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[期刊] 华中师范大学学报(自然科学版)
[作者]
周小东 万莉 蔡国才 雷行华
使用生物信息学的方法,分析武汉地区不同基因型、亚型的丙肝病毒的包膜E1蛋白,预测其二级结构、核苷酸变异性、糖基化位点、亲水性、跨膜区、信号肽、蛋白修饰位点、B细胞抗原.结果显示各HCV的包膜E1蛋白二级结构差距不大;序列始末段有数个氨基酸残基的差距,序列上存在高变异位点,基因型2a的型内一致性最高;序列大量糖基化,有多个糖基化基化位点;序列分布着亲水性区域,基因型1b的分值很高;基因型1b、6a、3b、3a多数亚型有1个跨膜区,基因型2a多数亚型有两个跨膜区;基因型1b、6a、3b、3a无信号肽,基因型2a都有信号肽;蛋白序列上存在多个不同修饰位点和B细胞抗原,各基因型、亚型之间有明显差距,具有较大异质性.该研究为揭示病毒感染机制和研制地区性疫苗提供一定的科学依据.
关键词：
丙型肝炎 生物信息学 武汉 包膜蛋白E1
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王印 李昕然 姜雪梅 徐志文
从GenBank发表的PCV-2全基因组序列,随机选择其中的32个全基因序列,做序列比对和同源性比较,绘制系统进化树,在注释中找到ORF1编码的rep蛋白氨基酸序列,用在线生物信息学工具对其进行亚细胞定位分析。结果基本符合"来自同一地区的基因序列同源性较高"的规律,表明了PCV的高度保守性,亚细胞定位分析发现其rep蛋白定位于核区的指数为0.76,这与病毒在宿主细胞核内复制分不开。结果同时表明其定位于过氧化物酶体的指数显著不同于其他(过氧化物酶体平均0.36,可变,溶酶体、线粒体均为0.1不变)这可能与pcv的组织嗜性以及复制靶细胞(多为单核/巨噬细胞)的原因相关。
[期刊] 华北农学报
[作者]
张二芹 滕蔓 罗俊 王瑞宁 许倩茹 邓瑞广 张改平
利用生物信息学软件对Henan-09-03株乙型脑炎病毒(JEV)病毒E蛋白(囊膜蛋白)进行生物信息学分析、预测,为研究JEV的E蛋白基因工程疫苗提供依据。结果表明:E蛋白的分子质量为53 k Da,等电点是7.75,消光系数是66 515,不稳定系数为27.05,疏水平均值为-0.007,无信号肽,有2个跨膜区、27个蛋白修饰位点、5个二硫键、15个蛋白质结合位点,二级结构为α-β混合型、三级结构以同源四聚体形式存在。
关键词：
乙型脑炎病毒 E蛋白 生物信息学分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
张二芹 滕蔓 罗俊 王瑞宁 许倩茹 邓瑞广 张改平
利用生物信息学软件对Ｈｅｎａｎ－０９－０３株乙型脑炎病毒（ＪｅＶ）病毒ｅ蛋白（囊膜蛋白）进行生物信息学分析、预测，为研究ＪｅＶ的ｅ蛋白基因工程疫苗提供依据。结果表明：ｅ蛋白的分子质量为５３ ｋ Ｄａ，等电点是７．７５，消光系数是６６ ５１５，不稳定系数为２７．０５，疏水平均值为－０．００７，无信号肽，有２个跨膜区、２７个蛋白修饰位点、５个二硫键、１５个蛋白质结合位点，二级结构为α－β混合型、三级结构以同源四聚体形式存在。
关键词：
乙型脑炎病毒 E蛋白 生物信息学分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
胡守彬 赵钦 赵菲菲 肖一红 周恩民
【目的】为获得禽戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)中国分离株(CaHEV)ORF3基因重组蛋白,并对其抗原性进行分析【。方法】提取CaHEV总RNA,通过RT-PCR获得ORF3基因,构建重组质粒pFastBac-HTB-ORF3,转座DH10Bac感受态细胞,提取重组杆粒Bacmid-ORF3,转染sf9细胞,用SDS-PAGE、IFA和Western blot对重组蛋白表达进行鉴定。优化表达条件,将纯化的ORF3蛋白免疫小鼠制备多克隆抗体,用制备的多抗分别与截短表达的3段CaHEV ORF3蛋白进行Western blot和ELISA检测,分析ORF3蛋白的抗原表位...
