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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
石焱 马徐发 吴志新 任雨薇 陈孝煊
通过大规模养殖试验，研究人工浮床水培水雍菜对鱼塘养殖废水中氮磷的去除能力，并采用高通量测序方法研究养殖前后和不同处理组黄颡鱼肠道的微生物菌群结构，并分析了它们之间的相关性。结果表明：人工浮床水培水雍菜对鱼塘养殖废水中氨氮、总氮和总磷有良好的去除作用。养殖前后黄颡鱼肠道细菌多样性有明显差异；不同处理组之间的黄颡鱼肠道细菌种类多样性存在一定的差异，但优势菌群的组成并没有明显的结构差异，优势菌种的构成相似。在养殖前期黄颡鱼肠道中变形菌门（８８．５６％）占主要优势，末期对照组（无浮床）以厚壁菌门（４８．４％）、梭杆菌门（３２．５２％）和变形菌门（１４．５６％）为主，试验组（有浮床）以变形菌门（３６．７．．．
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
周金敏 吴志新 曾令兵 王树云 毕鹏 陈孝煊
对黄颡鱼肠道及所处水体菌群的数量和组成进行了分析。结果显示,黄颡鱼各肠段中好氧和兼性厌氧菌数量的对数值分别为5.27±0.74、6.26±0.36、7.56±0.61。厌氧菌数量远大于好氧和兼性厌氧菌,相差约2～3个数量级,双歧杆菌为厌氧菌的优势菌。养殖水体中细菌数量的对数值为4.80±0.73,表明水体中营养盐浓度不高。黄颡鱼肠道与养殖水体中的优势菌基本相同,均为气单胞菌属、肠杆菌科和不动杆菌属。此外,对患细菌性出血病的黄颡鱼肠道菌群的研究结果显示,患病鱼肠道细菌数量显著增加,气单胞菌相比健康黄颡鱼增加18.3%～33.6%,细菌种类明显减少。表明气单胞菌等重要条件致病菌需要在一定条件下、达...
关键词：
黄颡鱼 肠道 水体 菌群
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
董学兴 吕林兰 赵卫红 於叶兵 刘其根
通过高通量测序技术分析不同养殖模式对罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)肠道菌群结构的影响,冗余分析(RDA)肠道菌群与水环境因子的关系。实验设置6种养殖模式:罗氏沼虾单养(MP组)、罗氏沼虾+浮萍(Lemna minor)(PP组)、罗氏沼虾+鲢(Hypophthalmichthys molitrix)(PF组)、罗氏沼虾+背角无齿蚌(Anodonta woodiana)+鲢(PMF组)、罗氏沼虾+背角无齿蚌+浮萍(PMP组)、罗氏沼虾+背角无齿蚌+浮萍+鲢(PMPF组)。养殖64 d,测定水环境因子(浊度、DO、pH、Chl.a、COD、BOD、NO_3-N、NO_2-N、NH_3-N、TN、TP、PO_4-P、TOC)及肠道菌群结构。结果表明:罗氏沼虾不同养殖模式对水体浊度、PO_4-P、TN和Chl.a具有显著影响(P<0.05),MP组PO_4-P浓度最大且显著大于其他组(P
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘明伟 魏捷 洪坤浩 王亚坤 刘付柏 朱新平 于凌云
肠道菌群在动物的营养代谢和免疫功能中发挥了重要作用。为探究种草养虾和稻田养虾两种模式对罗氏沼虾肠道菌群和肌肉风味的影响，本实验以相同养殖周期不同养殖区域的种草养殖（种草组）和稻田养殖（稻田组）的罗氏沼虾为对象，对其肠道内容物的肠道菌群结构、肌肉氨基酸以及其肌肉中微量元素的含量进行了测定。首先，在虾肠道菌群的门级分类表明：厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和软壁菌门（Tenericutes）是两种模式下均有的优势菌门（相对丰度>5%），此外，蓝藻细菌门（Cyanobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）是种草组的特异优势菌门；在属级分类方面：乳球菌属（Lactococcus）、肠杆菌属（Enterobacter）和Candidatus＿Hepatoplasma为两者的优势菌属。