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[期刊] 中国农业科学  [作者] 曾日中  段翠芳  聂智毅  代龙军  黎瑜  
【目的】构建橡胶树胶乳均一化全长cDNA文库,降低胶乳中存在的高丰度表达基因的拷贝数,提高胶乳表达基因的分离鉴定和EST测序分析效率。【方法】以橡胶树无性系热研7-33-97的胶乳为材料,将胶乳全长cDNA与Gateway供体载体pDONR222重组,构建了橡胶树胶乳的非剪切型全长cDNA原始文库,经检测原始文库的滴度为6.0×106 cfu/mL,平均插入片段长度大于1.5 kb,重组率约为100%,全长cDNA比例约为76%;利用基因组DNA饱和杂交技术对胶乳原始cDNA文库进行均一化处理,构建橡胶树胶乳的均一化全长cDNA文库。【结果】胶乳均一化全长cDNA文库的总库容量(总CFU)为1...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)  [作者] 吴幼容  潘瑞  郑郁善  
将DSN(duplex-specific nuclease)均一化技术与SMART(switching mechanism at 5'end of RNA transcript)建库技术相结合,构建观音竹(Bambusa multiplex var.riviereorum)盐胁迫幼叶的均一化cDNA文库.经检测该原始文库滴度为1.7×106 cfu.mL-1,文库重组率达97%,插入片段的平均长度为1.5 kb.同时对文库中随机的600个单克隆进行测序,获得543个非重复序列,包括30个片段重叠群和513个单基因;文库冗余率为5.4%.表明观音竹盐胁迫幼叶均一化全长cDNA文库构建成功.
[期刊] 西南农业学报  [作者] 周雪梅  杨礼富  王真辉  邹智  袁坤  
本实验通过双向凝胶电泳技术(2-DE)比较橡胶死皮树与健康树胶乳黄色体蛋白表达谱的差异,通过软件分析比较获得37个差异表达的蛋白点,经基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)分析后,搜索NCBInr数据库,结果表明,有11个蛋白点被成功鉴定,其中7个为未知蛋白,其余4个蛋白分别为chloroplast 23 kDa polypeptide of photosystem II、ATP synthase beta chain、NADP-dependent sorbitol-6-phosphate dehydrogenase和vitamin-b12 independent met...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 迟吉娜  蔡肖  张建宏  甄军波  刘琳琳  田海燕  唐丽媛  刘存敬  崔瑞敏  张香云  
【目的】构建优质陆地棉栽培品种冀228纤维均一化全长cDNA文库,降低纤维中存在的高峰度基因的拷贝数,提高发现纤维发育相关基因随机序列和稀有基因的效率,为公共数据库提供丰富的陆地棉EST资源。【方法】以优质陆地棉冀228开花后8—40 D纤维为材料,将纤维全长cDNA与GATEwAy供体载体p DONR222重组,构建了棉花纤维的非剪切型全长cDNA原始文库。利用均一化技术获得均一化全长cDNA文库,进而测序获得大量的EST序列。采用生物信息分析手段,对所测EST进行拼接、比对、cOG功能注释和GO注释。【结果】构建了优质陆地棉冀228纤维均一化全长cDNA文库,该文库初级文库库容为1.06×...
[期刊] 华北农学报  [作者] 郭九峰  孙国琴  乔慧蕾  
柠条是包括内蒙古在内干旱荒漠草原上的优势建群植物,具有极强的耐旱(寒)力,为了研究其抗逆机理,挖掘和利用其抗旱基因,用Trizol法从经过干旱处理的柠条当年新生幼嫩枝叶中提取总RNA,分离纯化mRNA,采用SMART技术反转录合成双链cDNA,DSN技术进行均一化,构建了柠条全长cDNA文库。经检验,文库的滴度为1.5×106 cfu/mL,重组率为93.75%,90%以上插入片段的长度为1.0~2.0 kb。从文库中随机挑取3200个克隆进行5'测序,得到3020个有效EST,合成2429个unigenes,其中,singlets 2229条,占总有效序列的91.76%,经与数据库比对,发现...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 马建辉  刘记  范术丽  宋美珍  庞朝友  魏恒玲  喻树迅  
【目的】深入了解棉花花药发育的分子机制,并为其不育机理的研究提供参考序列。【方法】构建棉花花药全生育期的均一化全长cDNA文库并测序获得9 896条高质量的EST,利用生物信息学和荧光定量相结合法对所得数据进行系统分析。【结果】该cDNA文库库容为1.2×107,插入片段分布在1—3 kb。将所测得的高质量EST进行拼接得到6 643条unigenes,平均长度为779 bp。经过序列比对注释和生物信息学分析,得到一系列在棉花花药发育过程中起重要作用的基因,并获得28条参与花粉壁合成的基因。荧光定量结果表明,这些基因均在花药发育前期优势表达,尤其是在四分体时期表达量最高。【结论】获得大量的棉花...
