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[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
何风华
微卫星又叫简单重复序列,是指以少数几个核苷酸(多数为2~4个)为重复单位组成的串联重复序列,微卫星的两侧为保守的单拷贝序列.不同品种间微卫星基序重复次数的不同而形成了多态性,这种多态性可以通过设计PCR引物扩增检测出来,此即为简单序列长度多态性.微卫星标记具有共显性、高多态性、实验操作简单、快捷和检测结果稳定可靠等优点,是一种理想的分子标记.微卫星标记在水稻基因组中非常丰富,且分布均匀,水稻微卫星标记已发展了2 740多个.微卫星标记在水稻分子标记连锁图的构建、基因(QTL)定位、系谱分析和分子标记辅助选择、遗传多样性研究和种质鉴定等许多方面得到了广泛应用.
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
马海涛 鲁翠云 于冬梅 孙效文
采用新型的生物素-磁珠吸附微卫星富集法与传统的放射性同位素杂交法相结合的方式,研究了草鱼(Ctenopharyngodon idella)基因组中存在的微卫星资源。结果,从1 000个细菌中,挑出90个阳性克隆,把其中45个进行测序分析,在这些序列中共含有68个微卫星核心序列,有55个含有重复次数大于5次的微卫星核心序列。其中,单一型标记49个,占72%,包括CA重复单元共22个,GT重复单元共18个,其他重复单元为9个;在72%的单一型标记中,完美单一型微卫星标记为44个,占65%。另外,混合型标记共19个,13为完美混合型;在所有微卫星标记中,CA重复类型最普遍,依次为GT、GA等。在68...
关键词：
草鱼 生物素 磁珠 微卫星
[期刊] 林业科学
[作者]
张新叶 张亚东 彭婵 宋丛文 杨彦伶
微卫星(microsatellite)又称简单重复序列(simple sequence repeat,SSR),是指以少数几个核苷酸为单位,多次串联重复的DNA序列,其普遍存在于真核生物及一些原核生物基因组中。基因组序列中微卫星重复序列变异最快,在群体间和不同个体间通常表现出很高的序列多态性,且呈共显性遗
关键词：
水杉 基因组 微卫星 标记开发
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李治华 曾礼华 高方远 陆贤军 刘光春 任光俊
稻米的直链淀粉含量主要受Wx位点控制。该基因座位的多样性及与直链淀粉含量的显著相关性已被众多研究者证实。本文报道Wx基因内的一个新微卫星标记RA19。分析表明,利用该引物进行PCR扩增的产率和效率都明显高于微卫星标记"484/485"。进一步以本课题组育成的具有中等直链淀粉含量、抗穗发芽特性的保持系K81为优质基因供体,以籼型保持系川香29B、IR58025B、博ⅢB等为受体品种杂交、回交并自交,借助微卫星标记RA19辅助选择Wx基因型,改良了受体保持系的直链淀粉含量。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
吴敏 杜红岩 乌云塔娜 刘攀峰 荆腾
为全面解读杜仲的遗传背景,本研究在基因组测序(数据未公布)的基础上,通过MISA软件搜索杜仲基因组(26 947/854 758 160 bp)中的完整型(1 7核苷酸重复)及复合型SSR序列,共查找出25 694个Scaffolds含有488592个SSR位点,占总Scaffolds的95.3%。从SSR位点分布密度上讲,平均每1 749 bp出现1个微卫星,其中单核苷酸重复单元的SSR含量最多,约占总数的54.34%,其次为二核苷酸(20.47%),而复合模式、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸和七核苷酸重复分别占20.29%、23.89%、0.77%、0.13%、0.10%和0.01...
