【目的】微型颠倒重复序列（ＭＩＴＥ）是ＤＮＡ转座子中一类依赖自主转座子提供的转座酶进行转座的非自主转座子。以毛竹中与水稻Ｍ ＰＩＮｇ同源的ＭＩＴＥ——Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１为例，研究Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１的结构特点和转座特性，并分析Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１的转座对其附近基因表达的影响，进而了解转座子对毛竹基因组多态性形成和基因表达调控的作用。【方法】利用ＭＥｇＡ５．１，ＤＮＡｓＴＡｒ，ＷＥｂ Ｌｏｇｏ ３－ＣｒＥＡＴＥ等软件对Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１的末端反向重复序列（ＴＩｒ）、靶位点重复序列（ＴｓＤ）、插入位点序列偏好性等进行系统的研究和分析，并计算Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１在毛竹基因组中的插入时间．．．

【目的】微型颠倒重复序列(MITE)是DNA转座子中一类依赖自主转座子提供的转座酶进行转座的非自主转座子。以毛竹中与水稻m Ping同源的MITE——Ph Tourist1为例,研究Ph Tourist1的结构特点和转座特性,并分析Ph Tourist1的转座对其附近基因表达的影响,进而了解转座子对毛竹基因组多态性形成和基因表达调控的作用。【方法】利用MEGA5.1,DNAStar,Web Logo 3-Create等软件对Ph Tourist1的末端反向重复序列(TIR)、靶位点重复序列(TSD)、插入位点序列偏好性等进行系统的研究和分析,并计算Ph Tourist1在毛竹基因组中的插入时间...

以蒙古冰草DNA为模板,采用PCR扩增的方法从蒙古冰草(Agropyron mongolicumKeng)中分离得到了一个类反转录转座子基因序列,命名为MwRRT(GenBank:GQ855806.1)。序列分析结果表明:该序列长为1 005 bp,包含780 bp的开放阅读框,编码260个氨基酸。经GenBank中BLAST程序分析表明,该片段98~255处氨基酸与水稻(Oryza sativa)预测逆转录转座子蛋白Ty3-gypsy亚类、预测种属特异抗原—聚合酶(Gag-Pol)前体和预测聚合酶氨基酸同源性为47%;与高粱(Sorghum bicolor)的预测GAG-POL前体氨基酸同源...

长末端重复序列(LTR)反转录转座子广泛存在于植物基因组中,本质是一段可移动的脱氧核糖核酸(DNA)序列。大多数LTR反转录转座子在外界环境变化下能够被激活转录,对环境变化做出响应。为研究毛竹基因组中的LTR反转录转座子的转录活性及在非生物环境胁迫下表达量的具体变化,克隆和鉴定了1个毛竹Phyllostachys edulis反转录转座子PHRE7。该转座子全长为6 073 bp,属于Ty1-copia家族中的Tork分支,LTR序列相似性为96.7%,插入时间为126.923万a前。对毛竹实生苗分别进行辐照(30, 50, 70 Gy),甲基化抑制剂(50, 100, 150μmol·L-1),高温(42℃),低温(4℃),高盐(0.1, 0.2, 0.3 mol·L~(-1))等5种不同胁迫处理,通过定量荧光聚合酶链式反应(PCR)检测,PHRE7在INT, RT和RH等3个结构域中的表达量仅在辐照及0.2～0.3 mol·L-1高盐处理下随处理强度的上升而下降,其余所有处理(甲基化抑制剂、高温、低温、高盐0.1～0.2 mol·L~(-1))的表达量都随处理强度呈上升趋势。这些结果表明:PHRE7转座子是一个具有转录活性的LTR反转录转座子,且外界非生物环境胁迫对其表达模式有较大影响,表明PHRE7转座子能够响应外界环境变化。图7表2参42

采用植物Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物,经PCR扩增从矮牵牛(Petunia hybrida Vilm.)中扩增出260 bp左右的目标条带,扩增产物经测序及序列分析,总共获得了24条逆转录酶序列。结果表明,24条逆转录酶序列长度变化范围为260~272 bp,同源性范围为49.8%~97%,经核苷酸聚类分析分为7个家族。Ty1-copia类逆转录酶在序列长度、碱基组成上具有高度异质性,翻译成氨基酸后,有18条序列是完整的,另外6条序列出现终止密码子突变或移框突变,终止密码子突变和移框突变是矮牵牛Ty1-copia类逆转座子高度异质性的重要表现。与已登陆的不同植物物种...

微型颠倒重复序列(miniature inverted repeat transposable elements,MITEs)是一类对基因组进化和基因表达有重要调节作用的转座子。为分析MITEs在毛竹基因组中的分布特性,借鉴Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing repeats(FIASCO)方法,首次构建Stowaway-like MITEs富集文库。随机挑取21个克隆,测序发现2个含有Stowaway-like MITEs序列(Stow-Ph1和Stow-Ph2),阳性率为9.52%。Stow-Ph1和Stow-Ph2的长度分别为260...

