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[期刊] 中国农业科学
[作者]
翁佩芳 陈希 沈锡权 吴祖芳 任静
【目的】揭示在低盐浓度条件下榨菜不同盐度腌制体系细菌种群分布及优势菌变化规律,为进一步确定微生物类型与榨菜腌制质量品质之间的相关性提供微生物学基础。【方法】采用16S rDNA基因克隆文库及克隆子分析方法,对5%和7%盐度条件下榨菜腌制体系的微生物多样性、优势种群及其变化规律进行分析。【结果】5%盐度腌制体系的中前期优势种群为乳杆菌属(Lactobacillus)、明串珠菌属(Leuconostoc)和魏斯氏菌属(Weissella);7%盐度腌制体系的中前期优势乳酸菌为希腊魏斯氏菌(Weissella hellenica);腌制后期,起主导作用的种群均变成了植物乳杆菌(Lactobacill...
[期刊] 华北农学报
[作者]
姜伟 白红梅 薛国萍 杜金伟 高婧 李杰 慕宗杰 胡玉珍 宋庆成
为了揭示设施连作不同果类菜根际土壤细菌群落结构和多样性变化,采用Illumina MiSeq测序平台进行细菌16S rRNA高通量测序分析,研究设施连作5 a的番茄、黄瓜、辣椒和茄子之间的根际土壤和露地土壤细菌群落结构和多样性差异,探讨设施连作的不同作物对土壤细菌群落结构和多样性的影响。结果表明:设施连作土壤中细菌多样性丰富,包括44个门、150个纲、364个目、575个科和1 046个属,其中变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、放线菌门、拟杆菌门和芽单胞菌门是土壤样品中细菌物种丰富度较高的6个门类,占所有细菌群落总数为露地84.56%、番茄83.02%、黄瓜82.21%、辣椒80.67%、茄子79.25%,4种作物根际土壤优势菌门丰富度占比均有显著差异并低于露地土壤;其中连作黄瓜变形菌门最高,放线菌门最低,分别占所有细菌群落总数31.53%,4.95%,根际土壤有益菌群高于其他果类菜和露地;连作番茄变形菌门丰度最高,酸杆菌门丰度最低,分别占所有细菌群落总数23.56%,5.16%,相对土壤质量最差。4种不同连作果类菜之间根系土壤细菌群落多样性均没有显著性差异,与露地相比连作黄瓜细菌群落多样性有显著性差异,表明不同果类菜根际土壤微生物多样性没有显著差异。为设施连作在内的许多农作物领域提供参考和可持续种植提供理论基础。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈芸 刘旗 邓俊良 任志华 杨颜铱 高爽
采用MiSeq高通量测序技术分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及菌群结构。选用3只140日龄健康公羊,其平均体质量为(15.53±0.21)kg,饲喂10 d后,于150日龄时采集瘤胃液(样品A),40 d后再次采集瘤胃液(样品F),提取瘤胃液细菌基因组DNA,对细菌16S rDNA序列V4区进行MiSeq测序。结果显示:1)从样品A与样品F中共获得高质量序列338 830条,聚类后得3 400个运算分类单位(OTU);2)样品A的α多样性指数高于样品F的,但其差异无统计学意义;3)门水平上,样品A最高相对丰
[期刊] 西南农业学报
[作者]
周灵芝 劳承英 申章佑 李艳英 黄渝岚 韦本辉 胡泊 周佳
【目的】分析连作淮山根际土壤细菌群落结构,为解决淮山连作障碍提供参考依据。【方法】以淮山品种桂淮2号为试验材料,设置定向栽培连作淮山(T)和对照(CK)两个处理,采用Illumina MiSeq高通量测序技术结合土壤理化性质,分析连作淮山根际土壤细菌群落多样性及其与土壤理化因子的关系。【结果】基于细菌16S rRNA基因分析,对6个土壤样品测序共得到有效序列230961条,可操作分类单元(OTU)3423个。各样本检测到细菌群落含33门95纲242目395科780属1524种。Venn图分析结果显示,T处理和CK共有细菌OTUs数1688个,T处理特有OTUs数1388个。T处理土壤细菌的Shannon指数、ACE指数和Chao l指数均极显著高于CK(P<0.01,下同)。物种群落组成分析结果表明,放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸杆菌门(Acidobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)是T处理根际土壤细菌的主要优势菌群,占物种群落组成的88.45%。