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[期刊] 西南农业学报
[作者]
袁若男 杨慧赞 黄黎明 黄峥 杜雪松 马元 吕敏 王瑞
【目的】探讨池塘养殖红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)个体大小与其肠道细菌间的关系,为筛选虾类肠道有益菌提供参考依据。【方法】提取池塘养殖红螯螯虾后肠样品的总DNA,采用16S rDNA高通量测序技术对其大个体组(PB组)和小个体组(PS组)肠道微生物进行测序,并进行生物信息学分析。【结果】在红螯螯虾后肠样品中,PB组共检出1211个分类操作单元(OTU),PS组共检出587个OTUs,其中365个OTUs为PB组和PS组肠道微生物共有。Alpha多样性分析结果显示,PB组红螯螯虾肠道微生物多样性的Chao1指数、Ace指数和Shannon指数均极显著高于PS组红螯螯虾(P<0.01)。PB和PS组红螯螯虾肠道微生物排名前十位的优势菌群在门、目和属水平上均相似,但菌群组成和指示物种存在差异,其中,在门水平上,PB组的优势菌门为厚壁菌门,占比42.87%,而PS组的优势菌门为变形菌门,占比59.77%;在目水平上,PB组的优势菌目为梭菌目,占比41.25%,而PS组的优势菌目为肠杆菌目,占比57.01%;在属水平上,PB组的优势菌属为梭菌属,占比30.83%,而PS组的优势菌属为柠檬酸杆菌属,占比36.07%;PB组的指示物种是厚壁菌门和浮霉菌门,而PS组的指示物种是变形菌门。此外,PB组和PS组的菌群代谢功能也存在差异,PB组除影响因子和聚糖生物合成与代谢的丰度显著低于于PS组外(P<0.05,下同),其他代谢(氨基酸代谢、外源生物降解与代谢及萜类化合物和聚酮类化合物代谢等)的丰度均显著高于PS组。【结论】与小个体红螯螯虾相比,大个体红螯螯虾肠道微生物的组成和丰度及其代谢功能明显占优。因此,在相同的养殖环境和饲养方法下,红螯螯虾肠道微生物组成和丰度及其代谢功能是影响红螯螯虾生长性能的内在因素之一。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杨慧赞 吕敏 杨彦豪 卢天和 童潼 梁俊杰 杨秋月 张琴 黄峥 王瑞
为了解稻田养殖红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)个体大小与肠道菌群的相关性,实验采用16S rDNA高通量测序和生物信息学技术对稻田养殖红螯螯虾大个体(RB)组和小个体(RS)组肠道菌群的组成、多样性、指示物种、功能等进行比较分析。结果显示:RB组共产生615个OTUs(Operational taxonomic units),RS组共产生602个OTUs,共有OTUs为345个,特有OTUs分别为270个和257个。RB组和RS组的优势菌群相似,门水平主要为变形菌门(Proteobacteria)、软壁菌门(Tenericutes)、厚壁菌门(Firmicutes)等,属水平主要为Candidatus Bacilloplasma、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、梭菌属(Clostridium)等,但菌群组成存在差异。另外,RB组和RS组的指示物种和菌群代谢功能也存在差异。结果表明稻田养殖红螯螯虾个体大小与肠道菌群组成及其代谢功能有关,在相同的养殖环境和饲养方法条件下,肠道微生物可作为内在因素影响红螯螯虾的生长性能。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
赵柳兰 龙亚男 张乐纪 张纯 徐来 刘巧 罗杰 杜宗君 杨淞