其次在菌群的多样性分析方面：稻田组的肠道菌群OTUs显著高于种草组（P<0.05），表明稻田养殖模式下罗氏沼虾肠道菌群物种多样性高；在肠道菌群功能的预测亦发现，两种养殖模式下罗氏沼虾肠道菌群的功能都聚集于新陈代谢调控通路上。最后，在营养成分含量分析和肌肉风味评估中证明：两者的鲜味氨基酸和甜味氨基酸总含量并无显著差异，但稻田组肌肉中丝氨酸、甘氨酸和精氨酸均显著高于种草组（P<0.05）；稻田养殖模式下罗氏沼虾肌肉中的铁元素含量显著高于（P<0.05）种草组，而铜、锌元素含量显著低于种草组（P<0.05）；其他矿物质元素含量无显著差异（P>0.05）。总之，稻田养殖模式下罗氏沼虾的肌肉风味更佳且肠道菌群多样性丰富，本研究的结果可为罗氏沼虾不同健康养殖模式提供技术参考和技术指导。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王元 周俊芳 韦信贤 马荣荣 赵姝 李新苍 房文红
运用Miseq高通量测序技术,分析凡纳滨对虾虾苗及其在海水和淡水2种养殖条件下生长到体长9~10 cm时的肠道和鳃的菌群结构。结果显示:虾苗、肠道和鳃样品在门水平上菌群均以厚壁菌门和变形菌门为主,但丰度差异较大;在属水平上,虾苗菌群以乳球菌属(36.1%)、未成功分属的γ–变形菌纲的菌株(25.5%)、芽孢杆菌属(13.5%)、Solibacillus(7.9%)、假单胞菌属(5.0%)和节杆菌属(2.5%)为主,鳃的菌群以乳球菌属、芽孢杆菌属、Solibacillus、假单胞菌属和节杆菌属为主,肠道菌群在海水养殖中的以发光杆菌属(22.9%)、弧菌属(18.2%)、乳球菌属(13.3%)、纤维弧菌属(8.0%)、希瓦氏菌属(5.5%)和芽孢杆菌属(5.4%)为主,而在淡水养殖中的以希瓦氏菌属(57.4%)、乳球菌属(18.8%)和芽孢杆菌属(6.3%)为主,弧菌丰度小于0.1%。养殖条件对凡纳滨对虾鳃中菌群结构影响较小,但对肠道菌群结构影响较大。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘艳霞 张靖婧 周叶青 王荦 林志萍 丁君 常亚青
为探究北方吊笼养殖刺参(Apostichopus japonicus)肠道及其养殖环境菌群结构的关系，本研究基于高通量测序技术全面解析刺参肠道和养殖环境菌群结构和功能特征，并初步探讨刺参肠道及其养殖环境菌群相关性。结果显示，刺参肠道菌群丰度和多样性均显著高于养殖水体(P<0.05)。刺参肠道及养殖水体主要优势菌门均隶属于变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)，二者存在13个相对丰度大于0.1%的共有核心菌属。此外，肠道菌群具有一定的独立性，其特异性菌群主要隶属于厚壁菌门(Firmicutes)和绿弯菌门(Chloroflexi)，以芽孢杆菌属(Bacillus)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、海泥海球菌属(Halioglobus)、Lutimonas和Woeseia为代表。基于KEGG代谢通路数据库，共注释到300条三级代谢通路，其中146条存在极显著差异(P<0.001)。刺参肠道菌群差异代谢通路主要表现在代谢方面，具体表现为碳水化合物消化吸收、蛋白质消化吸收和鞘脂类代谢。研究表明，刺参肠道菌群种类与其养殖水体呈高度相似性，但相对丰度存在显著性差异。本研究结果旨为北方刺参吊笼健康养殖提供一定的理论依据。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王雅丽 王语同 孙晶 卢运超 陈天楠 王于众 舒锐 吴丛迪 胡鲲
为了解可控式集装箱养殖模式对乌鳢营养组成、组织形态及肠道菌群的影响,以传统池塘养殖乌鳢(Channa Argus)(TW)作为对照,比较了其与可控式集装箱养殖乌鳢(JW)在肌肉营养组成(氨基酸、脂肪酸、微量元素)和组织形态(肌肉、肠道)等方面的差异,并采用高通量测序技术探究了两种养殖模式下乌鳢肠道菌群结构的差异。结果表明:从两种养殖模式的乌鳢肌肉检测出了16种常见氨基酸,其中TW组总必需氨基酸含量显著高于JW组(P<0.05),JW组总鲜味氨基酸含量显著高于TW组(P<0.05),JW组中二十碳五烯酸(EPA)与二十二碳六烯酸(DHA)含量之和显著高于TW组(P0.4,ω-6多不饱和脂肪酸总量与ω-3不饱和脂肪酸总量的比值TW,P<0.05)。