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[期刊] 林业科学研究
[作者]
吴江婷 贾辰琳 罗志斌 邓澍荣
[目的]鉴定毛白杨PtoS1-bZIP亚家族成员，解析PtoS1-bZIPs基因响应干旱和盐胁迫等非生物逆境的表达模式。[方法]通过生物信息学方法对PtoS1-bZIP亚家族进行系统分析，利用实时荧光定量技术检测该亚家族成员在不同组织中的基因表达特征以及对非生物胁迫的表达响应模式。[结果]从毛白杨基因组中鉴定出10个S1-bZIPs基因，分布在8条染色体上，均无内含子结构。系统进化分析表明，PtoS1-bZIP亚家族可分为3个分支，在毛白杨基因组内有12对共线性基因。顺式作用元件分析发现PtoS1-bZIP亚家族成员的启动子中含有多个光信号、激素与非生物胁迫响应元件。荧光定量结果显示，PtoS1-bZIP亚家族成员的表达具有组织特异性。第一和第二进化分支中的多数成员在ABA和干旱处理下表达量上调，在盐胁迫下表达量下调；第三进化分支中的成员在ABA、干旱和盐处理下均表达上调。[结论]从毛白杨中鉴定出10个PtoS1-bZIPs基因，聚类为3个进化分支，第一和第二分支中多数PtoS1-bZIPs成员的表达受干旱胁迫诱导，而受盐胁迫抑制；第三分支成员的表达受干旱和盐胁迫诱导。表明毛白杨PtoS1-bZIPs不同分支成员可能具有功能分化，在响应非生物胁迫过程中发挥不同作用，研究结果为后续解析PtoS1-bZIPs基因调控杨树抗逆性的分子机制提供了基础。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
郝颖颖 周明珠 韩开元 杨雄 高钰涵 陈仲
【目的】YABBY是高等植物中特有的转录因子家族,在侧生器官发育和开花过程中发挥重要作用。本研究对毛白杨PtYABBY基因进行克隆和生物信息学分析,并对雌雄花芽8个关键发育时期和根茎叶等组织中PtYABBY基因表达模式进行探究,以期为阐明PtYABBY基因在毛白杨侧生器官发育过程中的功能奠定前期基础。【方法】以毛白杨为试材,采用同源基因克隆法从毛白杨中分离FILAMENTOUS FLOWER (FIL)/YABBY3 (YAB3)同源基因PtYABBY3、PtYABBY4和PtYABBY11的编码区序列,并开展生物信息学分析。通过qRT-PCR研究这3个基因在雌雄花芽8个发育时期及根、茎、幼叶、成熟叶片中的表达规律。【结果】PtYABBY3、PtYABBY4和PtYABBY11编码区长度分别为633、642、639 bp,分别编码210、213、212个氨基酸。所推测的氨基酸序列包含C_2C_2锌指结构域和YABBY结构域。系统进化分析进一步表明这3个基因属于FIL/YAB3亚家族成员。qRT-PCR结果显示这3个基因在根、茎、叶及8个时期雌雄花芽组织中均有表达,但PtYABBY基因间的表达水平存在明显差异。PtYABBY3表达水平在雌雄花芽发育初期下调,发育后期上调;花原基形成到休眠期内PtYABBY3在雌雄花芽中呈现相反的表达变化趋势。PtYABBY4和PtYABBY11基因在雌雄株成花诱导期表达水平最高,成花诱导到伸长期内呈现下降趋势,在雄花芽休眠期和小孢子发生期基因表达水平无明显变化。营养组织表达量测定结果显示这3个基因在幼叶和成熟叶片中表达水平相对较高,根系中表达量最低。【结论】YABBY基因家族成员PtYABBY3、PtYABBY4和PtYABBY11同属FIL/YAB3亚类,在毛白杨雌雄花芽发育的8个时期中表达水平存在较大差异,且在叶片和花芽中表达量较高,表明其可能与叶片和花芽发育相关。本研究为今后深入研究YABBY家族成员在杨树器官生长发育过程中的作用奠定基础。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
孙彦琳 于超 罗乐 潘会堂 张启翔