关键词：
杜仲 基因组 SSR 标记开发 多态性
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
马骞 吴雨薇 王刘永 赵晓龙 周启苓 陈刚 黄建盛
为更好地开发军曹鱼(Rachycentron canadum)高多态性微卫星分子标记，本研究基于军曹鱼全基因组测序结果，利用MISA1.0软件对其简单重复序列(simple sequence repeat， SSR)的位点信息进行检索及分析。结果显示，基因组中共筛选出1～6个核苷酸为重复单元的SSR位点344 820个，其中以单核苷酸重复序列最多(174 146个)，占SSR总数的50.50%；其次为二核苷酸重复和三核苷酸重复序列，分别占SSR总数的30.23%和14.02%。在SSR包含的重复单元中，单核苷酸重复以A/T类型为主，AC/GT是二核苷酸的优势重复单元类型。军曹鱼基因组SSR核心序列重复次数在4～275次范围内波动，单核苷酸SSR重复数为10的最多，二核苷酸SSR重复次数为6的最多。本研究设置长度≥12 bp为筛选高多态性SSR位点的标准，共获得361 684个位点。在上述位点中随机选取100个候选位点进行基因分型检测，利用从中筛选到多态性较高的10个SSR标记分别对北海、陵水、硇洲、徐闻和三亚5个养殖群体进行遗传多样性分析，145尾个体中共检测到69个等位基因，观测杂合度(H_(o))、期望杂合度(H_(e))及多态信息含量(PIC)平均值分别为0.628、0.706及0.653。相关研究结果表明，军曹鱼基因组中SSR位点类型较为丰富、多态性潜能较高，从中筛选获得的多态性SSR标记可为军曹鱼分子标记辅助育种、群体遗传多样性评价等研究提供有力支持。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
夏军红 朱彩艳 苏天凤 江世贵
采用磁珠富集法构建黄鳍鲷(Acanthopagrus latus Houttuyn)基因组微卫星富集文库。共挑选60个克隆进行测序,分析发现58个克隆分别含(GA)n或(CA)n两碱基重复单元。进一步通过序列比对,最终获得41个具有特异微卫星序列的阳性克隆。其中,23个克隆含有(GA)n或(CT)n两碱基重复序列,17个克隆含有(GT)n或(CA)n重复序列,另1个含有以上两种重复类型。获得的微卫星序列中,单一型及间断型序列各有20条,另有1条属于复合型序列。序列长度为117~512 bp,平均259 bp。微卫星核心序列两碱基重复5到38次,绝大多数序列重复次数大于10。基于微卫星两端的侧翼...
关键词：
黄鳍鲷 基因组 微卫星
[期刊] 林业科学
[作者]
马秋月 戴晓港 陈赢男 张得芳 廖卓毅 李淑娴
利用454高通量测序技术对枣基因组进行部分测序。经序列拼接,共获得总长约为8.4 Mb的基因组序列,从中找到15 036个微卫星重复序列。其中六碱基重复类型的重复数目最丰富,共6 033个,占重复序列总数的40.1%;其次是复合型碱基2 707个和单碱基2 575个,分别占重复序列总数的18.0%和17.1%。另外,二碱基重复1 118个,三碱基1 050个,四碱基1 218个,五碱基335个,分别占重复序列总数的7.5%,7.0%,8.1%,2.2%。通过分析发现六碱基重复类型所占比例最多,但微卫星重复单元的重复次数变化却是二碱基微卫星显著高于其他各重复类型。在单碱基重复和二碱基重复这2种类...
关键词：
枣 基因组 454测序 微卫星
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈跃进 张桂权 卢永根
为探明水稻品种的亲缘关系,合理利用水稻品种资源,选用55对微卫星标记引物对23个水稻品种的亲缘关系进行了研究,采用UPGMA构建系统树图进行聚类分析和计算遗传距离.结果表明:引物的扩增产物带型清晰,结果稳定;23个品种分为4种类型,其中籼型8个,粳型6个,偏籼型5个,偏粳型4个;籼型品种之间和粳型品种之间的亲缘关系均较近,偏籼型品种之间和偏粳型品种之间的亲缘关系均较远.为了提高籼稻或粳稻品种和杂交种的优势,应注意采用偏籼或偏粳材料作为亲本之一.
[期刊] 西南农业学报
[作者]
蒋雪梅 胡廷章 向兴胜 戚文华
本文利用生物信息学方法搜索毛果杨全基因组中完整型SSRs序列,并对其进行生物信息学分析。结果表明,毛果杨全基因组共统计了143 810个SSRs序列,占其全基因组长度的比率为0.63%,其全基因组SSRs序列出现频率为331.26个/Mb。毛果杨基因组中SSRs数量最多的是第1条染色体,其次是第2、5、6条染色体,数量较少的是第9条染色体。毛果杨各条染色体上SSRs序列出现频率在310~360个/Mb,无明显差异。通过检验表明,毛果杨染色体长度与其所含SSRs频率和密度无相关性(Kendall's tau-b,P>0.05;Spearman's rho,P>0.05),而其染色体长度与其所含S...
