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[期刊] 华北农学报  [作者] 郭九峰  孙国琴  乔慧蕾  
柠条是包括内蒙古在内干旱荒漠草原上的优势建群植物,具有极强的耐旱(寒)力,为了研究其抗逆机理,挖掘和利用其抗旱基因,用Trizol法从经过干旱处理的柠条当年新生幼嫩枝叶中提取总RNA,分离纯化mRNA,采用SMART技术反转录合成双链cDNA,DSN技术进行均一化,构建了柠条全长cDNA文库。经检验,文库的滴度为1.5×106 cfu/mL,重组率为93.75%,90%以上插入片段的长度为1.0~2.0 kb。从文库中随机挑取3200个克隆进行5'测序,得到3020个有效EST,合成2429个unigenes,其中,singlets 2229条,占总有效序列的91.76%,经与数据库比对,发现...
[期刊] 林业科学  [作者] 杨杞  张涛  王颖  李高  尹佳佳  韩晓敏  齐力旺  李国婧  王瑞刚  
为研究柠条锦鸡儿抗旱的分子机制,挖掘干旱响应相关基因,成功构建干旱胁迫下柠条锦鸡儿叶片的抑制性差减杂交(SSH)文库,获得1286条高质量的EST序列,平均长度475bp,拼接得到Unigenes645条。对这些Unigenes进行Blast比对注释后发现很多抗旱相关基因,例如LEA蛋白、DHN蛋白编码基因,MYB、bZIP、WRKY、NAC和bHLH转录因子等。通过RACE技术克隆其中1个WRKY转录因子的cDNA全长,命名为CkWRKY1,GenBank登录号为JX987095。CkWRKY1编码330个氨基酸的蛋白质,氨基酸序列中有1个"WRKYGQK"的WRKY转录因子家族保守序列,属...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)  [作者] 吴幼容  潘瑞  郑郁善  
将DSN(duplex-specific nuclease)均一化技术与SMART(switching mechanism at 5'end of RNA transcript)建库技术相结合,构建观音竹(Bambusa multiplex var.riviereorum)盐胁迫幼叶的均一化cDNA文库.经检测该原始文库滴度为1.7×106 cfu.mL-1,文库重组率达97%,插入片段的平均长度为1.5 kb.同时对文库中随机的600个单克隆进行测序,获得543个非重复序列,包括30个片段重叠群和513个单基因;文库冗余率为5.4%.表明观音竹盐胁迫幼叶均一化全长cDNA文库构建成功.
[期刊] 中南林业科技大学学报  [作者] 明付焕  张党权  宋志丹  谷振军  祝全东  韩欣  郭林林  
以绵毛优若藜叶片和嫰茎为材料,对盆栽的绵毛优若藜小苗进行梯度低温胁迫处理后,采用SMART(switching mechanism at 5′end of RNA transcript)与DSN(duplex-specific nuclease)均一化相结合技术构建绵毛优若藜冷胁迫均一化全长cDNA文库。经测定,原始文库的库容量为1.4×106pfu。PCR检测结果显示:插入片段的长度在0.5~3 kb之间,平均大于1 kb,表明文库构建效果较好。该文库包含有大量的未知基因,有待进一步的发掘和研究。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 迟吉娜  蔡肖  张建宏  甄军波  刘琳琳  田海燕  唐丽媛  刘存敬  崔瑞敏  张香云  
【目的】构建优质陆地棉栽培品种冀228纤维均一化全长cDNA文库,降低纤维中存在的高峰度基因的拷贝数,提高发现纤维发育相关基因随机序列和稀有基因的效率,为公共数据库提供丰富的陆地棉EST资源。【方法】以优质陆地棉冀228开花后8—40 D纤维为材料,将纤维全长cDNA与GATEwAy供体载体p DONR222重组,构建了棉花纤维的非剪切型全长cDNA原始文库。利用均一化技术获得均一化全长cDNA文库,进而测序获得大量的EST序列。采用生物信息分析手段,对所测EST进行拼接、比对、cOG功能注释和GO注释。【结果】构建了优质陆地棉冀228纤维均一化全长cDNA文库,该文库初级文库库容为1.06×...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 曾日中  段翠芳  聂智毅  代龙军  黎瑜  
【目的】构建橡胶树胶乳均一化全长cDNA文库,降低胶乳中存在的高丰度表达基因的拷贝数,提高胶乳表达基因的分离鉴定和EST测序分析效率。【方法】以橡胶树无性系热研7-33-97的胶乳为材料,将胶乳全长cDNA与Gateway供体载体pDONR222重组,构建了橡胶树胶乳的非剪切型全长cDNA原始文库,经检测原始文库的滴度为6.0×106 cfu/mL,平均插入片段长度大于1.5 kb,重组率约为100%,全长cDNA比例约为76%;利用基因组DNA饱和杂交技术对胶乳原始cDNA文库进行均一化处理,构建橡胶树胶乳的均一化全长cDNA文库。【结果】胶乳均一化全长cDNA文库的总库容量(总CFU)为1...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 龚达平  解敏敏  孙玉合  