[目的]筛选单叶蔷薇bZIP转录因子家族的成员,并研究其结构特点、共线性以及在不同器官中的表达模式,为进一步揭示该家族在单叶蔷薇生长发育及抗逆响应中的作用奠定基础。[方法]以采自新疆的单叶蔷薇叶片为试验材料,采用生物信息学方法,对单叶蔷薇全基因组和转录组信息进行分析,包括理化性质、系统发育、基因结构、保守结构域、染色体位置、共线性和启动子分析,以及在根、茎、叶、花、果实中的表达模式。[结果]单叶蔷薇全基因组中共鉴定出50个单叶蔷薇bZIP转录因子家族成员,其蛋白质长度为149～700个氨基酸,分子质量为17.14～75.47 ku,等电点4.42～10.72,其中49个成员位于细胞核上。根据拟南芥bZIP转录因子家族的分类,将单叶蔷薇bZIP转录因子家族分为12亚族(A-K和S亚族),其中包括1对串联重复和7对片段重复;单叶蔷薇bZIP多含有1～15个与非生物胁迫有关的顺式作用元件。单叶蔷薇bZIP转录因子家族基因在不同器官中均有表达,各成员的表达量存在差异,其中Rbe013649在花中特异性表达,Rbe006639、Rbe028637在根中特异性表达,Rbe004215、Rbe028400、Rbe002636、Rbe002635在果实中特异性表达,Rbe011331在叶片中特异性表达。[结论]单叶蔷薇bZIP转录因子家族基因可能广泛参与各器官生长发育,其中Rbe013649可能调控花青素的合成,Rbe006639可能在抗旱过程中起重要作用。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
万露露 王中煊 沈军 曹泽宇 陈世品 苏小青
【目的】基于闽楠全基因组数据对bZIP(碱性亮氨酸拉链)基因家族进行鉴定，并研究其在闽楠根系水分胁迫下的作用，确定关键调控基因。为进一步探究闽楠根系抵御逆境胁迫的分子机制提供了参考。【方法】利用生物信息学方法进行系统进化、保守基序、基因结构、启动子顺式势作用元件以及蛋白互作分析，并通过qRT-PCR验证基因在水分胁迫下的表达模式。【结果】在闽楠基因组中共鉴定出52个bZIP转录因子，划分为10个亚家族；顺式作用元件分析表明，PbbZIP可能响应光照、生物与非生物胁迫以及生长发育等生物学过程；转录组数据分析显示，PbbZIP15在干旱/水涝胁迫下的表达量较高，PbbZIP40在干旱胁迫下的表达量较高；qRT-PCR验证结果与转录组数据基本一致。【结论】PbbZIP15和PbbZIP40是调控闽楠根系水分胁迫的2个关键基因。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
孙彦琳 于超 罗乐 潘会堂 张启翔
[目的]筛选单叶蔷薇bZIP转录因子家族的成员,并研究其结构特点、共线性以及在不同器官中的表达模式,为进一步揭示该家族在单叶蔷薇生长发育及抗逆响应中的作用奠定基础。[方法]以采自新疆的单叶蔷薇叶片为试验材料,采用生物信息学方法,对单叶蔷薇全基因组和转录组信息进行分析,包括理化性质、系统发育、基因结构、保守结构域、染色体位置、共线性和启动子分析,以及在根、茎、叶、花、果实中的表达模式。[结果]单叶蔷薇全基因组中共鉴定出50个单叶蔷薇bZIP转录因子家族成员,其蛋白质长度为149～700个氨基酸,分子质量为17.14～75.47 ku,等电点4.42～10.72,其中49个成员位于细胞核上。根据拟南芥bZIP转录因子家族的分类,将单叶蔷薇bZIP转录因子家族分为12亚族(A-K和S亚族),其中包括1对串联重复和7对片段重复;单叶蔷薇bZIP多含有1～15个与非生物胁迫有关的顺式作用元件。单叶蔷薇bZIP转录因子家族基因在不同器官中均有表达,各成员的表达量存在差异,其中Rbe013649在花中特异性表达,Rbe006639、Rbe028637在根中特异性表达,Rbe004215、Rbe028400、Rbe002636、Rbe002635在果实中特异性表达,Rbe011331在叶片中特异性表达。[结论]单叶蔷薇bZIP转录因子家族基因可能广泛参与各器官生长发育,其中Rbe013649可能调控花青素的合成,Rbe006639可能在抗旱过程中起重要作用。
[期刊] 林业科学
[作者]
陈亚娟 王宏芝 李瑞芬 张中保 崔莉洁 魏建华
从毛白杨中分离7个纤维素合酶基因,分别为PtoCesA4,PtoCesA5,PtoCesA7,PtoCesA8,PtoCesA13,PtoCesA17和PtoCesA18,通过与已公布的毛果杨全基因序列及拟南芥和水稻基因组中纤维素合酶基因序列的同源性比对分析,结合目前纤维素合成机制的研究进展,预测毛白杨中上述不同纤维素合酶的功能。利用GenomeLabTMGeXP遗传分析系统分析毛白杨中纤维素合酶基因在不同组织中的转录表达水平,结果表明PtoCesA4,PtoCesA7,PtoCesA8,PtoCesA17和PtoCesA18在木质部高丰度表达,推测这些基因可能参与毛白杨次生细胞壁的形成,为毛...