为了探讨Ｍｕ转座子使玉米发生甜质突变的分子机理，利用Ｍｕ－ＡＦＬＰ方法分离ＭｕｔＡｔｏｒ转座子插入位点的侧翼序列，并根据侧翼序列的延伸设计一对特异性引物Ｐ１、Ｐ２，验证转座子插入的真实性，同时对插入位点所在的基因进行生物信息学分析。结果显示：侧翼序列长２９９ ｂＰ，插入位点位于第３染色体，该转座子的插入属于真实插入；突变基因全长５ ７４６ ｂＰ，共编码５９２个氨基酸；所编码蛋白的理论分子量为６７．５ ｋ ＤＡ，疏水性氨基酸含量为４２．０６％，具有１０个跨膜结构域，属于亲水性内膜蛋白。该结果为更好地利用ＭｕｔＡｔｏｒ转座子创制甜玉米新种质奠定了基础，也对揭示玉米胚乳发育与淀粉合成机制具有重要意义．．．

以牡丹基因组为模板,利用简并引物进行PCR扩增,得到了编码Ty1-copia类反转录转座子反转录酶(RT基因)的序列,测序后所得序列长度为240 bp,包含2个开放读码框,共编码63个氨基酸。经NCBI中BLAST比对结果显示,洛阳红牡丹RT基因与枸杞、甜菜等RT基因的同源性均在70%以上。经MEGA和DNAstar软件分析表明,该片段在进化上与梅、杨、茶和苹果等落叶木本植物的同源性序列存在更高的同源性和更近的亲缘关系,与枸杞、鹰嘴豆、番茄、草莓等草本植物的同源性序列亲缘性较远。

【目的】Mariner-like element(MLE)转座子是一类在真核生物基因组内广泛分布的DNA类转座子，以“剪切-黏贴”模式在基因组中复制扩张，可以作为一类高效稳定的工具应用于转基因、基因功能研究等领域。为了探究MLE转座子在毛竹基因组中的分布规律，揭示MLE转座子在毛竹进化过程中的演化模式，本研究对毛竹MLE转座子进行了全基因组挖掘和分析。【方法】基于水稻、大豆和毛竹目前发表的MLE转座子序列，利用IRF、Blast和Fasta等工具，根据MLE转座子序列的特异性结构末端倒置重复序列(TIR)及其所编码转座酶的保守性，对毛竹基因组中的MLE转座子进行挖掘，从毛竹基因组中筛选具有完整结构的MLE转座子。分析所获得的MLE转座子的结构特征，根据完整MLE转座子的转座调控元件，从毛竹基因组中筛选出所对应非自主转座子，通过序列提取和比对，对自主与非自主转座子的分布特点以及非自主转座子结构缺失特点进行分析。【结果】共鉴定了2个完整结构的自主MLE转座子，PhV2MLE1A和PhV2MLE2A。PhV2MLE1A全长3 950 bp,编码414个氨基酸，TIR长度30 bp;PhV2MLE2A全长12 990 bp,编码373个氨基酸，TIR长度49 bp。根据TIR结构的相似性，鉴定出2个自主MLE转座子所对应的非自主转座子，本试验共获得2个结构完整的自主MLE转座子，以及各自对应的非自主转座子，同时发现不同的非自主转座子的结构缺失情况并无规律。所鉴定到的MLE转座子在毛竹基因组中的分布存在随机性，在毛竹基因组中偏好插入保守序列TA之间。【结论】毛竹基因组中分布着大量的MLE转座子，其中绝大多数在进化过程中由于转座酶结构缺失，失去了转座活性。

根据鱼类Tc1-like超家族转座子的末端反向重复序列设计单引物,对西藏亚东鲑基因组进行PCR扩增、回收、克隆和测序,鉴定出亚东鲑两条长度为1 607 bp和1 473 bp的Tc1-like超家族转座子序列,命名为Tbt1和Tbt2。序列分析表明,亚东鲑Tbt1转座子左右两端分别存在一个196 nt和225 nt的末端反向重复序列(Inverted terminal repeats,ITR),在左右ITR中分别包含2个12 nt的亚末端反向重复序列(Subterminal inverted repeats,SIR);亚东鲑Tbt2转座子分别存在一个32 nt和31 nt短的ITR,其左右IT...

【目的】从早酥梨及其红色芽变基因组中克隆Ty1-copia反转录转座子逆转录酶序列,分析其特点和差异。【方法】根据Ty1-copia反转录转座子逆转录酶保守区域设计简并引物,建立并优化PCR扩增体系,回收、克隆、测序得到的目的基因序列。【结果】成功从早酥梨基因组和红色芽变材料中分别获得29,30条逆转录酶序列,序列大小均为260bp左右。生物信息学分析表明,与早酥梨相比,红色芽变的逆转录酶序列多发生终止子突变、缺失突变、替换突变。聚类分析可将所得序列分为7个家族,基于逆转录酶序列进行的不同物种进化树分析显示,第7家族序列与苹果和李具有很高的同源性,可能是反转录转座子横向传递的结果。【结论】早酥...

