（３４．９９％）重复。所得微卫星多为长度
关键词：
油松 胚珠 转录组 微卫星
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
魏琦琦 林青 贾宝光 吴炼 李承想 张琳
运用Illumina测序平台的RNA-seq技术对中秋酥脆枣的花、果实和枣吊进行了转录组测序,并对测序获得的Unigene进行微卫星特征分析。经序列组装和拼接,共获得34 587个Unigene,运用Misa软件分析发现12 624个微卫星。在所得转录组序列的单碱基至五碱基微卫星中,以单碱基微卫星最多(6 314个,50.02%),并以A/T(6 217个,98.46%)为主要重复单元;二碱基微卫星(3 335个,26.42%)次之,其中以AG/CT(2532个,75.92%)类型最多;再次是三碱基微卫星(2 871个,22.74%);最后是四碱基和五碱基微卫星,二者仅占所有微卫星信息的0.8...
关键词：
枣 转录组测序 RNA测序 微卫星特征
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
乔雨 石凤翎 张雨桐 钱亚斯 闫伟 伊风艳
[目的]对蒙农红豆草花瓣转录组微卫星SSR特征进行分析,为开发新的分子标记及探明各类性状的遗传机制研究奠定基础。[方法]以蒙农红豆草突变群体中浅色花瓣和紫红色花瓣(对照)为试验材料,通过Illumina HiSeq~(TM) 2000对其进行高通量测序和组装,利用MISA软件对其所有Unigene进行SSR搜索,并对SSR分布及其序列特征进行分析。[结果]在蒙农红豆草转录组数据中共获得53 009条Unigene,其中6 202条Unigene上分布了8 175个SSR位点,每5.86 kb就有1个SSR位点;重复基元数量以三核苷酸为主(49.13%),二核苷酸次之(22.07%);在284种重复基元中以AG/CT类型最高(16.16%),其次为AAG/CTT(14.30%);三核苷酸基元重复次数种类最多(11种),二核苷酸次之(10种)。随着基元重复次数的增加,核苷酸数量减少。蒙农红豆草SSR长度为12～441 bp,主要集中在12～24 bp,其中具有高度多态性潜能的SSR(长度≥20 bp)有3 130条(38.29%)。[结论]蒙农红豆草SSR位点出现频率高、基元类型丰富、分布密度大、多态性潜能高,在红豆草基因定位和分子标记辅助育种等方面具有较大的应用价值。
关键词：
蒙农红豆草 花瓣转录组 微卫星SSR
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
管奥 毋玉婷 陈宇 孙扬 祁鹏志 郭宝英
本研究基于高通量测序获得的曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)转录组数据,采用MISA(MIcro SAtellite)软件对其简单序列重复(Simple sequence repeat,SSR)位点进行了高通量发掘。组装并去冗余后,得到127575个Unigene,序列拼接的总长度为103104058 bp。对Unigene序列进行SSR分析,共得到62124个SSR(完整型SSR 36813个),分布在50626条Unigene序列当中,SSR出现频率为48.70%,平均16.6 kb出现1个SSR。微卫星序列主要以二碱基重复类型为主(31227,50.27%),其次为三碱基重复(16230,26.13%)。共发现122种碱基重复基元,在所有重复基元中(AT/AT)n占的比例最高为23.33%,其次为(AAAG/CTTT)n(17.42%)。曼氏无针乌贼SSR(完整型)的平均长度为25.87 bp,微卫星主要为重复长度大于20 bp的长序列,长度大于20 bp的微卫星序列占总数的51%。本研究发现,曼氏无针乌贼微卫星出现的频率和其长度呈极显著负相关(P<0.01),相关系数为–0.594。该研究结果为开发高度多态性微卫星引物进行曼氏无针乌贼亲缘关系鉴定、种群遗传多样性和增殖放流效果评估等研究奠定了基础。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
