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[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王步勇 王峰 李丹蕾 马玲 陈俏丽 王博文
根据水稻干尖线虫转录组测序结果，采用ｃ ＤＮＡ末端快速扩增技术（ＲＡｃＥ法）从水稻干尖线虫中克隆到效应因子ＳＰＲＹ同源基因，并将其命名为Ａｂ–ＳＰＲＹＳＥｃ（ＮｃｂＩ登录号为ＫＴ１８８８２０）。该基因全长为２ ０８９ ｂＰ，包含１个１ ９６２ ｂＰ的开放阅读框（ＯＲＦ）。预测蛋白编码６５３个氨基酸，相对分子质量为７２ ００９，理论等电点为４．８２，不稳定指数为４１．５，属于不稳定性蛋白。保守区预测分析结果表明，该蛋白含有ｂ３０２＿ＳＰＲＹ和ｃＴＬＨ ２个保守结构域，属于ＳＰＲＹ超家族。多序列比对分析结果表明，该基因编码蛋白与马来丝虫的ＳＰＲＹ（ＸＰ＿００１８９１９７９．１）蛋白的相似度为４３％．．．
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王步勇 李丹蕾 王峰 马玲 陈俏丽 王博文
根据转录组测序结果，结合ＲＴ–ＰＣＲ及ＲＡＣＥ技术，从水稻干尖线虫中克隆出翻译控制肿瘤蛋白（ＴｈＥ ＴＲＡｎｓｌＡＴｉｏｎＡｌｌｙ ＣｏｎＴＲｏｌｌＥｄ ＴｕｍｏＲ ＰＲｏＴＥｉｎ，ＴＣＴＰ）基因Ａｂ–ＴＣＴＰ。该基因序列全长８１０ ｂＰ，开放阅读框长度为５４６ ｂＰ，编码１８１个氨基酸，预测蛋白相对分子质量为２０ ９３０，等电点为４．６８；Ａｂ–ＴＣＴＰ蛋白属于稳定性蛋白，没有信号肽和跨膜区域，亚细胞定位于细胞核中；该蛋白功能区域的氨基酸序列较为保守，含有ＴＣＴＰ保守结构域，属于ＴＣＴＰ超家族（ＴＣＴＰ ｓｕＰＥＲｆＡｍｉｌｙ）。多序列比对分析结果表明，Ａｂ–ＴＣＴＰ蛋白与秀丽隐杆线虫ＴＣＴ．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
王步勇 王峰 李丹蕾 马玲 陈俏丽 王博文
为防治水稻干尖线虫病提供理论支持,研究了水稻干尖线虫氨基肽酶基因特征,并对其编码蛋白结构与功能进行分析。基于水稻干尖线虫转录组测序,并通过RACE技术,从水稻干尖线虫中克隆得到了一氨基肽酶基因AbAmpep。生物信息学进行基因分析,原位杂交实验进行表达定位分析。该基因CDS序列全长为2 787 bp,含有2个开放阅读框(ORF)。最长开放阅读框(ORF)大小2 661 bp,可编码886个氨基酸,蛋白分子量为101.74 k Da,理论等电点(PI)为5.78。编码蛋白氨基酸序列中具有2个Zn2+结合位点和1个Pep N保守结构域,有特征信号序列TISHELAHFW,属于谷氨酸锌蛋白(Glu ...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
胡廷章 吴应梅 杨俊年 吴晓丽
利用RT-PCR技术从水稻中克隆到OsLEA2的cDNA。序列分析表明,OsLEA2基因的读码框为312 bp,编码一个由103个氨基酸残基组成的蛋白,富含Ala、Lys、Glu、His、Val和Arg,不含Asn、Cys、Phe和Trp。OsLEA2蛋白的1～73位氨基酸残基形成LEA_1结构域。OsLEA2蛋白的二级结构有3个α-螺旋构象区域,没有伸展的β-片层构象,为亲水蛋白。进化树分析表明OsLEA2属于第4组LEA蛋白的4A亚组,OsLEA2与4A亚组LEA蛋白的氨基酸一致性为29%～45%。实时定量RT-PCR分析表明表明OsLEA2基因在水稻的不同生长发育时期的不同组织中都能表达...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈俏丽 王峰 李丹蕾 零雅茗 张瑞芝
根据转录组测序结果,克隆到水稻干尖线虫谷胱甘肽过氧化物酶基因(Ab-GPX),对其基因结构、在缺氧条件下的表达模式及功能进行研究.原位杂交结果表明,Ab-GPX在水稻干尖线虫生殖系统部位表达.RT-PCR结果表明,Ab-GPX在缺氧胁迫及恢复供氧过程中表达量上调.利用基因沉默技术进一步研究发现,Ab-GPX沉默后,水稻干尖线虫在缺氧条件下存活率显著下降,表明该基因可能参与调控水稻干尖线虫的缺氧隐生状态.
