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[期刊] 中国农业科学
[作者]
季军 杨四海 田大成
【目的】了解正选择压力和基因转换对水稻全基因组中NBS-LRR抗病基因家族进化的影响及二者之间的相互关系。【方法】对水稻全基因组中的NBS-LRR基因进行鉴别与分类,利用PAML和GENECONV程序分别进行正选择替代和基因转换分析。【结果】在19个组(包含89个NBS-LRR基因)中检测出了显著的正选择替换位点,且约有60%正选择位点位于LRR区域;56个基因至少参与了1次基因转换事件。同时,基因转换、正选择以及基因簇之间存在明显的相关性。在84%的参与基因转换的基因中都能检测出正选择位点,且至少有84%的发生基因转换或正选择的基因都位于基因簇中。【结论】水稻基因组中的NBS-LRR基因之间...
关键词：
水稻 NBS-LRR 正选择 基因转换
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘茁 彭莎莎 陈建芝 周亚林 李成刚 王丹
对水稻多样性群体(RDP–I)中的216份种质接种白叶枯生理小种P2并进行抗性鉴定，发现温带粳稻亚群平均抗性水平最高，其平均病斑长度最短；奥斯稻亚群平均抗性水平最低，平均病斑长度最长。通过全基因组关联作图鉴定了分布在水稻第1、2、4、6、7、8、9、10、11、12号染色体上的59个QTL，这些位点包含5个已知的抗白叶枯病基因。从较高阈值SNP位点以及附近2Mb区段进行候选基因的预测，筛选出40个抗白叶枯病相关基因，并最终鉴定出16个抗性较好的水稻种质资源。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘茁 彭莎莎 陈建芝 周亚林 李成刚 王丹
对水稻多样性群体(RDP–I)中的216份种质接种白叶枯生理小种P2并进行抗性鉴定，发现温带粳稻亚群平均抗性水平最高，其平均病斑长度最短；奥斯稻亚群平均抗性水平最低，平均病斑长度最长。通过全基因组关联作图鉴定了分布在水稻第1、2、4、6、7、8、9、10、11、12号染色体上的59个QTL，这些位点包含5个已知的抗白叶枯病基因。从较高阈值SNP位点以及附近2Mb区段进行候选基因的预测，筛选出40个抗白叶枯病相关基因，并最终鉴定出16个抗性较好的水稻种质资源。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
金伟波 吴方丽 孔栋 郭蔼光 杨淑慎
一些低丰度的m iRNA和组织特异性m iRNA往往很难发现,利用生物信息学方法,根据已知水稻m iRNA的各种属性,设计m iRNA前体预测程序——P reM iRF ind,从全基因组范围中预测出1 375条m iRNA前体,然后利用已知拟南芥的m iRNA对这1 375条前体进行同源检索,找出166条m iRNA前体,再用水稻已知的m iRNA对这166条序列进行检索,发现其中153条与已知的水稻m icroRNA完全相同,对剩余的13条m iRNA前体预测序列用m Fo ld作进一步结构分析,最后得到10条新的候选m iRNA基因序列。
[期刊] 林业科学
[作者]
吴大强 蔡诚 魏国 项艳
A full set of disease resistance(R) candidate genes encoding nucleotide-binding sites(NBS) in a complete genome of Populus trichocarpa was identified and characterized by structural diversities,physical positions,phylogenetic relationships.Based on structures of N-terminal motif and leucine-rich rep...
