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[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
易晓燕 李丰成 郭凯 张冉 李旭凯 王友梅 彭良才 谢国生
从生物信息学和基因表达的角度,鉴定OsGT61家族成员的结构特征和组织表达特性。结果表明,OsGT61家族含有25个成员,分为3个亚类。A、B和C亚类分别含有19、3和3个成员,其基因的外显子数介于1~7个。其蛋白质大小为49.1~73.8ku,pI为5.4~10.4。该家族蛋白质的C端motif较为保守。而且,它们含有Ser/Thr激酶的磷酸化位点分别为9~29个和3~13个,Tyr激酶的磷酸化位点小于7个。但是,该家族成员的糖基化位点相对较少,16个成员存在1~4个O-糖基化位点,3个蛋白存在1~2个N-糖基化位点。基因表达芯片聚类分析和半定量RT-PCR检测表明,OsGT61基因家族主要...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
袁红梅 郭文栋 赵丽娟 于莹 吴建忠 张利国 程莉莉 赵东升 吴广文 关凤芝
【目的】全基因组水平鉴定亚麻纤维素合酶超家族基因Ｃｅｓ Ａ／Ｃｓｌｓ，并对基因的进化、基因结构及组织表达特性等进行分析，为亚麻纤维发育的机理研究奠定基础。【方法】利用Ｐｈｙｔｏｚｏｍｅ基因组数据库，通过生物信息学手段，鉴定亚麻纤维素合酶超基因家族成员，并进行蛋白理化特性分析；利用ｍｅＧＡ ５．０、ＧｓＤｓ、ｍｅｍｅ等软件构建系统进化树，并进行基因结构、蛋白保守基序分析；根据ＲＮＡ－ｓｅｑ数据对Ｃｅｓ Ａ／Ｃｓｌｓ进行表达分析。【结果】系统分析鉴定了４５个亚麻Ｃｅｓ Ａ／Ｃｓｌｓ超家族基因，该家族基因在ｓＣＡｆｆｏｌＤｓ上是分散分布的，没有明显的成簇现象。Ｃｅｓ Ａ／Ｃｓｌｓ蛋白主要分布于质膜上．．．
[期刊] 林业科学
[作者]
陈亚娟 王宏芝 李瑞芬 张中保 崔莉洁 魏建华
从毛白杨中分离7个纤维素合酶基因,分别为PtoCesA4,PtoCesA5,PtoCesA7,PtoCesA8,PtoCesA13,PtoCesA17和PtoCesA18,通过与已公布的毛果杨全基因序列及拟南芥和水稻基因组中纤维素合酶基因序列的同源性比对分析,结合目前纤维素合成机制的研究进展,预测毛白杨中上述不同纤维素合酶的功能。利用GenomeLabTMGeXP遗传分析系统分析毛白杨中纤维素合酶基因在不同组织中的转录表达水平,结果表明PtoCesA4,PtoCesA7,PtoCesA8,PtoCesA17和PtoCesA18在木质部高丰度表达,推测这些基因可能参与毛白杨次生细胞壁的形成,为毛...
关键词：
毛白杨 纤维素合酶 GeXP 基因表达
[期刊] 中国水产科学
[作者]
肖婕 王梦娅 吴绍轩 汪波 胡景杰 包振民
酪氨酸酶蛋白家族(tyrosinase gene family)是一类调控黑色素合成的关键酶,在黑色素细胞形成的过程中起着不可替代的作用,然而Tyr基因家族在东星斑体色形成中的潜在机制尚不清楚。豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)俗称东星斑,是我国重要的热带经济养殖鱼类,但是人工养殖的东星斑因环境等变化而逐渐出现体色变淡或者变黑的现象,严重影响其品质和经济价值。本研究从东星斑全基因组中共筛选鉴定获得5个Tyr基因家族成员,氨基酸序列比对结果显示不同物种间的同源基因保守性较高,尤其是Tyr家族典型的酪氨酸酶功能域在不同物种各成员之间均具有高度保守性。系统发育和共线分析均显示东星斑Tyr基因家族进化过程中存在基因复制和丢失现象。此外,荧光定量PCR结果表明Tyr基因家族所有成员在东星斑黑色个体的皮肤组织中表达量均显著高于红色个体(P<0.05)。本研究初步鉴定和分析了东星斑Tyr基因家族在其体色形成中的作用,旨为深入解析东星斑酪氨酸蛋白酶基因家族的进化及功能机制提供依据。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
宋亚玲 熊立仲
通过序列比对分析鉴定出9个GSK同源基因(命名为OsGSK1-9),它们分布在水稻的6条染色体上。聚类分析表明预测的OsGSK蛋白和其他植物中的GSK蛋白可被分为4个亚组。通过实时定量PCR进一步分析了OsGSK基因家族的基因在水稻各种组织和器官以及在多种逆境胁迫和植物激素处理条件下的表达量。结果表明:大多数OsGSK基因在水稻全生育期都有较高的表达量并且受多种激素(如脱落酸、生长素、油菜素内酯)和逆境(如干旱和盐胁迫)胁迫诱导表达,表明OsGSK基因家族在水稻发育和逆境适应过程中可能起重要作用。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
庞景 童再康 黄华宏 林二培 刘琼瑶
通过逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)结合c DNA末端快速扩增(RACE)技术,从杉木Cunninghamia lanceolata中克隆到2个全长为3 235 bp和3 876 bp的纤维素合成酶基因c DNA序列,被分别命名为Cl Ces A1和Cl Ces A2,Gen Bank登录号分别为JQ844574和JQ844575。相应编码蛋白分别包含992和1 092个氨基酸残基,推测分子量为111 845.3 D和123 105.7 D,等电点为6.04和6.65。氨基酸序列分析发现,它们具有植物纤维素合成酶基因相应的结构特征——锌指结构,2个易变区CSRI和CSRII,2个保守区CR...