两组养殖模式中,TW组乌鳢的肌纤维比JW组的更细,体现为密度大、直径小,肌间脂肪高于JW组,表明TW组乌鳢肉质口感更好。而JW组乌鳢肌肉的肌纤维横截面积更大,表明JW组乌鳢运动量较大,生长更快。JW组乌鳢肠道的杯状细胞数量明显多于TW组,表明JW组乌鳢肠道对营养的吸收更好,且能更好的保护肠道健康。JW组乌鳢的肠道皱壁相比TW组更宽,隐窝更深,表明JW组乌鳢肠道对营养的吸收效率更高。两种养殖模式下乌鳢肠道微生物的组成有显著差异(P<0.05),消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、梭菌科(Clostridiaceae_1)在JW组乌鳢肠道中丰度最高,是JW组的肠道优势菌群;微杆菌科(Microbacteriaceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)在TW组乌鳢肠道中丰度最高,是TW组的肠道优势菌群。研究结果从多个角度评价了新型集装箱控制养殖模式对乌鳢品质的影响,为集装箱养殖模式的技术创新和水产养殖模式改进提供了参考。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
郑菲菲 单宇峰 祝东梅 杨禧文 陈菲 叶可 马帅 王玉军
为探究不同养殖模式下黄鳝(Monopterus albus)胃肠道微生物的群落结构，本实验采用16S rRNA高通量测序技术研究虾塘散养、蟹塘散养、网箱投喂鱼浆和网箱投喂水蚯蚓4种养殖模式下黄鳝胃肠道微生物的组成和群落结构。Alpha多样性分析和Venn图结果显示，网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，而蟹塘散养组最低。除蟹塘散养组黄鳝肠道的优势菌为变形菌门，其余3种养殖模式黄鳝胃肠道优势菌群均为厚壁菌门，推测黄鳝胃肠道微生物的核心菌群为厚壁菌门。在属水平上，网箱投喂水蚯蚓养殖模式中黄鳝胃的优势菌群为粪杆菌属(Faecalibacterium)与嗜黏蛋白阿克曼菌属(Akkermansia),其余3种养殖模式中黄鳝胃的优势菌群都为韦荣球菌属(Veillonella);而虾塘散养组黄鳝肠道的优势菌群为瘤胃球菌属(Ruminococcus),其余3种养殖模式的优势菌群中都有双歧杆菌属(Bifidobacterium)。结果表明：网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，且益生菌群占比高，潜在致病菌较少，是比较健康的养殖模式。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
阮瑞 吴金平 李营 岳华梅 李创举 乔新美 熊伟 陈细华
为了解达氏鳇肠道微生物组成特征,采集6尾喂养人工配制饲料4周的达氏鳇后肠内容物分别提取DNA,并利用16S r RNA V3-V4变异区扩增子高通量测序的方法分析达氏鳇幼鱼肠道微生物组成与多样性。结果显示:6个样本共获得541575条有效序列,73个操作分类单元(OTUs)。73个OTUs隶属于7个门,其绝对优势菌群在门、目、科、属分类水平上分别为厚壁菌门(98.253%)、梭菌目(98.216%)、梭菌科(98.137%)、狭义梭菌属(92.892%)。序列注释发现,梭菌属中绝大部分为具有降解糖类为短链脂肪酸功能的Clostridium colicanis。此外,还分布有少量的分节丝状菌(3.99%)、鲸杆菌属(1.22%)等菌群。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
孟小亮 陈昌福 高宇 贺中华 田甜 刘振兴
从正常养殖的黄颡鱼肠道中分离得到218株细菌,通过产酶能力测试,对常见病原菌体外拮抗作用以及对抗生素敏感性试验筛选出1株益生菌HS140菌株。通过测定HS140菌株对黄颡鱼的致病性,并结合形态观察、生理生化试验和16SrRNA部分序列分析,对HS140菌株进行了分类鉴定。结果显示:HS140菌株具有很强的分泌蛋白酶、脂肪酶和淀粉酶的能力,能够抑制温和气单胞菌、迟缓爱德华菌和鳗弧菌的生长。HS140菌株对氨苄青霉素、磺胺异恶唑、先锋霉素VI等3种抗生素产生耐药性,对另外13种抗生素均敏感或中度敏感。急性毒性试验表明,浓度为1.0×108cfu/mL的HS140菌悬液对黄颡鱼没有致病性。HS140...