关键词：
毛白杨 纤维素合酶 GeXP 基因表达
[期刊] 草业科学
[作者]
齐晓 张正社 闵学阳 孙启忠 刘文献
碱性亮氨酸拉链(bZIP)转录因子是真核生物转录因子中分布最广泛、最保守的一类蛋白。目前在许多植物中已发现大量的bZIP转录因子,这些bZIP转录因子成员广泛参与种子贮藏基因的表达、植物的生长发育、光信号传导、病害防御、生物和非生物胁迫应答以及ABA的敏感性等各种信号的反应。本研究首次从紫花苜蓿(Medicago sativa)全转录组水平鉴定出bZIP转录因子家族共包含138个基因,根据bZIP蛋白序列进行系统进化分析可以将其分为10类;对MsbZIP基因的系统进化分析表明该基因家族在分类上有很高的保守
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
杨勇 张俊红 韩潇 张毓婷 杨琪 童再康
【目的】对闽楠Phoebe bournei bZIP (PbbZIP)转录因子家族成员鉴定，分析其对脱落酸(ABA)信号的响应水平。【方法】基于生物信息学方法，对PbbZIP基因家族进行了全基因组鉴定，分析其蛋白理化特性、基因结构、进化关系、启动子顺式作用元件和ABA处理下的表达分析。【结果】从闽楠12条染色体共鉴定出63个PbbZIPs基因，分为12亚族，不同亚族基因结构和基序差异显著，但同亚族高度保守。PbbZIP基因多数定位在细胞核，其编码蛋白长度为110～835个氨基酸，等电点为4.48～11.95，疏水性为-1.19～-0.19。分布于12条染色体的27对PbbZIPs基因存在共线性关系，是PbbZIP基因家族扩张的主要模式。PbbZIP基因上游启动子区域存在多种与非生物胁迫相关的作用元件，其中ABA、水杨酸、茉莉酸甲酯的响应元件较多。基因表达分析结果表明：2 mmol·L~(-1)ABA处理闽楠1～72 h,17个PbbZIPs基因在叶和根中被ABA信号不同程度地诱导表达，普遍上调，且根基因表达水平普遍低于叶片。【结论】63个PbbZIPs基因序列高度保守，不同亚族间基因结构、染色体定位和保守基序有进化多样性和差异性；叶和根中PbbZIP基因不同程度地响应ABA信号，参与调控其他非生物过程。图9参35
[期刊] 华北农学报
[作者]
潘根 陶杰 聂荣 周兵 黄思齐 陈安国 李建军 唐慧娟 李德芳 赵立宁
为了探究大麻二酚酸合成酶基因(CBDAS)家族在大麻中的功能,利用生物信息学方法对大麻二酚酸合成酶基因(CBDAS)进行了全基因组鉴定,并系统分析其理化特性、进化发育、基因结构、启动子顺式结合元件及表达模式。结果表明,大麻CBDAS基因家族包含5个成员,仅分布在2,7号染色体上;理化性质分析显示,大麻CBDAS基因家族编码的氨基酸数目为541～545 aa,分子质量为介于61.49～62.41 ku,等电点为6.90～9.00;系统进化分析显示,来自植物、动物和微生物的33个CBDAS基因可分为3个家族,多数CsCBDAS基因家族成员属于同一亚家族;启动子区顺式作用元件预测表明,CsCBDAS基因家族成员均富含光响应元件;组织特异表达分析显示,CsCBDAS1和CsCBDAS2在雌蕊中表达最高,CsCBDAS4、CsCBDAS5在根中表达量最高;大麻CBDAS基因在高大麻二酚(CBD)和低CBD含量品种的表达模式不同,CsCBDAS1表达量在高大麻二酚(CBD)品种中高于低CBD含量品种;外源重金属Cd处理CsCBDAS4和CsCBDAS5基因表达量显著上调表达;CsCBDAS1、CsCBDAS2及CsCBDAS5表达量在黑暗和光照处理间表现出显著差异,光照处理下,CBDAS1基因表达量显著低于黑暗处理,而CsCBDAS2及CsCBDAS5的表达量高于黑暗处理。这些基因可能参与大麻的生长发育与大麻素的合成,该研究为后续大麻CBDAS基因家族的功能研究奠定了基础。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
