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[期刊] 华北农学报
[作者]
陈志雄 戴双凤 夏昌选 谢海媚 李亚娟
为研究水稻ＳＡＮＤ结构域蛋白的序列和功能，利用ＢｌＡＳｔ在水稻基因组中搜索编码ＳＡＮＤ结构域的基因，然后构建增强表达载体并通过遗传转化研究基因功能。结果表明，水稻基因ｌＯＣ＿ＯＳ０１ｇ５７２４０（命名为ＯＳＵｌｔ１）编码的氨基酸序列含有ＳＡＮＤ结构域和ＵｌｔＢ－ＢＯｘ共有序列，与其他植物Ｕｌｔ氨基酸序列相似性为４９．３％～９２．３％，具有较好的保守性；３５Ｓ：：ＯＳＵｌｔ１转基因株系部分颖花发育异常，出现内稃发育滞缓或退化、浆片过度发育或数目变多、雄蕊数目３～７枚、雌蕊２枚的现象；颖花内产生多余的小花，表明ＯＳＵｌｔ１对水稻花分生组织正常分化具有重要的调控作用。
关键词：
水稻 花发育 SAND结构域 基因 序列
[期刊] 水产学报
[作者]
刘至治 蔡完其 李思发
通过主要组织相容性复合体(MHC)基因的分析,探讨了中华鳖5个群体(黄河、淮河、洞庭湖、鄱阳湖、太湖)间的遗传变异与分化。中华鳖编码MHC I类分子α2结构域基因的多态性很丰富。主要表现在:(1)中华鳖编码MHC I类分子α2结构域的基因序列存在插入或缺失变异,共获得7种不同长度的基因序列,其中222bp、231bp分别在42、23个体出现,为两种主要长度的基因序列;(2)共获得41种不同的核苷酸序列,这些核苷酸序列的相似度在0.386~0.995之间,表明序列间的歧异度较大;(3)在所有核苷酸序列中,共有250个有效位点,其中174个为变异位点,多态位点百分率达69.6%,但群体间存在差异:...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陈华夏 申国境 王磊 邢永忠
通过分析4个完成测序和注释的植物基因组,系统地分离鉴定了97个水稻、玉米、高粱和拟南芥的CCT结构域基因,并对相应蛋白质的结构和基因之间的系统演化关系进行了分析。结果表明:CCT结构域基因的蛋白质结构和特性在不同物种之间具有广泛的变异;不同基因组中CCT结构域基因通过染色体复制扩展了基因家族成员。根据其CCT结构域分为4组,其中1个亚组集中了绝大部分的禾本科CCT结构域基因,该亚组基因可能特异参与了禾本科作物开花时间的调控。基因家族成员的扩展,蛋白质结构的改变以及基因表达模式的变异共同导致了CCT结构域基因家族成员在物种间和物种内的功能分化。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李壮 黄玉碧
从小麦品种中国春中克隆了TaPhyB在染色体4D上的cDNA的全长编码序列,所得序列定位于4D染色体长臂上,被命名为TaPhyB3。通过中国春1D-4D-6D BAC文库的筛选,设计引物亚克隆得到光敏色素基因B的基因序列,其含有4个外显子和3个内含子。通过生物信息学软件的预测,该基因编码蛋白的功能结构域有6个:DAF DOMAIN,PHYTOCHROME REGION,PAS-ADOMAIN,PAS-B DOMAIN,HISTIDINE KINASE RELATED DOMAIN 1和HIETIDINE KINASE RELATED DOMAIN 2。编码序列与染色体倍数关系的分析结果表明Ta...
关键词：
小麦 蛋白结构 染色体 编码序列
[期刊] 水产学报
[作者]
邹枘峰 李丹蕾 张亦陈 刘逸尘 耿绪云 孙金生
含溴结构域蛋白(bromodomain/BRD-containing protein, BCP)是一种高度保守的蛋白,属于含溴结构域和额外终端域(bromodomain and extraterminal, BET)蛋白超家族成员。该蛋白在有丝分裂过程中通过募集不同的染色体修饰蛋白,达到了广泛调控基因复制及转录的作用,其表达水平的变化常与肿瘤及炎症的发生相关联。本研究根据实验室前期转录组结果提示信息,首次获得了凡纳滨对虾2 229 bp的BCP基因cDNA序列(LvBRD, GenBank注册号:MH638256),利用在线软件进行了生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR (qPCR)技术分析了该基因的组织表达特征和其在对虾白斑综合征病毒(WSSV)、苏云金芽孢杆菌以及副溶血性弧菌侵染过程中的表达变化特征。结果显示,LvBRD编码的蛋白质有一个保守的可以参与细胞周期调控过程的溴结构域(bromodomain,BRD);组织表达分析表明该基因主要在凡纳滨对虾血细胞、肝胰腺和鳃组织中表达;在WSSV和病原菌感染后早期(0.5～12 hours past infection,hpi),Lv-BRD的表达可以被显著诱导,在血细胞中呈明显上调的表达趋势,表明该基因在一定程度上参与了对虾体内由病原引发的天然免疫应答反应。上述研究结果为进一步研究Lv-BRD基因在对虾抗病毒免疫及干扰素调控过程中的功能和作用机制奠定了基础。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
靳利娜 陈乃松 肖温温 梁勤朗
胰岛素在鱼体内是一种重要的内分泌激素,其主要的生理功能是调控鱼体的代谢和血糖稳定。用RT-PCR和cDNA末端快速扩增法(RACE)技术克隆了大口黑鲈(Micropterus salmoides)胰岛素基因cDNA全序列,并对其编码的氨基酸序列和蛋白结构进行了分析。结果显示,该基因cDNA序列全长665 bp,其中包括5'端非翻译区101 bp、3'端非翻译区213 bp和开放阅读框351 bp。该开放阅读框编码包括信号肽、B链、C肽和A链的116个氨基酸,其分子量约为12.7 ku,理论等电点为5.44。在线分析表明:推测的大口黑鲈前胰岛素原氨基酸序列存在一段跨膜区;并存在信号肽序列,信号肽...
