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[期刊] 林业科学
[作者]
娄永峰 杨丽 彭镇华 赵韩生 高志民
【目的】B-box锌指蛋白(BZF)在植物生长发育和应对逆境过程中发挥着重要的调控作用。强光胁迫对竹子的生长发育有着重要的影响,通过分析毛竹BZF基因编码蛋白的分子特征及组织表达模式,研究过量表达Pe BZF4转基因植株的荧光动力学参数变化,以期为揭示竹子BZF基因对强光的应答与调节机制提供参考。【方法】采用同源基因比对的方法直接从Bamboo GDB中获得毛竹BZF基因同源序列,利用专用软件和在线公共平台分析基因及其编码蛋白序列,查找各种作用元件,预测蛋白功能结构域,分析蛋白的亲水性/疏水性。采用实时定量PCR技术分析基因在不同组织中的表达情况以及强光(1 200μmol·m-2s-1)和黑...
关键词：
毛竹 锌指蛋白基因 光胁迫 基因表达
[期刊] 林业科学
[作者]
娄永峰 杨丽 彭镇华 赵韩生 高志民
【目的】Ｂ－Ｂｏｘ锌指蛋白（ＢＺＦ）在植物生长发育和应对逆境过程中发挥着重要的调控作用。强光胁迫对竹子的生长发育有着重要的影响，通过分析毛竹ＢＺＦ基因编码蛋白的分子特征及组织表达模式，研究过量表达Ｐｅ ＢＺＦ４转基因植株的荧光动力学参数变化，以期为揭示竹子ＢＺＦ基因对强光的应答与调节机制提供参考。【方法】采用同源基因比对的方法直接从ＢａｍＢｏｏ ＧＤＢ中获得毛竹ＢＺＦ基因同源序列，利用专用软件和在线公共平台分析基因及其编码蛋白序列，查找各种作用元件，预测蛋白功能结构域，分析蛋白的亲水性／疏水性。采用实时定量ＰＣＲ技术分析基因在不同组织中的表达情况以及强光（１ ２００μｍｏｌ·ｍ－２ｓ－１）和黑．．．
关键词：
毛竹 锌指蛋白基因 光胁迫 基因表达
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
史军娜 刘美芹 师静 王艳萍 智冠华 陈玉珍 卢存福
根据沙冬青低温干旱诱导cDNA文库表达序列标签中锌指蛋白基因序列设计特异引物,采用PCR技术扩增锌指蛋白基因AmZFPG的cDNA全长。序列分析表明,cDNA全长669bp,推测编码223个氨基酸残基、分子量约25kD的蛋白质。氨基酸保守性分析及同类锌指结构比对表明AmZFPG属于GATA结合蛋白家族,且具有高度的保守性。系统发生分析表明,其与紫花苜蓿富含脯氨酸的细胞壁蛋白进化亲缘关系最近。半定量RT-PCR分析显示,AmZFPG基因是受低温和干旱诱导表达上调的基因,初步得出AmZFPG基因与沙冬青低温和干旱胁迫响应相关。
关键词：
沙冬青 锌指蛋白 序列分析 表达分析
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
史军娜 刘美芹 刘杰 陈玉珍 卢存福
A20/AN1锌指蛋白普遍存在于真核生物中,在胁迫响应引起的信号传导过程中发挥着重要作用。本文利用生物信息学和RT-PCR方法从低温干旱胁迫的沙冬青叶片组织中分离锌指蛋白基因AmSTZF,该基因编码一条含172个氨基酸残基的多肽,含A20和AN1两个锌指蛋白保守结构域,属A20/AN1锌指蛋白。生物信息学分析显示该蛋白定位于细胞质中,具有磷酸化位点,参与细胞转录调控。RT-PCR分析表明:低温和干旱胁迫处理的沙冬青叶片中,AmSTZF的表达增强,初步推测该基因与沙冬青低温、干旱胁迫响应相关。
[期刊] 林业科学
[作者]
李真 袁婷婷 朱成磊 杨克彬 宋新章 高志民