[期刊] 林业科学  [作者] 邓柳红  罗明武  曾会才  杨卫帆  张春发  
采用巴西橡胶树常割树胶乳的Poly(A+)RNA为Tester,叶片Poly(A+)RNA为Driver,通过抑制消减杂交法(suppressivesubtractivehybridization,SSH)构建了一个胶乳特异表达基因差减文库,通过菌落PCR及反式NorthernDot-Blot筛选鉴定阳性差异片段,获得79个胶乳特异表达阳性克隆,部分阳性克隆还通过NorthernBlot杂交及RT-PCR进一步验证。随机挑选部分阳性克隆序列比较分析,结果表明有部分克隆与巴西橡胶树中已知的基因相同,而多数克隆在巴西橡胶树中是新发现,它们与橡胶生物合成、物质代谢运输、信号传导和形态建成等相关。
[期刊] 林业科学  [作者] 邓小敏  杨署光  田维敏  
【目的】天然橡胶生物合成途径是典型的植物类异戊二烯代谢途径,MVA代谢途径是天然橡胶与萜类化合物所需的五碳构成单元IPP和DMAPP生物合成的主要途径之一。由2分子IPP和1分子DMAPP聚合形成的法尼基焦磷酸是乳管细胞天然橡胶生物合成的起始前体,厘清该起始物的合成酶酶学性质不仅有助于阐明天然橡胶生物合成机制,同时也为天然橡胶遗传改良提供酶学理论基础。【方法】对橡胶树热研7-33-97基因组中同源的3个预测的法尼基焦磷酸合成酶(HbFPS1、HbFPS2、 HbFPS3)进行序列特征分析,优选胶乳中高表达的2个法尼基焦磷酸合成酶基因构建原核表达载体,经蛋白纯化与MALDI TOF质谱确证,并同时进行体外酶活性检测,最终评价其对体外橡胶合成效率的影响。【结果】橡胶树基因组含有的3个预测的法尼基焦磷酸合成酶都含有特征性的2个保守结构域“DDIMD”和“DDYXD”及相似的三维空间结构,其中胶乳高表达的HbFPS1和HbFPS2基因编码的蛋白氨基酸序列相似性达到95%,说明HbFPS1和HbFPS2 2个冗余基因可能经历了基因组中同源基因的后期拷贝事件。同时HbFPS1和HbFPS2基因能够正确地在大肠杆菌中表达,HbFPS3却难以正确折叠而形成包涵体,体现了这2类蛋白质N末端氨基酸明显的亲疏水性差异对蛋白可溶表达的影响。HbFPS1和HbFPS2蛋白在体外除了能够利用GPP为底物合成FPP外,还能够直接转化IPP和DMAPP生成FPP。同时,分别添加HbFPS1和HbFPS2蛋白能够提高体外橡胶合成效率并且存在蛋白剂量相关性特征。与对照相比,在特定的反应体系中,当HbFPS1和HbFPS2蛋白添加量增加时体外橡胶合成效率随之不同程度地提高,且在100μg时促进作用最明显。【结论】橡胶树胶乳中高表达的2个冗余基因HbFPS1和HbFPS2与HbFPS3基因编码蛋白的序列差异可能影响酶的活性。HbFPS1和HbFPS2蛋白确证是胶乳中能够促进天然橡胶合成的功能酶,而且能够直接聚合IPP和DMAPP生成天然橡胶合成起始物FPP。本研究建立了基于天然橡胶粒子的体外蛋白功能研究平台,并证明HbFPS1和HbFPS2酶在一定的含量下能够显著地提升橡胶合成效率。通过调控HbFPS1和HbFPS2酶活性将有助于橡胶树优质高产品种的改良与选育。
[期刊] 林业科学  [作者] 肖再云  刘实忠  校现周  
研究未刺激、乙烯利刺激、乙烯气体刺激胶树微割排胶影响面内不同高度部位胶乳的蔗糖、无机磷、总固形物含量和水势,并比较分析同种处理割胶前后及不同处理间割胶前后胶树胶乳中这些生理参数的差异变化,结果表明:乙烯气体刺激较其他2种处理能够较明显扩大胶树排胶影响面,有利于增加胶树胶乳产量。并提出用开割前和停排后的胶乳干含差来指导割胶生产。
[期刊] 中南林业科技大学学报  [作者] 明付焕  张党权  宋志丹  谷振军  祝全东  韩欣  郭林林  
以绵毛优若藜叶片和嫰茎为材料,对盆栽的绵毛优若藜小苗进行梯度低温胁迫处理后,采用SMART(switching mechanism at 5′end of RNA transcript)与DSN(duplex-specific nuclease)均一化相结合技术构建绵毛优若藜冷胁迫均一化全长cDNA文库。经测定,原始文库的库容量为1.4×106pfu。PCR检测结果显示:插入片段的长度在0.5~3 kb之间,平均大于1 kb,表明文库构建效果较好。该文库包含有大量的未知基因,有待进一步的发掘和研究。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 李晨  闫晓红  周新安  沙爱华  单志慧  周蓉  魏文辉  