关键词：
黄颡鱼 地衣芽孢杆菌 筛选 鉴定
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王贤丰 赵艳飞 宋志飞 钟声平 黄国强 童潼 聂振平 苏琼 杨家林
采用基于Illumina Hi Seq测序平台的高通量测序技术,对拟穴青蟹(Scylla paramamosain)肠道及其养殖池塘水体、底泥中细菌种类及丰度进行了研究。测序结果显示,3个样品共获得有效序列234575条,可聚类于2812个分类操作单元(OTUs),归属于拟穴青蟹肠道、养殖水体、池塘底泥样品的操作分类单元(OTU)个数分别为453、706和2547,其中有184个OTU均能在3个样品中检测到,在青蟹肠道和养殖水体、青蟹肠道和池塘底泥中分别检测到197和309个共有OTU。物种注释结果显示,
[期刊] 水产学报
[作者]
李存玉 徐永江 柳学周 杨洪军 史宝 史学营 朱学武
为研究池塘和工厂化养殖条件下牙鲆肠道菌群结构差异及其与饵料、水环境及底质等的关系,采用Mi Seq高通量测序技术和生物信息学分析手段,构建牙鲆肠道、养殖水体、饵料和池塘底泥等7个样品的16S rRNA基因测序文库,分析不同样品中的菌群组成和生物多样性。结果表明:池塘养殖牙鲆肠道(B1)中以厚壁菌门(30.49%)、变形菌门(19.16%)和梭杆菌门(11.11%)为主,其中芽孢杆菌属(27.66%)占绝对优势,弧菌属(0.16%)丰度最小;工厂化养殖牙鲆肠道(B5)中以变形菌门(44.31%)、厚壁菌门(11.57%)和放线菌门(4.79%)为主,其中不动杆菌属(10.37%)丰度最大,弧菌属...
[期刊] 水产学报
[作者]
张正 廖梅杰 李彬 王印庚 王岚 荣小军 陈贵平
为研究疾病发生情况下鱼类肠道菌群的结构变化,运用高通量测序方法分别对感染腹水病和皮肤溃疡病的工厂化养殖半滑舌鳎病鱼及同一养殖系统中健康鱼的肠道菌群结构进行了对比分析。结果发现,养殖半滑舌鳎肠道中的细菌种类要明显少于环境中的细菌种类,仅为养殖池进水和颗粒饲料中细菌种类总数的14.3%~44.7%。在疾病发生后,病鱼肠道中的细菌种类数量仅是同一养殖系统中健康鱼肠道细菌种类数量的45.8%和64.5%,病鱼肠道中细菌多样性下降非常明显。进一步分析肠道菌群结构的组成发现,虽然发病鱼和健康鱼肠道中超过60%的细菌种类不相同,但优势菌群的结构组成差异不明显,丰度最高的前10种细菌种类基本相同,其比例超过肠...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
成永旭 刘洪天 常东 曾奇韬 孙中勇 李嘉尧
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘增新 柳学周 史宝 徐永江 刘权
采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术和生物信息学分析方法,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)工厂化人工育苗模式下仔稚幼鱼阶段6个不同发育时期18个样品的16S rRNA基因测序文库,共获得7462个OTU(Operational Taxonomic Unit),分类为42个菌门972个菌属。对肠道菌群的形成过程及结构多样性变化分析显示,牙鲆初孵仔鱼的菌群组成多样性丰富,体内的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Ba
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