[期刊] 华北农学报
[作者]
耿荣庆 陈玉林 王兰萍 杨朝霞 姜维 刘敏 曹春娜
对绒山羊和绵羊KAP1.4基因的编码区进行克隆与分析,在此基础上预测了KAP1.4蛋白的分子结构,为研究毛(绒)用性状的分子基础提供资料。结果表明,克隆测序获得绒山羊、绵羊KAP1.4基因编码区序列长度为579bp和549 bp,分别编码192个氨基酸和182个氨基酸。生物信息学分析表明,绒山羊和绵羊KAP1.4蛋白的基本理化特性方面无明显差异,属于非跨膜蛋白,信号肽的长度和裂解点相同,都具有1个蛋白激酶C磷酸化位点、3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和6个N端酰基化位点;蛋白的二级结构由β折叠、β转角和无规则卷曲构成。三级结构预测显示,绒山羊与绵羊KAP1.4蛋白在空间三维结构上存在显著差异,将会进...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
任鄄胜 肖培村 陈勇 黄湘 王玉平 李仕贵
【目的】明晰水稻抗瘟性表型和抗病基因同源序列多态性之间的关系,了解广谱、持久抗瘟性的分子遗传基础。【方法】利用25个稻瘟病鉴别品种(系)和20个水稻品种(系)在人工接种条件下的对稻瘟病单孢菌株的抗性表型和抗病基因同源序列(resistance gene analogs,RGA)多态性进行聚类比较分析。【结果】以单孢菌株接种的抗性表型聚类,取相似系数0.450,可将45个品种(系)划分为A、B两大类;取相似系数0.618,A、B两大类又分别可分为ⅰ、ⅱ、ⅲ、ⅳ等4个亚类。以抗病基因同源序列多态性聚类,取遗传相似系数0.620,可将45个品种(系)划归Ⅰ,Ⅱ两类,这两类明显地趋向籼粳两亚种划分;取...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李新福 谢元澄 张庆波 赵兴波 顾垚 朱翔 谢庄 李齐发
根据黄牛DAZL基因序列设计引物,通过PCR扩增和克隆测序获得牦牛睾丸组织DAZL基因编码区序列,利用生物信息学软件分析牦牛DAZL基因编码区序列结构以及与其他物种的系统发育关系。结果表明:牦牛DAZL基因cDNA序列长度为1 782 bp,编码区全长885 bp,编码295个氨基酸,与黄牛的氨基酸序列同源性为98.31%;牦牛DAZL蛋白含有DAZ基因家族所具有的典型的RNA结合域和DAZ重复基序。系统发育分析显示:牦牛与黄牛首先聚为一类,然后与哺乳纲的其他物种相聚,而与鱼纲、爬行纲动物的亲缘关系最远。
[期刊] 水产学报
[作者]
贡成良 曹广力 薛仁宇 张传溪
序列分析表明:欧洲鳗鲡GH基因从ATG到TAG共计2393bp,有4个外显子、3个内含子,推测编码209个氨基酸。第一内含子存在3个重复单体构成的微卫星序列。同源性分析表明:欧洲鳗鲡GH可分为5个结构域,GDI-GD4区域与GH的活性有关,为GH与其受体专一性结合区域,GD5区域与GH分子的结构、稳定性有关。进化分析表明,鱼类GH分可成3个不同的组,欧洲鳗鲡GH基因属Ⅰ组,Ⅱ组可分含4个内含子基因及含5个内含子基因二个亚组,Ⅲ组GH基因有5个内含子。推测原始的GH基因在进化过程中,通过丢失或增加内含子导致基因歧化。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘福秀 阮小蕾 何云蔚 李华平
【目的】了解水稻瘤矮病毒(RGDV)基因组结构与功能。【方法】根据已报道的RGDV基因组各片段末端序列及其反向重复特性,采用4轮RT-PCR的方法扩增RGDV基因组第6片段(S6),用生物学软件进行序列分析。【结果】得到了该病毒S6的全序列。S6全长1651bp,G+C含量39.13%,包含一个长的ORF,起始于第25位,终止于第1497位,编码490个氨基酸,分子量为53.3kD。【结论】该蛋白与伤瘤病毒(WTV)的P7的相似性为30.0%,与水稻矮缩病毒(RDV)的P7的相似性为31.7%。这是RGDVS6全序列的首次报道。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
