为了筛选槐猪和杜洛克猪背最长肌中的差异表达基因，对槐猪和杜洛克猪背最长肌进行转录组测序，并进行生物信息学分析．结果表明，槐猪和杜洛克猪分别获得３６ １７７ ８４４和３４ ４９６ ４５０条可用读段，且与猪参考基因组的比对率分别为７８．７１％和８０．０９％．槐猪和杜洛克猪间共有９５３个差异表达基因，以杜洛克猪为对照组，槐猪与之相比，有５８９个上调基因和３６４个下调基因．槐猪和杜洛克猪的差异表达基因共分类到４８个基因本体（ＧＯ）条目中，其中，细胞组分１３个、分子功能１２个和生物学过程２３个．显著富集的ＫＥＧＧ通路共计６个，其中，ＰＰＡＲ信号通路是与调节脂类代谢显著相关的通路．

为研究不同品种猪不同部位肌肉H-FABP基因表达差异,探讨莱芜猪肌内脂肪沉积的分子机理,本试验选择体重100 kg莱芜猪10头、杜洛克5头,采用荧光定量RT-PCR法测定H-FABP基因在莱芜猪和杜洛克猪背最长肌和半膜肌中的表达量。品种间背最长肌和半膜肌H-FABP基因mRMA的表达差异虽未达到显著水平,但莱芜猪背最长肌和半膜肌H-FABP基因的表达水平均高于杜洛克猪。莱芜猪和杜洛克猪背最长肌与半膜肌间H-FABP基因表达量差异显著(P<0.05)。莱芜猪和杜洛克猪H-FABP基因mRNA表达量与肌内脂肪含量显著相关。

【目的】筛选皖南花猪和大约克猪背最长肌组织差异表达基因。【方法】采集皖南花猪和大约克猪背最长肌（各３头），测定其肉质性状指标，并提取其ＲＮＡ，采用高通量转录组测序（ＲＮＡ－ｓｅｑ）技术进行测序，对所获序列进行ＧＯ和ＰＡｔｈｗＡｙ显著性富集分析。【结果】测序后皖南花猪３个样本得到的总序列数分别为６５ ５８４ １２６，６４ ３２７ ７３８和５９ ２４４ ５０２，其中有效序列达到９４．４％，９４．３％和９４．２％；大约克猪３个样本得到的总序列数分别为５７ ９６９ １３４，６８ ２５４ １６８和７２ ２９８ １４２，其中有效序列达到９３．８％，９３．７％和９３．８％。测序饱和度良好，证明测序数据真实可．．．

【目的】比较莱芜猪和杜洛克猪背最长肌肌球蛋白重链(MyHC)Ⅰ、Ⅱa、Ⅱx、Ⅱb的组成差异,探讨莱芜猪肉质优良的机理。【方法】选择体重100kg的莱芜猪10头和杜洛克猪7头,测定肉质性状,并用实时荧光定量RT-PCR方法检测背最长肌4种MyHC亚型mRNA的表达量,分析品种间差异。【结果】莱芜猪肌肉大理石纹评分和肌内脂肪含量显著高于杜洛克猪,肌肉失水率、剪切值和肌纤维直径显著低于杜洛克猪(P<0.01);莱芜猪背最长肌MyHCⅡa、ⅡxmRNA表达量显著高于杜洛克猪,MyHCⅡbmRNA表达量则显著低于杜洛克猪,而MyHCⅠmRNA表达量无明显变化。【结论】莱芜猪背最长肌氧化型肌纤维比例高于杜...

旨在研究莱芜猪和杜洛克猪间肌肉H-FABP基因mRNA表达差异,同时分析H-FABP基因mRNA表达量与肌内脂肪和脂肪酸含量的相关性,探索莱芜猪肌内脂肪沉积的分子机理。试验选择100kg体重莱芜猪10头、杜洛克7头,采用荧光定量RT-PCR法测定H-FABP基因mRNA表达丰度,并测定肌内脂肪和脂肪酸含量。结果表明,莱芜猪背最长肌H-FABP基因mRNA的表达量比杜洛克猪高36.16%。莱芜猪和杜洛克猪肌肉H-FABP基因mRNA的表达量与肌内脂肪含量相关显著,H-FABP基因mRNA的表达量和肌内脂肪含量与饱和脂肪酸、饱和+单不饱和脂肪酸含量相关显著,莱芜猪H-FABP基因mRNA的表达量和...

