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[期刊] 西南农业学报
[作者]
李治华 曾礼华 高方远 陆贤军 刘光春 任光俊
稻米的直链淀粉含量主要受Wx位点控制。该基因座位的多样性及与直链淀粉含量的显著相关性已被众多研究者证实。本文报道Wx基因内的一个新微卫星标记RA19。分析表明,利用该引物进行PCR扩增的产率和效率都明显高于微卫星标记"484/485"。进一步以本课题组育成的具有中等直链淀粉含量、抗穗发芽特性的保持系K81为优质基因供体,以籼型保持系川香29B、IR58025B、博ⅢB等为受体品种杂交、回交并自交,借助微卫星标记RA19辅助选择Wx基因型,改良了受体保持系的直链淀粉含量。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
何风华
微卫星又叫简单重复序列,是指以少数几个核苷酸(多数为2~4个)为重复单位组成的串联重复序列,微卫星的两侧为保守的单拷贝序列.不同品种间微卫星基序重复次数的不同而形成了多态性,这种多态性可以通过设计PCR引物扩增检测出来,此即为简单序列长度多态性.微卫星标记具有共显性、高多态性、实验操作简单、快捷和检测结果稳定可靠等优点,是一种理想的分子标记.微卫星标记在水稻基因组中非常丰富,且分布均匀,水稻微卫星标记已发展了2 740多个.微卫星标记在水稻分子标记连锁图的构建、基因(QTL)定位、系谱分析和分子标记辅助选择、遗传多样性研究和种质鉴定等许多方面得到了广泛应用.
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈跃进 张桂权 卢永根
为探明水稻品种的亲缘关系,合理利用水稻品种资源,选用55对微卫星标记引物对23个水稻品种的亲缘关系进行了研究,采用UPGMA构建系统树图进行聚类分析和计算遗传距离.结果表明:引物的扩增产物带型清晰,结果稳定;23个品种分为4种类型,其中籼型8个,粳型6个,偏籼型5个,偏粳型4个;籼型品种之间和粳型品种之间的亲缘关系均较近,偏籼型品种之间和偏粳型品种之间的亲缘关系均较远.为了提高籼稻或粳稻品种和杂交种的优势,应注意采用偏籼或偏粳材料作为亲本之一.
[期刊] 林业科学
[作者]
张新叶 张亚东 彭婵 宋丛文 杨彦伶
微卫星(microsatellite)又称简单重复序列(simple sequence repeat,SSR),是指以少数几个核苷酸为单位,多次串联重复的DNA序列,其普遍存在于真核生物及一些原核生物基因组中。基因组序列中微卫星重复序列变异最快,在群体间和不同个体间通常表现出很高的序列多态性,且呈共显性遗
关键词：
水杉 基因组 微卫星 标记开发
[期刊] 林业科学研究
[作者]
吴敏 杜红岩 乌云塔娜 刘攀峰 荆腾
为全面解读杜仲的遗传背景,本研究在基因组测序(数据未公布)的基础上,通过MISA软件搜索杜仲基因组(26 947/854 758 160 bp)中的完整型(1 7核苷酸重复)及复合型SSR序列,共查找出25 694个Scaffolds含有488592个SSR位点,占总Scaffolds的95.3%。从SSR位点分布密度上讲,平均每1 749 bp出现1个微卫星,其中单核苷酸重复单元的SSR含量最多,约占总数的54.34%,其次为二核苷酸(20.47%),而复合模式、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸和七核苷酸重复分别占20.29%、23.89%、0.77%、0.13%、0.10%和0.01...