林晓艺 唐梦洁 李小芳 林玉玲 赖钟雄 陈裕坤
为探究龙眼GH3基因家族结构特征及表达模式，基于龙眼基因组及转录组数据库对DlGH3基因家族进行鉴定.共鉴定出10个DlGH3家族成员，分为3个亚家族(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ),均含有GH3保守结构域.启动子序列预测显示，DlGH3含多个与激素响应、光响应、胁迫响应及生长发育相关的顺式作用元件.转录组数据和qRT-PCR的表达谱分析显示，DlGH3在体胚发生早期的表达模式存在差异，DlGH3.5在胚性愈伤组织中的表达量极高，DlGH3.3和DlGH3.6在花、花芽和根中特异性表达；DlGH3不同成员在蓝光、白光和黑暗处理下的表达趋势存在差异.此外，在外源IAA、2,4-D、MeJA、GA_3、ABA和SA处理下，DlGH3成员的表达均被不同程度诱导.因此，DlGH3在进化中具有较高的保守性，可能参与调控龙眼体胚发生、外源激素响应、龙眼开花和根的生长等发育过程.
[期刊] 西南农业学报
[作者]
司文 孟缘 李卓林 樊川钰 苑一超 周蕴薇 白云
【目的】明确尖萼耧斗菜和黄花尖萼耧斗菜中UGT家族成员的结构特性，挖掘合成花青素的关键UGT基因。【方法】基于课题组前期的尖萼耧斗菜花色转录组，筛选与鉴定UGT家族基因成员并分析其理化性质、保守基序、系统进化和顺式作用元件等，结合UGT基因在2种尖萼耧斗菜萼片中不同时期的表达模式，筛选出合成花青素的候选基因。【结果】共鉴定出154个AoUGT基因成员，编码蛋白质含有52～1293个氨基酸，相对分子量为5.897～144.174 kDa，其理论等电点范围为3.21～7.14之间，偏酸性蛋白较多，均为亲水性蛋白；二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主，均具有UGT保守结构域。尖萼耧斗菜UGT基因家族成员共分为14个亚家族，A组UGT基因成员数量最多，G和J组的UGT基因成员数量最少。MEME保守基序分析显示UGT基因家族均含有2个高度保守的基序Motif 1和Motif 4， 这2个保守基序共同组成了UGT基因家族的PSPG保守结构域。启动子顺式作用元件分析发现，AoUGT家族成员启动子的顺式作用元件涉及光响应、激素、胁迫及MYB结合位点等。AoUGT147/127/45/143在尖萼耧斗菜的开花前期（S2）中处于高表达水平，而在黄花尖萼耧斗菜中始终处于低表达水平。【结论】AoUGT147/127/45/143是尖萼耧斗菜花色差异的关键基因，在花色的形成过程中发挥重要作用，为后续花色研究提供了重要线索。
[期刊] 草业科学
[作者]
马茜茜 张欢 朱杰 金献垚 陈雪松 陈涛 邬晓 王小珊 黄琳凯
冷季型牧草鸭茅(Dactylis glomerata)在生长过程中会受到各种逆境胁迫的影响。bZIP转录因子参与多种生物学过程，尤其在植物抵御生物和非生物胁迫过程中发挥关键作用。本研究利用生物信息学和实时荧光定量(qRTPCR)的方法，对鸭茅bZIP基因家族进行全基因组鉴定和分析并探究其表达模式。共鉴定出103个DgbZIP基因并将其划分为11个亚家族。对于同一亚族内成员而言，它们的保守序列和基因结构具有一定的相似性，并预测到许多与胁迫密切联系的顺式作用元件。研究结果表明，在热和干旱胁迫处理后A、C、S亚族成员较强烈地响应胁迫并参与表达调控。本研究为进一步揭示鸭茅bZIP基因响应逆境胁迫的分子机制提供了参考。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王菁 李桂英 林楷琪 刘付柏 李金凤 黄宝松 王忠良
