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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张宏叶 于兴达 王佩佩 贾秀琪 李欣茹 曹全全 尹绍武 陈树桥 周国勤
本研究采用c DNA末端快速扩增(RACE)和实时荧光定量PCR等技术,对河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)的Mn-SOD基因进行了克隆和表达模式分析。结果显示,克隆得到的河川沙塘鳢Mn-SOD基因的c DNA序列全长为1008 bp,包括678 bp的开放阅读框(ORF),15 bp的5'UTR区和315 bp的3'UTR区,并且具有脊椎动物典型的加尾信号AATAAA和31 bp的Poly A尾巴,推测该序列共编码225个氨基酸。该基因包含Sod_Fe_N(28-109)与So
[期刊] 海洋渔业
[作者]
张红燕 朱文旭 赵诚 张宏叶 王涛 陈树桥 尹绍武 贾永义
以河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)为研究对象,采用c DNA末端快速扩增(RACE)技术对DMRT1的全长基因进行了克隆,并利用生物信息学技术分析其结构和功能;采用实时荧光定量PCR(qRTPCR)技术检测了河川沙塘鳢DMRT1基因在8种组织(鳃、肠、心、肌肉、脑、肝、脾、性腺)、胚胎发育的8个时期(受精卵期、桑椹胚期、原肠胚期、神经胚期、体节期、口裂期、出膜后1 d和出膜后3 d)以及性腺发育的4个时期(Ⅰ~Ⅳ期)中的表达变化。结果表明,河川沙塘鳢DMRT1基因c DNA序列的全长为2025 bp,编码297个氨基酸,其中包括894 bp的开放阅读框(ORF),73 bp的5’非编码区和1058 bp的3’非编码区。与已知物种的氨基酸序列比对后发现,河川沙塘鳢DMRT1的氨基酸序列与军曹鱼(Rachycentron canadum)、欧洲鲈鱼(Dicentrarchus labrax)的同源性最高。DMRT1基因在河川沙塘鳢的精巢组织大量表达,而在卵巢、肌肉、心以及肝4种组织中表达较少,在其它组织中几乎不表达; DMRT1基因在胚胎发育的各个时期都有表达,在原肠期的表达量最高;此外,DMRT1基因表达量在精巢发育的不同时期呈先下降后上升的趋势,在精子成熟期(Ⅳ期)达到最大值,而在卵巢发育的不同时期表达量较少且表达强度差异不明显,因而推测河川沙塘鳢DMRT1基因与精巢的发生和功能的维持有关。研究结果为解析河川沙塘鳢DMRT1基因的功能及其性别决定机制提供了基础资料,也为开展河川沙塘鳢单性育种奠定了基础。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
朱文旭 张宏叶 王涛 王丹 张红燕 尹绍武 陈树桥 周国勤
生长激素/胰岛素样生长因子-轴(growth hormone/insulin-like growth-axis,GH/IGF-轴)是调控鱼类生长的主要内分泌轴线。为探讨生长相关基因GHR、IGF-2对河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)生长发育的调控机制,采用cDNA末端快速扩增(RACE)和实时荧光定量PCR等技术,对河川沙塘鳢的GHR、IGF-2基因进行了克隆和表达模式分析。研究结果显示:河川沙塘鳢GHR基因的cDNA全长序列为2 179 bp,开放阅读框为1 830 bp,共编码609个氨基酸,IGF-2基因的cDNA全长序列为1 586 bp,开放阅读框642 bp,共编码213个氨基酸。采用qRT-PCR方法检测了GHR、IGF-2基因在9个不同组织(脑、肝、心、肌肉、脾、肠、性腺、鳃、肾)和8个胚胎不同发育时期(受精卵期、桑椹胚期、原肠胚期、神经胚期、体节期、口裂期、出膜后1 d、出膜后3 d)的表达情况。结果表明:IGF-2和GHR基因在所检测的9种组织中均有表达,其中以肝脏、肌肉、性腺、脑中的表达量较高,在胚胎发育阶段GHR和IGF-2基因表达呈先上升后下降的趋势,在原肠胚期表达量较高,表明其在胚胎发育过程中发挥重要作用。qRT-PCR进一步比较了雌、雄河川沙塘鳢GHR和IGF-2基因在不同生长发育阶段(90、150、210、270、330 d)脑、肝、肌肉mRNA的表达量,结果表明:各时期雄鱼GHR和IGF-2基因在肝组织中表达量均显著高于雌鱼,肌肉和脑GHR基因mRNA的表达量则无显著差异。而IGF-2基因则仅在雌、雄鱼210 d的脑和150、210 d的肌肉存在显著性差异,推测肝GHR和IGF-2基因mRNA表达的雌雄差异是河川沙塘鳢雌雄生长差异的主要原因之一。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
丁严冬 藏雪 张国松 汪亚媛 陈树桥 王佩佩 刘炜 周国勤 尹绍武
运用聚类分析、主成分分析和判别分析3种多元分析方法,对河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)4个不同地理群体的15项形态比例参数进行比较分析。聚类分析结果表明,河川沙塘鳢射阳群体(SY)和太湖群体(DXS)的形态最接近,与当涂群体(DT)、建德群体(JD)趋异程度较大。主成分分析构建了5个主成分,对不同群体间总变异方差的贡献率分别为18.070%、16.717%、11.374%、9.504%、7.182%,累积贡献率为62.847%。主成分分析结果表明,4个河川沙塘鳢群体在形态上的差别主要体现在体长、头长、眼后头长、体高和体厚这5个形态性状上。判别分析中采用8个不同的变量...