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张晨 王利凯 包亮 龙湍 陈春丽 须健
为研究水稻中PLT基因的表达及功能,利用同源序列分析,在水稻基因数据库中检索到2个与拟南芥PLT基因高度同源的基因序列,命名为OsPLT7和OsPLT11。根据进一步预测的PLT启动子序列设计引物,以水稻品种中花11的基因组DNA为模板,用PCR方法扩增得到PLT7、PLT11的启动子片段,克隆至含有报告基因的表达载体上并转化水稻。通过GUS染色观察T1代转基因阳性植株,发现OsPLT7和OsPLT11在水稻根部干细胞小生境和中柱部位表达,表达模式类似于其同源基因在拟南芥中的表达谱。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李明玉 石杨 李斌 王若霖 肖强 陈龙 陈稷 杨其亮 黄进
【目的】克隆水稻镉（Cadmium，Cd）响应基因OsGLP1-2，并对其进行生物信息学及Cd胁迫处理的表达模式分析，为探索OsGLP1-2基因在水稻中应对重金属胁迫的分子机制提供基础。【方法】以水稻为材料，利用PCR克隆OsGLP1-2基因，并利用生物信息学方法对其顺式作用元件、二级结构和疏水性等进行分析，用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）检测其在100 μmol/L Cd处理下，水稻茎部和根部中的表达特征，再利用转基因酵母进行Cd耐受性分析。【结果】水稻OsGLP1-2基因编码区（CDS）序列长度为651 bp，编码216个氨基酸，其编码蛋白的相对分子量为22.48 kDa，理论等电点（PI）为7.16，为稳定性的中性疏水性蛋白，含有Cupin结构域，属于Cupin家族，该家族在植物防御等方面发挥着重要作用。同源家族进化树表明该基因是单独的一支，但与大麦HvGER5a的亲缘关系最为接近，表明OsGLP1-2可能具有HvGER5a类似的功能。二级结构分析结果表明该蛋白含有10个β折叠、8个α螺旋和17个无规卷曲结构。并且OsGLP1-2具有光、干旱等环境诱导相关的调节元件以及生长素、赤霉素和茉莉酸甲酯等激素相关调节元件，表明目的基因可能参与水稻对非生物胁迫的响应。100 μmol/L Cd处理下，在6 h时地上部分目的基因的表达水平约为对照组3倍，且地下部分也为对照组的3倍，即OsGLP1-2基因能对Cd产生响应。最后斑点实验表明该基因在酵母中无明显表型。【结论】成功克隆了水稻OsGLP1-2基因，且该基因对Cd有一定的响应，可为水稻应对重金属胁迫的反应机制提供参考依据。
关键词：
镉 水稻 OsGLP1-2 表达分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
林法明 李珅 王珂 高俊峰 李光豪 王代长 杜长青 赵全志
