利用由 98个家系组成的Nipponbare/Kasalath//Nipponbare回交重组自交系 (backcrossinbredlines,BIL)作图群体(BC1F9) ,以及混合线性模型的数量性状位点 (QTL)定位方法 ,对水稻有效穗、每穗颖花数、每穗实粒数、结实率、千粒重、着粒密度和单株产量等 7个重要农艺性状进行了QTL分析。共检测到分布在 8条染色体上的 2 6个QTL ,其贡献率差异较大 ,在 5 2 %～ 4 9 2 %之间 ,其中有 4个QTL的贡献率超过 30 % ,分别是控制有效穗的qPN 4、每穗颖花数的qSN 3、每穗实粒数qGN 2和千粒重的qGW 3a。相...

为研究柱头外露率的遗传机理,用柱头外露率低的粳稻品种糯5号与柱头外露率高的籼稻品种优ⅠB构建包含190株的F2群体.在长沙对各单株进行柱头外露率调查,并用均匀覆盖水稻整个基因组的92个SSR标记构建连锁遗传图谱,进行控制柱头外露率的数量性状基因座QTL分析.结果表明,控制柱头外露率的3个QTL为qPES-2、qPES-5、qSPES-8,分别位于第2染色体的RM1285～RM12595、第5染色体的RM17952～RM18114、第8染色体的RM8020～RM7080,QTL的LOD峰值分别为3.54、4.79、3.85,解释的表型变异分别为10.1%、11.1%、9.0%,增效基因皆来源于高...

【目的】通过对粳稻粒形性状的QTL检测,为粳稻粒形性状相关QTL的精细定位和分子标记辅助选择育种提供理论依据。【方法】利用大粒粳稻DL115与小粒粳稻XL005杂交获得的F2代200个个体为作图群体,在北京进行稻谷粒长、粒宽、粒厚、长宽比、千粒重等粒形性状的鉴定。采用复合区间作图法,利用SSR标记对上述粒形性状进行数量性状基因座检测。【结果】上述粒形性状在F2群体均呈正态连续分布,表现为由多基因控制的数量性状。共检测到与粒形性状相关的QTL16个,分布于第2、3、5和12染色体上。其中qGL3a、qGW2、qGW5、qGT2、qRLW2、qRLW3、qGWT2和qGWT3对表型变异的贡献率分别...

【目的】分析乳头数的变异，挖掘与乳头数相关的数量性状基因座（quantitative trait locus,QTL）和候选基因，为猪乳头数的选育研究提供重要分子标记。【方法】准确测定了709头苏淮猪（335头育肥猪和374头种猪）的左、右和总乳头数。对苏淮育肥猪进行80K芯片分型，并使用芯片数据计算左、右、总乳头数的遗传力和基因组估计育种值（genomic estimated breeding value, GEBV）。基于乳头数GEBV和表型排名，选择前10%的个体以及后10%的个体进行群体分化指数分析（fixation Index, FST）检测高度分化的位点。接着，通过全基因组关联分析（genome wide association analysis, GWAS）鉴定与乳头数关联的位点，选择高度分化且与乳头数显著关联的位点作为候选位点，选择位于候选位点附近且功能注释后与乳头数相关的基因作为候选基因。最后，选择每个染色体上最显著的候选位点对709头苏淮猪进行乳头数关联分析，以验证上述位点的显著性。【结果】苏淮育肥猪左、右、总乳头数的变异系数分别为10.20%、9.26%、8.50%，遗传力分别为0.212、0.257、0.312。基于FST和GWAS分析，总共在7、13、16、18号染色体（Sus Scrofa Chromosome, SSC）上鉴定到20个乳头数的候选位点，这些候选位点可解释5.49%—8.03%的表型方差。其中，SSC7上与总乳头数关联的位点rs80894106与文献中报道的影响大白和杜洛克猪总乳头数的候选位点一致，但左乳头的候选位点rs81444134(26.51 Mb, SSC13)和rs81233299(8.13 Mb, SSC18)均为新发现的与乳头数相关的位点。左、右、总乳头的候选位点主要集中在SSC16上的6.36—10.66 Mb区间;连锁不平衡（linkage disequilibrium,LD）分析发现，区间内7.47—8.27 Mb的候选位点拟合成了一个795 kb的单倍型块，且该单倍型块是新发现的影响乳头数的候选区域；单倍型块内的rs337606862(7.47 Mb)与右乳头和总乳头最显著关联，单倍型块内的3个位点均位于cadherin 18(CDH18)基因的内含子上，CDH18编码Ⅱ型钙黏附素，且钙黏附素与发育中组织细胞的识别、分选、增殖、凋亡以及乳腺癌的发生有关。因此，CDH18可能是新的影响猪乳头数的候选基因。再者，本研究对4个染色体上最显著的位点：rs81444134、rs80894106、rs337606862、rs81233299在709头苏淮猪中基因分型，经关联分析后发现，这些位点均与乳头数显著相关，可以作为潜在分子标记用于乳头数的选育。【结论】本研究通过基因组分析在苏淮猪群体中鉴定到20个与乳头数显著相关的位点。其中SSC13上的26.51 Mb和SSC18上的8.13 Mb是新的乳头数的候选QTLs,SSC16上的7.47—8.27 Mb也是新发现的乳头数的候选QTL，且区间内CDH18可能是新的影响猪乳头形成的候选基因。