【目的】为获得大豆种子发育相关基因,并为大豆基因组资源提供材料。【方法】采用SMART(switching mechanism at 5′end of RNA transcript)与DSN(duplex-specific nulease)均一化相结合的技术,构建了全长均一化cDNA文库,采用涂平板测定和PCR快速鉴定的技术分析文库质量,用3730测序仪对文库克隆进行测序。【结果】构建了大豆种子不同发育时期全长均一化cDNA文库,最大限度地获得了大豆种子不同发育阶段表达的基因序列,原始文库的库容为6.0×105cfu/mL,重组率接近100%,插入片段大小在0.6—2.0kb之间,平均长度超过...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)  [作者] 邓军  林秀琴  韦焕琦  林位夫  
采用毛细管柱气相色谱法测定橡胶树胶乳中的乙烯含量,并初步测定了乙烯刺激割胶不同割次的乙烯含量及其变化.该方法的线性范围为11.6-581.4μL.L-1,检测限为1.12μL.L-1,相对标准偏差(RSD)为1.01%.橡胶树采用乙烯利刺激(S/2 D/2+2.5%ET),涂药后第1-3割次的胶乳乙烯释放量分别为:151.6、31.1、17.5μL.L-1,而未经刺激的橡胶树(对照)乙烯含量低于检出限;第1-3割次的胶乳乙烯生成速率分别为:2.823、0.578、0.324 nL.g-1.h-1,表明经乙烯利刺激后,胶乳中的乙烯含量大量增加,生成速率发生了明显变化,均大于对照,且随割次的增多而...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 王尉  胡玉林  莫亿伟  孙德权  谢江辉  
【目的】研究防御基因表达模式,筛选抗枯萎病候选基因,进一步阐明抗病机制。【方法】以4号枯萎病生理小种诱导的‘农科1号’香蕉为试材,利用DSN(duplex-specific nuclease)均一化酶结合SMART(switching mechanism at 5′end of the RNA transcript)技术构建香蕉根的均一化全长cDNA文库;并用多重半定量RT-PCR技术研究防御基因的表达模式。【结果】经检测,文库滴度为3.1×106 cfu.mL-1,扩增后库容为2.8×108 cfu.mL-1。随机挑选580个克隆进行测序,去除低质量序列后获得421个unigenes,片段分...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 龚达平  解敏敏  孙玉合  
【目的】构建烟草叶片全长cDNA文库并测序,发掘与烟叶发育、代谢和抗逆相关的基因,为进一步研究功能基因奠定基础。【方法】以烟草苗期叶片为试验材料,利用改进的Cap-trapper法构建烟草叶片全长cDNA文库。利用测序技术获得大量的EST序列,采用生物信息分析手段,对所测EST进行拼接和功能注释。【结果】构建了烟草叶片的全长cDNA文库,该文库滴度为1.2×106pfu.mL-1,平均插入片段在1.4 kb左右。利用该文库测序了5 280个克隆,获得5 233条高质量表达序列标签(EST),序列拼接出3 922个单一基因;同源比对分析表明,89.7%的基因与已知功能基因具有较高的同源性,这些基...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 段亚飞  刘萍  李吉涛  李健  陈萍  
采用SMART技术(Switching Mechanism At 5′end of RNA Transcript)构建了脊尾白虾(Exopalaemon carini-cauda)血细胞全长cDNA文库。结果表明:cDNA初级文库滴度为2.8×106pfu/mL,重组率达99%以上,插入片段在400~2 000 bp;扩增文库滴度为4.3×109pfu/mL。随机挑取100个单克隆进行测序,得到95条平均长度为493 bp的高质量EST序列,序列拼接获得70条unigenes,包括11条contigs和59条singlets。Blast同源比对发现,其中20条unigenes与数据库中已知基因...
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