【目的】氮素是植物生长发育必需的大量元素,铵态氮是根系可利用的主要氮源形式之一,铵态氮转运蛋白(AMT)在铵态氮的获取和运输中发挥着重要作用。速生是毛竹最主要的特点,鉴定其中的AMT基因,并对其结构和表达模式进行系统分析,为深入研究毛竹AMT家族基因在快速生长和环境适应性中的功能奠定基础。【方法】采用生物信息学方法鉴定毛竹AMT家族基因成员,对其系统发育、结构特征、组织表达特异性以及对激素和非生物胁迫应答进行分析,通过q PCR方法验证关键基因在干旱处理下的表达模式。【结果】在毛竹基因组中共鉴定出13个AMT家族基因,命名为PeAMT1-PeAMT13,其编码蛋白长度为408～497个氨基酸,亚细胞定位预测显示所有PeAMTs均定位于质膜上。系统发育分析表明,PeAMTs分为2个亚家族,不同亚家族之间具有各自的特异基序,但全部PeAMTs的Motif 2都包含了铵转运蛋白的典型保守序列。共线性分析结果表明,有8对PeAMTs存在共线性,而且11个PeAMTs与8个Os AMTs存在共线性,在进化过程中PeAMTs经历了纯化选择。PeAMTs具有组织表达特异性,多数在毛竹根部和叶片的表达水平最高,其次是发育初期的笋,在发育后期木质化程度较高的笋中表达水平较低。PeAMTs启动子中包含多种激素和非生物胁迫应答元件,GA3、油菜素内酯(BL)和干旱处理能引起多数PeAMTs表达量的显著变化,NAA和低温处理也能引起6个PeAMTs表达量的显著变化。筛选关键基因PeAMT1、PeAMT2和PeAMT3进行干旱处理下的q PCR验证,结果表明三者的表达变化均达到显著水平。【结论】毛竹中具有13个编码完整AMT的基因(PeAMTs),它们在结构特点和组织表达特异性方面均存在一定的差异,其表达受到激素和非生物胁迫的影响。PeAMTs可能通过在根部高表达协助毛竹从土壤中获取铵盐,在叶片中高表达对铵盐进行转移和回收,保证毛竹快速生长过程中充足的氮供应;同时可能在提高毛竹抗逆性中发挥铵解毒的功能。
关键词：
毛竹 铵态氮转运蛋白 分子特征 基因表达
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李小娟 孙昭华 柯忻 路文静 郭程瑾 谷俊涛 肖凯
【目的】在克隆小麦锌指蛋白基因TaZAT6的基础上,深入研究该基因的分子特征和在不同磷水平下的表达特性。【方法】通过对富集石新828不同低磷胁迫时间点特异表达基因的cDNA差减文库克隆测序,获得1锌指蛋白型转录因子基因EST。利用RT-PCR技术,在低磷处理24h的石新828和冀7369根系中克隆了该锌指蛋白基因TaZAT6,并采用该技术进一步研究该基因应答介质中Pi的特征。【结果】TaZAT6开放阅读框为717bp,编码238个氨基酸残基,编码的蛋白质中含有1个保守的核定位区、2个C2H2锌指蛋白域和1个DLN保守盒。系统进化分析表明,TaZAT6可能与另外2个小麦锌指蛋白基因ZAT22和Z...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
黄越敏 胡红红 武从庆
为鉴定逆境应答相关转录因子,以1个水稻EST为基础,通过RT-PCR分离到了1个编码锌指蛋白的转录因子新基因的全长cDNA,命名为OsZF19。该基因编码171个氨基酸,包含zf-AN1和zf-A20两个锌指结构域,预测的该基因启动子区含有逆境应答顺式元件。Northern杂交分析表明,OsZF19的确受到高盐和植物激素ABA胁迫的诱导,而在干旱胁迫早期显著地诱导表达,胁迫后期OsZF19的表达量轻微下降。试验结果表明,OsZF19可能在水稻对干旱和高盐逆境的应答反应中发挥作用。
关键词：
水稻 锌指蛋白 非生物逆境 基因表达
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
罗梅 林进添 宾淑英
【目的】克隆我国重要入侵生物扶桑绵粉蚧(Phenacoccus solenopsis Tinsley)环指蛋白基因(PsRing3)序列,分析其序列特征与表达谱,为进一步揭示扶桑绵粉蚧环指蛋白基因的生理功能提供参考。【方法】用RACE方法克隆扶桑绵粉蚧环指蛋白基因,用生物信息学方法对其编码蛋白进行结构和系统进化分析,用实时荧光PCR方法研究其在各个虫态(卵期及1龄、2龄、3龄若虫和成熟雌虫)中的表达差异。【结果】克隆的扶桑绵粉蚧环指蛋白基因的开放阅读框包含678bp的片段,编码225个氨基酸。多序列比对表明该蛋白非常保守。系统进化树分析表明,扶桑绵粉蚧与半翅目的豆无网长管蚜(Acyrthosi...