[期刊] 林业科学
[作者]
徐煲铧 杨晓慧 李百炼 张志毅 张德强
组合利用生物信息学和RT-PCR方法,首次从毛白杨未成熟木质部cDNA中分离出PtCesA4cDNA全长,并进行测序和序列分析,结果表明克隆的毛白杨PtCesA4 cDNA片段总长为3757bp,基因内部含有完整的开放阅读框架,大小为3129bp,可编码长度为1042个氨基酸残基的蛋白质,所推导的蛋白质氨基酸序列与拟南芥AtCesA4、水稻OsCesA1和火炬松PtCesA2的蛋白质氨基酸序列同源性分别为80.3%,78.9%和75.6%。组织特异性Realtime-PCR结果显示,PtCesA4基因在杨树根、茎、叶片和顶端分生组织中均有表达,但其表达模式却不同:PtCesA4在成熟叶片、未成...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
魏凯莉 周厚君 江成 赵岩秋 宋学勤 卢孟柱
[目的]纤维素的合成在木材形成过程中具有重要的作用,纤维素合酶(Cellulose Synthase,CESA)是参与纤维素合成的关键酶。由于3种CESA形成一个有功能的纤维素合酶复合体,而杨树中包含CESA4、CESA7A、CESA7B、CESA8A和CESA8B5种次生壁CESA,本文从这5种CESA的表达模式与互作分析入手,探讨了其在次生壁纤维素合成中的工作模式。[方法]利用RNA-seq与基因芯片数据进行基因表达分析,揭示5种次生壁CESA在根、茎、叶组织的表达模式与次生维管再生过程中的表达变化。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王晓静 孙林静 马忠友 孙玥 李军玲 张融雪 闫双勇 孙卫宁
水稻新生多肽结合复合体α链（Ｏｓα－ＮＡＣ）基因家族共有３个成员，分别位于第１，３，５号染色体。为研究Ｏｓα－ＮＡＣ基因家族在逆境环境中的生物学功能，利用ＲＴ－ｑ ＰＣＲ和ＷｅｓＴｅＲＮ ＢｌＯＴ技术，详细分析了Ｏｓα－ＮＡＣ基因家族在不同组织中的表达情况，并进一步研究了Ｏｓα－ＮＡＣ基因家族对非生物胁迫的应答模式。结果表明，在高盐和模拟干旱条件下，Ｏｓ１ｇ ＮＡＣ和Ｏｓ５ｇ ＮＡＣ基因表达上调，Ｏｓ３ｇ ＮＡＣ基因表达下调，提示Ｏｓα－ＮＡＣ基因家族各成员在水稻响应非生物胁迫的过程中发挥不同的作用。上述试验结果初步阐明该基因家族在非生物胁迫下的表达特性，为今后更深入研究该基因家族的功能提供了．．．
关键词：
α-NAC 基因表达 蛋白表达 逆境胁迫
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘娇 张建珍 李大琪 张婷婷 马恩波 张建琴
[目的]对重要农业害虫中华稻蝗(Oxya chinensis)羧酸酯酶(carboxylesterases,Ces)家族基因进行生物信息学分析,并对部分基因的组织表达特性进行研究,为揭示中华稻蝗Ces基因功能及研发新的分子靶标提供依据。[方法]基于中华稻蝗转录组数据库,通过关键词搜索获得Ces基因序列,采用生物信息学方法进行比对拼接、氨基酸序列推导和开放阅读框分析,选择全长序列构建系统发育树,采用在线软件分析中华稻蝗Ces氨基酸序列结构、理化性质、信号肽和N糖基化位点等特征。采用实时定量PCR技术,通过ge Norm与Normfinder软件分析4个候选内参基因β-肌动蛋白(β-actin)、...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
全汝青 吴慧敏 时羽杰 曾为
【目的】筛选拟南芥糖基转移酶GT47基因家族，进一步了解GT47基因家族的生物信息学特征，为其功能及抗逆性研究提供参考。【方法】利用生物信息学方法在拟南芥GT47基因家族中挖掘并鉴定出39个基因，并对这些基因进行系列分析。【结果】家族蛋白为亲水性蛋白质，大部分蛋白稳定性较差，亚细胞定位预测显示，大部分基因定位于高尔基体。蛋白质结构预测表明，α-螺旋和无规则卷曲是二级结构的主要组成部分，三级结构具有相似性。基因结构和保守基序分析发现，各亚族成员间具有相似的保守基序和进化的保守性。系统发育树分析显示，该基因家族可分为6个亚家族，基因在不同物种间具有一定保守性。启动子顺式作用元件分析表明，拟南芥GT47家族基因具有多种激素响应元件及非生物胁迫响应元件。表达模式分析表明，拟南芥GT47基因家族在不同组织中广泛表达，对6 h的热胁迫表现明显的响应，尤其是AT1G63450在冷、干旱、盐及2 h热胁迫下发生了下调，但是在6 h热胁迫下发生了上调。【结论】糖基转移酶基因在不同组织中的表达具有显著差异，能响应ABA激素信号传导并参与植物调控胁迫应激过程，对植物生长发育有重要意义。