利用N ipponbare/Kasalath//N ipponbare回交重组自交系群体,对贮藏在低温(4℃)和室温条件下的种子进行低温发芽率的观察和统计分析,利用W indows QTL Cartographer 1.16软件,对控制水稻种子低温发芽力的QTL进行检测。结果发现,低温发芽力QTL分布于第1、5、6、8、9和12染色体上,其中位于第5染色体上的qLTG-5(C597-R3166)和第9染色体上的qLTG-9(R79-C385)在低温萌发过程中持续表达。qLTG-5只在常温贮藏条件下稳定表达,表明此位点可能受种子贮藏条件的影响;qLTG-9在两种贮藏条件下均稳定表达,表明该位点不...

采用 2个偏粳品种“光三”/C4 18的重组自交系群体 ,构建SSR标记的连锁图谱 ,并以此对水稻穗颈维管束数和产量相关性状进行了QTL(QuantitativeTraitLoci)分析。在第 1,5 ,8和 11染色体上检测到 4个控制穗颈大维管束数的QTL ,在第 5 ,9和 10染色体上检测到 3个控制穗颈小维管束数的QTL ;共检测到产量及 8个与产量相关性状的 30个QTL。通过分析穗颈维管束数与穗一、二次枝梗数 ,穗一、二次枝梗粒数 ,穗粒数 ,结实率 ,单株产量QTL在染色体上的分布及连锁关系 ,表明穗颈维管束是影响产量的重要解剖结构 ;通过增加穗颈大、小维管束数可望增加水稻“库...

【目的】鹅豁眼性状呈隐性伴性遗传,其遗传基础有待揭示。基因FRAS-related extracellular matrix 1(FREM1)编码区的一些隐性突变导致了人类及模型小鼠上眼睑部分或完全缺失。本试验以鹅豁眼性状资源群为主要材料,通过对鹅基因FREM1的克隆、表达及基因多态性分析,验证FREM1是影响鹅上眼睑性状候选基因的假设,为深入研究眼睑性状的分子遗传机制奠定基础。【方法】采集鹅豁眼性状F2资源群中成年纯种豁眼鹅母鹅(3只)、四川白鹅(6只,雌雄各半)、♂豁眼×♀四川白鹅F1代公鹅(3只)的