【目的】重复序列是真核生物基因组中重要组成部分，对物种进化、基因遗传变异、转录调控等具有重要作用。研究旨在揭示牛亚科物种重复序列特征，研究转座子和串联重复序列间的进化关系，为牛亚科物种重复序列的研究提供理论支撑。【方法】以普通牛、瘤牛、牦牛、水牛、野牛以及大额牛6个牛亚科物种的基因组序列为研究对象，利用TRF和RepeatMasker软件对6个牛亚科物种基因组中的串联重复序列（tandem repeats sequence,TRs）和转座子（transposable elements,TEs）进行鉴定，并通过本地BLAST比对，分析两类重复序列间的相似性，单位点（single-locus TRs, slTRs）和多位点串联重复序列（mutiple-locus TRs, mlTRs）以及转座子内部的串联重复特征。【结果】（1）6个牛亚科物种中，重复序列在普通牛中的比例最高，为49.13%，其次为水牛46.82%、大额牛46.66%、瘤牛42.70%、野牛42.36%、牦牛42.34%；其中转座子在基因组中的比例为40.57%—45.71%，高于串联重复序列的比例（1.50%—3.42%）。（2）串联重复序列中，mlTRs的比例（76%—99%）显著高于slTRs(1%—24%)，表明mlTRs为6个牛亚科物种中串联重复序列的主要组成。（3）TE-derieved的串联重复序列分析表明，TRs中43%—84%的序列来源于转座子，其中多位点串联重复序列可高达94%。（4）TRs-related转座子及其活性分析表明，与TRs具有相似性的转座子主要来自非长末端重复序列（non-Long Terminal Repeats, non-LTR），包括SINE(Short Interspersed Nuclear Element, SINE)和长末端重复序列（Long Interspersed Nuclear Element, LINE），其中SINE/Core-RTE（主要为BOV-A2）的数量（14 423—24 193）和相对丰度（4.06%—6.77%）最高，被认为是牛亚科物种中最年轻且最具活力的转座子。（5）转座子的串联重复特征分析表明，BovB在0—600 bp,L1＿BT在1 500—2 700 bp的序列分别发生了大量的串联重复，与consensus序列的一致性分别达93%和87%以上，且两段区域均为非编码区。【结论】重复序列在牛亚科物种中具有相似的分布特征，non-LTR是牛亚科物种TRs-relatedTEs的重要来源，且SINE/Core-RTE（主要为BOV-A2）为牛亚科物种最年轻且最具活力的转座子；同时串联重复序列又可作为转座子内部结构的组成部分，表明串联重复序列与转座子在基因组的进化过程相互影响、相互作用。

分别提取版纳微型猪近交系18种组织的RNA,反转录为cDNA,利用RT-PCR方法扩增肿瘤坏死因子(TNF-α)基因编码区全长序列,将纯化的片段与pMD18-T载体连接,转化大肠杆菌DH 5α,筛选阳性克隆并测定其序列,利用生物信息学方法分析其序列特征,并与其他15个物种构建系统进化树。同时采用半定量RT-PCR方法分析TNF-α基因在版纳微型猪近交系18种组织中的表达情况。结果显示,版纳微型猪近交系TNF-α基因编码区全长699 bp(GenBank登录号:JF831365),编码232个氨基酸。氨基酸序列同源性分析表明,与猫等12个物种具有80%以上的相似性,分子系统进化表明与牛、山羊、绵...

【目的】从早酥梨及其红皮芽变基因组中分离Ｔｙ１－ｃｏｐｉａ反转录转座子全长序列，分析序列特点，并基于其中长末端重复序列（ＬＴＲ）建立ｉＲａｐ分子标记体系。【方法】以早酥梨及其红皮芽变和极早熟芽变植株叶片为试材，根据已知的Ｔｙ１－ｃｏｐｉａ反转录转座子保守区域设计引物，利用同源克隆技术得到目的基因。根据基因两端ＬＴＲ序列设计引物，建立ｉＲａｐ分子标记体系，并对早酥梨及其芽变进行遗传分析。【结果】从早酥梨基因组中获得２条Ｔｙ１－ｃｏｐｉａ反转录转座子全长序列，分别命名为ｐｂＴｙＺＳ１和ｐｂＴｙＺＳ２，长度分别是９ ３６３和９ ６３２ｂｐ。从红色芽变基因组中获得１条序列，命名为ｐｂＴｙＲＭ１，长度为．．．

以版纳龙竹基因组DNA为模板,采用前人基于水稻CO同源基因Hd1序列的保守区所设计的特异引物COS1和COA1,运用PCR方法扩增出一条1 520 bp的DNA片段,并克隆到pGEM-T载体。测序和序列分析结果显示:该片段含有1个590 bp的内含子,编码区930 bp共编码310个氨基酸;该基因被命名为DxCO1,其DNA序列在G enB ank中的注册号为GQ358925。在G enB ank中进行同源性检索的结果显示:其核苷酸序列与其它禾本科植物CO同源基因的氨基酸序列同源性高达81%~91%;推测的DxCO1蛋白质序列与其它种子植物CO同源基因蛋白质序列的系统发育分析结果显示:DxCO...