主成分分析结果显示,第一主成分(PC1)和第二主成分(PC2)对细菌群落结构的差异性贡献率分别为81.44%和14.49%,细菌群落结构表现为连作受PC1影响明显。土壤理化性状是影响细菌群落组成的重要因子,与变形菌门、绿弯菌门、拟杆菌门、粘球菌门(Myxococcota)、Patescibacteria、疣微菌门(Verrucomicrobiota)和WPS-2的群落分布显著相关。【结论】淮山连作可提高其根际土壤细菌多样性,其优势细菌群落为放线菌、变形菌、厚壁菌、绿弯菌和酸杆菌;连作淮山土壤pH及水解氮、速效钾和有机质含量的变化是影响其细菌群落组成发生变化的重要因子。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
熊川 李小林 李强 郑林用
为了解野生羊肚菌的生境,研究其菌塘土壤细菌群落的结构与多样性,运用PCR–DGGE技术,对采集于凉山州冕宁县野生羊肚菌发生地的8个羊肚菌菌塘土样和2个非菌塘土样进行分析。结果表明:羊肚菌菌塘土壤与非菌塘土壤细菌群落的结构差异和多样性差异较大;菌塘土壤的多样性指数(H)和丰度(S)比非菌塘土壤的高;菌塘土壤中Thermosporotrichaceae、Myxococcaceae和Rhodospirillaceae等3科细菌在羊肚菌菌塘土壤中占据优势地位;羊肚菌菌塘土壤细菌多样性程度总体优于非菌塘土壤。
关键词：
羊肚菌 土壤 细菌 群落结构
[期刊] 西南农业学报
[作者]
孔垂思 李友勇 孙云南 尚卫琼 刘本英 杨涛
【目的】云南是中国茶树资源最大的遗传多样性中心，研究不同茶树品种新梢高氮磷钾含量形成的机制，不同茶树品种根际土壤养分含量及细菌群落多样性的差异，揭示不同茶树品种新梢高氮磷钾含量与其根际土壤养分含量及细菌群落多样性之间的关系，为优化商品茶叶种植生产提供理论支撑。【方法】本研究选择不同茶树品种，利用土壤农业化学结合16SrRNA高通量测序技术分析不同品种氮磷钾含量茶树的根际土壤理化性质及细菌群落多样性的差异，并对其做相关性分析。【结果】不同茶树品种新梢氮磷钾含量差异较大，不同茶树品种中，氮含量高的茶树品种根际土壤的pH值、有机质、全氮、水解性氮含量均较高，磷含量高的茶树品种根际土壤的全磷、有效磷含量均较高，钾含量高的茶树品种根际土壤的全钾、速效钾含量较高。群落结构分析表明，不同茶树品种根际土壤优势菌群在门水平为变形杆菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、浮霉菌门(Planctomycetes)、厚壁菌门(Firmicutes)等。根际土壤pH、有机质含量、水解性氮含量、有效磷含量、速效钾含量对细菌群落结构影响较大，尤其是对变形杆菌门、放线菌门、绿弯菌门、浮霉菌门、厚壁菌门、蓝藻门影响较大。【结论】不同茶树品种中，新梢氮含量高、磷含量高、钾含量高的茶树土壤pH、有机质、全钾、有效磷、速效钾的含量较高，进而引起细菌群落丰富度、细菌群落多样性较大，是茶树养分差异形成的重要环境因子。不同茶树品种中，高养分含量茶树根际土壤中变形杆菌门、放线菌门、绿弯菌门、浮霉菌门、厚壁菌门、蓝藻门的细菌群落相对丰度较高。
[期刊] 水产学报
[作者]
马景雪 张培玉 王宗兴 郑明刚 高萍 曲凌云 郑风荣
为了研究近海贝类开放养殖水域、细菌种群分布规律以及微生物群落多样性对环境因子的响应及与水产动物发病的关系，本实验于2019年7—11月采集黄岛某开放养殖水域不同样点海水样本，分析不同水质因子(水温、盐度、pH、溶解氧、叶绿素a、氨氮、磷酸盐、硝酸盐和亚硝酸盐)的动态变化，并利用高通量测序的方法分析了不同月份水样本和栉孔扇贝组织样本微生物群落结构和多样性的差异，探讨了环境因子与微生物群落结构的相关性。结果显示，水样本细菌群落结构共检测到42个门，94个纲。由变形菌门、拟杆菌门、蓝细菌门、放线菌门及厚壁菌门等组成，其中变形菌门为优势菌门，主要包括γ-变形菌纲和α-变形菌纲。不同月份，细菌OTU水平多样性分析结果为11月>9月>7月>10月>8月；弧菌OTU水平多样性分析结果显示弧菌的多样性呈现先升高后降低的变化，与水温的变化趋势一致，8月养殖区多样性高于对照区。RDA分析表明，叶绿素含量（μg/L）和亚硝酸盐（mg/L）的浓度对门水平的物种组成和群落结构具有显著的影响。磷酸盐含量（mg/L）和DO（mg/L）对弧菌属水平的群落结构具有显著影响。扇贝组织样本细菌群落结构共检测出45个门，软壁菌门为优势菌门，主要包括支原菌属，与磷酸盐含量（mg/L）具有显著正相关。弧菌优势菌分离鉴定结果显示，7—11月养殖环境中的优势菌为溶藻弧菌和哈维弧菌。研究表明，养殖活动通过改变水体中的叶绿素和亚硝酸盐的含量对水体中的微生物群落结构产生了一定的影响，同时磷酸盐和DO的变化对弧菌属水平的群落结构也产生了一定的影响。本研究结果可为贝类疾病的发生提供一定的理论支撑。