关键词：
杜仲 基因组 SSR 标记开发 多态性
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘颖 张鹏 王铁杆 张敏 任鹏 钟晨辉 胡程睿
根据铜藻转录组测序数据来进行微卫星标记的发掘,共获得2 800个微卫星位点。二碱基重复出现的次数最多,占32.82%,其次是三碱基重复,占25.21%;在所有重复单元类型中,AC/GT出现频率最高,占9.18%;重复序列的长度则主要集中在12～20 bp,占72.79%;重复次数主要集中在5～10次,占74.14%。随机选取74对引物进行验证,最终获得18个具有多态性的微卫星标记。对31株铜藻个体进行检测和评价,共扩增得到43个等位基因,每个位点平均等位基因数为2.39,平均有效等位基因数为1.91,平均观测杂合度(H_o)为0.318,平均期望杂合度(H_e)为0.449,平均多态信息含量(PIC)为0.365,在18个位点中有11个显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。开发的微卫星标记为后续铜藻多样性、起源和迁移等遗传学问题研究提供了有力支撑。
关键词：
铜藻 转录组 微卫星标记
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
贾超峰 马海涛 姜海滨 刘相全 薛蕊
采用磁珠富集法筛选具多态性的许氏平鲉微卫星标记,并用一个野生群体对其多态性进行了评价。三引物PCR法筛选出58个阳性克隆进行了测序,共得到47个含微卫星核心的DNA序列,筛选出15对具有多态性的微卫星引物。所有位点上共得到66个等位基因片段,每个位点的观测等位基因数(A)为2~14个,平均等位基因数为4.4,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)范围分别为0.062 5~0.968 8、0.061 5~0.929 1。每个位点的多态信息含量(PIC)显示,有6个位点表现出高度或中度多态。经Bonferroni校正后,HJ2-32、HJ4-27、HJ4-45和HJ4-47四个位点的等位基因频率显...
关键词：
许氏平鲉 微卫星 磁珠富集
[期刊] 水产学报
[作者]
张潇峮 徐亘博 廖小林 张家波 陈松林
将牙鲆基因组DNA经限制性内切酶RsaⅠ和Bst UI双酶切后采用FIASCO法构建酶切片段基因组文库。共挑取269个克隆,177个为阳性克隆,阳性克隆率为65.79%。经测序后获得191条微卫星序列,其中完美型占74.35%;非完美型占14.66%;混合型占10.99%。用引物设计软件Primer Premier 5.0设计引物153对,挑选其中的50对合成并在32个野生牙鲆个体中进行扩增,共31个位点具有多态性,统计结果后使用POPGENE软件进行分析,平均等位基因个数为3.939 4,平均有效等位基因数为3.052 2,平均观测杂合度为0.650 1,平均期望杂合度为0.586 6,各引...
关键词：
牙鲆 微卫星 FIASCO 多态性
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
潘婷 张岩 张辉 高天翔 肖永双 姜云荣
利用Ｒｏｃｈｅ ４５４ ＧＳ ＦＬＸ平台测序技术进行了钝吻黄盖鲽微卫星引物筛选，并采用聚类分析的方法对得到的５６４１个微卫星位点进行类比分析，得到２４７种多态性位点，其中完美型占５２．２２％，非完美型占２０．２４％，复合型占２７．５４％，（Ａｃ）ｎ、（ＡＧ）ｎ两碱基重复类型的比例是４４％，重复次数在１０次以上的占总数的８７．５％。随机选取１１个位点的微卫星引物，采用５个野生个体，利用荧光标记和毛细管电泳进行多样性评价，４个位点偏离ｈＡＲｄｙ－ＷｅｉｎｂｅＲＧ平衡，不同位点得到的等位基因范围为３－８，平均等位基因数为５．０。平均观望杂合度（ｈｏ）、平均期望杂合度（ｈｅ）及平均多态性信息含量（Ｐｉ．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
潘婷 张岩 张辉 高天翔 肖永双 姜云荣
利用Roche 454 GS FLX平台测序技术进行了钝吻黄盖鲽微卫星引物筛选,并采用聚类分析的方法对得到的5641个微卫星位点进行类比分析,得到247种多态性位点,其中完美型占52.22%,非完美型占20.24%,复合型占27.54%,(AC)n、(AG)n两碱基重复类型的比例是44%,重复次数在10次以上的占总数的87.5%。随机选取11个位点的微卫星引物,采用5个野生个体,利用荧光标记和毛细管电泳进行多样性评价,4个位点偏离Hardy-Weinberg平衡,不同位点得到的等位基因范围为3-8,平均等位基因数为5.0。平均观望杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)及平均多态性信息含量(PI...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈叶雨 刘亚 杜军 宋明江 赖见生 林珏 龚全
