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[期刊] 华北农学报
[作者]
郭九峰 孙国琴 沈传进 乔惠蕾 贾利敏 郭志杰
为研究沙冬青抗逆的分子机理,分离克隆其抗逆基因,以pBluescript II SK为载体构建了沙冬青(Ammopip-tanthus mongolicus)越冬叶片cDNA文库,并对文库的部分克隆进行了5'端随机测序,结果表明,该文库容量为2.16×105cfu,重组率为89.6%;插入片段的平均长度大于1 kb。随机测序得到542个EST,拼接成360个uniEST,经网上BlastN及BlastX分析,其中313个是已知功能的基因的标签,包括能量代谢、物质转化、细胞生长等生物过程,其中与抗逆相关的48条。
关键词：
沙冬青 cDNA文库 表达序列标签
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
史成颖 宛晓春 江昌俊 张正竹
以茶苗嫩根为材料,采用SMART技术构建了cDNA文库并对其质量进行了鉴定。结果显示,该文库的重组率为92%,库容量为5×105,平均插入片段长度超过1 kb,是一个较高质量的文库。从文库中随机挑取克隆并从5′端单向测定2 651个克隆,获得2 600个有效的EST(expressed sequence tag),序列的平均长度为703 bp,用Phrap软件进行拼接,结果获得404个contigs、610个singlets。通过与NCBI的非冗余核酸数据库进行Blastx比对,初步确定已知功能基因734个,推定功能基因102个,未知功能基因178个。该结果既为进一步分离克隆茶树根部功能基因奠...
[期刊] 林业科学
[作者]
齐刚 苏智先 李劲涛 阮期平
以休眠期27个uniEST,经网上BlastN及BlastX分析,其中75个序列是已知功能的基因标签,相似性较高,而32个序列在GenBank中相似性较低,13个序的珙桐种子为材料,利用SMARTTMcDNA Library Construction Kit构建珙桐种子的cDNA文库。结果表明:该文库的滴度为1.5×106pfu.mL-1,重组率为98%,cDNA文库插入片段大小主要集中在0.5~1.0kb。随机测序获得148个EST序列,拼接成1列在GenBank中没有匹配。这些数据有助于对珙桐种子的相关功能蛋白及分子机制的研究。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
牛艳 孔文涛 杨婧 孔健
将绿色巴夫藻(Pavlova viridis)培养液逐种加入氨苄青霉素、硫酸庆大霉素、硫酸阿米卡星3种抗生素处理,经检验后无杂菌污染。以该藻种为实验材料,以λTriplEx2为载体,利用SMART技术构建其cDNA文库。经测定文库滴度为6×106pfu/mL,重组率为98%。利用PCR方法检测cDNA文库插入DNA片段的大小,其长度为0.5~2 kb,表明该文库达到建库要求,可用来筛选低丰度mRNA的基因克隆。对cDNA文库中的阳性克隆进行随机PCR扩增,挑选插入DNA片段较大的克隆,进行5’末端单向序列测定,测序结果与NCBI数据库进行BLAST比对,获得了200个有研究价值的EST序列和c...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
丁君 孙巍 常亚青
应用Gubler-Hoffman cDNA文库技术,构建虾夷马粪海胆(Strongylocentrotus intermedius)性腺cDNA文库。测试结果表明,其库容量为2.10×106 PFU/mL,长度范围在0.5~4.2 kb,插入片段平均长度为1.4 kb,达到建库要求。对虾夷马粪海胆cDNA克隆测序,将获得的819条EST序列与NCBI数据库进行BLAST比对,获得了65个有研究价值的EST序列和cDNA克隆,其EST序列已提交到GenBank,序列号分别为GO448010–GO448016、GR410172–GR410229,虾夷马粪海胆性腺cDNA文库的成功构建,使短期内获得...