含C1q结构域蛋白(C1q domain containing， C1qDC)是经典补体途径的起始分子， 能够识别免疫复合物， 启动补体系统经典途径。本研究基于马氏珠母贝(Pinctada fucata)全基因组测序数据， 结合生物信息学方法对C1qDC基因进行了鉴定， 同时对其系统进化关系、序列结构、基序组成、染色体定位和基因家族成员的表达水平进行了分析。结果显示， 从马氏珠母贝全基因组数据中共鉴定出285个C1qDC基因; 根据系统进化关系聚集为5个亚类， 并不均匀分布在14条染色体上; 所有C1qDC序列均含有保守基序1。比较转录组数据分析显示， 在溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)攻毒4 h后， 马氏珠母贝C1qDC基因家族中有56个基因在血细胞中的表达水平发生了显著变化。其中， 上调表达基因32个， 下调表达基因24个。实时荧光定量PCR检测结果表明， 随机挑选的8个C1qDC基因的表达模式与转录组数据一致。以上研究结果为进一步解析马氏珠母贝C1qDC基因的进化模式及其在贝类免疫应答中的调控作用提供了理论基础。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
杨向东 王汉中 胡赞民 刘贵华 沈金雄
从毛白杨(Populus tomentosa)木质化茎中提取总RNA,利用RT-PCR技术进行cDNA扩增,获得1条1 621 bp的片段。测序结果表明:该片段编码536个氨基酸组成的多肽,序列中包含所有已知4-CL蛋白的2个特征序列boxⅠ(SSGTTGLPKGV)和boxⅡ(GEICIRG)。将cDNA克隆到原核表达载体pET-32a(+)中,并转化大肠杆菌(Escherichia coli)感受态细胞BL21(DE3)。IPTG诱导后,经SDS-PAGE和Western-blot分析表明,4-CL基因在大肠杆菌BL21中获得表达,所表达融合蛋白的分子量约为70 ku。酶活性分析表明:该重...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
张恺恺 杨立莹 丰美静 张林凤 陈段芬 邱德有 杨艳芳
[目的]筛选红豆杉NAC转录因子家族中影响根系形成的关键基因，探索红豆杉根系生长发育分子机理。[方法]利用曼地亚红豆杉全长转录组数据，通过生物信息学方法鉴定NAC转录因子，并对筛选出的NAC转录因子进行蛋白结构及基因组织表达谱等分析。[结果]共鉴定出44个NAC转录因子，其在N端均具有典型的保守NAC结构域，分别聚类到拟南芥的7个亚家族中，蛋白三级结构较为相似，且成员大多含有5个保守亚结构域。组织表达谱显示TmNAC15、16、18、21、22、29、39、40、41和44在根中表达水平高于茎和叶。[结论]从曼地亚红豆杉中共鉴定出44个NAC转录因子，其结构较为保守，且聚类为7个亚家族，其中成员TmNAC21、22、39、40和44极有可能参与红豆杉根系生长发育。
关键词：
红豆杉 NAC基因 基因鉴定 表达分析
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