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨杰 杨金欢 王军 范方军 朱金燕 曹卿 田胜尼 仲维功
主效抗稻瘟病基因Pita和Pib在我国很多稻区表现高水平的稻瘟病抗性,被广泛应用于我国的水稻育种和生产。但这2个基因在国内品种资源中的分布及利用情况缺乏详细的资料,致使育种利用上存在着盲目性。本研究利用Pita和Pib基因的功能标记,检测和分析了我国115份水稻地方品种的Pita和Pib基因型。结果表明,Pita在我国浙江、福建、广东、广西、贵州、四川、安徽、江西、河南、河北、吉林均有分布,在江苏、上海、山东、湖南、湖北、辽宁没有发现;而只有来自四川的地方品种桂东籼和来自河南的德国稻携带Pib,其他省均未发现。在江苏的主要推广粳稻品种中,晚粳品种几乎都携带这两个基因,部分迟熟中粳携带这两个基因...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
储昭晖
植物抗病基因的研究一直以来是植物分子生物学研究领域的热点之一,迄今已经从不同的宿主中分离了50多个抗病基因,其中仅有6个是隐性基因,这些隐性抗病基因的作用机理目前尚不能用广为接受的显性基因的作用机理来进行解释。水稻中已经鉴定32个主效抗白叶枯病基因,其中9个为隐
[期刊] 中国农业科学
[作者]
朱有勇 HeiLeung 陈海如 王云月 汤克仁 赵学谦 周金玉 涂建华 李炎 何霞红 周江鸿 孙雁 Twng-WahMew
利用抗病基因多样性持续控制水稻病害,已经成为近年来国内外的研究热点之一。由于该技术可大幅度减少农药的施用量,具有明显的增产增收效果,并为实现农业的可持续发展提供了一个崭新的思路,因此得到了国内外科学家和广大农民的普遍认可。作者对这一领域的研究现状、存在的问题及今后的发展前景作一评述。
关键词：
抗病基因多样性 水稻病害 持续控制
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
丁新华
水稻白叶枯病和稻瘟病分别是由白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv. oryzae,Xoo)和稻瘟病菌(Magnaporthe grisea)引起,是世界水稻生产中的两大重要病害,造成的损失巨大。通过改良水稻自身防御体系来控制病害,是一种既经济又绿色的方法。鉴定水稻抗病相关基因,研究水稻抗病机理对改良水稻有着重要的理论意义和应用前景。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
何风华
微卫星又叫简单重复序列,是指以少数几个核苷酸(多数为2~4个)为重复单位组成的串联重复序列,微卫星的两侧为保守的单拷贝序列.不同品种间微卫星基序重复次数的不同而形成了多态性,这种多态性可以通过设计PCR引物扩增检测出来,此即为简单序列长度多态性.微卫星标记具有共显性、高多态性、实验操作简单、快捷和检测结果稳定可靠等优点,是一种理想的分子标记.微卫星标记在水稻基因组中非常丰富,且分布均匀,水稻微卫星标记已发展了2 740多个.微卫星标记在水稻分子标记连锁图的构建、基因(QTL)定位、系谱分析和分子标记辅助选择、遗传多样性研究和种质鉴定等许多方面得到了广泛应用.
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王文明 周开达
对植物细胞质雄性不育分子机理的探索促进了水稻线粒体基因组的研究。线粒体基因组的物理和遗传图谱已经构建。线粒体基因组在不同水稻品种组间存在广泛的多样性。发现线粒体基因组中含有经重排了的叶绿体ＤＮＡ序列；也在核基因组中发现线粒体类质粒ＤＮＡ的同源序列，并且这些同源序列在核基因组中分布于有限的染色体区域。核背景的变换不仅会引起线粒体基因组的结构变异，也会造成线粒体基因的表达差异
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨德卫 何旎清 黄凤凰