为了探究稻田和池塘养殖模式对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)肠道菌群、免疫力和肌肉风味影响，选取同一批次稻田和池塘的中华绒螯蟹在5月和10月对其肠道菌群、免疫酶活和肌肉游离氨基酸进行测定。结果表明：中华绒螯蟹肠道优势菌群为软壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和厚壁菌门。在季节和养殖模式均对蟹的肠道菌群造成影响的情况下，季节变化对菌群变化的影响更大。从5月到10月，稻田养殖模式下中华绒螯蟹肠道菌群的丰富度和多样性均出现上升趋势，而池塘养殖模式下肠道菌群的丰富度和多样性则无显著变化。两种养殖模式下中华绒螯蟹肠道中的SOD(超氧化物歧化酶)在5月的活性均高于10月(P<0.05)；在10月，池塘模式下的免疫酶活性LZM（溶菌酶）和ACP（酸性磷酸酶）显著高于稻田模式(P< 0.05)。各组肌肉中均检测出17种游离氨基酸，呈味氨基酸中甜味氨基酸含量(TSAA)>总苦味氨基酸(TBAA)>总鲜味氨基酸(TUAA)，且池塘养殖模式下中华绒螯蟹肌肉中TSAA和总游离氨基酸TFAA高于稻田养殖模式下含量(P<0.05)。因此，池塘养殖模式较稻田养殖模式下的中华绒螯蟹肠道菌群时间上更稳定，免疫酶活更强，肌肉风味更优。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王轶南 朱世伟 常亚青
采用基于16S rDNA的PCR-DGGE指纹图谱技术对黄海北部刺参养殖池塘(底泥、海水)及刺参肠道的菌群组成进行了初步分析。结果显示,从刺参肠道、底泥及海水样品分别获得41、31及41条扩增条带,其中优势条带分别为12、9及10条;三者具20条共有条带,其中4条为各样品的优势条带,共有条带在各样品中的丰度不同;三者分别具5、2及13条特异条带,其中肠道中的第34、42条带以及海水中的第25、46条带丰度均较高;肠道与底泥的菌群组成相似性系数(戴斯系数)为77.8%,二者与海水菌群组成的相似性系数分别为65.9%和55.6%。
[期刊] 水产学报
[作者]
李存玉 徐永江 柳学周 杨洪军 史宝 史学营 朱学武
为研究池塘和工厂化养殖条件下牙鲆肠道菌群结构差异及其与饵料、水环境及底质等的关系,采用Mi Seq高通量测序技术和生物信息学分析手段,构建牙鲆肠道、养殖水体、饵料和池塘底泥等7个样品的16S rRNA基因测序文库,分析不同样品中的菌群组成和生物多样性。结果表明:池塘养殖牙鲆肠道(B1)中以厚壁菌门(30.49%)、变形菌门(19.16%)和梭杆菌门(11.11%)为主,其中芽孢杆菌属(27.66%)占绝对优势,弧菌属(0.16%)丰度最小;工厂化养殖牙鲆肠道(B5)中以变形菌门(44.31%)、厚壁菌门(11.57%)和放线菌门(4.79%)为主,其中不动杆菌属(10.37%)丰度最大,弧菌属...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
么宗利 周凯 罗璋 来琦芳 王慧 徐赟霞 应成琦 冯守明
对天津地区盐碱地凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)养殖池塘的细菌种类和垂直变化规律进行了研究。结果表明:池塘中细菌总数维持在2.4×103~8.5×105cfu/mL之间,弧菌总数维持在1.75×102~2.3×105cfu/mL之间,细菌总数和弧菌总数分别在8月份和9月份达到高峰。反硝化细菌总数维持在3.4×104~2.8×105cfu/mL之间,硫酸盐还原菌总数维持在2.9×102~7.5×104cfu/mL之间,氨化细菌总数维持在1.2×102~7.0×104cfu/mL之间。养殖水体中共检测到13种细菌,养殖前期弧菌属、产碱菌属、棒杆菌属为优势菌群;养殖中期产碱菌属...
