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[期刊] 林业科学研究
[作者]
饶国栋 睢金凯 张建国
采用本地化软件Blast P对杨树全基因组数据库和Gen Bank数据进行搜索,根据搜索结果对毛白杨TUA基因家族进行克隆,并利用软件Clustal W和MEGA对TUA基因进行了核酸和氨基酸序列的比对分析和系统进化分析;利用SWISS-MODEL服务器对TUA的蛋白质三维结构进行模拟。结果显示:毛白杨α-微管蛋白由8个成员构成,8个成员的氨基酸序列和其它植物α-微管蛋白序列的相似性在80%以上;TUA基因可分为2个家族,每个家族成员都有其独特的内含子外显子特征;TUA蛋白的三维结构表现出极高的相似性。毛白杨TUA基因在序列和结构上都十分保守;8个TUA基因起源于2个祖先TUA基因。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
张星耀 覃庆锋 贺伟 梁军 刘会香
为了发掘我国乡土树种毛白杨巯基蛋白酶抑制剂(CPI)基因资源,该研究在对已知植物巯基蛋白酶抑制剂氨基酸序列保守性和杨树表达序列标签(EST)序列分析的基础上,设计了1对简并引物和1对杨树特异性CPI引物,应用RT-PCR技术在毛白杨形成层中扩增出了一个696 bp的cDNA片段,将此片段连接到pGEM-T Easy载体上并测序.结果表明,该片段含有一个417 bp的开放阅读框,编码138个氨基酸残基.进一步对氨基酸序列分析表明,该氨基酸具有典型植物巯基蛋白酶抑制剂的保守区段,即靠近氨基端具有甘氨酸(G)残基和[LVI]-[AGT]-[RKE]-[FY]-[AS]-[VI]-x-[EDQV]-[...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
王亚婷 林玉玲 曾丽兰 赖钟雄
以龙眼松散型胚性愈伤组织为材料,利用RT-PCR法首次克隆2条含有完整开放阅读框的β-tubulin基因的cDNA序列,命名为dl-β-tubulin3和dl-β-tubulin6,长度分别为1350和1351 bp,均编码含有446个氨基酸残基的蛋白质.生物信息学分析表明,该蛋白属于亲水性蛋白,无跨膜结构域;与毛果杨、大豆、水稻、玉米和拟南芥具有较高的同源性;含有微管蛋白所特有的2个保守结构域NNWAKGH和RKAFLHWYTGEGMDEMEFTE,以及1个GTP结合位点GGGTGSG.推测β-tubulin通过不同的磷酸化方式改变酶活性及蛋白构象,参与龙眼体胚发生过程的调控.
[期刊] 林业科学研究
[作者]
杨璞 陈晓鸣 朱家颖 丁伟峰 刘魏魏
采用RACE和RT-PCR对白蜡虫雌成虫β1-微管蛋白基因进行了克隆,获得的cDNA全长序列为1 492 bp,完整开放阅读框为1 341 bp,编码447个氨基酸残基,包含β微管蛋白的保守区域和GTP结合位点,理论分子量约为50.20 Kda,等电点为4.75。同源性分析表明:所获得的β1-微管蛋白与其它昆虫的β微管蛋白基因在氨基酸水平上是高度同源的,该基因cDNA序列已经递交到Genbank,获得的登录号为JF731244。
关键词：
白蜡虫 微管蛋白 RACE 氨基酸
[期刊] 中国农业科学
[作者]
闫硕 朱家林 朱威龙 潘李隆 张青文 刘小侠
【目的】克隆及序列分析棉铃虫(Helicoverpa armigera)α-微管蛋白基因的cDNA序列,并检测棉铃虫α、β两种微管蛋白基因的表达情况。【方法】以棉铃虫3龄幼虫为试验材料,采用RT-PCR及RACE技术克隆棉铃虫α-微管蛋白基因(HeTubA),采用荧光定量PCR(QRT-PCR)技术分析棉铃虫α、β-微管蛋白基因在不同生长发育阶段及成虫器官中的表达模式。【结果】克隆得到棉铃虫α-微管蛋白基因(GenBank登录号为JQ069957)。序列分析表明,HeTubA开放阅读框1 353 bp,编码450个氨基酸组成的多肽,氨基酸序列包含多个α-微管蛋白保守区。与其它一些昆虫的一致性分...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
郝颖颖 周明珠 韩开元 杨雄 高钰涵 陈仲
【目的】YABBY是高等植物中特有的转录因子家族,在侧生器官发育和开花过程中发挥重要作用。本研究对毛白杨PtYABBY基因进行克隆和生物信息学分析,并对雌雄花芽8个关键发育时期和根茎叶等组织中PtYABBY基因表达模式进行探究,以期为阐明PtYABBY基因在毛白杨侧生器官发育过程中的功能奠定前期基础。【方法】以毛白杨为试材,采用同源基因克隆法从毛白杨中分离FILAMENTOUS FLOWER (FIL)/YABBY3 (YAB3)同源基因PtYABBY3、PtYABBY4和PtYABBY11的编码区序列,并开展生物信息学分析。通过qRT-PCR研究这3个基因在雌雄花芽8个发育时期及根、茎、幼叶、成熟叶片中的表达规律。【结果】PtYABBY3、PtYABBY4和PtYABBY11编码区长度分别为633、642、639 bp,分别编码210、213、212个氨基酸。