关键词：
河川沙塘鳢 群体 形态差异 多元分析
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李强 刘至治 顾珈宁
采用引物步移法PCR扩增,获得全长为16846 bp的河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)线粒体全基因组DNA(mt DNA),并对其基因结构、重排机制及在系统发育中的应用进行了分析。研究结果:(1)河川沙塘鳢mt DNA由37个基因和1个非编码控制区组成;除ND6和8个t RNA外,其他基因都编码在重链(H)上;t RNA基因因发生滑移重排(shuffling),将经典的线粒体基因组HSL(t RNAHis–t RNASer–t RNALeu)排列变成了SLH(t RNASer–t RNALeu–t RNAHis)排列,造成在t RNALeu与t RNAHis、ND4...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
张丽娟 祝斐 尹绍武 侯新远 胡亚丽
采用人工授精法以河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)为母本、鸭绿沙塘鳢(O.yaluensis)为父本进行杂交,获得正常发育的杂交子代。利用胸腔活体注射植物凝集素(PHA)和秋水仙素溶液后,取头肾细胞进行低渗处理,空气干燥法制片,对河川沙塘鳢、鸭绿沙塘鳢及其杂交子代的核型进行了比较研究。结果表明:河川沙塘鳢的核型为2n=44,2st+42t,NF=44;鸭绿沙塘鳢的核型为2n=44,2st+42t,NF=44;杂交子代的核型为2n=44,4st+40t,NF=44。经对比分析,杂交子代分别继承了双亲的一套染色体,表明杂交子代为真正的杂交种。
关键词：
河川沙塘鳢 鸭绿沙塘鳢 杂交子代 核型
[期刊] 淡水渔业
[作者]
张丽娟 祝斐 尹绍武 张亚萍 侯新远 胡亚丽
使用15对微卫星引物对河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila,♀)、鸭绿沙塘鳢(O.yaluensis,♂)及其河川沙塘鳢(♀)×鸭绿沙塘鳢(♂)杂交子代3个群体进行扩增,研究3个群体的分子遗传机制,结果表明:(1)15对微卫星引物中OP215a和OP110a在鸭绿沙塘鳢中呈现单态性,其余的13对在3个群体中均能良好扩增;OP10a、OP23a和OP46a可鉴别河川沙塘鳢、鸭绿沙塘鳢及杂交子代3个群体。(2)3个群体的平均多态信息(PIC)含量分别为0.645 0、0.537 5、0.518 3;平均有效等位基因数(Ne)分别为4.297 7、3.618 8、2.779 3...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李杰 刘国兴 钱且奇 朱玉洁 陈圳 姜群 王骏 张晓君 高晓建
为探明2021年3月常熟某养殖场河川沙塘鳢(Odontobutis potamophilus)疾病暴发的原因，本研究从患病鱼体内分离到优势菌株，通过形态观察、理化特性测定及gyrB基因同源性分析鉴定优势菌，同时通过人工感染试验、组织病理观察、毒力因子及毒力基因检测确定其致病性，并测定分离菌的耐药性和感染后河川沙塘鳢免疫相关基因表达变化。结果显示：引起河川沙塘鳢大量死亡的病原菌为杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)。代表菌株G2-4-1对河川沙塘鳢的LD_(50)为1.8×10~6 CFU/mL;该病原菌感染可引起河川沙塘鳢肝脏、脾脏、肾脏和鳃组织出现明显的变性、坏死和炎性细胞浸润；该菌株携带aer、hly、exu等毒力基因，且具有蛋白酶、卵磷脂酶、淀粉酶、脂酶、明胶酶和溶血素活性，但不具有DNA酶活性；耐药性分析发现，分离菌G2-4-1对青霉素G、氨苄西林、苯唑西林等8种药物耐药，对克拉霉素和大观霉素2种药物中介，对恩诺沙星、氟苯尼考等24类药物敏感；免疫相关基因表达分析显示，在感染初期MHCⅡB、MyD88、TLR和SOD在鳃、脾脏和肾脏组织中都显著上调表达。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨海峰 张新乾 于兴旺 郝璞 樊俐娇 王树森 于凤强 阿拉腾苏和