关键词：
扶桑绵粉蚧 环指蛋白 克隆 表达谱
[期刊] 中国农业科学
[作者]
邓若磊 谷俊涛 路文静 徐海荣 曹云飞 肖凯
【目的】阐明水稻铵转运蛋白基因OsAMT1;4和OsAMT5的编码蛋白特征、功能和表达。【方法】采用生物信息学技术,揭示目的基因的编码蛋白特征;通过铵离子吸收缺陷的酵母突变体功能互补技术,鉴定上述基因编码蛋白的功能;采用RT-PCR技术,研究基因的表达特征。【结果】OsAMT1;4和OsAMT5的编码阅读框为1497bp和1377bp,分别编码498和458个氨基酸残基。OsAMT1;4和OsAMT5均具有11个跨膜域,分别归属与AMT1和AMT2亚家族。OsAMT1;4和OsAMT5均具有使NH4+吸收缺陷的酵母突变体重新恢复吸收NH4+的能力。OsAMT5在叶中特异表达,随NH4+浓度增加...
[期刊] 水产学报
[作者]
邹枘峰 李丹蕾 张亦陈 刘逸尘 耿绪云 孙金生
含溴结构域蛋白(bromodomain/BRD-containing protein, BCP)是一种高度保守的蛋白,属于含溴结构域和额外终端域(bromodomain and extraterminal, BET)蛋白超家族成员。该蛋白在有丝分裂过程中通过募集不同的染色体修饰蛋白,达到了广泛调控基因复制及转录的作用,其表达水平的变化常与肿瘤及炎症的发生相关联。本研究根据实验室前期转录组结果提示信息,首次获得了凡纳滨对虾2 229 bp的BCP基因cDNA序列(LvBRD, GenBank注册号:MH638256),利用在线软件进行了生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR (qPCR)技术分析了该基因的组织表达特征和其在对虾白斑综合征病毒(WSSV)、苏云金芽孢杆菌以及副溶血性弧菌侵染过程中的表达变化特征。结果显示,LvBRD编码的蛋白质有一个保守的可以参与细胞周期调控过程的溴结构域(bromodomain,BRD);组织表达分析表明该基因主要在凡纳滨对虾血细胞、肝胰腺和鳃组织中表达;在WSSV和病原菌感染后早期(0.5～12 hours past infection,hpi),Lv-BRD的表达可以被显著诱导,在血细胞中呈明显上调的表达趋势,表明该基因在一定程度上参与了对虾体内由病原引发的天然免疫应答反应。上述研究结果为进一步研究Lv-BRD基因在对虾抗病毒免疫及干扰素调控过程中的功能和作用机制奠定了基础。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
黄骥 张红生 曹雅君 王东 王建飞 杨金水
[期刊] 林业科学
[作者]
高志民 刘青 牟少华 李雪平 胡陶
锌指蛋白在原核生物与真核生物基因转录调控中发挥着重要作用。采用RT-PCR和RACE技术,从绿竹叶片中分离到1个锌指蛋白基因,命名为BoBZF(GenBank登记号:EU606025)。BoBZF cDNA全长1076bp,编码256个氨基酸。蛋白结构分析表明,其编码的蛋白具有2个B-Box结构域,属于B-Box型锌指蛋白。组织特异性表达显示BoBZF在叶片、叶鞘、幼茎和根中均有表达,其中在叶片的表达丰度较高。将BoBZF置于CaMV35S启动子控制下,构建到载体pBI121的多克隆位点,并转化拟南芥。RT-PCR分析表明,BoBZF已在拟南芥中表达。转基因植株耐旱性明显提高,意味着BoBZF...