冯延芝 李芳东 魏琦琦 莫文娟 王璐 黄地歌 傅建敏
对杜仲（Ｅｕｃｏｍｍｉａ ｕｌｍｏｉｄＥｓ）国审良种‘华仲６号’和‘华仲１０号’花后７０和１６０ｄ的种仁共４个样本进行转录组测序，对测序数据进行组装和功能注释分类，并对转录组获得的单基因簇（ｕｎｉｇＥｎＥ）进行微卫星特征分析。利用新一代高通量测序技术ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉｓＥｑ～（Ｔｍ）２０００对杜仲样品进行转录组测序，采用软件ＴｒｉｎｉＴｙ进行组装；利用ＢｌａｓＴ软件将ｕｎｉｇＥｎＥ序列分别与ｎｒ、ｇｏ、ｃｏｇ和ＫＥｇｇ等数据库比对分析；利用ｍｉｓａ软件对转录组的９６ ４６９条ｕｎｉｇＥｎＥｓ进行ｓｓｒ搜索。结果表明：转录组测序分析，共得到７２ ７９１ ３９９个高质量的序列读取片段（ｃｌＥａ．．．
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李太强 刘雄芳 万友名 李正红 李钰莹 刘秀贤 马宏
[目的]全面了解滇东南特有濒危植物长梗杜鹃转录组SSR位点的分布及序列特征,为长梗杜鹃的保护和合理开发利用提供遗传学资料,为同属植物及近缘种SSR标记的开发及遗传研究提供便利。[方法]利用Illumina Hiseq 4000高通量测序平台对长梗杜鹃叶片进行转录组测序,再通过MISA软件对测序所得Unigenes进行SSR位点的发掘和分析。[结果]发现含SSR的序列17 354条,共得到23 192个SSR,出现频率为31.30%,平均每3 kb出现1个SSR。二碱基和三碱基重复为长梗杜鹃SSR主要重复单
关键词：
长梗杜鹃 转录组 微卫星特征 潜在多态性
[期刊] 水产学报
[作者]
黄纬杰 郭向召 张子豪 董强 熊雪梅 高泽霞
为分析草鱼全基因组微卫星特征并开发高多态性微卫星标记亲子鉴定平台，实验利用已发布的草鱼全基因组序列，开发高度多态、准确度高、重复单元在4～6碱基范围的微卫星标记。结果显示，在草鱼900.51 Mb基因组序列中共筛选到微卫星序列677 363个，总长度12 835 407 bp，占全基因组长度的 1.425 4%，平均跨度为1 329.43bp。其中单碱基重复序列出现最多，占比52.85%；二碱基重复序列其次，占比31.44%；再次是四碱基重复，占比8.05%，三碱基重复序列占比6.47%，五碱基重复序列占比1.12%；六碱基重复出现最少，仅占比0.07%。1～6碱基重复类型中优势重复单位分别是A/T、AC/GT、AAT/ATT、AGAT/ATCT、AATAT/ATATT、AACCCT/AGGGTT。随机挑选重复序列为4～6个碱基的110个位点设计引物，在草鱼繁殖亲本群体中扩增，筛选出15对多态性引物，经CERVUS 3.0软件分析15个位点平均期望杂合度0.802～0.959，模拟分析结果鉴定准确率为100%，置信度为95%。通过对20个家系子代192个个体进行亲本来源鉴定，所有子代均成功匹配到正确父母本，鉴定准确率达到100%。本研究分析了草鱼全基因组微卫星特征，并利用多态性微卫星位点进行草鱼亲子鉴定，为草鱼微卫星的功能和应用研究以及草鱼的育种工作奠定基础。
关键词：
草鱼 全基因组 微卫星 亲子鉴定
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王蕾 刘继红 张立冬 孙效文
通过磁珠富集法筛选牙鲆(Paralichthys olivaceus)的微卫星分子标记,采用限制性内切酶Sau3A I对牙鲆完整基因组DNA进行酶切;通过蔗糖溶液梯度离心,收集400～900bp大小的片段,连接Brown接头,构建牙鲆基因组文库。用生物素标记的微卫星探针(CAG)15对基因组文库进行杂交,利用磁珠富集含有微卫星的DNA单链序列,并对其进行PCR扩增;将扩增产物连接到pMD18-T载体后转入感受态大肠杆菌DH5α中,得到微卫星序列文库。利用大量质粒检测法进行二次筛选,成功地从牙鲆基因组中分离出含有CAG重复的微卫星序列,测序其中的3000个单菌落,获得2805个(占93.5%)含...