[期刊] 水产学报
[作者]
史健志 徐燕 纪德华 陈昌生 谢潮添
6-磷酸海藻糖合成酶(TPS)是植物海藻糖合成的关键酶,在植物逆境胁迫应答中发挥着重要的作用。实验以坛紫菜转录组测序获得的unigene序列为基础,采用RACE技术克隆获得坛紫菜的3条TPS基因序列:Ph TPS1,Ph TPS2-1和Ph TPS2-2。序列分析结果表明,Ph TPS1(收录号:KM580358)序列全长3 557 bp,包含一个3 462 bp的开放阅读框,所编码的多肽包含1 153个氨基酸,分子量为124.2 ku,等电点为6.73,属于TPSⅠ亚家族;Ph TPS2-1(收录号:KM519457)序列全长4 264 bp,包含一个4 044 bp的开放阅读框,所编码的多...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
刘海艳 白龙 赵海波 杨明明 曹斌云
为寻找新纤维素酶和纤维素酶基因资源,以羧甲基纤维素钠(CMC)改良的BHM培养基筛选菌株,经初筛和复筛筛选出目的菌株后,采用革兰氏染色法和16SrDNA基因片段比对法对筛选出的菌株进行鉴定;设计引物对P扩增其纤维素酶基因,连于pET-28a(+)载体构建原核表达载体并转入大肠杆菌BL21(DE3)进行表达,表达结果采用SDS-PAGE和测定表达产物活性的方法来检验。结果显示,本研究成功筛选出一株新的具有较高纤维素酶活的短小芽孢杆菌BY-1,该菌所产纤维素酶具有较好的热稳定性和酸碱稳定性,最适宜温度和pH分别为55℃和7.45,在此条件下最高酶活性为0.921 6μmol/(mL.min);此外...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
曲赞霜 钱婷婷 侯聪 张力杰 魏志刚
本文克隆了小黑杨CA家族的6个基因成员,分别命名为Psn CA1、Psn CA2、Psn CA3、Psn CA4、Psn CA5和Psn CA6,其中Psn CA4和Psn CA6属于α碳酸酐酶家族,Psn CA1、Psn CA3和Psn CA5属于β碳酸酐酶家族,而Psn CA2属于Lbeat H超基因家族。系统进化分析表明,亲缘关系较近的是Psn CA2、Psn CA4和Psn CA6,而Psn CA1、Psn CA3和Psn CA5聚为一大类。通过实时荧光RT-PCR技术研究了小黑杨根、茎、叶中Psn CA基因的表达模式,结果表明:除Psn CA6外,其余5个基因在叶部的表达量显著高于根...
关键词：
小黑杨 碳酸酐酶基因家族 表达特性
[期刊] 华北农学报
[作者]
杜强 韩玲玲 肖秀文 李锦程 沈梦宇 王志龙 陈秋红
为了探索DUF760基因家族在水稻生长发育中的潜在功能，对水稻DUF760基因家族进行了全基因组鉴定、分类、启动子序列分析和表达谱分析。通过生物信息学技术在水稻和拟南芥中分别鉴定了6,8个DUF760家族成员。系统进化树分析将这些家族成员分成2个亚家族，二者在蛋白保守基序和基因结构上也存在一些特征差别。水稻DUF760家族基因启动子区域存在多个响应逆境胁迫和植物激素的顺式作用元件，ABRE(脱落酸响应)元件存在于家族所有成员的启动子序列中，OsDUF760-1启动子区域拥有9个脱落酸(ABA)相关的响应元件。在ABA处理水稻后，OsDUF760-1的转录表达水平显著下调，而OsDUF760-3显著上调，二者在干旱胁迫处理水稻后的表达变化模式与ABA处理水稻后的表达变化模式一致，说明这2个基因可能通过ABA信号途径参与水稻干旱胁迫响应，并且扮演不同的角色。除对ABA和干旱胁迫处理具有较强响应外，水稻DUF760家族成员还对JA(茉莉素)、低温及稻瘟菌处理具有较强的响应表达变化。
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