【目的】构建烟草叶片全长cDNA文库并测序,发掘与烟叶发育、代谢和抗逆相关的基因,为进一步研究功能基因奠定基础。【方法】以烟草苗期叶片为试验材料,利用改进的Cap-trapper法构建烟草叶片全长cDNA文库。利用测序技术获得大量的EST序列,采用生物信息分析手段,对所测EST进行拼接和功能注释。【结果】构建了烟草叶片的全长cDNA文库,该文库滴度为1.2×106pfu.mL-1,平均插入片段在1.4 kb左右。利用该文库测序了5 280个克隆,获得5 233条高质量表达序列标签(EST),序列拼接出3 922个单一基因;同源比对分析表明,89.7%的基因与已知功能基因具有较高的同源性,这些基...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 马建辉  刘记  范术丽  宋美珍  庞朝友  魏恒玲  喻树迅  
【目的】深入了解棉花花药发育的分子机制,并为其不育机理的研究提供参考序列。【方法】构建棉花花药全生育期的均一化全长cDNA文库并测序获得9 896条高质量的EST,利用生物信息学和荧光定量相结合法对所得数据进行系统分析。【结果】该cDNA文库库容为1.2×107,插入片段分布在1—3 kb。将所测得的高质量EST进行拼接得到6 643条unigenes,平均长度为779 bp。经过序列比对注释和生物信息学分析,得到一系列在棉花花药发育过程中起重要作用的基因,并获得28条参与花粉壁合成的基因。荧光定量结果表明,这些基因均在花药发育前期优势表达,尤其是在四分体时期表达量最高。【结论】获得大量的棉花...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 李晨  闫晓红  周新安  沙爱华  单志慧  周蓉  魏文辉  
【目的】为获得大豆种子发育相关基因,并为大豆基因组资源提供材料。【方法】采用SMART(switching mechanism at 5′end of RNA transcript)与DSN(duplex-specific nulease)均一化相结合的技术,构建了全长均一化cDNA文库,采用涂平板测定和PCR快速鉴定的技术分析文库质量,用3730测序仪对文库克隆进行测序。【结果】构建了大豆种子不同发育时期全长均一化cDNA文库,最大限度地获得了大豆种子不同发育阶段表达的基因序列,原始文库的库容为6.0×105cfu/mL,重组率接近100%,插入片段大小在0.6—2.0kb之间,平均长度超过...
[期刊] 华北农学报  [作者] 贾会丽  郭继承  吴欣明  王运琦  刘建宁  方志红  石永红  董宽虎  
钙依赖蛋白激酶作为一个关键的信号传导器,通过调控和参与植物体内的代谢途径等方式在植物抵御逆境胁迫过程中发挥着重要作用。为了探索柠条锦鸡儿相关基因的功能,本研究利用同源克隆的方法,从柠条锦鸡儿中克隆了1个CDPK类基因的CDS,命名为CkCDPK。通过测序和生物信息学分析,结果显示,该基因包含1 710 bp的开放阅读框,编码570个氨基酸,分子质量为64.03 ku,蛋白质等电点(PI)为9.12。结构分析显示,CkCDPK含有N端可变区、蛋白激酶区、4个EF手型结构和类似钙调素等结构域。利用实时荧光定量PCR检测了CkCDPK基因在不同逆境胁迫下的表达量,结果显示,NaCl胁迫和干旱胁迫下该基因的表达量呈现出单峰趋势,其中,盐胁迫6 h、干旱胁迫4 h表达量最高,外源ABA诱导下该基因的表达量基本呈逐渐上升趋势。表明该基因可能参与了柠条锦鸡儿的抗逆性调控。构建植物超表达载体pCAMBIA3301-CkCDPK,可为进一步研究CkCDPK基因在柠条锦鸡儿抗逆性调控中的作用奠定基础。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 王尉  胡玉林  莫亿伟  孙德权  谢江辉  
【目的】研究防御基因表达模式,筛选抗枯萎病候选基因,进一步阐明抗病机制。【方法】以4号枯萎病生理小种诱导的‘农科1号’香蕉为试材,利用DSN(duplex-specific nuclease)均一化酶结合SMART(switching mechanism at 5′end of the RNA transcript)技术构建香蕉根的均一化全长cDNA文库;并用多重半定量RT-PCR技术研究防御基因的表达模式。【结果】经检测,文库滴度为3.1×106 cfu.mL-1,扩增后库容为2.8×108 cfu.mL-1。随机挑选580个克隆进行测序,去除低质量序列后获得421个unigenes,片段分...