[期刊] 林业科学
[作者]
高志民 刘成 刘颖丽 彭镇华
The light harvesting chlorophyll a/b-binding protein is one of key proteins in the transformation from light energy to chemical energy. An open reading frame coding precursor protein of cab gene was cloned from the first strand of bamboo cDNA through RT-PCR methods,and named as cab-PhE1 (cab gene 1 ...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
宣宁 柳絮 张华 陈高 刘国霞 边斐 姚方印
【目的】ZmAN14是玉米A20/AN1型锌指蛋白基因家族成员,该家族在水稻中广泛参与非生物胁迫应答。通过分析玉米旱21(H21)及转ZmAN14烟草在非生物胁迫下的表达情况,为玉米ZmAN14及其家族的功能和分子机制的全面解析提供新信息。【方法】通过对ZmAN14进行序列分析,发现其属于玉米A20/AN1型锌指蛋白基因家族。以玉米自交系H21为研究材料,在三叶期时对其进行非生物胁迫和ABA诱导处理,0、1、3、6、12和24 h时取整株样品,同时在玉米不同生长期取根、茎、叶、胚芽鞘、雌蕊、雄蕊、花丝、苞叶等不同组织样品,利用实时荧光定量PCR方法对ZmAN14的组织表达谱和非生物胁迫及ABA...
[期刊] 水产学报
[作者]
王钰婧 徐逾鑫 冯文荣 李建林 李红霞 苏胜彦 宋长友 唐永凯 俞菊华
白细胞介素17（Interleukin-17，IL-17）是一类重要的炎症因子。为了解鲤IL-17B基因的功能，本实验使用同源搜索和基因克隆在鲤基因组中挖掘到2个IL-17Bs基因（CcIL-17B1和CcIL-17B2），均有3个外显子和2个内含子，编码198个氨基酸，内含IL-17家族特有的由4个半胱氨酸形成的2个二硫键，蛋白序列一致性高达91.92%。共线性分析显示在硬骨鱼类染色体加倍过程中，IL-17B及其附近基因出现了丢失，大部分硬骨鱼类有1个IL-17B，斑马鱼两个IL-17Bs均丢失，而鲤特有的染色体加倍致使存在两个CcIL-17Bs。qPCR结果表明CcIL-17Bs在鲤受精卵发育早期（0～12 h）和成鱼性腺中高表达。使用大肠杆菌表达系统，获得了可溶的重组蛋白NusA-17B。肛灌不同浓度的NusA-17B，结果显示，高浓度（500 μg/kg）组的1和3 d的鲤肠道组织肠绒毛缺损，出现大量的杯状细胞和炎性细胞，定量分析显示炎症因子IL-1β、IFN-γ、IL-6、趋化因子CCL20和NF-κB的表达均显著上调（P0.05）。低浓度（5 μg/kg）和中浓度（50 μg/kg）肛灌实验鱼，除了中浓度1和3 d鲤肠道TRAF6的表达显著上调（P0.05）。使用不同浓度（0.1、1.0、10.0和100.0 ng/mL）NusA-17B孵育鲤肾组织8 h，结果：炎症因子IL-1β在0.1、1.0和100.0 ng/mL的NusA-17B刺激下显著上调（P<0.05）。体内和体外实验结果表明，CcIL-17B参与了炎症反应。
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