关键词：
牙鲆 微卫星 磁珠富集
[期刊] 中国水产科学
[作者]
宋来鹏 刘萍 李健 刘振辉
对三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)部分基因组DNA文库测序,获得了总长度为622409个碱基的基因组DNA序列,从中找到微卫星重复序列(1~6bp重复)697个。统计微卫星重复类型,以两碱基重复数目最多,为445个,占微卫星序列总数目的63.84%;其次是三碱基重复152个,占21.81%;再次分别是单碱基重复45个,占6.46%;四碱基重复31个,占4.45%;五碱基重复14个,占2.01%;六碱基重复10个,占1.43%。在单碱基重复类型中,重复拷贝类别全部为A;两碱基重复类型中,AG重复数目最多,其次是AC和AT;三碱基重复类型中以ACT最多,其次是AGG和...
关键词：
三疣梭子蟹 基因组 微卫星
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘金亮 常玉梅 徐丽华 刘春雷 梁利群 韩国苍 高玉奎 柳玉海
通过磁珠富集法筛选东北雅罗鱼的微卫星分子标记。采用限制性内切酶Sau 3AI对东北雅罗鱼基因组DNA进行酶切,选取400～900 bp的片段进行PCR全基因组扩增,并利用生物素标记的(CAG)8、(TGA)8、(AGAT)6、(GATT)6 4个探针进行微卫星片段的富集。将得到的片段与T载体连接后转入DH5α大肠杆菌中,然后以SaulA为引物对长出的菌落进行PCR扩增,挑取扩增后片段大小符合条件的菌落送生物公司测序。结果表明:1 416个阳性克隆中有1 047个克隆含有重复次数大于5次的微卫星序列,完美型占67.99%,非完美型为15.31%;混合性标记占16.70%。从中选出160个微卫星序...
关键词：
东北雅罗鱼 微卫星 磁珠富集
[期刊] 华北农学报
[作者]
郝卓然 梁利群 常玉梅 任波
通过磁珠富集法筛选扁吻鱼的微卫星分子标记。利用限制性内切酶Sau3AI对扁吻鱼的基因组DNA进行酶切,并选取片段大小在250～750 bp间的片段,利用PCR技术进行全基因组扩增,采用生物素标记的(CA)8探针对微卫星片段进行富集。富集后的片段与T载体连接后利用DH5α大肠杆菌进行转化,然后以Sau3AI为引物对菌落进行PCR扩增,扩增后选片段大小符合条件的菌落挑取至测序板,进行测序。结果表明:PCR筛选共获得563个阳性克隆,其中测序192个阳性克隆后发现有53个微卫星序列;序列分析表明,完美型占67.92%,非完美型为22.64%;混合性标记占9.43%。根据测序结果设计微卫星引物24对,...
关键词：
扁吻鱼 微卫星 分子标记
[期刊] 林业科学
[作者]
马秋月 戴晓港 陈赢男 张得芳 廖卓毅 李淑娴
利用454高通量测序技术对枣基因组进行部分测序。经序列拼接,共获得总长约为8.4 Mb的基因组序列,从中找到15 036个微卫星重复序列。其中六碱基重复类型的重复数目最丰富,共6 033个,占重复序列总数的40.1%;其次是复合型碱基2 707个和单碱基2 575个,分别占重复序列总数的18.0%和17.1%。另外,二碱基重复1 118个,三碱基1 050个,四碱基1 218个,五碱基335个,分别占重复序列总数的7.5%,7.0%,8.1%,2.2%。通过分析发现六碱基重复类型所占比例最多,但微卫星重复单元的重复次数变化却是二碱基微卫星显著高于其他各重复类型。在单碱基重复和二碱基重复这2种类...