【背景】耐淹成苗率低是限制直播稻产量的重要因素,挖掘高种子活力、低氧萌发能力强的水稻材料是提高耐淹成苗率的关键,但控制耐淹成苗率的遗传位点的挖掘仍然比较有限。【目的】利用来源广泛的自然种质,分析影响耐淹成苗率的关键表型性状,挖掘相关的遗传位点和候选基因,为直播稻耐淹成苗机理研究提供一定的理论和材料基础。【方法】以200份来源广泛的水稻种质为材料,在有氧环境下进行发芽试验,测量种子发芽率、发芽指数和活力指数;在低氧条件下测量芽鞘长和芽鞘直径;进行耐淹成苗试验,水深10 cm,20 d后测量耐淹成苗率。分析各性状间的相关性,挖掘影响耐淹成苗率的关键性状;利用简化基因组测序对以上6个表型进行全基因组关联分析,鉴定与性状显著关联的SNP位点,并在关联区间内筛选候选基因;对02428和YZX 2份材料进行有氧、无氧以及氧气含量转换条件下的转录组检测,结合全基因组关联分析结果,分析候选基因的表达模式差异。【结果】种子活力、芽鞘表型和耐淹成苗率在200份材料间存在广泛的遗传变异,其中,芽鞘长和活力指数的变异系数最大;相关分析结果表明,芽鞘长、活力指数与耐淹成苗率呈极显著正相关;通过全基因组关联分析,共鉴定出8个与活力指数显著关联的位点,15个与芽鞘长显著关联的位点;结合基因组注释,在关联区间筛选出6个与活力指数相关的候选基因,7个与芽鞘长度相关的候选基因;进一步比较13个基因在有氧、无氧及氧气转换条件下的表达模式以及表达量的变化,发现Os02g0657000、Os03g0592500、Os08g0380100表达量变化显著,表现出对氧气处理的敏感性。【结论】种子活力、芽鞘长与耐淹成苗率密切相关,可作为筛选高耐淹成苗水稻材料的重要性状。全基因组关联分析、转录组分析与基因表达模式比较的联合应用可提高候选基因的筛选效率。水稻耐淹成苗过程可能受到与逆境胁迫、光合作用相关基因的调控。

以‘日本晴’与‘泸恢99’及其构建的RIL群体的188个家系为研究对象,构建了含207个分子标记的遗传连锁图谱,对同一地点两年再生力及6个产量相关性状进行了基因定位。7个性状共检测到20个QTL,分布于除4、6、10、11号染色体外的8条染色体上,单个QTL的贡献率为0.01%~13.85%,单个性状QTL个数为1到6个。其中再生力QTL3个,位于第7、8染色体上,贡献率3.4%~5.39%。7个性状共检测到4对加性上位性互作效应,但均不显著。单株产量、每穗颖花数、每穗实粒数检测到了较明显的环境互作效应。再生力与单株有效穗存在显著的负相关。

【目的】冠层活性是反映作物生长发育的重要指标，发掘小麦冠层活性相关基因并分析其与产量性状的关系，为解析产量遗传结构和辅助育种提供理论支撑。【方法】以166份国内外小麦品种为材料，将其种植于河南安阳和安徽濉溪，结合已构建的包含326 570个来源于小麦90K和660K SNP芯片标记的高密度整合物理图谱，对苗期和花后10 d归一化植被指数（NDVI-S和NDVI-10）及花后10 d旗叶叶绿素含量（Chl-10）进行关联分析，并与前期利用相同材料得到的产量相关性状结果进行比较。【结果】NDVI-S、NDVI-10和Chl-10在基因型、环境及基因型×环境互作间变异方差均达极显著（P<0.01）差异，广义遗传力（h_b~2）分别为0.81、0.81和0.91。分别检测到13、12和15个与NDVI-S、NDVI-10和Chl-10显著相关的位点，其中，有12、11和12个为新位点，5个位点与2个以上性状有关。166份小麦品种含有NDVI-S、NDVI-10和Chl-10优异等位基因数变幅分别为4-11、3-11和4-12，且随着优异等位基因数目增加其对应表型值呈递增趋势。NDVI-S与千粒重、粒长和粒宽显著正相关（P<0.01);Chl-10与产量和旗叶宽显著正相关（P<0.01），与单位面积穗数、株高和穗下节长显著负相关（P<0.01）。检测到7个同时与产量和冠层活性相关的多效性位点。【结论】NDVI-S可用于品种产量性状的选择，检测到的稳定位点和多效性位点可在开发标记后用于育种材料的检测。