所推测的氨基酸序列包含C_2C_2锌指结构域和YABBY结构域。系统进化分析进一步表明这3个基因属于FIL/YAB3亚家族成员。qRT-PCR结果显示这3个基因在根、茎、叶及8个时期雌雄花芽组织中均有表达,但PtYABBY基因间的表达水平存在明显差异。PtYABBY3表达水平在雌雄花芽发育初期下调,发育后期上调;花原基形成到休眠期内PtYABBY3在雌雄花芽中呈现相反的表达变化趋势。PtYABBY4和PtYABBY11基因在雌雄株成花诱导期表达水平最高,成花诱导到伸长期内呈现下降趋势,在雄花芽休眠期和小孢子发生期基因表达水平无明显变化。营养组织表达量测定结果显示这3个基因在幼叶和成熟叶片中表达水平相对较高,根系中表达量最低。【结论】YABBY基因家族成员PtYABBY3、PtYABBY4和PtYABBY11同属FIL/YAB3亚类,在毛白杨雌雄花芽发育的8个时期中表达水平存在较大差异,且在叶片和花芽中表达量较高,表明其可能与叶片和花芽发育相关。本研究为今后深入研究YABBY家族成员在杨树器官生长发育过程中的作用奠定基础。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李建林 俞菊华 唐永凯 曹丽萍 吴婷婷
采用RT-PCR和RACE法,从黄鳝(MonopterusalbusZuieuw)肝脏中分离和克隆黄鳝β-肌动蛋白(actin)基因。该基因cDNA全长1765bp[不包括poly(A)],5'端非翻译区12bp,3'端非翻译区有625bp[不包含poly(A)],阅读框(Openreadingframe,ORF)1128bp,翻译成375个氨基酸,蛋白质分子量41 77kD。将所得序列与各科鱼、蛙、鸡、牛、鼠、人等的β-肌动蛋白基因序列同源性分析显示,核苷酸序列具有68%～95%的相似性,氨基酸序列具有97%～100%相似性,显示该基因在生物进化过程中的保守;系统发育分析表明黄鳝β-肌动蛋白...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
陈鸿鹏 朱凤云 吴志华 谢耀坚
甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)是高等植物糖酵解和糖异生反应中的关键酶,是维持生命活动能量形成的最基本酶之一,它氧化甘油醛-3-磷酸生成1,3-二磷酸甘油酸,由此为糖酵解过程提供产生ATP的底物[1-4]。此外,由于该酶基因为管家基因,几乎在所有组织中都高水平表达,在同种细胞或组织中的蛋白质表达量较为恒定,故被广泛用作实时荧光定量PCR的内参基因[5-9]。近年来,随着研究
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
郭燕 张彦明 高晨 韩俊 陈建明 石琦 高永军 周伟 董小平
为了研究微管相关蛋白2(M AP 2)在促进微管形成、维持微管稳定及促进轴突和树突细胞器转运等方面的作用,试验克隆了M AP 2微管结合区基因,构建了原核表达载体pET 32a-M AP 2并对其进行诱导表达,利用亲和层析法对表达产物进行纯化,研究了表达产物与微管蛋白之间的作用。结果表明,融合表达的人M AP 2微管结合区蛋白约43 ku,可与天然的微管蛋白发生分子间的结合作用,为M AP 2生理功能的研究奠定了基础。
关键词：
MAP2 表达纯化 微管蛋白
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
王策 秦静静 甘红豪 李红 罗志斌
磷酸根转运蛋白是一类主动转运磷酸根的重要载体蛋白。主要探讨毛果杨Populus trichocarpa全基因组中磷酸根转运蛋白(phosphate transporter)家族成员的系统发生和部分成员的理化性质、结构特点及亚细胞定位。以从毛果杨全基因组数据库中搜索并筛选得到的目标蛋白序列为基础,利用相关生物信息学软件对其进行系统发育分析,并利用一系列在线服务器对部分成员的理化参数、亲/疏水性、跨膜域、二级结构、三级结构和亚细胞定位进行了重点分析。结果表明,在毛果杨全基因组中共发现了31个磷酸根转运蛋白家族成员,根据其序列相似性,可分为4个亚家族,即PtrPHT1,PtrPHT2,PtrPHO1...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李磊 罗杰 李红 罗志斌
【目的】探讨毛果杨(Populus trichocarpa)全基因组中铵转运蛋白(AMTs)家族成员的系统发育及部分成员的理化性质、结构和亚细胞定位。【方法】以从毛果杨全基因组数据库中搜索并筛选得到的目标蛋白序列为基础,应用软件CLUSTALX 2.0、GeneDOC和MEGA4,对AMTs家族成员的系统发育进行了分析,并重点分析了AMT1亚家族成员PtrAMT1-1、PtrAMT1-6和AMT2亚家族成员PtrAMT2-1、PtrAMT4-5的保守基序、理化参数、亲/疏水性、跨膜域、三级结构及亚细胞定位。【结果】在毛果杨基因组数据库中发现了19个AMTs,8个属于AMT1亚家族,11个属于A...