【目的】该研究为探究沙柳NAC034基因在逆境下的表达特性，以期为沙柳的抗逆育种提供应用依据。【方法】利用同源克隆方法获得SpsNAC034基因，进行生物信息学和组织特异性表达分析，通过模拟非生物胁迫（高温、低温、盐、干旱），研究该基因在4种逆境下的时间响应特性。【结果】研究表明SpsNAC034基因CDS序列长度为1797 bp，共编码598个氨基酸，属于不稳定亲水性蛋白，预测无跨膜结构、信号肽区域；预测其N端二级结构主要以延伸链为主，C端以无规则卷曲为主要结构；亚细胞定位预测其可能在细胞核中发挥作用；SpsNAC034基因具有NAC基因家族的典型结构域，属于NAC基因家族；氨基酸同源序列比对分析表明木本和草本植物存在分化差异；系统进化树表明SpsNAC034基因与杨柳科植物的同源NAC034基因的亲缘关系最近。SpsNAC034在沙柳根、茎、叶、花中均有表达，花中的表达量最高，幼嫩茎中表达最低；低温、高温、盐、干旱胁迫后SpsNAC034表达上调，在低温、高温以及干旱胁迫下，SpsNAC034在1～2 h处快速响应，显著高于对照，随后该基因表达降至对照水平。盐处理12 h后SpsNAC034表达迅速升高，48 h表达量达最高，均显著高于对照。【结论】成功克隆SpsNAC034基因，SpsNAC034在沙柳对非生物胁迫的响应中起重要作用。本研究为探究沙柳NAC转录因子家族参与环境胁迫反应奠定了基础，对未来沙柳的抗逆分子育种具有重要的参考价值。
关键词：
沙柳 NAC 基因克隆 非生物胁迫
[期刊] 华北农学报
[作者]
周小南 师丹丹 丁燕玲 张岩峰 赵志艳 康晓龙
为明确秦川牛CDS1基因的编码序列、分子特征及其在不同组织的表达特点，以秦川牛为研究对象，利用PCR扩增技术克隆CDS1基因的全编码区序列，利用生物信息学方法分析其全编码区的序列特征，以GAPDH为内参基因，采用qRT-PCR技术检测CDS1基因在脑、睾丸、胰、肺、脾、肾、瘤胃、背最长肌、肝、肌内脂肪和心组织中的表达水平。结果显示，秦川牛CDS1基因编码区为1 392 bp,编码464个氨基酸，CDS1基因在不同物种间具有较高的保守性，且与瘤牛的同源性最高；CDS1基因编码蛋白为疏水性不稳定跨膜蛋白，主要由α-螺旋及不规则卷曲构成；亚细胞定位分析表明，CDS1蛋白主要分布于内质网和线粒体；蛋白互作分析表明，其与PGS1、PPAPDC1系列、CDIPT、PLD系列、CRLS1等与磷脂合成相关的核糖蛋白存在相互作用，提示CDS1基因参与调节磷脂的合成代谢过程；组织表达分析表明，CDS1基因在各个组织均有广泛表达，且在睾丸中表达量最高，在脑的表达水平也较高，二者均显著高于其他组织的表达水平，在心的表达量最低。
[期刊] 华北农学报
[作者]
高泽仁 潘鹏丞 徐文文 陈宝剑 刘明君 关志惠 谢炳坤 覃兆鲜
为探究陆川猪骨骼肌生长发育过程中MyoD1基因所起作用，对陆川猪成肌细胞决定基因1(MyoD1)进行克隆，展开生物信息学分析，对其在陆川猪不同组织中的表达进行分析，以NCBI上已公布的野猪MyoD1基因序列为模板，进行特异性引物设计，克隆陆川猪MyoD1基因CDS区，并与NCBI已公布的野猪、牛、绵羊、人、小鼠、大鼠基因序列进行相似性比对，由此构建系统进化树，通过在线软件开展生物信息学分析，而后使用实时荧光定量PCR检测在陆川猪不同组织中MyoD1基因的相对表达量。陆川猪MyoD1基因CDS区全长960 bp,共编码319个氨基酸，碱基突变共存在5处，与野猪、牛、绵羊、人类、小鼠、大鼠的MyoD1基因CDS序列相似性分别为99.2%,93.0%,92.3%,90.0%,84.3%,84.0%,其中与野猪相似性最高，表明二者亲缘关系最为接近；陆川猪MyoD1基因原子总数为4 680,蛋白的分子质量为33.99 ku,分子式为C_(1457)H_(2296)N_(442)O_(471)S_(14);不稳定系数为63.87,表明其缺乏稳定性；等电点为5.63,属于酸性蛋白；不存在跨膜结构，存在35处磷酸化位点及1处糖基化位点；蛋白二级结构以无规则卷曲为主，占比60.69%。陆川猪MyoD1基因在背最长肌中的表达量最高，且显著高于其他组织，表达量最低的组织为肾脏。陆川猪各组织中均有MyoD1基因表达，且主要在背最长肌中表达，由此推测，MyoD1基因在陆川猪肌肉生长发育过程中可能起到至关重要的作用。