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘祥
对溶藻弧菌外膜蛋白ＯｍｐＵ进行分子克隆构建，抗原性生物信息学分析，为疫苗的开发奠定了基础。通过分子克隆获得ＯｍｐＵ蛋白的原核表达菌株，重组表达后利用切胶纯化获得ＯｍｐＵ蛋白，免疫小鼠制备抗血清，Ｗｅｓｔｅｒｎ ＢｌＯｔｔｉｎｇ检测发现ＯｍｐＵ蛋白具有很好的抗原性。采用在线软件预测ＯｍｐＵ为亲水的分泌型蛋白；存在多个酶切位点。采用ｔｍＨｍｍ ｓｅｒｖｅｒ ｖ．２．０程序预测ＯｍｐＵ无跨膜结构并定位于细胞膜外。通过ｓｉｇｎａｌ ｐ ４．１软件分析发现ＯｍｐＵ的１～２１位氨基酸为信号肽序列。ｓＯｐｍａ服务器预测ＯｍｐＵ的二级结构含无规则卷曲２７．９４％，α－螺旋为３３．２４％，β－转角为１０．２９％．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
李君武 宫君原 刘鑫 叶秋萍 黄清华
构建包含编码结核杆菌Esat6基因和乙肝病毒大包膜蛋白(L蛋白)基因的植物双元表达载体,并转化根癌农杆菌LBA4404。分别以质粒pPIC9K-L和结核杆菌基因组为模板进行PCR扩增,获得L和Esat6基因,然后运用部分重叠聚合酶链式反应扩增出L-Esat6融合基因片段,连接到有玉米特异性启动子globulin-1的pEGG载体上,将G-L-Esat6融合基因片段酶切下,连接到含有抗除草剂基因bar的双元表达载体pCAMBIA1300上,电击法将重组质粒转化到农杆菌LBA4404中。构建了真核表达重组质粒pCAMG-L-Esat6,测序分析表明,克隆的L和Esat6序列与NCB I上公布序列一...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
郑宽瑜 董家红 苏晓霞 方琦 郑雪 张仲凯
番茄斑萎病毒属(Tospovirus)病毒编码的非结构蛋白NSs,可能在病毒复制、转录、抑制RNA沉默中起重要作用,本文利用生物信息方法对21个Tospovirus病毒成员的NSs序列进行分析,为进一步研究NSs的功能提供参考信息。从GenBank数据库中下载NSs基因序列,用DNAMAN5.0做NSs相似性矩阵分析,发现一些Tospovirus病毒成员之间的NSs氨基酸序列相似性很低,最低仅为7.1%;用ClustalX2.1进行NSs的氨基酸多序列比对分析,发现Tospovirus病毒成员的NSs相对保守区主要位于NSs的C端的位置,高度保守的氨基酸位点共有9个;PROSITE对NSs进行...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
周斌 党占国 刘珂 陈溥言
通过反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增了猪瘟病毒(CSFV)的E0、E2和E012基因并进行了克隆与鉴定。构建了真核表达载体pcDNA-E0、pcDNA-E2和pcDNA-E012,通过与鼠白血病病毒(MuLV)假型病毒构建体系的两种质粒pHIT60和pHIT111瞬时共转染人胚肾细胞(293T),48h后收集假型病毒上清液,将假型病毒上清液超速离心后用抗CSFV的多抗进行Western-blot检测。结果证明E012蛋白能够在假型病毒颗粒表面表达,说明E012能够整合到此病毒粒子表面;用其感染多种宿主细胞,48h后检测发现在猪肾细胞(SK6,PK15)和猪睾丸细胞(ST)上,标记基因...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
韩长志 王娟
为明确黄单胞菌Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓｃａｍｐｅｓｔｒｉｓｐｖ．ｒａｐｈａｎｉ７５６ｃ（Ｘｃｒ）中存在的Ⅵ型分泌蛋白（ｔｓｓ）数量及其所具有的信号肽、保守ｍｏｔｉｆ等信息以及该菌中ｔｓｓ与其他病菌中同源序列之间的遗传关系，利用关键词对Ｘｃｒ蛋白质数据库进行搜索，并对Ｘｃｒ中ｔｓｓ氨基酸序列开展信号肽、跨膜结构域以及保守基序（ｍｏｔｉｆ）的生物信息学分析，同时，对Ｘｃｒ中所含有的ｔｓｓ与其他病原菌中同源序列之间的遗传关系进行分析．明确Ｘｃｒ中存在３个ｔｓｓ，分别命名为ｔｓｓ ａ、ｔｓｓ Ｂ、ｔｓｓ ｃ，上述ｔｓｓ均含有高于５０％比例的ａ螺旋结构，均定位在细胞膜上以及具有３个保守ｍｏｔｉｆ，而就信号．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
徐黎明 刘红柏 尹家胜 卢彤岩