【目的】通过克隆鉴定梅山猪和杜洛克猪卵泡期第4天M2卵泡中差异表达的lncRNA-ALDBSSCT0000005583，分析其在猪颗粒细胞与miRNAs表达量的相关性，为探究lncRNA调控miRNA在母猪卵泡发育过程中的作用提供理论依据。【方法】对课题组前期在梅山和杜洛克M2卵泡中筛选出的差异表达lncRNA-ALDBSSCT0000005583，进行RT-qPCR验证，并利用RACE克隆其全长序列；根据编码潜力评估工具CPAT、CPC对该lncRNA的编码能力进行预测，原核表达试验进一步鉴定其编码能力；核质分离试验对lncRNA-ALDBSSCT0000005583进行亚细胞定位，RT-qPCR检测其在各组织中的表达水平；利用miRBase网站查找猪的miRNA数据库，结合RNAhybrid、miRanda在线软件预测与lncRNA-ALDBSSCT0000005583有相互作用的物种间保守miRNA，使用TargetScan和miRanda预测与lncRNA-ALDBSSCT0000005583具有相互作用miRNA的靶基因，并对其靶基因进行GO富集和KEGG信号通路分析；通过过表达以及干扰lncRNA验证其对miRNA表达量的影响。【结果】lncRNAALDBSSCT0000005583在杜洛克猪M2卵泡中的表达量显著高于梅山猪，lncRNA 5'RACE和3'RACE片段大小为569 bp和546 bp，测序分析表明lncRNA-ALDBSSCT0000005583大小为588 bp。生物信息学预测其编码潜能较低，同时原核表达试验结果进一步证明其不编码蛋白质。组织表达谱分析表明，lncRNA-ALDBSSCT0000005583在肾上腺、脾肝和卵巢中表达量较高，在下丘脑和心脏中的表达量较低，亚细胞定位结果显示该lncRNA主要存在于细胞质中。生物信息学分析后共筛选出9个物种间保守的miRNA与lncRNA-ALDBSSCT0000005583具有潜在的相互作用，其中有两个与卵巢发育相关的miRNA:miR-193a-5p、miR-361-3p;KEGG和GO富集分析显示miR-193a-5p、miR-361-3p的靶基因与系统进程和细胞与细胞信号传导等生物学过程有关，并显著参与到催产素、Ras、NF-κB、促性腺激素释放激素分泌等通路。随后在颗粒细胞中过表达lnc RNA-ALDBSSCT0000005583，经RT-qPCR发现miR-193a-5p、miR-361-3p的表达量均显著下调（P<0.05)，但干扰lncRNA-ALDBSSCT0000005583后无显著影响。【结论】lncRNA-ALDBSSCT0000005583是一个不具备编码蛋白质能力的lncRNA，在梅山与杜洛克猪中等卵泡间表达量有极显著差异，在肾上腺、脾肝和卵巢中表达量较高，主要存在于颗粒细胞的细胞质中，可能与miR-193a-5p、miR-361-3p相互作用，从而参与猪卵巢颗粒细胞的发育过程。

为完善五指山猪基因结构和发掘新基因,采用转录组测序(RNA–Seq)技术对6、8月龄五指山猪背最长肌组织转录组进行分析。经过质量控制,分别得到65 683 578条(6月龄)和65 464 156条(8月龄)有效序列;与猪基因组比对后发现,转录本序列分别为20 102、25 719个;通过与各数据库进行序列对比,功能基因分别有18 206、18 374个;朋6、8月龄五指山猪样品中预测的新转录本分别有687、737个,长度为180~14 884 bp,新转录本最少的仅含有1个外显子,而最长的包含40个外显子;新预测的可变剪接分别有28 670、32 940个,内含子保留(intron retention,IR)模型在6月龄五指山猪中的数量最多,而在8月龄猪中却以外显子跳跃(skipped exon,SE)剪切模型为主;对6 932个(6月龄)和7 110个(8月龄)基因结构进行优化,分别有2 785、2 950个基因3’端发生了延伸,4 147、4 160个基因5’端发生了延伸;分别筛选出103 250个(6月龄)和110 545个(8月龄)SNP位点,均以转换型SNP位点数量居多。