[期刊] 水产学报
[作者]
王良炎 田雪 庞小磊 李梦荣 李学军
为探究Tyrosinase(Tyr)基因在黄河鲤体色形成中的作用,利用生物显微镜对黄河鲤黑色鳞片、银色鳞片、鳍条色素细胞的组成进行观察,并利用RACE克隆黄河鲤Tyr基因全长cDNA序列,荧光定量PCR分析其在不同组织中的表达情况,Western blot印迹和免疫组织化学方法检测其蛋白的表达定位。结果显示,黄河鲤具有黑色素细胞、黄色素细胞和虹彩细胞3种色素细胞,3种色素细胞的数量、种类和分布在不同组织中存在较大差异。黄河鲤Tyr基因cDNA全长1717 bp(GenBank ID:No.KY305667
关键词：
黄河鲤 体色 黑色素 Tyr基因
[期刊] 水产学报
[作者]
王俊丽 雒燕婷 郝光 孙君君 段艳艳 卢荣华 李学军 孔祥会 聂国兴
IL-8是最早发现的趋化因子,属于CXC亚家族,与鱼类非特异性免疫水平关系密切。实验采用同源克隆和cDNA末端快速扩增(RACE)方法,从淇河鲫总RNA反转录产物中获得了641 bp IL-8cDNA序列,其中包含102 bp的5'非编码区,242 bp的3'非编码区和297 bp的开放阅读框。该基因编码由98个氨基酸残基组成的前体蛋白,前22个氨基酸残基为信号肽。肽链中含有4个保守半胱氨酸,前2个半胱氨酸被1个精氨酸分隔,形成CXC结构。第一个半胱氨酸前缺乏ELR基序,其组成是DPR。由氨基酸同源性分析和进化分析可知,淇河鲫IL-8与鲤、鳙、草鱼、鲢等鲤科鱼类的进化关系较近,与鲤IL-8的同...
关键词：
淇河鲫 IL-8 克隆 组织表达
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王丹丹 张桂蓉 魏开建 GARDNER Jonathan P.A. 杨瑞斌 陈昆慈 邹桂伟
为了解乌鳢（Ｃｈａｎｎａ ａｒｇｕｓ）性别分化相关机制，采用ｒＴ－ＰＣｒ和ｒａＣＥ法克隆了乌鳢脑型芳香化酶基因ＣｙＰ１９ａ１ｂ ＣＤｎａ部分序列，运用半定量ｒＴ－ＰＣｒ和ｑ ＰＣｒ技术检测其在雌雄个体组织中的表达情况。结果显示，乌鳢ＣｙＰ１９ａ１ｂ ＣＤｎａ部分序列为１ ４３２ ｂＰ，包括１２０ ｂＰ ３＇－ｕＴｒ和１ ３１１ ｂＰ编码区，编码４３６个氨基酸。序列比对表明乌鳢ＣｙＰ１９ａ１ｂ氨基酸序列包含三个功能保守区，与毛足鲈、平鲷和金钱鱼ＣｙＰ１９ａ１ｂ同源性较高，分别为８９％、８８％和８８％。半定量ｒＴ－ＰＣｒ和ｑ ＰＣｒ结果显示，乌鳢ＣｙＰ１９ａ１ｂ基因在雌、雄成鱼垂体中表达量高，在肠．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
任美艳 王志林 郭慧琴 薛敏 殷玉梅 王茅雁
为了研究强抗逆植物沙冬青寒旱诱导表达基因AmZFP1(Zinc finger protein 1)的生理功能,通过转录谱分析,从中鉴定出一个受寒旱诱导的ZFP全长cDNA序列并命名为AmZFP1。利用半定量RT-PCR方法对AmZFP1进行了表达分析,结果表明,在室内正常培养的沙冬青幼苗中该基因有较高表达量,在低温或干燥处理248 h其表达量明显上调,尤其以干燥处理上调速度更快且上调幅度略高;在野外自然生长植株的嫩叶、花蕾和幼嫩果荚中AmZFP1均有较明显的表达,而在嫩枝和根中检测不到其转录本;在野外植株
关键词：
沙冬青 锌指蛋白 表达分析 基因克隆
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