关键词：
贝类养殖 环境因子 高通量测序 群落结构
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
翟文 王保莉 曲东 李杨
【目的】对污染土壤修复过程中土壤细菌群落多样性的变化进行研究。【方法】以淹水培养后的模拟铬污染土壤为供试材料,通过直接提取土壤中总细菌DNA,利用细菌专一引物克隆细菌16S rDNA片段,分别建立克隆文库。利用PCR-RFLP技术,分析比较了土壤淹水10 d(对照,S1)、添加Cr(Ⅵ)淹水10 d(S2)、添加Cr(Ⅵ)和Fe(OH)3淹水10 d(S3)及20 d(S4)4个处理中土壤细菌群落的变化。【结果】用专一引物克隆细菌16S rDNA片段,分别建立了克隆文库;用限制性内切酶RsaⅠ进行细菌16S rDNA PCR-RFLP分析,分别得到123,120,97和69个酶切类型,库容值分...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
宋宇 王鹏 韦月平
【目的】本文探讨了不同稻田栽培模式下土壤细菌群落组成和多样性的变化。【方法】利用高通量测序技术对河蟹共作稻田(SDHXZ)、非洲雁共作稻田(SDFYZ)和单作稻田(SDKBZ)3种栽培模式表层土壤细菌进行高通量测序及分析。【结果】测序共获得240 070个有效序列,3157个OTU,48个门,115个纲,224个目,391个科,721个属和1343个种。Venn图显示3个处理组共有的细菌OTU数是1525个,SDFYZ特有OUT数最多为357个,SDHXZ的ace指数和shannon指数均高于SDFYZ和SDKBZ,说明SDHXZ土壤细菌多样性和丰富度高于其他2个处理。稻田土壤细菌多样性与pH和氨态氮相关性较大,丰富度则与硝态氮呈正相关。3个处理的优势菌门和优势菌属基本相同。PCoA分析图显示3个处理的土壤细菌群落结构差异较大。【结论】SDHXZ表层土壤细菌群落多样性和丰度最高,具有更好的土壤细菌生态基础。该研究可为合理选择水稻栽培模式提供一定理论支持。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
王格 董胜奇 张涛 葛向阳
为分析豆粕发酵过程中各阶段的细菌群落结构及多样性,利用MiSeq高通量测序技术检测2批发酵豆粕中细菌的16SrRNA基因V3-V4高变区序列,比较发酵0、24、48h时细菌群落的差异。结果显示:在属水平上,发酵豆粕中的主要优势菌属(≥1.0%)为芽胞杆菌属(Bacillus)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、魏斯氏菌属(Weissella)、乳球菌属(Lactococcus)、乳酸片球菌属(Pediococcus);随发酵进行芽胞杆菌属相对丰度逐渐降低,乳杆菌属相对丰度先升高后趋于稳定;2批豆粕在整个发酵过程中细菌群落结构变化相似,发酵后期细菌群落结构均趋于稳定;结果表明豆粕发酵过程中微生物群落结构变化是相对稳定的。
关键词：
豆粕 发酵 高通量测序 细菌群落 多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
郭静微 魏真真 代英 王毛 李伟 袁方柯 陈玉林 马玉兰 泽仁措 肖敏
【目的】揭示若尔盖国家自然公园四川片区不同生境下土壤细菌的群落结构及物种多样性。【方法】以若尔盖国家公园四川片区不同生境下的5种土壤（沼泽土、亚高山草甸土、草甸土、褐土和风沙土）为研究对象，借助高通量测序技术对土壤细菌多样性和群落结构进行分析，并讨论土壤理化性质与菌群结构的关系。【结果】①在土壤细菌分类研究中，共鉴定出36个门，其中优势菌群为放线菌门（Actinobacteriota）、变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、酸杆菌门（Acidobacteriota）和绿弯菌门（Chloroflexi）。