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[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘福秀 阮小蕾 何云蔚 李华平
【目的】了解水稻瘤矮病毒(RGDV)基因组结构与功能。【方法】根据已报道的RGDV基因组各片段末端序列及其反向重复特性,采用4轮RT-PCR的方法扩增RGDV基因组第6片段(S6),用生物学软件进行序列分析。【结果】得到了该病毒S6的全序列。S6全长1651bp,G+C含量39.13%,包含一个长的ORF,起始于第25位,终止于第1497位,编码490个氨基酸,分子量为53.3kD。【结论】该蛋白与伤瘤病毒(WTV)的P7的相似性为30.0%,与水稻矮缩病毒(RDV)的P7的相似性为31.7%。这是RGDVS6全序列的首次报道。
[期刊] 华北农学报
[作者]
方守国 王朝辉 韩成贵 李大伟 于嘉林
水稻黑条矮缩病毒(Rice black-streaked dwarfvirus,RBSDV)是引起我国水稻黑条矮缩病和玉米粗缩病的病原。引起玉米粗缩病的RBSDV湖北分离物10条基因组dsRNA全序列已被确定,其中基因组片段6(S6)全长序列为2 645bp,只含有一个阅码框(82~2460 nt),编码一个分子量约为89.6 kDa的蛋白(P6)。为进一步研究该蛋白的生物学功能,在大肠杆菌中表达了RBSDV基因组片段6编码的P6蛋白并制备了相应的抗血清。Western blotting分析显示,P6抗血清不与纯化的RBSDV粒子蛋白发生反应,而在被RBSDV感染的玉米叶片和带毒的传播介体——...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吴丽婷 阮小蕾 沈文锦 谭小勇 翟国会 李华平
【目的】证明中国湛江地区菠萝上是否存在菠萝杆状DNA病毒(Pineapple bacilliform comosus virus,PBCoV),并获得PBCoV的基因组全序列,分析该病毒与其它Badnavirus病毒分离物间的分子差异。【方法】设计特异引物,通过反向PCR及分段克隆两种方法扩增PBCoV,克隆后测序获得PBCoV基因组全序列,利用不同生物学软件进行序列分析。【结果】PBCoV基因组为环状结构,全长7543bp;含有3个典型的ORFs,推测其编码蛋白的分子量分别为20.4、14.0和217.6kD。其基因组与GenBank登录的PBCoV ORF3部分核苷酸序列同源性87%-97...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
卢嫣红 张金凤 熊如意 徐秋芳 周益军
【目的】分析南方水稻黑条矮缩病毒(SRBSDV)基因组S6编码的SP6蛋白的抑制子活性,明确SRBSDV是否编码RNA沉默抑制子来干扰植物的沉默。【方法】将分别含有SP6与GFP质粒的农杆菌共浸润转GFP基因的16c本氏烟纯合系,观察SP6对局部沉默和系统沉默的抑制作用;将含有SP6,GFP和dsGFP质粒的农杆菌三者共浸润,观察SP6对由dsRNA引起的沉默的抑制作用;在同一植株不同部位接种GFP和SP6,观察SP6对RNA沉默信号传导的影响;通过马铃薯X病毒(Potato virus X,PVX)在本氏烟上表达SP6,观察SP6是否能增强PVX的致病性。【结果】SP6能抑制由GFP正义RN...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
潘梦 付余 王笑言 徐永亮 杨汉春 张大丙
为揭示国内新型鸭肝炎病毒(DHV)基因组3′末端的序列特点,用3′RACE和RT-PCR克隆DHV分离株C-GY株的基因组3′末端序列,并以GenBank中已知全序列的22株DHV作为参照,进行比较分析。结果表明,C-GY株基因组3′末端包含1 359 nt的3D、终止密码子TAA3、66 nt的3′UTR和15 nt的poly(A)。与其他DHV相同之处:C-GY的3D蛋白含453个氨基酸,亦包含小RNA病毒RNA聚合酶的5个特征基序。C-GY的3′UTR长度与台湾新型DHV相同,仅比韩国新型缺少1个C,但比DHV血清1型(DHV-1)长52 nt。分析3D和3′UTR核苷酸序列,可见C-G...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