[期刊] 中南林业科技大学学报  [作者] 徐刚标  房学爽  叶翠层  
以珙桐叶片为研究材料,用Rneasy Plant Mini Kit提取珙桐叶片组织总RNA,反转录成单链cDNA,长距离PCR方法合成双链cDNA;PCR产物经蛋白酶K消化、SfiI酶切后,采用CHROMA SPIN-400柱分级分离,回收0.5 kb以上的cDNA组分,以λTriplEx2载体连接并进行体外包装,构建了珙桐叶全长cDNA文库.结果表明:以XL1-Blue、BM25.8为受体菌测定的原始文库滴度为8.3×106pfu/mL,扩增后文库总滴度为4.16×108pfu/mL,重组率为97.3%;对随机挑取的噬菌斑进行PCR鉴定,表明插入片段大多分布在0.5~2.0 kb之间,文库质...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 王玉荣  张雪妍  刘传亮  陈亚娟  李付广  
【目的】构建二倍体亚洲棉石系亚1号全生育期均一化全长cDNA文库,建立亚洲棉功能基因组学研究基础平台,发掘亚洲棉发育、抗逆等相关基因。【方法】取石系亚1号子叶期、苗期、蕾期、花铃期不同组织器官,提取总RNA并分离纯化mRNA,采用SMART技术反转录全长双链cDNA。用DSN(duplex-specificnuclease)法对全长双链cDNA进行均一化,均一化的cDNA连接到λZAPⅡ载体,包装蛋白包装后构建石系亚1号全生育期均一化全长cDNA文库。【结果】初级文库滴度4×106pfu·ml-1,库容2×106个独立克隆,重组率大于95%,插入片段平均长度大于1.5kb。随机挑取192个克隆...
[期刊] 华北农学报  [作者] 滑璐玢  于秀敏  杨杞  王瑞刚  宝力德  
为研究胚胎发育晚期蛋白(LEA)在柠条中的生物学功能,从已构建的柠条锦鸡儿干旱胁迫抑制削减杂交文库中筛选到一条LEA蛋白编码基因,并采用RT-PCR法进行克隆。所得LEA基因的开放阅读框(ORF)长1 119 bp,编码373个氨基酸的蛋白质,命名为CkLEA4-1。结合序列比对与系统进化分析结果,推断CkLEA4-1属于5族LEA蛋白。利用实时荧光定量PCR技术对CkLEA4-1在干旱、高盐等逆境胁迫条件下的表达情况进行初步研究,结果表明,CkLEA4-1受到不同程度的诱导,推测该基因可能与柠条锦鸡儿响
[期刊] 草业科学  [作者] 党易霖   姚广前   于子健   刘向  
预测自然生态系统中植物病害的发生规律具有重要实践意义。不同植物物种的真菌病害发生率和严重度往往具有一定差异,有研究证实温度和降水量能够显著影响植物病害。但是不同来源地的植物种植在相同环境下,其物种间病害的差异是否还会受到来源地气候的影响,目前仍知之甚少。本研究以采集于中国东西部横跨3300公里样带上的12种锦鸡儿属植物为研究对象,利用同质园实验,鉴定出不同来源地锦鸡儿属植物在相同环境下导致其植物叶片病害发生的病原真菌种类,量化12种锦鸡儿属植物叶片真菌病害的发生率、严重度和菌落直径,并结合来源地年平均温度和年平均降水量分析不同锦鸡儿属植物叶片真菌病害发生率、严重度和菌落直径的变异来源。结果显示,来源地年平均温度和年平均降水量均未显著影响12种锦鸡儿属植物叶片真菌病害发生率,但叶片真菌病害严重度随来源地年平均降水量的增加而显著降低(P < 0.01),叶片真菌菌落直径随来源地年平均降水量的增加而显著增加(P < 0.05),但两者均并未随来源地年平均温度的变化而变化。同质园环境下,锦鸡儿属的12种植物其病害严重度差异较大。且与来源地的年平均降水量呈显著的负相关,而菌落直径与锦鸡儿属植物来源地的年平均降水量呈正相关。总之,本研究表明植物来源地的气候因子能够对植物病害产生影响,结果有助于为管理部门在植被恢复和园林植物引种有效地降低叶片真菌病害提供数据参考。
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