②在不同土壤细菌α-多样性分析中，亚高山草甸土（YGS）的Chao1、Observed Species、Shannon和Simpson指数均为最高，表明该土壤中细菌群落数量和多样性最高。③在不同土壤细菌β-多样性分析中，褐土（HT）、沼泽土（ZZT）、亚高山草甸土（YGS）以及风沙土（ST）相互高度重叠，表明该地区这4种土壤细菌群落结构组成相似，而草甸土（CD）土壤细菌群落具有显著差异（P＜0.05）。④对不同生境的RDA冗余分析中，放线菌门与土壤pH呈正相关；变形菌门与土壤pH和全钾（TK）呈正相关；厚壁菌门与有机质（SOM）、全氮（TN）、全磷（TP）和含水量（MC）显著正相关。【结论】本研究揭示了若尔盖自然公园四川片区不同生境下土壤细菌群落组成结构的差异性以及多样性，以及这些差异与环境因子的强相关性。该结果不仅有助于深化对土壤微生物生态学的理解，同时也为土壤生态系统的管理提供了科学依据。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
谢文霖 杨燕 于龙飞 蒋萍 蒋海峰 罗金洲 余马
【目的】探究感病羊肚菌[Morchella esculenta (L.) Pers.]内生细菌的多样性、丰度及菌群功能。【方法】以健株羊肚菌为对照，提取感病程度为轻度、中度、重度及完全感病的羊肚菌内生细菌基因组总DNA，进行Illumina Miseq高通量测序，并对测序获得的内生细菌ASVs（Amplicon Sequence Variants）进行生物信息学分析，探究羊肚菌子实体感病过程中内生细菌的群落结构及其多样性。【结果】羊肚菌子实体内生细菌菌群丰度指数为：中度感病组>完全感病组>轻度感病组>重度感病组>健康组；多样性指数为：中度感病组>健康组>轻度感病组>重度感病组>完全感病组；均匀度指数为：健康组>重度感病组>轻度感病组>完全感病组>中度感病组。健株羊肚菌子实体内生细菌主要归类于变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes），其中假单胞菌属（Pseudomonas）和黄杆菌属（Flavobacterium）为健株羊肚菌内生细菌中的优势属，分别占健株羊肚菌子实体内生细菌总数的46.92%和41.07%。感病羊肚菌子实体中假单胞菌属相对丰度随感病程度增加呈上升趋势，至重度时超过95%，而黄杆菌属相对丰度呈下降趋势，至重度时低于3%。此外，所有感病子实体中均有厚壁菌门（Firmicutes）的内生菌。【结论】对羊肚菌子实体内菌群的平衡调控，如对假单胞菌属内生细菌的抑制及黄杆菌属内生细菌的促生，可能有助于降低羊肚菌大面积病害和减产，保障羊肚菌稳产。
关键词：
羊肚菌 内生菌 多样性 群落结构
[期刊] 华北农学报
[作者]
宝力德 冀锦华 刘柯澜 冯福应
为进一步了解和认识ＡＰＢ及其在盐碱湖中的生态功能及其作用机制，通过构建和分析不产氧光合细菌ＢｃｈＹ基因克隆文库，揭示其中不产氧光合细菌的多样性、群落结构及其与生存环境的关系。样品采自内蒙古浑善达克沙地盐碱度较高的扎格斯台和达格淖２个湖的水样，提取了样品总ＤＮＡ。以ＢｃｈＹ作为检测ＡＰＢ的通用标记，用ＰｃＲ扩增方法构建了其ＢｃｈＹ文库，并对扩增产物进行了测序与系统发育分析。结果表明，达格淖湖和扎各斯台湖均为富营养化盐碱湖，且两湖盐度相差很大。利用ＢｃｈＹ文库中核酸序列对应的氨基酸序列进行分析，两文库覆盖度均达９３．０％以上，代表性较强，共得到１０８条ＢｃｈＹ编码的氨基酸序列，以ｃｕｔｏｆｆ＝０．．．．
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
刘芳 王道营 徐为民 诸永志 曹建民
利用传统平板培养和变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱相结合的方法,对盐水鸭在4℃贮藏期间的细菌多样性进行了分析。传统培养方法结果显示:盐水鸭在贮藏期间细菌数量增加迅速。PCR-DGGE对盐水鸭及平板培养物中的细菌组成分析结果显示:腐生葡萄球菌(Staphylococci saprophyticus)、溶酪大球菌(Macrococcus caseolyticus)、魏斯氏菌(Weissellasp.)、中度嗜盐菌(Halomonas sp.)和盐单胞菌(Cobetia sp.)是盐水鸭的主要细菌,而腐生葡萄球菌、溶酪大球菌和魏斯氏菌是平板培养物中的主要细菌。
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