李伟佳 张志宏 郭巍 郑文燕 代红艳
高通量测序技术是近年来发展起来的一种重要的分子生物学技术，能一次对几十万至几百万条ＤＮＡ分子进行序列测定，在基因组解析、转录组分析、基因变异位点筛查等方面广泛应用。探讨通过对感染病毒的草莓材料进行转录组测序来解析病毒基因组的可行性。以怀疑感染病毒的草莓叶片为试材，利用ＩｌｌｕｍＩＮＡ测序技术进行转录组测序分析。通过对组装得到的单基因序列进行注释分析，筛选出１２个注释为草莓病毒的单基因序列，它们源自４种草莓病毒，分别是草莓轻型黄边病毒、草莓坏死休克病毒、草莓镶脉病毒及草莓皱缩病毒。利用ＲＴ－ＰＣＲ技术对转录组测序结果进行了验证，表明利用高通量测序技术解析草莓病毒基因组序列的可靠性。本研究探索出解．．．
关键词：
草莓 转录组测序 病毒 基因组
[期刊] 西南农业学报
[作者]
朱晨 唐伟 阴筱 董玲霞 孙厚俊
【目的】解析我国美人蕉黄条病毒（Canna yellow streak virus， CaYSV）的全基因组序列及遗传进化地位，为指导病害防控提供科学指导。【方法】通过反转录-聚合酶链式反应（Reverse transcription-polymerase chain reaction， RT-PCR）技术和快速扩增cDNA末端（Rapid amplification of cDNA ends，RACE）技术从江苏扬州和湖南长沙采集到的美人蕉病样中，扩增获得CaYSV全基因组序列，并利用MegAlign、Mega11和RDP5软件对全基因组序列分别进行核苷酸一致率分析、系统进化分析和重组分析。【结果】除poly(A)外，扬州分离物和长沙分离物全基因序列均为9501 nt，开放阅读框(Open reading fragment， ORF)均为9123 nt，编码3040个氨基酸组成的多聚蛋白。序列分析表明，CaYSV扬州分离物和长沙分离物与已报道的CaYSV分离物全基因组核苷酸序列一致率分别为93.9%～99.4%和94.0%～99.5%。根据外壳蛋白(Coat protein， CP)氨基酸序列构建系统进化树，CaYSV可以分为A和B2个大组，其中A组又分为3个亚组。重组分析表明，CaYSV扬州和长沙分离物中均存在1个重组事件。【结论】CaYSV存在于我国江苏扬州和湖南长沙的美人蕉上。根据CaYSV的CP蛋白氨基酸构建系统进化树，扬州分离物和长沙分离物聚类到A1亚组，与泰国分离物K2、PHC478及俄罗斯分离物KS等亲缘关系较近。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘慧芳 张莉娟 李宁求 梁红茹 林强 刘礼辉 牛银杰 付小哲
【目的】对加州鲈弹状病毒弱毒三水株(MSRV-SS-7)及其母源株(MSRV-SS)进行全基因组克隆和测序分析。【方法】采用分段扩增方法对MSRV-SS-7及MSRV-SS基因组核心序列进行PCR扩增,第1轮根据鳜鱼弹状病毒(SCRV)基因序列(NC_008514.1)设计10对引物进行扩增并测序;在第1轮扩增产物测序、拼接基础上,设计8对引物进行第2轮扩增,拼接后获得基因组核心序列。同时用cDNA末端快速扩增法(RACE)获得3′和5′末端序列。采用Vector NTI 8.0对基因组核心序列和末端序列进行拼接,获得基因组全序列,使用Clone Manager 8.0对MSRV-SS-7和MSRV-SS进行序列比对分析;同时使用DNAMAN将基因组G基因序列转换为氨基酸序列,并通过MEGA 5.0与其他鱼类弹状病毒的G蛋白氨基酸序列进行进化树分析。【结果】MSRV-SS-7及其母源株MSRV-SS基因组全长均为11 548 bp,包含N、P、M、G、L等5个结构基因,基因组结构为3′Leader-N-P-M-G-L-Trailer 5′;MSRV-SS-7与MSRV-SS全基因组中共有10处核苷酸不同。G蛋白进化分析表明,MSRV-SS-7及母源株MSRV-SS与SCRV亲缘关系最近,且与鲈鱼弹状病毒属(Perhabdovirus)聚为一支。【结论】克隆分析了MSRV-SS-7的全基因组序列,可以用于后续活疫苗的开发。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