关键词：
盐碱地 养虾池塘 细菌组成 变化
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙振丽 宣引明 张皓 蒋明 潘云生 张益明 龚叶平 陆小平 余德山 薛仁宇 胡小龙 曹广力 贡成良
为了探讨南美白对虾（Ｐｅｎａｅｕｓ ｖａｎｎａｍｅｉ Ｂｏｏｎｅ）肠道及其养殖环境中细菌种群组成和分布，采用ｉｌｌｕｍｉｎａ ｍｉｓｅｑ测序平台，基于１６ｓ ｒ ｒｎａ基因的序列测定结果，对南美白对虾肠道及其养殖池塘底泥、水体中细菌的种群结构进行分析。结果显示，在南美白对虾肠道、养殖池塘底泥、水体分别检测到２０６、２６５和２７０个细菌属，其中，有９０个属在３个样品中均可检测到，底泥和水、底泥和虾肠道、水和虾肠道中检测到的共有细菌属分别为１４６、１２８和１１９个，表明养殖池塘底泥、水和肠道中细菌存在密切的相互作用。在底泥、水和虾肠道样品中丰度大于１％的优势菌属分别有２０、１７和１０个；底泥、水体．．．
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
韦永春 程顺 贾永义 迟美丽 刘士力 郑建波 李飞 刘一诺 顾志敏
以越冬红螯螯虾为对象,探讨其在不同亚硝酸盐浓度下的生理指标及肠道菌群变化情况。采用常规生物急性毒性试验法,得到亚硝酸盐胁迫下红螯螯虾的96 h半致死浓度为22.0 mg/L,安全浓度为2.2 mg/L。设置4个实验组,分别为A组(0 mg/L)、B组(0.5 mg/L)、C组(2.3 mg/L)和D组(5.0 mg/L),胁迫6周后取样检测。结果表明:各组成活率、肥满度、肝体指数无显著性差异(P>0.05),但D组成活率、体质量增加率、体长增加率最低。随亚硝酸盐浓度的增加,肝小管排列趋于混乱且大小出现差异,肝小管间结缔组织随之减少,产生空泡化,在D组中变化尤为明显。SOD活性随亚硝酸盐浓度升高而降低,在肝胰腺中,A组显著高于其他3组(P<0.05),D组显著低于其他3组(P<0.05);在肌肉中,A组显著高于C、D组(P<0.05),D组显著低于A、B组(P0.05);在肌肉中,A组显著低于C、D组(P<0.05)。免疫相关指标均随亚硝酸盐浓度升高而降低,在肝胰腺中,4组ACP、AKP活性均存在显著性差异(P<0.05),A组最高,D组最低;在肌肉中,A组ACP活性显著高于其他3组(P<0.05);4组AKP活性均存在显著性差异(P0.05)。能量代谢指标TG活性随亚硝酸盐浓度升高而降低,A组显著高于D组(P<0.05)。亚硝酸盐胁迫在一定程度上提高了肠杆菌科(Enterobacteriaceae)的比例,且菌群多样性D组最低,A组最高,亚硝酸盐导致了肠道菌群多样性的下降。
关键词：
红螯螯虾 亚硝酸盐 生理指标 肠道菌群
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
姜燕 李存玉 徐永江 柳学周 于超勇 王滨 郑伟 史宝
为研究益生菌制剂对池塘养殖牙鲆(Paralichthys olivaceus)肠道及环境菌群结构的调控效果，采用高通量测序技术和生物信息学分析手段构建牙鲆肠道、养殖水体、饵料和池塘底泥的16S rDNA基因测序文库，分析不同样品中菌群组成和多样性在益生菌制剂调控过程中的变化趋势。结果显示，添加益生菌制剂后，池塘底泥和牙鲆肠道的菌群多样性升高，且池塘底泥的依然是最高的；而养殖水体的菌群多样性明显下降，并低于牙鲆肠道的。牙鲆肠道中的肠杆菌属(Enterobacter)、芽孢杆菌属(Bacillus)相对丰度呈上升趋势，不动杆菌属(Acinetobacter)、发光杆菌属(Photobacterium)相对丰度先上升后下降；池塘养殖水体中NS3a＿marine＿group代表的菌属相对丰度先下降后上升；底泥中芽孢杆菌属相对丰度变化最为明显，由最初的3.78%增加到33.64%。养殖牙鲆肠道、养殖水体和底泥中的弧菌属(Vibrio)相对丰度在益生菌制剂添加后出现不同程度的降低。而在水产养殖中，不动杆菌属和弧菌属中的部分菌株通常被认为是重要病原菌。说明益生菌制剂的添加能够一定程度优化鱼体肠道和环境(养殖水体和池塘底泥)菌群结构。相似性分析发现，在饵料不变的条件下，牙鲆肠道与底泥的菌群结构与底泥的更相近；且益生菌产品对池塘底泥和牙鲆肠道菌群的影响较为明显。本研究结果可为池塘养殖过程中微生态制剂筛选和使用提供参考。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
成永旭 刘洪天 常东 曾奇韬 孙中勇 李嘉尧
[期刊] 淡水渔业
[作者]
金玲 陈奕彬 李色东 刘萍 李健 吕建建
本研究利用10个微卫星标记对广东和台湾红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)养殖群体进行遗传多样性分析,并对2个红螯螯虾群体的平均等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)等进行计算。结果显示:在2个红螯螯虾群体中共检测到83个等位基因,广东群体的平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别为2.619、0.438、0.505,台湾群体的平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别为2.829、0.492、0.592。广东群体和台湾群体的平均多态信息含量(PIC)分别为0.465和0.538。红螯螯虾2群体的Shannon指数(H)均大于1,群体间的遗传分化指数(F_(st))为0.0969。研究结果表明:红螯螯虾广东和台湾养殖群体的遗传多样性较丰富,且2个群体的遗传分化较大,通过群体间的杂交可有效避免近亲繁殖。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
张盛静 赵小金 宋晓玲 张晓静 万晓媛 黄倢
为深入了解人工养殖条件下养殖对虾肠道内菌群结构和携带病毒情况,应用常规细菌分离、培养与纯化,细菌16S rD NA序列分析的方法分析了我国山东、江苏、韩国不同养殖场的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)和中国明对虾(Fenneorpenaeus chinensis)肠道内可培养细菌的总数、优势菌组成和数量,并用巢式聚合酶链式反应(Nested polymerase chain reaction,Nested PCR)方法检测对虾携带病毒情况。结果显示各批次凡纳滨对虾和中国明对虾样品肠道内的可培养细菌总数在105~109cfu/g之间,并对分离出的优势菌进行属(种)鉴定,结果表...