LRR-RLK是类受体蛋白激酶RLK家族中最大的亚家族,在调控植物非生物胁迫等方面具有重要作用。为解析水稻LRR-RLK成员LP7(LOC_Os05g24010)在耐低磷胁迫中的作用,从水稻品种日本晴中克隆了LP7全长序列,分析其编码蛋白的氨基酸序列,研究其组织表达模式、亚细胞定位及低磷胁迫下的表达变化。结果表明,LP7基因全长2 832 bp,编码943个氨基酸,LP7蛋白具有典型的LRR-RLK成员特征,LP7蛋白与玉米中的同源蛋白NP_001131018同源性比较高,同源性高达77%。组织表达模式分析表明,LP7基因在根、茎、叶等组织中均表达,在叶中表达量最高。亚细胞定位结果表明,LP7蛋白定位于细胞膜上。实时荧光定量PCR分析表明,LP7基因受低磷胁迫诱导表达,其表达量较正常培养条件下增加15倍。初步推测该基因可能在水稻响应低磷胁迫中具有重要作用。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
江绍锋 王陈骄子 舒灿伟 周而勋
为阐明水稻纹枯病菌(Rhizoctonia solani AG-1IA)过氧化氢酶基因(RsCat)的功能,采用常规PCR和RT-PCR技术克隆得到RsCat基因。生物信息学分析表明,RsCat基因DNA和cDNA的全长序列分别为1814bp和1 395bp,开放阅读框(ORF)编码464个氨基酸。保守结构域分析显示,RsCat蛋白具有过氧化氢酶超家族结构域和过氧化氢酶相关免疫反应结构域。系统进化分析显示:水稻纹枯病菌不同融合群的RsCat基因具有较高的序列同源性。荧光定量PCR(qRT-PCR)分析表明:RsCat基因的表达受儿茶酚的诱导,随着儿茶酚质量浓度增大,表达量上调,而随着儿茶酚质量浓度增大,CAT活性降低。说明RsCat基因的转录表达和CAT酶活不存在对应性。推测RsCat基因可能存在转录后或表达产物翻译后修饰。
[期刊] 华北农学报
[作者]
胡廷章 吴应梅 陈再刚 黄小云
半定量RT-PCR分析表明,水稻胚胎发育后期丰富蛋白基因OsLEA19a在水稻幼苗中的表达受干旱和高盐的诱导,说明OsLEA19a可能在水稻抗旱和抗盐中发挥作用。利用RT-PCR方法成功从水稻中克隆了OsLEA19a的cDNA。生物信息学分析表明,OsLEA19a基因编码一个由200个氨基酸残基组成的蛋白,蛋白分子量为20.48 kDa,等电点为5.89。OsLEA19a蛋白的5～48位氨基酸残基形成LEA_4结构域。OsLEA19a蛋白的二级结构有3个α-螺旋构象区域,没有伸展的β-片层构象,为亲水蛋白。进化树分析表明,OsLEA19a与单子叶植物第3组LEA蛋白的亲缘关系较近,而与双子叶植...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
朱玲 陈晓琼 杜康兮 韩保林 冉秀华 张红宇 徐培洲 吴先军
【目的】利用EMS对水稻(Oryza sativa L.)保持系品种宜香1B进行诱变,筛选出3份长护颖突变体。通过基因定位和克隆,探明控制该性状的遗传基础以及分子机理,并在不同器官进行表达分析,了解该基因表达特点。【方法】以3份水稻长护颖突变体Oslg-1、Oslg-2和Oslg-3为材料,进行表型分析、等位性鉴定、基因定位、生物信息学分析,以及q RT-PCR定量表达分析。【结果】Oslg-1突变体小穗在幼穗发育早期与野生型无明显差异,但在成熟期其护颖的远轴表皮细胞凸起且粗糙,形成的结节轴向对齐排列,且毛状物较多,形成垂直相间的横纵沟,与外稃表皮细胞结构相似。遗传分析表明,该类突变表型受1对...