【背景】肌肉生长和脂肪沉积是猪生产中非常重要的经济性状,同时也是复杂的数量性状,受到众多因素的影响。长白猪原产于丹麦,是目前世界上使用最为广泛的瘦肉型猪种之一,具有生长速度快,瘦肉率高等特点,但肉质欠佳。松辽黑猪是以民猪、长白猪和杜洛克猪为素材经过三元杂交育成的黑色母系地方培育品种,具有繁殖率高、肉质优良、适应性强、耐粗饲等特性。二者在肉质方面存在较大差异。【目的】采用高通量测序技术对松辽黑猪和长白猪的背最长肌转录组进行分析,筛选影响猪肌肉生长、肉质和脂肪沉积的关键mRNA和长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA),为猪肉品质研究提供新的参考信息。【方法】采集6头松辽黑猪和6头长白猪的背最长肌作为样本,提取其RNA,将每个品种内的个体取等量RNA混池,采用Illumina HiSeq 2500高通量测序技术对混池后的样本RNA进行测序,然后对所获得的Reads进行比对、注释和差异表达等分析,筛选出差异表达mRNA和lncRNA并进行相关生物学功能富集分析。而后在筛选出的差异表达mRNA和lncRNA中各挑选10个基因,包括5个上调基因和5个下调基因,采用荧光定量PCR(Real-time PCR, RT-PCR)方法鉴定所选mRNA和lncRNA的表达水平,并验证测序结果的可靠性。【结果】将得到的原始数据进行质量控制后,每个样本分别得到103 M和150 M reads,其中98%以上reads质量较高,满足进行下一步分析的要求。将reads比对到参考基因组上,共得到26 774个转录本,其中包括8 428个新的转录本。采用edgeR软件包进行差异表达分析,参考标准是错误发现率(false discovery rate, FDR)小于0.05和差异倍数大于2(fold change, FC)。在2个猪种中共得到4 239个显著差异表达的mRNA,其中在松辽黑猪肌肉中2 023个上调,2 216个下调。其中HLCS、BTD、DGKα、LPIN1、FGF1、FGF10、FGFR1和ZNF7等基因参与脂类代谢和肌肉发育相关的调控。差异表达的mRNA的生物学功能富集分析发现,其主要富集在细胞发育、生物代谢调控、肌肉发育、脂类代谢等相关的信号通路和生物代谢途径上。同时,在2个猪种中还检测到的178个差异表达显著的lncRNAs,其中在松辽黑猪肌肉组织中有84个上调,94个下调。联合差异表达lncRNAs的靶基因预测和差异表达基因结果分析,显示有4个差异表达的lncRNA与差异表达mRNA存在潜在的调控关系,分别是TCONS-00041713、TCONS-00041712、ENSSSCT00000034982、ENSSSCT00000034269。同时10个差异表达mRNA和10个差异表达lncRNA的RT-PCR结果显示:其表达水平在两组中同样差异显著,且与转录组测序中表达的趋势相似,表明高通量测序结果具有可靠性。【结论】获得了影响猪肌肉生长、肉质和脂肪沉积的关键mRNA和lncRNA,同时发现了几对差异表达lncRNA和mRNA之间可能存在着潜在的调控关系。这些潜在调控关系的发现,可能对于研究调控肌肉组织代谢活动的分子机制的具有一定意义,并为其提供新的参考信息。

测定了杜洛克猪屠宰后10 h肌肉pH、糖原、乳酸和脂质氧化的变化,不同储藏温度和时间对肌肉pH值、失水率、糖原、乳酸及脂质氧化的影响及相关关系。结果表明:宰后10 h杜洛克猪背最长肌pH值显著降低,乳酸含量显著升高,肌肉糖原和TBA值含量变化不显著。4℃冷藏条件下,储存时间对杜洛克猪肌肉pH、糖原、乳酸和TBA含量影响不显著,对滴水损失影响显著。-20℃冷冻条件下,储存时间对杜洛克猪肌肉pH影响极显著,对解冻失水率、糖原、乳酸和TBA值含量影响不显著。相关性分析表明,宰后10 h TBA值与糖原呈显著负相关,与乳酸呈显著正相关,pH与乳酸极显著负相关;4℃冷藏条件下,TBA与滴水损失和乳酸呈极...