温立斌 何孔旺 杨汉春
【目的】确定猪体内存在与猪圆环病毒2型核苷酸序列高度同源的因子。【方法】首先利用PCR方法对来自临床表现为猪断奶后多系统衰竭综合征的猪血清所抽提的DNA进行扩增,根据获得的序列再设计引物进行反向PCR,拼接得到类猪圆环病毒2型因子P1的全基因组序列,最后根据P1全基因组序列设计引物扩增其全基因组加以验证。【结果】首次完成了类猪圆环病毒2型因子P1的全基因组序列测定。测序结果表明P1因子为环状DNA基因组,全长648个核苷酸,包括3个开放阅读框。除5′端16个核苷酸外,P1因子与国内猪圆环病毒2型BF毒株的核苷酸同源率为98.42%。系统进化分析表明P1与猪圆环病毒有很近的亲缘关系。【结论】猪体...
[期刊] 华北农学报
[作者]
徐品三 孙冰轮 姜旭 李焕改
根据GenBank上已登录的百合斑驳病毒(LMoV)基因组序列设计7对交叉重叠的引物,利用RT-PCR技术对铁炮百合白天堂进行检测,并经克隆测序获得百合斑驳病毒大连分离物(LMoV-DL)基因组全序列。序列分析表明:LMoV基因组由长度为9 648 bp的线状单链正义RNA组成,包括一个poly(A)尾巴,编码一个由3 096个氨基酸组成的分子量为351 kDa的多聚蛋白。同时多聚蛋白系统发育分析说明LMoV隶属于Potyvirus属一个较大的分支,在进化关系上与BYMV和ClYVV最近。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
袁彧伟 付崇毅 孙平平 马强 张斌 李正男 张磊
[目的]研究苹果锈果类病毒内蒙古金红分离物的基因组序列,为苹果锈果类病毒的有效防控提供参考。[方法]鉴定内蒙古自治区园艺研究院实验农场果实表现花脸的金红苹果叶片是否被苹果锈果类病毒(apple scar skin viroid,ASSVd)侵染。提取植物总RNA并以获得的总RNA为模板合成cDNA第一链,通过RT-PCR技术检测样品中的ASSVd,并经克隆测序获得ASSVd内蒙古金红分离物全基因组序列。采用MEGA 6.0、DNAMAN软件对不同寄主和不同地区来源的ASSVd分离物核苷酸序列进行分析,利用线上工具RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物的RNA二级结构。[结果]在疑似感病内蒙古金红苹果叶片样品中检测到ASSVd。ASSVd内蒙古金红分离物的序列长度为330 nt(GenBank登录号MZ476527),与ASSVd新疆梨分离物(JX861258)的亲缘关系最近,核苷酸序列一致性也最高,为97.9%;其次与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598205)的亲缘关系较近,序列一致性为97.0%;与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598204)的核苷酸一致性最低,为87.5%。系统发育分析显示,ASSVd的遗传关系与寄主和地理来源相关性不大。多重对比分析结果表明,ASSVd的变异主要集中在左末端区、致病区和中央保守区。RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物RNA基因组具有杆状二级结构,自由能为-499.49 kJ/mol。[结论]内蒙古金红苹果样品被ASSVd侵染,获取了其基因组序列相关信息。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
袁彧伟 付崇毅 孙平平 马强 张斌 李正男 张磊