[期刊] 林业科学
[作者]
王峰 马玲 陈俏丽 王博文 郝欣 何芳林 柳燕
【目的】通过对热激转录因子基因Ｂｘ－ＨＳＦ－１的克隆和表达分析，为深入研究ｃ ＧＭＰ、ＴＧＦβ－ｌｉｋｅ和ｉｎＳｕｌｉｎ／ｉＧＦ等热激抗逆代谢路径提供理论基础。【方法】根据松材线虫基因组数据设计引物克隆松材线虫Ｂｘ－ＨＳＦ－１基因。进一步对Ｂｘ－ＨＳＦ－１进行Ｇｅｎｅ ＯｎＴＯｌＯＧｙ基因功能预测、系统发育分析、保守结构域分析等生物信息学分析。应用ＪＡＳＰＡＲ预测Ｂｘ－ＨＳＦ－１靶位点ＤｎＡ序列，根据松材线虫基因组数据筛选含有该序列的靶基因，并通过蛋白质三维结构分析和分子对接验证。应用荧光定量ｑ－ＰｃＲ检测Ｂｘ－ＨＳＦ－１及其靶基因在热激和低温处理条件下４个时间点的表达量，结合转录组数据对Ｂｘ．．．
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
马春晓 张振超 李祥瑞 徐立新 宋小凯 严若峰
根据捻转血矛线虫精氨酸激酶(arginine kinase,AK)基因序列设计1对特异性引物进行RT-PCR,将得到的片段克隆到pMD19-T载体后进行序列测定和分析;将该基因的开放阅读框克隆到pET-32a(+)载体中,获得原核表达质粒pET32/AK并转化大肠杆菌BL21;重组子用IPTG诱导后用SDS-PAGE分析其表达情况;对重组蛋白变性、纯化后用梯度尿素对其进行连续透析复性,对复性后的重组蛋白用定磷法进行精氨酸激酶活性分析。结果表明从捻转血矛线虫总RNA中扩增出大小约为1 104 bp的DNA片段。该基因与GenBank中捻转血矛线虫AK基因的相似性为89%。SDS-PAGE电泳结果...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
肖芳权 胡建芳 许正 廖康 李天忠
为选育抗根结线虫的李属砧木,以新疆野生樱桃李(Prunus sogdiana)扦插苗为试验材料,对其接种南方根结线虫(Meloidogyne incognita),从中筛选出12株抗病植株。根据已知的抗根结线虫基因的NBS-LRR保守结构域设计简并引物,并以抗病植株的DNA和cDNA为模板对抗根结线虫同源基因序列进行扩增。获得6个抗根结线虫同源基因片段,依次命名为psoRPM1、psoRPM2、psoRPM3、psoRPM4、psoRPM5和psoRPM6,GenBank登录号为:HM593974、HM593975、HM593970、HM593971、HM593972和HM593973。其中前...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
赵学亮 孙柯 苏倩 呼和巴特尔 王文龙
为探究捻转血矛线虫GST基因的原核表达及其生物信息学特征,以捻转血矛线虫cDNA为模板,设计特异性引物扩增GST基因,构建原核表达载体pET30a(+)-GST转化至E.coil BL21(DE3)感受态细胞,将鉴定正确的重组菌进行表达条件优化后,再通过SDS-PAGE分析蛋白表达的特征,并利用在线软件对GST蛋白进行生物信息学分析。结果表明:捻转血矛线虫GST基因大小为618 bp;诱导后的pET30a(+)-GST重组菌最佳诱导条件为0.05 mmol/L的IPTG在37℃时诱导6 h,以包涵体的形式存在,大小约为29 ku。生物信息学分析表明:GST分子式为C_(1083)H_(1657)N_(277)O_(294)S_6,属于不含信号肽和跨膜区的亲水性蛋白;二级结构主要由α螺旋形成;潜在的抗原表位主要位于25～48、55～63、92～106、113～124、139～147、170～189和195～205位氨基酸附近。本试验成功构建GST基因原核表达系统,优化表达条件下能稳定纯化GST重组蛋白,为进一步探索捻转血矛线虫丙硫咪唑耐药机制及GST蛋白的生物学特性提供研究基础。
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