利用鲤(Cyprinus carpio)上皮细胞(epitheliaoma papulosum cyprini,EPC)培养传染性造血器官坏死病毒-Sn1203分离株(IHNV-Sn1203),根据GenBank中IHNV G蛋白基因开放阅读框(open reading frame,ORF)的序列设计引物(GenBank序列编号AB288207),采用RT-PCR的方法克隆得到IHNV-Sn1203株G蛋白全长ORF,克隆至表达载体pET27b(+)中,构建了pET27-G重组质粒,并进行了测序分析。生物信息学分析结果显示,IHNV-Sn1203株G蛋白基因序列长度为1 527 bp,与韩国株...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李渊 徐黎明 赵景壮 刘淼 任广明 尹家胜 纪锋 卢彤岩
2015-2016年对来自黑龙江地区46个养殖场送检的鲤鱼进行锦鲤疱疹病毒(Koi herpes virus,KHV)的分离鉴定,并应用DNAStar等软件对检出的阳性样本的主要囊膜蛋白(Major envelop protein,MEP)基因进行生物信息学分析。结果显示,KHV的检出率约为6.5%,3株阳性样本具有相同的MEP基因序列,称之为KHV-HLJ1516。MEP基因开放阅读框为771 bp,编码256个氨基酸,相对分子质量为28 280.58,等电点为8.40。对KHV-HLJ1516的MEP
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨宁宁 徐明国 张江伟 易继海 陈创夫
为了探讨牛病毒性腹泻病毒(BVDV)非结构蛋白NS3(P80),并获得具有较高免疫原性的NS3重组蛋白，利用生物信息学研究方法对NS3蛋白氨基酸进行序列分析；经PCR技术扩增NS3基因序列；通过无缝克隆技术构建pET-22b(+)-NS3重组表达质粒，将其转化至大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞中，诱导其表达NS3重组蛋白并提纯；通过Western Blotting方法检测其反应原性；将获得的较高纯度的NS3重组蛋白免疫BABL/c小鼠，收集血清，ELISA方法分别检测血清中IgG、IgG1和IgG2a抗体水平；最后通过病毒中和试验检测其中和病毒的能力。结果表明：NS3蛋白氨基酸序列中无信号肽和跨膜区，二级结构主要以无规则卷曲为主，且NS3氨基酸序列中含有优势抗原表位；利用PCR和无缝克隆技术成功构建了pET-22b(+)-NS3重组表达载体，经诱导表达获得了较高纯度的NS3重组蛋白，大小约为75 ku,与理论大小相符；Western Blotting结果表明，NS3重组蛋白具有较高的反应原性；ELISA检测NS3重组蛋白免疫后的小鼠能够产生高水平的IgG、IgG1和IgG2a抗体，结果显示，免疫组小鼠产生的抗体水平极显著高于PBS阴性对照组(P<0.01);血清中和抗体水平也极显著高于PBS阴性对照组(P<0.01)。总之，成功获得了纯度高且具有免疫原性的NS3重组蛋白。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
乔军 夏咸柱 胡桂学 谢之景 闫芳 杨松涛 黄耕
根据GenBank中报道的CCVInsavc 1株核蛋白基因(M)序列,用特异性引物对分离的CCVV1野毒株进行了RT PCR扩增,将扩增得到的PCR片段纯化后与pGEM T连接得到重组质粒pTM,并进行了核苷酸序列测定。结果表明,该基因全长为789bp,编码263个氨基酸,其中前17个氨基酸为信号肽。与CCV标准毒株Insavc 1M基因相比,两者核苷酸的同源性为92.1%;推导的氨基酸序列同源性为90.9%,差异主要发生在该蛋白的N端前1/3区域内。在推导的M蛋白氨基酸序列中,发现了3个明显的疏水区,提示该蛋白可能是一个反复跨膜的蛋白;在N端15～17,38～40,234～236位氨基酸...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
董书伟 高昭辉 申小云 薛慧文 荔霞
【目的】分离和鉴定纳米铜对大鼠肝脏毒性相关蛋白过氧化氢酶(catalase,CAT),探讨CAT在毒性发挥中的作用,为揭示纳米铜对肝脏毒性机制提供依据。【方法】应用2-DE技术和PDQuest 8.0软件在大鼠肝脏蛋白组中筛选纳米铜对肝脏毒性差异蛋白,经质谱鉴定后进行生物信息学分析。【结果】筛选到下调的差异蛋白点6602和7702与肝毒性相关,鉴定均为CAT蛋白;其性质稳定,有一定亲水性,无信号肽,定位于细胞质,可能属于非分泌性蛋白,含有过氧化氢酶活性位点64FDRERIPERVVHAKGAG80和过氧化氢酶亚铁血红素配合基位点354RLFAYPDTH362等功能位点;无规则卷曲、α螺旋和延伸...
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