关键词：
对虾 肠道 可培养细菌 优势菌 WSSV
[期刊] 水产学报
[作者]
王淼 卢迈新 衣萌萌 李忠徽 高风英 刘志刚 可小丽 曹建萌
研究在尼罗罗非鱼养殖池塘中添加复合乳杆菌对养殖池塘环境、尼罗罗非鱼肠道和鳃健康的影响,为乳杆菌在尼罗罗非鱼健康养殖中的应用提供基础。在尼罗罗非鱼养殖池塘水体中泼洒复合乳杆菌(对照组:0;实验组:1.0×104 CFU/mL),实验周期为10周。复合乳杆菌的成分为干酪乳杆菌和酸鱼乳杆菌,比例为1:2.2。监测池塘水质指标、罗非鱼肠道和鳃的免疫及抗氧化指标,并运用高通量测序技术(Illumina MiSeq),比较对照组和实验组水体、底泥、尼罗罗非鱼肠道和鳃黏膜共生菌群落结构差异。结果显示,从第7周开始,实验组水体中的硝酸盐含量始终低于对照组,实验组比对照组降低了72.68%、72.00%、26.27%和21.46%;实验组水体中的总氮含量在从第6周开始低于对照组,分别降低了43.39%、44.64%、15.64%、37.57%和34.49%;实验组水样中的总磷含量从第4周开始低于对照组,分别降低了40.91%、33.33%、50.00%、33.33%、17.39%、39.29%和25.71%。与对照组相比,实验组尼罗罗非鱼肠道的碱性磷酸酶(AKP)活性提高了45.04%,实验组尼罗罗非鱼鳃的总超氧化物歧化酶(SOD)和AKP分别提高了58.26%和60.99%。复合乳杆菌的添加对尼罗罗非鱼养殖池塘水体菌群结构影响较大,并未影响池塘底泥的菌群结构,影响了尼罗罗非鱼肠道和鳃的菌群结构,其中条件致病菌不动杆菌属、泛菌属细菌的相对丰度降低,而有益细菌鲸杆菌属的相对丰度增加。因此,在养殖水体中泼洒适当浓度的复合乳杆菌可以改善池塘水质,提高尼罗罗非鱼肠道和鳃的免疫力、抗氧化能力,同时调节养殖水体、尼罗罗非鱼肠道和鳃的菌群结构。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李卓佳 郭志勋 张汉华 杨小立 杨莺莺 陈康德 贾晓平
本研究通过对斑节对虾养殖系统中的异养细菌、浮游微藻进行为期3个月的监测,发现浮游微藻和异养细菌的总量都表现为养殖后期高于养殖前期,其中浮游微藻增加了2个数量级,异养细菌增加了1个数量级,施放有益芽孢杆菌群对池塘菌群和藻群的变动有明显的影响。施放有益芽孢杆菌群的池塘,异养细菌总数略低,弧菌数量维持在10~3 CFU/mL以下,浮游微藻平稳增长,蓝藻占20％以下;对照池异养细菌的总数略高,弧菌数量达到 10~4CFU/mL,浮游微藻数量波动,养殖后期蓝藻占60％,为绝对优势种群。表明有益芽孢杆菌群有促进浮游微藻平稳繁殖的作用,但对浮游蓝藻和弧菌的繁殖起抑制作用,浮游蓝藻与弧菌之间具有一定的繁殖相关...
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