【目的】由于达氏鲟缺乏第2性征,外部特征不足以判定其性别,所以通过筛选性别特异性的分子标记来进行性别鉴定将对达氏鲟养殖有着重要的意义。【方法】本研究从达氏鲟高通量测序获得的转录组数据库中,开发多态性的微卫星位点,并结合已报道的达氏鲟微卫星来进行性别相关位点的分析。【结果】根据转录组数据开发了15个具有多态性的微卫星位点,期望杂合度和Shannon-Wiener多样性指数分别在0.3831～0.8607和0.6541～1.9663。利用该15个微卫星位点和已报道的91个达氏鲟或鲟鱼通用的微卫星标记,在96尾(48♀,48♂)性成熟的达氏鲟个体中进行扩增并测序分型,结果显示1个位点ADX21的2个等位基因ADX21-144bp和ADX21-151 bp在雌雄个体间出现的频率差异达到了60%,分别为雄性优势条带和雌性优势条带,推测该位点可能与性别存在一定关联。【结论】本研究使用目前为止鲟鱼中使用数量最多的微卫星标记来进行大样本量的雌雄差异分析,为今后鲟鱼性别连锁标记的开发奠定了基础。
关键词：
达氏鲟 微卫星 多态性位点 性别相关标记
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吴天姝 梁翠 李宏博 朴钟云
【目的】利用人参单一基因(unigene)序列,研究人参转录区SSR的分布特征;开发单一基因微卫星(UGMS)标记,并比较人参UGMS与基因组SSR标记(G-SSR)在分布频率、多态性及通用性等方面的不同,为人参等五加科药用植物的鉴定、遗传图谱的建立等研究奠定基础。【方法】利用NCBI公共数据库的7 649条人参EST序列,筛选出含有SSR的单一基因序列,并分析人参SSR的分布;根据这些序列以及包含SSR的人参基因组序列合成的引物扩增人参不同品种和其它五加科植物。【结果】检测到总长度为2.72 Mb的4 869个单一基因。其中,488个单一基因分布有724个SSR,占人参EST的10.02%,...
关键词：
人参 单一基因微卫星 基因组SSR
[期刊] 华北农学报
[作者]
李鸿雁 李志勇 米福贵 卢新雄 师文贵
对扁蓿豆种质资源进行遗传多样性和亲缘关系分析,为育种者选择亲本和种质资源的开发提供理论依据。采用微卫星分子标记对来自内蒙古野生扁蓿豆种质资源50份材料进行鉴定。用8份扁蓿豆基因组DNA从89对截形苜蓿SSR引物中鉴定筛选出扩增带单一、稳定清晰且多态性强的18对引物。用这18对引物,对扁蓿豆材料的DNA进行SSR扩增,以研究其遗传多态性。结果共检测到109个等位位点,平均每对引物扩增出6.1个等位位点。6对SSR引物BI4BO3,MTIC272,MAL369471,MTIC237,MTIC188和MTIC27对于检测扁蓿豆遗传变异最有效。供试材料间遗传距离介于0.023 6~0.807 5,平均...
关键词：
扁蓿豆 微卫星标记 多态性聚类分析
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
吴亚亚 胡则辉 严兴洪 周志刚
从坛紫菜叶状体中提取基因组DNA,并用CTAB/NaCl纯化,得到质量较高的DNA,它无RNA污染,且OD260/OD280比值为1.89～1.95,适用于微卫星分子标记研究。根据坛紫菜微卫星DNA序列设计特异引物,进行坛紫菜微卫星的PCR扩增反应。用PopGen软件分析坛紫菜2个优良品系和1个野生种群间的Nei氏遗传相似系数和遗传距离分别在0.5760～0.6915和0.4251～0.6412,然后根据Nei氏遗传距离用MEGA软件构建了UPGMA聚类图,结果表明高蛋白和生长快这两个优良品系群体虽来自野生种群体,尽管表型差异不大,但从基因型来说它们已不同于野生种群体。同时还得到了3条可区分坛...
关键词：
坛紫菜 简单序列重复 微卫星DNA
[期刊] 中国农业科学
[作者]
应杰政 施勇烽 庄杰云 薛庆中
【目的】为正确评估中国水稻(Oryza sativa L.)主栽品种的遗传多样性提供依据。【方法】应用位于水稻)12条染色体上已筛选的24个微卫星(simple sequence repeats,SSR)标记组合(每条染色体2个),分析63个主栽常规稻品种和杂交稻组合亲本(2002年推广面积达6.67×104ha(100万亩))的遗传变异。【结果】共检测到135个等位基因,平均每个标记5.6个;多态性频率(frequency of polymorphisms,FP)变动范围为0.486～0.840,平均0.682。水稻恢复系比保持系/不育系遗传差异大;与常规籼稻品种相比,常规粳稻品种的遗传多样...
关键词：
水稻 微卫星标记 遗传多样性 遗传关系
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