关键词：
虾夷马粪海胆 cDNA 表达序列标签
[期刊] 中国农业科学
[作者]
龚达平 解敏敏 孙玉合
【目的】构建烟草叶片全长cDNA文库并测序,发掘与烟叶发育、代谢和抗逆相关的基因,为进一步研究功能基因奠定基础。【方法】以烟草苗期叶片为试验材料,利用改进的Cap-trapper法构建烟草叶片全长cDNA文库。利用测序技术获得大量的EST序列,采用生物信息分析手段,对所测EST进行拼接和功能注释。【结果】构建了烟草叶片的全长cDNA文库,该文库滴度为1.2×106pfu.mL-1,平均插入片段在1.4 kb左右。利用该文库测序了5 280个克隆,获得5 233条高质量表达序列标签(EST),序列拼接出3 922个单一基因;同源比对分析表明,89.7%的基因与已知功能基因具有较高的同源性,这些基...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
段亚飞 刘萍 李吉涛 李健 陈萍
采用SMART技术(Switching Mechanism At 5′end of RNA Transcript)构建了脊尾白虾(Exopalaemon carini-cauda)血细胞全长cDNA文库。结果表明:cDNA初级文库滴度为2.8×106pfu/mL,重组率达99%以上,插入片段在400~2 000 bp;扩增文库滴度为4.3×109pfu/mL。随机挑取100个单克隆进行测序,得到95条平均长度为493 bp的高质量EST序列,序列拼接获得70条unigenes,包括11条contigs和59条singlets。Blast同源比对发现,其中20条unigenes与数据库中已知基因...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
申望 叶茂 石戈 王日昕
三疣梭子蟹是我国沿海重要养殖品种之一,近年来养殖病害呈逐年上升趋势,制约了三疣梭子蟹养殖产业的健康可持续发展。为大规模克隆三疣梭子蟹免疫相关基因,研究其免疫基因的功能和免疫机制,奠定三疣梭子蟹病害防治理论基础,采用SMART技术构建了三疣梭子蟹血细胞全长cDNA文库。经测定,文库滴度为1.14×107pfu/mL,文库总容量为5.7×107pfu,重组率达到98%,插入片段平均长度为817.5 bp。文库随机测序获得的70个全长cDNA,从中发现18个已知基因和5个未知基因。已知基因主要为多肽/蛋白质合成相关基因,共9个;免疫相关基因4个,分别是抗菌肽hyastatin、C-reactive ...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
张敏 黄华宏 林二培 周厚君 王亚辉 童再康
以光皮桦茎叶组织为材料,构建了cDNA文库。初级文库滴度为1.5×106pfu/mL,重组率达97.3%,插入片段大小在0.5～3.0kb之间,平均长度约为1.3kb,表明所构建的文库质量较高,可用于后续基因克隆及基因表达谱的研究。利用微卫星查找软件对获得的224条EST序列进行微卫星位点搜寻及其丰度、分布比较,发现47条序列含微卫星位点60个,占全部EST序列的26.80%;在所有SSRs中二碱基重复最多,为42个,占总数的70.00%,含三、四碱基重复分别占总数的28.30%和1.70%。通过对光皮桦EST序列中微卫星位点信息的发掘分析,为有针对性地设计EST-SSR引物、进行遗传多样性分...
关键词：
光皮桦 cDNA文库 SSR分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
马建辉 刘记 范术丽 宋美珍 庞朝友 魏恒玲 喻树迅
【目的】深入了解棉花花药发育的分子机制,并为其不育机理的研究提供参考序列。【方法】构建棉花花药全生育期的均一化全长cDNA文库并测序获得9 896条高质量的EST,利用生物信息学和荧光定量相结合法对所得数据进行系统分析。【结果】该cDNA文库库容为1.2×107,插入片段分布在1—3 kb。将所测得的高质量EST进行拼接得到6 643条unigenes,平均长度为779 bp。经过序列比对注释和生物信息学分析,得到一系列在棉花花药发育过程中起重要作用的基因,并获得28条参与花粉壁合成的基因。荧光定量结果表明,这些基因均在花药发育前期优势表达,尤其是在四分体时期表达量最高。【结论】获得大量的棉花...