[目的]研究苹果锈果类病毒内蒙古金红分离物的基因组序列,为苹果锈果类病毒的有效防控提供参考。[方法]鉴定内蒙古自治区园艺研究院实验农场果实表现花脸的金红苹果叶片是否被苹果锈果类病毒(apple scar skin viroid,ASSVd)侵染。提取植物总RNA并以获得的总RNA为模板合成cDNA第一链,通过RT-PCR技术检测样品中的ASSVd,并经克隆测序获得ASSVd内蒙古金红分离物全基因组序列。采用MEGA 6.0、DNAMAN软件对不同寄主和不同地区来源的ASSVd分离物核苷酸序列进行分析,利用线上工具RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物的RNA二级结构。[结果]在疑似感病内蒙古金红苹果叶片样品中检测到ASSVd。ASSVd内蒙古金红分离物的序列长度为330 nt(GenBank登录号MZ476527),与ASSVd新疆梨分离物(JX861258)的亲缘关系最近,核苷酸序列一致性也最高,为97.9%;其次与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598205)的亲缘关系较近,序列一致性为97.0%;与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598204)的核苷酸一致性最低,为87.5%。系统发育分析显示,ASSVd的遗传关系与寄主和地理来源相关性不大。多重对比分析结果表明,ASSVd的变异主要集中在左末端区、致病区和中央保守区。RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物RNA基因组具有杆状二级结构,自由能为-499.49 kJ/mol。[结论]内蒙古金红苹果样品被ASSVd侵染,获取了其基因组序列相关信息。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
高亚梅 韩毅强 汤辉 孙东梅 王彦杰 王伟东
【目的】分析根瘤菌基因组中的简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs),为其在根瘤菌遗传多样性研究中的应用提供有益的信息。【方法】利用公共的微生物串联重复序列数据库资源,对已测序的3种根瘤菌基因组中SSRs的结构类型、分布、丰度等进行系统的比较分析。【结果】大豆慢生根瘤菌(Bradyrhizobium japonicum)、百脉根根瘤菌(Mesorhizobium loti)和苜蓿中华根瘤菌(Sinorhizobium meliloti)基因组中的SSRs分别为1410个、859个和638个,3种根瘤菌基因组中长重复的四、五、六核苷酸基序更为丰富,变异性更高。数目...
关键词：
根瘤菌 基因组 微卫星序列
[期刊] 水产学报
[作者]
魏峦峦 沈和定 张雨 方磊 张坤霞 陈诚
采用LA-PCR技术对瘤背石磺线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,瘤背石磺线粒体基因组序列全长13 957 bp,由22个tRNA、2个rRNA、13个蛋白编码基因和19个长度为2～138 bp的非编码区组成。4个蛋白质编码基因和8个tRNA基因从L链编码,其余基因均从H链编码。蛋白质基因的起始密码子,除ND2为TTG以外,均为典型的起始密码子ATN。COⅢ和Cytb基因使用了不完全终止密码子T,其余基因均使用典型的TAA或TAG。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现tRNASer缺少DHU臂,tRNASer和tRNAThr的反密码子环上有9个碱基,而不是通常的7个碱基。最长的非...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
张姮 康林 高必达 陈冬美
提取毒麦属6个种的样品DNA,分别采用PCR产物直接测序和克隆测序2种方法,对毒麦属6个种rDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8SrDNA和ITS-2)进行序列测定.结果表明,毒麦属植物ITS序列总长度约为647bp,其中ITS-1,5.8SrDNA和ITS-2分别有16、7和7个变异位点.采用NJ法建立的系统发育树与形态学分类基本相符.
关键词：
毒麦属 ITS序列 rDNA
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