用相对定量RT-PCR方法研究大白猪和二花脸猪背最长肌中肌肉生长抑制素(Myostatin)和生肌调节因子(Myo-gen in)基因表达的发育性变化并进行品种及性别间比较。研究结果表明:大白猪公猪MyostatinmRNA表达水平在20日龄时达到高峰且显著高于相同日龄二花脸公猪(P<0.05),而二花脸公猪在45日龄时才显著升高,其他日龄品种间差异不显著。二花脸公猪和母猪出生后MyostatinmRNA表达水平均表现为上升,45日龄时达到高峰,120日龄时公母猪间差异显著(P<0.05)。二花脸公猪与大白猪公猪MyogeninmRNA的表达发育模式基本相同,均在20日龄达到最高值,品种间差异...

【目的】探究原肌球蛋白(tropomyosin,TM)是否在猪背最长肌生长发育过程中发挥生物学功能。【方法】采用SYBR Green Ⅱ荧光法进行荧光定量PCR分析TPM1基因在通城猪和长白猪中的组织表达谱,以及出生前和出生后背最长肌发育中(28个发育点)的表达变化。【结果】TPM1基因在两种猪中背肌和心肌中都有丰富地表达,在背最长肌发育过程中的表达趋势相似,即TPM1基因的表达量先增加后减少,但出现峰值的时间不同(通城猪中,TPM1基因在胚胎期75 d的表达量显著高于其它时间点,P<0.05)。【结论】TPM1...

采用错配PCR-RFLP法检测胰岛素样生长因子2基因(IGF2)内含子3的G3072A位点变异对长×大杂交猪肌肉生长和脂肪沉积的影响,并采用实时荧光定量PCR法分析该变异对出生后的长×大杂交后代猪背最长肌中IGF2mRNA表达发育性变化的影响。结果显示:IGF2内含子3的G3072A位点变异(G→A)对猪背膘厚和活体瘦肉率均存在显著或极显著影响,表现为遗传父本A等位基因的个体能够增加活体瘦肉率和减少背膘厚;在长×大杂交后代的背最长肌中,IGF2mRNA的表达量在遗传父本A等位基因的个体中显著高于遗传父本G等位基因的个体,在42和180日龄时达显著水平(P<0.05),而在70、90和120日龄...

【目的】通过分析蓝塘猪和长白猪生长发育过程中品种间骨骼肌组织差异表达基因及顺式天然反义转录本(cis-natural antisense transcripts,cis-NATs),并以此为基础进行整合分析,探索cis-NATs调控猪骨骼肌生长发育的分子机理。【方法】使用差异表达分析鉴定蓝塘猪和长白猪胚胎期35 d至出生后180 d共10个时间点品种间差异表达基因及cis-NATs(|log2FC|≥1且FDR<0.01);然后通过功能富集分析注释出差异表达基因及cis-NATs对应的正义基因主要参与的GO生物学过程(P<0.01)及KEGG通路(P

为了研究饲粮蛋白水平对猪骨骼肌中CaN,NFAT和CaM蛋白表达量及肌肉剪切力的影响,探讨各个蛋白表达与剪切力之间的关系。试验选用90头约50kg的杜洛克×长白×大白三元杂交猪(公母各半,公猪去势),随机分为3个处理组,每个处理组3个重复,每个重复10头,分别饲喂蛋白质水平为12%、16%和20%的饲粮,各饲粮能量及氨基酸模式保持一致,饲养58d后屠宰取样,用蛋白质免疫印迹法测定猪背最长肌中CaN、NFAT和CaM的蛋白相对表达量。结果表明:饲粮中不同蛋白质水平对猪骨骼肌中CaN蛋白相对表达量影响极显著(p0.05),但随着饲粮中蛋...

【目的】通过基于单倍型的病例-对照全基因组关联分析(GWAS)鉴别白色杜洛克×二花脸F2资源家系中影响猪阴囊疝的易感位点及位置功能候选基因,并在远缘纯种猪阴囊疝三联体核心家系(Trio)群体中进行重复验证。【方法】利用Illumina porcine 60K SNP芯片对1 020头白色杜洛克×二花脸F2资源家系阴囊疝群体(包含19个阴囊疝患病个体)进行扫描获取基因型。通过Plink v1.07软件对基因型数据进行质量控制;剔除个体基因型检出率<90%的个体,剔除SNP位点检出率<90%、哈迪温伯格平衡卡方检验P≤10-3和最小等位基因频率<0.05及性染色体上和无法定位的SNP位点。质控合格...