从水稻核心种质和栽培品种中选取95个品种构成品种总群体,调查该群体6个异交相关性状。选用分布在水稻12条染色体上的93个SSR标记对这95个品种进行基因型鉴定。采用TASSEL软件中一般线性模型对标记与性状间的关联进行分析,发掘有利等位变异和相应载体品种。结果表明:品种总群体中6个异交性状的变异系数为9.9%～62.9%。共检测到22个与异交性状相关联的SSR分子标记,其中8个与剑叶角度相关联,2个与花丝长度相关联,4个与花药长度相关联,1个与柱头长度相关联,3个与柱头外露率相关联,9个与开颖角度相关联。发掘了一批携有优良等位变异且效应值较大的载体品种。携有RM480-197 bp和RM535...

利用Nipponbare(粳)/Kasalath(籼)//Nipponbare(粳)的98个BC1F5回交重组自交系群体及其对应的包含245个分子标记的连锁图谱,于2009年和2010年分别在日本筑波和中国沈阳对水稻粒形相关性状(粒长、粒宽和粒厚)进行数量性状基因位点(Quantitative trait loci,QTL)分析。共检测到16个控制粒形相关性状的QTL,包括在日本筑波检测到的13个QTL和在中国沈阳检测到的9个QTL。它们分布在第1,2,3,5,6,9,10和12号染色体上,其中有6个QTL在2个环境下被同时检测到,分别是控制粒长的qSL3-1和qSL12;控制粒宽的qSW5;...

利用由小穗小粒型水稻Milyang 46和大穗大粒型FJCD建立的一个包含130个家系F10的重组自交系,测定福建省武夷山和莆田环境下籽粒灌浆期功能叶性状,并进行QTL定位及环境互作分析.结果表明,2种环境下共检测到35个加性QTL,位于1、2、5、6、7、11、12号染色体上,表型变异贡献率为0.66%-56.75%;检测到12个位点存在显著的加性×环境互作效应,位于1、2、6、11号染色体上,表型变异贡献率为1.45%-12.05%;莆田环境下,检测到7对加加上位性QTL位点,表型变异贡献率为0-15.64%.

以Sasanishiki(粳)/Habataki(籼)//Sasanishiki(粳)///Sasanishiki(粳)衍生的85个回交重组自交系群体为试验材料,利用程氏指数判定各株系的籼粳属性,并结合236个RFLP标记图谱分析,结果表明:该重组自交系中典籼2份,约占2.4%;偏籼22份,占25.9%;偏粳48份,占56.5%;典粳13份,占15.3%。利用完备区间作图(ICIM)法对程式指数性状进行数量性状位点(QTL)分析,共检测到10个与程氏指数相关QTL,分布在第1,2,3,4,6,12号染色体上,LOD值为2.61~19.17,单一位点贡献率为5.8%~46.8%,其中共有6个QT...

用7个三系不育系和10个优良恢复系按NCⅡ交配设计,对其主要农艺性状的配合力进行分析。结果表明,杂种产量受亲本一般配合力影响,主要由其特殊配合力决定,在各亲本产量性状上,一般配合力与特殊配合力具有相对独立性,在杂交稻组合选育上,在考虑亲本一般配合力的同时,应着重考虑其特殊配合力。穗粒数和千粒重,一般配合力基因型方差恢复系大于不育系,产量和结实率、有效穗数、株高、穗长、穗粒密度等性状一般配合力基因型方差不育系大于恢复系,表明杂种产量及其产量性状多数受母本的影响要大于父本,在杂交组合选配,全面考虑亲本性状同时,要重点考虑母本对杂交种的影响。