邹丽芳 陈功友 武晓敏 王金生
水稻条斑病细菌(Xanthomonasoryzaepv.oryzicola,Xooc)和水稻白叶枯病菌(X.oryzaepv.oryzae,Xoo)是稻黄单胞菌种下的致病变种,是水稻上的模式病原菌。用Xoo无毒基因avrXa3对应的NLS和AD区域的DNA片段构建探针,筛选Xooc基因文库,再通过酶切归类和Southern杂交分析,从Xooc中获得2个avBs3r/PthA家族基因克隆,分别被命名为avr/Pth13和avr/Pth14。序列测定结果显示,它们与avrBs3PthA家族成员,几乎一样的5′端和3′端、1个亮氨酸拉链(leucinezipper,LZ)、3个核定位信号(nucle...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王海微 韩云飞 朱琳 曲悦 何沈雨 张忠臣 金正勋
为了比较分析OsRSR1表达特点及序列和功能变异与性状遗传变异关系,选用籽粒直链淀粉含量很高的籼稻品种和极低的糯稻品种及遗传背景相似,但籽粒直链淀粉含量存在显著差异的粳稻亲本和杂交子代超亲变异系等为供试材料,进行转录因子基因OsRSR1的克隆、表达量测定及生物信息学分析。结果表明,灌浆初始阶段和后期阶段OsRSR1表达量大,灌浆中期表达量小,呈V字形变化,籽粒OsRSR1表达量高的品种其籽粒直链淀粉含量低,反之表达量低的品种籽粒直链淀粉含量高,二者间呈负相关关系,而且品种间有性杂交子代OsRSR1表达量会出现超亲变异;籽粒直链淀粉含量不同的水稻品种间OsRSR1全长DNA碱基序列及mRNA碱基序列和氨基酸序列并不完全一致,存在着多态性,与亲本相比有性杂交后代DNA碱基序列无论是在外显子区还是内含子区都可发生变化,而且DNA转录mRNA过程中也发生个别碱基的变化,形成与DNA碱基序列不配的mRNA碱基序列,最终形成同义或非同义的三联体密码,是性状产生遗传变异和基因多态性的重要途径; OsRSR1由8个外显子和7个内含子组成,基因序列的碱基变化均未改变基因的完整结构,籽粒直链淀粉含量差异显著的6个供试材料间的个别氨基酸差异并未导致OsRSR1蛋白的基本元件和功能变化,该蛋白结构域保守性很强。为深入研究基因转录水平的分子调控和遗传变异机制提供理论依据。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘文波 周斌 黄兵 张秀美 张素芳 陈溥言
根据传染性喉气管炎病毒(ILTV)美国632株TK基因序列设计并合成1对引物,以ILTV烟台株DNA为模板扩增了TK基因,并对其进行了序列测定。将ILTV烟台株的TK基因和TK蛋白分别与ILTV美国632株,英国T horne株,B e ijing E 2株,BHV-1,EHV-1,EHV-2,FHV-1,HHV-1,HHV-2,HHV-3,HHV-4,HVT,M DV-1,M DV-2,PRV和SHV-2的TK基因和TK蛋白比较后发现,其TK基因的核苷酸和TK蛋白的氨基酸同源性分别为24.6%~99.5%和15.1%~98.9%,表明不同ILTV毒株之间TK基因和TK蛋白相对保守,但与其他α...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
康晓慧 陈浩 张梅
【目的】研究3种时间序列分析模型对水稻稻瘟病的预测效果,为该病害的预测提供参考。【方法】以1980-2007年四川省剑阁县水稻种植面积和稻瘟发病面积为原始数据,分别采用时间序列分析中的滑动平均、指数平均和方差分析周期外推法建立水稻稻瘟病发病情况的预测模型,分析其预测效果,并在2008年的稻瘟病预测中进行了验证应用。【结果】滑动平均、指数平均和方差分析周期外推法3种时间序列线性模型均能较好地预测水稻稻瘟病的发病趋势,1980-2007年其预测值与实测值的拟合度分别为97.7%,96.1%和99.8%;2008年预测值与实测值的相对误差分别为14.5%,18.1%和8.4%。【结论】3种时间序列分...
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