【目的】创制抗稻瘟病和白叶枯病水稻新材料。【方法】以携带抗稻瘟病基因Pigm-1的双抗77009和抗白叶枯病基因Xa23的IRBB23为父本,以象牙香占为母本,利用杂交和复交方法,借助于分子标记辅助选择技术,在分离世代对目标基因进行检测,结合田间多代选育和抗性鉴定,选育多抗、综合性状优良的5个稳定株系,分析其农艺性状;然后利用三系不育系靓香A分别与象牙香占及5个稳定株系进行杂交配组,对杂交组合的农艺性状和品质性状进行分析,并对5个稳定株系进行恢复基因检测。【结果】获得R21-1、R21-2、R21-3、R21-4和R21-5 5个均含有Xa23和Pigm-1双基因稳定聚合系,这5个改良系对稻瘟病和白叶枯病均具有较好的抗性。不育系靓香A与5个稳定株系的杂交组合中,只有组合靓香A/R21-1表现结实正常,而其余组合均表现半不育;与亲本R21-1相比,组合靓香A/R21-1的有效穗数、每穗颖花数均表现优异亲本R21-1的特性,整精米率表现显著提高,米质可以达到二级部颁优质米标准。【结论】创制了5个稳定的Xa23和Pigm-1双基因聚合系,其中改良系R21-1含有恢复基因Rf3,可用于水稻多基因聚合育种。
[期刊] 华北农学报
[作者]
张羽 Fran■ois Belzile
找到大豆与抗菌核病强关联的候选位点或候选基因,为抗病基因克隆和抗病分子标记开发提供借鉴,服务大豆抗菌核病育种。对126个加拿大大豆品种的基因组DNA用ApekⅠ酶消化后Illumina Hiseq2000平台测序进行基因分型,供试的126个材料用棉垫接种核盘菌菌丝体进行表型鉴定。采用Structure 2.3.4、SPSS 20.0、TASSEL 5.0和PLINKv 1.07软件分别模拟群体遗传结构、二元主成分分析、邻接法聚类,进行SNP-phenotype和Haplotype-phenotype的关联分析(只考虑加性效应)。最小等位基因频率0.01过滤,得到30 125个SNPs。主成分及群体结构聚类结果中度一致,将126个供试材料划分为2个组群,Kappa聚类一致度检验K=0.44。邻接法(The neighbor-joining algorithm,NJ)聚为3个组群。α≤0.05时,在单个SNP-phenotype的关联研究中,最强关联在3号染色体物理位置34387780、34387823和34387841处(P值都为8.669E-7),可分别解释表型变异的17.80%,其次在20,1,4,17号染色体上。Haplotype-phenotype的关联分析中,最强关联在17号染色体物理位置5575883/5647814/5648648/5734897处(P值为1.038E-6),可解释表型变异的17.56%。200 kb范围内,3号染色体上的候选基因有Glma.03g129100、Glma.03g129200、Glma.03g129300、Glma.03g129500、Glma.03g129800、Glma.03g129900。17号染色体上为Glma.17g071300、Glma.17g072200、Glma.17g073300。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
唐喆 王光辉
【目的】为克服传统抗病水稻材料抗病性易于丧失的缺点。【方法】利用寄主诱导基因沉默(HIGS)技术创制水稻抗稻瘟菌的新材料。【结果】首先,选取稻瘟菌信号肽复合物中的关键亚基SEC11为靶基因,利用Gateway基因重组技术将稻瘟菌SEC11基因的干扰片段构建到pBDL03载体上获得HIGS表达载体。通过农杆菌介导的转化法,成功将SEC11基因的HIGS载体导入水稻品种日本晴中获得阳性转基因水稻植株。最后,通过水稻叶片喷雾接种试验,证明以稻瘟菌SEC11基因为靶标的HIGS转基因水稻对稻瘟菌具有显著的抗病性。【结论】本研究创制了新的抗稻瘟病水稻材料,将HIGS技术应用于抗稻瘟病分子育种提供了科学依据。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
唐喆 张强 项萍
【目的】使用Gateway技术构建稻瘟菌RHO1基因寄主诱导的基因沉默（HIGS）表达载体，将其转化入水稻后，观察稻瘟菌对转基因水稻的致病力。【方法】利用PCR技术从稻瘟菌cDNA扩增RHO1基因，通过Gateway技术构建pBDL03-RHO1载体，电转化进入农杆菌AGL1；以水稻日本晴为材料，通过农杆菌介导的转化方法获得转基因水稻植株，并对其接种稻瘟菌，分析转基因水稻对稻瘟菌抗性。【结果】通过 PCR 扩增获得了RHO1基因片段，利用BP反应构建了入门载体 pDONR 221-RHO1，采用LR反应构
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