关键词：
枣 基因组 454测序 微卫星
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张金勇 何暮春 项子龙 柳淑芳 庄志猛
以金乌贼(Sepia esculenta)转录组测序获得的177,951条Unigene为对象，采用Micro Satellite (MISA)软件检测及分析其中的简单重复序列(Simple sequence repeat, SSR)位点信息。结果显示，在金乌贼转录组中共检测出161,327个SSR位点，分布在64,933条Unigene中，SSR位点发生频率为36.49%，出现频率为90.66%。其中，最主要的重复类型为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸，分别占SSR总数的46.00%、39.93%和9.48%。SSR所包含的重复基元中，A/T是单核苷酸的优势重复基元，AT/AT和AC/GT是二核苷酸的优势重复基元类型。有66,004个重复基元长度≥20 bp，占SSR总数的40.91%，且其中含有低级重复基元(二、三核苷酸重复)SSR位点数量占优。以上结果表明，金乌贼转录组中SSR位点出现频率较高且类型丰富、多态性潜能较高，研究结果可为更好地开发金乌贼SSR分子标记、种质资源保护利用、遗传多样性评价和分子标记辅助育种等提供参考。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵蕊蕊 徐胜勇
绒杜父鱼(Hemitripterusvillosus)为西北太平洋近海重要的经济鱼类,近年来其渔业资源呈现过度开发及衰退的趋势。为评估绒杜父鱼基因组基本信息,开发基因组范围内遗传标记,以期为资源管理和保护工作提供参考,本研究对绒杜父鱼开展全基因组survey分析, k-mer分析表明绒杜父鱼基因组大小约为713.18 Mb,杂合率为0.26%,重复序列的比例为38.61%。基因组初步组装结果显示, Contig N50和Scaffold N50分别为7433 bp、19388 bp。在整个基因组范围内,总共检测到583498个微卫星位点,相对丰度为1010个/Mb。其中二碱基重复比例最高(55.61%),单碱基重复次之(33.39%)。在二、三碱基重复中主要是AC/GT和AGG/CCT类型,微卫星重复拷贝数主要集中在5～17次。研究结果表明,绒杜父鱼基因组为简单基因组,可以用“Illumina+PacBio+Hi-C”的测序策略组装出高质量全基因组序列,而经过筛选的微卫星位点也能为后续的遗传学研究提供有效的分子标记。本研究结果可以为绒杜父鱼进化生物学和遗传学研究提供基础资料。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
徐宇辉 马志杰 郭卫兴 莫延新 陈生梅
为探究牦牛全基因组中重复序列的组成特征，本研究以染色体水平的牦牛全基因组（BosGru3.1）为研究对象，利用生物信息学方法对牦牛基因组中的单纯型SSRs序列进行了检测，并对其分布特征进行综合分析。结果表明：1）在牦牛全基因组（2.83 Gb）中，共筛选出778 413个单纯型SSRs，总长度为14.42 Mb，占全基因组序列总长的0.51%，相对频率和相对密度分别为274.92 loci/Mb和5 094.43 bp/Mb。2）牦牛31条染色体中，1号染色体所含的SSRs数量最多（48 592个，6.24%）,29号染色体所含的SSRs数量最少（11 758个，1.51%），染色体DNA序列长度与其所含SSRs数量呈显著正相关（P<0.001）。3)6种重复类型的单纯型SSRs在牦牛基因组中分布不均匀，其中单碱基重复类型的SSRs数量最多（320 592个，41.19%），其次是两碱基（197 824个，25.41%）、三碱基（130441个，16.76%）、五碱基（75 056个，9.64%）、四碱基（52 523个，6.75%）和六碱基（1 977个，0.25%）。4）各重复类型分别以A、AC、AT、AGC、AAC、AAAT、AAAC、AACTG、AGATC和AACCCT类别的SSRs分布较多，表现出明显的A(T)碱基组成优势。5）各重复类型的SSRs其重复拷贝数分别集中在12～25次（单碱基）、7～26次（两碱基）、5～13次（三碱基）、4～8次（四碱基）、4～7次（五碱基）和4～6次（六碱基）。综上，本研究揭示了牦牛全基因组中单纯型SSRs的分布特征，表明各重复类型的SSRs其频率、密度、优势碱基类别及重复拷贝数均存在差异，呈现出一定的规律性。本研究为深入了解牦牛基因组中重复序列特别是单纯型SSRs的组成和分布特征提供参考，也为后续发掘牦牛特异性SSRs标记、构建遗传图谱及开展标记与性状间的关联分析等研究奠定基础。
关键词：
牦牛 基因组 单纯型微卫星 丰度
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