关键词：
陆地棉 cDNA文库 花药 花粉壁
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈华 蔡铁城 张冲 邓烨 熊发前 唐荣华 周双彪 庄伟建
以‘闽花6号’品种为材料,利用SMART技术成功构建了花生叶不同生育时期混合的全长c DNA文库,并对文库的部分序列进行测序及分析.结果表明,该文库原始库容为2.25×106cfu·m L-1,重组率达100%,插入片段大小为750-2000bp,平均插入片段大小为1000 bp,达到文库质量要求.随机挑选50个单克隆进行5'端测序,共获得50条有效序列.通过与NCBI非冗余蛋白质数据库进行比对和注释,获得已知功能基因或具推测功能的基因25个,未知功能基因14个,新基因11个,其中49个(98%)基因为花生未报道的基因.参与代谢过程和胁迫响应的基因表达量较高.
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王芳 段玉玺 陈立杰 王媛媛 朱晓峰 王东
【目的】研究胞囊线虫侵染后大豆根部早期基因表达情况,从分子水平探索大豆的抗病机制。【方法】以抗大豆胞囊线虫(Heterodera glycines)3号生理小种的小粒黑豆(Glycine max)为材料,利用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术,构建大豆胞囊线虫诱导大豆根部早期表达的SSH-cDNA文库,并结合反向Northern斑点杂交筛选阳性克隆。【结果】获得280个表达序列标签(EST),经CAP3软件聚类拼接,得到166个unique EST,在GenBank进行Blastn与Blastx同源比对,有119条EST与已知...
[期刊] 水产学报
[作者]
孟亮 陈松林 刘洋
以大菱鲆脾脏为材料,构建cDNA文库,通过对文库克隆的序列测定和初步生物信息学分析,共获得3 656个大菱鲆脾脏表达序列标签(EST)。经与GenBank数据库的序列比对后发现,1 891个EST代表了149个已知基因,其余1 765个EST为未知序列。这149个基因大致可分为6类:9个为细胞结构类(6.0%);26个为代谢类(17.5%);45个为细胞防御/免疫类(30.2%);43个为基因/蛋白质表达类(28.9%);16个为细胞信号转导/细胞交流类(10.7%);10个无法明确分类(6.7%)。鉴定的与免疫抗病相关重要基因主要有:CC/CXC趋化因子;主要组织相容性复合体(MHC)cla...
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭九峰 孙国琴 乔慧蕾
柠条是包括内蒙古在内干旱荒漠草原上的优势建群植物,具有极强的耐旱(寒)力,为了研究其抗逆机理,挖掘和利用其抗旱基因,用Trizol法从经过干旱处理的柠条当年新生幼嫩枝叶中提取总RNA,分离纯化mRNA,采用SMART技术反转录合成双链cDNA,DSN技术进行均一化,构建了柠条全长cDNA文库。经检验,文库的滴度为1.5×106 cfu/mL,重组率为93.75%,90%以上插入片段的长度为1.0～2.0 kb。从文库中随机挑取3200个克隆进行5'测序,得到3020个有效EST,合成2429个unigenes,其中,singlets 2229条,占总有效序列的91.76%,经与数据库比对,发现...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李云峰 刘卫东 高祥刚 李文姬 刘莹 傅立元 李宏俊 王健 鲍相渤 赫崇波
利用SMARTcDNA文库构建试剂盒首次构建了健康虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)外套膜和肾脏2种组织的cDNA文库。2个文库容量分别为2.30×106CFU/mL和1.20×106CFU/mL,重组率均超过98%,平均插入片段长度均大于1kb,文库质量符合标准要求。将随机选取的4009个克隆进行5′端测序,得到3884个有效序列(外套膜923个,肾脏2961个),测序成功率96.9%。经过质量控制和拼接,共得到2007条单基因簇(Unigenes),包含363个序列重叠群(Contigs)和1644条单一序列(Singletons)。通过BLASTx和BLASTn搜...
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