关键词：
铵转运蛋白 杨树 基因组 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
纪鸿飞 彭振英 马敬 毕玉平
Clp蛋白酶通过蛋白质水解作用来清除细胞内由逆境引起的异常和具有潜在毒性的蛋白或多肽,从而保证细胞正常的生理功能。从优质大花生鲁花14种子不同发育时期混合cDNA文库中发现一条序列,全长为1 212 bp,3′端含有polyA尾,通过blastx搜索得知其为Clp蛋白酶基因。该序列与GenBank中EZ736390.1的序列相似性达到99%。以该花生cDNA序列为模板设计引物,以花生幼嫩种子cDNA为模板克隆得到花生Clp蛋白酶基因。序列分析表明,AhClpP基因的开放阅读框长度为843 bp,编码280个氨基酸,预测其分子量为30.9 kDa,等电点为9.07,编码的蛋白包含S14-ClpP...
关键词：
花生 Clp蛋白酶 克隆 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
叶雪凌 周宝利
野生茄托鲁巴姆高抗黄萎病,是研究茄子黄萎病抗性的理想试材。胚胎发育晚期丰富蛋白(LEA蛋白)是植物在逆境条件下生成的一类应激蛋白。研究以1个受黄萎病菌诱导的托鲁巴姆EST为种子序列,结合电子克隆及RT-PCR验证的策略,获得了LEA蛋白基因的全长cDNA序列,命名为StLEA1。该基因的完整开放阅读框为291 bp,编码96个氨基酸,编码蛋白的分子量为10.748 kDa,等电点为9.913。经序列分析,StLEA1为水溶性蛋白,不存在信号肽,具有LEA5家族的典型结构域和保守序列,预测含有多个磷酸化位点。表达分析表明,托鲁巴姆受黄萎病菌侵染后,StLEA1在根系中上调表达。为探讨野生茄托鲁巴...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
袁青妍 黄治国 谢庄 殷甫路 赵永华
根据α-珠蛋白基因起始密码子上游及终止密码子下游的保守序列设计引物,以牦牛基因组DNA为模板克隆并测定了α-珠蛋白基因序列。结果表明,所测的氨基酸序列与牦牛α1-珠蛋白链的氨基酸序列完全相同,即为牦牛α1-珠蛋白基因,长706 bp,编码141个氨基酸。通过与其他物种的同源性比较,发现牦牛α1-珠蛋白基因的核苷酸序列与黄牛和水牛的同源性分别为99.71%和98.58%,与山羊、绵羊、人和马的同源性只有96.03%、95.57%、68.55%和51.13%;氨基酸序列与黄牛和水牛的同源性分别为99.29%和96.45%,与山羊、绵羊、人和马的同源性只有92.90%、91.49%、87.23%和8...
关键词：
牦牛 α1-珠蛋白基因 序列分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李仁 吴新新 李蔚 杨荣超 赵永钦 温常龙 赵冰 郭仰东
【目的】通过分析克隆得到的番茄水通道蛋白SlAQP基因的cDNA全长序列特征、编码蛋白的细胞定位及其在番茄材料Mirco Tom中经干旱胁迫后的表达模式,为进一步研究番茄在逆境下的抗逆机制及加快番茄抗逆育种积累资料。【方法】采用RACE技术克隆番茄水通道蛋白基因的cDNA全长,结合生物信息学软件分析该基因的编码蛋白特性;利用基因枪转化法将SlAQP基因与GFP融合的瞬时表达载体(SlAQP::GFP)转入洋葱表皮细胞,对该基因进行亚细胞定位;利用Real time-PCR分析该基因在番茄品种Mirco Tom中经干旱胁迫下的表达机制。【结果】SlAQP基因(GenBank登录号:HQ43333...
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