关键词：
杨树 全基因组 微卫星标记 生物信息学
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
白翠翠 柳淑芳 庄志猛
为了解虾虎鱼科（Ｇｏｂｉｉｄａｅ）鱼类基因组遗传结构特征，本研究自主开发矛尾复虾虎鱼（ＳｙｎｅｃｈｏＧｏｂｉｕＳ ｈａＳｔａ）微卫星序列１５３条，结合从Ｇｅｎ ｂａｎｋ中筛选出的虾虎鱼科微卫星序列５３５条，合计６８６条微卫星序列，隶属于１９种虾虎鱼，序列总长度为２９５０６２ ｂｐ，包含４７３个微卫星位点，微卫星位点累计长度为３３３７０ ｂｐ。统计微卫星重复类型，发现在所有微卫星重复类型中以二碱基重复出现次数最多，位点数为３６１个，占总微卫星的７６．３２％，其中，重复拷贝类别最多的是ａｃ（３４０个），占全部微卫星的７１．８８％，占二碱基重复微卫星的９４．１８％，在二碱基重复类型中没有发现ａｔ和Ｇ．．．
关键词：
虾虎鱼科 微卫星 基因组
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭光艳 李瑞芬 张敬原 葛荣朝 赵茂林 黄占景 沈银柱
用227对小麦微卫星引物对多枝赖草基因组DNA进行PCR扩增,共有81对引物有扩增产物,占所用引物的35 7%。这81对小麦微卫星引物涉及101个微卫星位点,覆盖了小麦全部7个部分同源群。其中有76对引物可在多枝赖草和中国春及丰抗13间扩增出多态性标记。这说明多枝赖草虽然和普通小麦亲缘关系较远,但小麦SSR引物还是可以在多枝赖草上应用的,这不仅拓宽了小麦微卫星引物的使用范围,更重要的是为使用小麦微卫星引物对普通小麦与多枝赖草远缘杂交种质材料进行深入研究奠定了基础。
关键词：
小麦微卫星引物 多枝赖草
[期刊] 中国水产科学
[作者]
佟广香 鲁翠云 匡友谊 梁利群 尹家胜 孙效文
采用磁珠富集法构建哲罗鱼(Hucho taimenPallas)基因组微卫星文库。哲罗鱼基因组DNA经MboI限制性内切酶消化后,选取400~900 bp的片段,用生物素标记的简单重复序列(ACA)15作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,获得目的片段,连接T载体克隆,构建基因组微卫星富集文库。再用同位素标记的(ACA)15探针进行二次筛选,筛选出686个阳性克隆,阳性克隆率为35.94%。对其中140个阳性克隆进行测序,共获得149个微卫星序列,4个小卫星序列,其GenBank Accession Number为DQ110955~DQ121108。其中perfect(完美...
关键词：
哲罗鱼 微卫星 磁珠富集
[期刊] 水产学报
[作者]
黄纬杰 郭向召 张子豪 董强 熊雪梅 高泽霞
为分析草鱼全基因组微卫星特征并开发高多态性微卫星标记亲子鉴定平台，实验利用已发布的草鱼全基因组序列，开发高度多态、准确度高、重复单元在4～6碱基范围的微卫星标记。结果显示，在草鱼900.51 Mb基因组序列中共筛选到微卫星序列677 363个，总长度12 835 407 bp，占全基因组长度的 1.425 4%，平均跨度为1 329.43bp。其中单碱基重复序列出现最多，占比52.85%；二碱基重复序列其次，占比31.44%；再次是四碱基重复，占比8.05%，三碱基重复序列占比6.47%，五碱基重复序列占比1.12%；六碱基重复出现最少，仅占比0.07%。1～6碱基重复类型中优势重复单位分别是A/T、AC/GT、AAT/ATT、AGAT/ATCT、AATAT/ATATT、AACCCT/AGGGTT。随机挑选重复序列为4～6个碱基的110个位点设计引物，在草鱼繁殖亲本群体中扩增，筛选出15对多态性引物，经CERVUS 3.0软件分析15个位点平均期望杂合度0.802～0.959，模拟分析结果鉴定准确率为100%，置信度为95%。通过对20个家系子代192个个体进行亲本来源鉴定，所有子代均成功匹配到正确父母本，鉴定准确率达到100%。本研究分析了草鱼全基因组微卫星特征，并利用多态性微卫星位点进行草鱼亲子鉴定，为草鱼微卫星的功能和应用研究以及草鱼的育种工作奠定基础。
关键词：
草鱼 全基因组 微卫星 亲子鉴定
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王蕾 刘继红 张立冬 孙效文
通过磁珠富集法筛选牙鲆(Paralichthys olivaceus)的微卫星分子标记,采用限制性内切酶Sau3A I对牙鲆完整基因组DNA进行酶切;通过蔗糖溶液梯度离心,收集400～900bp大小的片段,连接Brown接头,构建牙鲆基因组文库。用生物素标记的微卫星探针(CAG)15对基因组文库进行杂交,利用磁珠富集含有微卫星的DNA单链序列,并对其进行PCR扩增;将扩增产物连接到pMD18-T载体后转入感受态大肠杆菌DH5α中,得到微卫星序列文库。利用大量质粒检测法进行二次筛选,成功地从牙鲆基因组中分离出含有CAG重复的微卫星序列,测序其中的3000个单菌落,获得2805个(占93.5%)含...
关键词：
牙鲆 微卫星 磁珠富集
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