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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
王艳梅 翟明普 马天晓 黄武刚 程丽莉
为了研究榛属(Corylus)植物种间及与虎榛(Ostryopsis davidiana Decne)间的同源性,利用Sanger末端终止法测序原理,在Beckman2000测序仪上,对榛属7种植物及虎榛的PCR产物进行了直接测序,并进行了同源性分析。结果表明:欧榛微卫星在榛属植物种间及虎榛属间具有高度的同源性,1个种已开发的微卫星引物可用于近缘种研究,榛属微卫星跨种(属)的转移为SSR分子标记的引物开发设计及利用提供了重要的参考;根据已知序列构建的系统进化树与目前所认知的榛属亲缘关系基本一致,从分子水平上为榛属植物研究提供了依据。
关键词：
榛属植物 虎榛 测序 同源性 微卫星
[期刊] 林业科学
[作者]
程丽莉 黄武刚 周志军 刘建立 王艳梅 苏淑钗 翟明普
利用多态性高、重复性好的11对欧洲榛微卫星引物对榛属6个近缘种的34个DNA样本进行扩增,共获得81个等位基因,每个座位的等位基因数在4～13之间,平均数目为7.36个,位点的多态信息含量(PIC)介于0.47～0.86,平均为0.73。PCR扩增产物的DNA测序证明欧洲榛SSR基因座位中微卫星序列在6个种内的保守性,而在CACC28位点,一个被忽略的短三碱基重复序列也表现出长度多态性。另外,对于具有商业潜力的平榛、毛榛、川榛3个种的遗传多样性分析表明,平榛的遗传多样性最高,为0.59。研究结果表明欧洲榛微卫星是用于榛属资源保护、品种改良以及种间遗传图谱构建的有力工具。
关键词：
榛属 微卫星 多态性 DNA测序
[期刊] 林业科学
[作者]
温强 徐林初 江香梅 李江 顾胤聪 徐立安 黄敏仁
采用MISA软件挖掘比较各1/4个454高通量测序反应获得的普通油茶、浙江红山茶和短柱茶EST序列及普通油茶基因组序列中的微卫星信息。结果显示:3个种的EST序列微卫星出现频率大小相近,普通油茶EST序列的微卫星出现频率高于其基因组序列的;在所有被检索序列的二至六碱基微卫星中,均以二碱基微卫星最多(>55%),并以(AG)n类型为主,但三碱基微卫星在所有EST序列中以(AAG)n类型最多,而在普通油茶基因组序列中则以(AAT)n最多;除六碱基微卫星外,二至五碱基微卫星均表现为不同微卫星重复单元的丰度随着微卫星碱基长度增加而减少。在转录组序列中,除六碱基微卫星之外,不同微卫星单元重复数的变异与重...
关键词：
山茶属 454高通量测序 微卫星
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李太强 刘雄芳 万友名 李正红 李钰莹 刘秀贤 马宏
[目的]全面了解滇东南特有濒危植物长梗杜鹃转录组SSR位点的分布及序列特征,为长梗杜鹃的保护和合理开发利用提供遗传学资料,为同属植物及近缘种SSR标记的开发及遗传研究提供便利。[方法]利用Illumina Hiseq 4000高通量测序平台对长梗杜鹃叶片进行转录组测序,再通过MISA软件对测序所得Unigenes进行SSR位点的发掘和分析。[结果]发现含SSR的序列17 354条,共得到23 192个SSR,出现频率为31.30%,平均每3 kb出现1个SSR。二碱基和三碱基重复为长梗杜鹃SSR主要重复单
关键词：
长梗杜鹃 转录组 微卫星特征 潜在多态性
[期刊] 淡水渔业
[作者]
曾晓芸 杨宗英 田辉伍 汪登强
利用Mi-Seq高通量测序法,分析长江上游特有鱼类裸体异鳔鳅鮀(Xenophysogobio nudicorpa)的基因组微卫星序列,观察其微卫星的组成及其特征。结果显示:在所测得的2到5碱基微卫星重复单元中,两碱基重复所占比例最多(83.15%),其中又以AC/TG类型为主。AAT和ATC是三碱基重复单元出现频率最多的,比例分别为56.01%和13.46%,高于其他六种类型的总和。四碱基重复单元占所有微卫星序列比例的2.73%,AAAG、AAAT和AGAT三种类型出现的次数最多。五碱基重复单元中,只发现3种重复序列,并且重复次数仅在1~2次内。使用引物设计软件Primer Premier V...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
倪守胜 杨钰 柳淑芳 庄志猛
为全面了解虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)微卫星分布频率和数量,深化对虾夷扇贝基因组的认识,本研究运用第二代高通量测序技术,进行虾夷扇贝简化基因组测序(RAD-seq),从基因组水平阐明虾夷扇贝基因组微卫星特征。结果显示,简化基因组测序共获得序列总长为92,551,435 bp,经过滤筛选,获得259,535个contig,其中,包含微卫星序列3618条,经引物设计共获得3460对微卫星引物。统计微卫星序列的重复类型,其中,三核苷酸重复单元数量最多(1587个,45.87%),其
关键词：
虾夷扇贝 二代测序 基因组 微卫星
[期刊] 淡水渔业
[作者]
岳华梅 翟晴 宋明月 叶欢 杨晓鸽 李创举
采用ＩｌｌｕｍＩｎａ高通量测序技术，对兴国红鲤（ＣｙｐｒＩｎｕｓ ＣａｒｐＩｏ ｖａｒ．ｓＩｎｇｕｏｎｅｎｓＩｓ）垂体和性腺等组织进行转录组测序分析，筛选微卫星标记并分析其组成及特征。结果显示：共获得１３ ６５２个微卫星标记，对所得位点进行分类，单核苷酸重复类型占４７．８６％，二、三、四、五、六核苷酸重复类型所占比例分别为３４．４３％、１６．３２％、１．２５％、０．１２％以及０．０２％。随机选取３０个ｓｓｒ位点进行ｐＣｒ验证，有２０对可以扩增出清晰稳定的条带。在２４个兴国红鲤个体中对上述位点进行多态性分析，结果表明，具有多态性的微卫星引物为９对。不同位点得到的等位基因范围为２～４，平均等位基因．．．
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
魏琦琦 林青 贾宝光 吴炼 李承想 张琳
运用Illumina测序平台的RNA-seq技术对中秋酥脆枣的花、果实和枣吊进行了转录组测序,并对测序获得的Unigene进行微卫星特征分析。经序列组装和拼接,共获得34 587个Unigene,运用Misa软件分析发现12 624个微卫星。在所得转录组序列的单碱基至五碱基微卫星中,以单碱基微卫星最多(6 314个,50.02%),并以A/T(6 217个,98.46%)为主要重复单元;二碱基微卫星(3 335个,26.42%)次之,其中以AG/CT(2532个,75.92%)类型最多;再次是三碱基微卫星(2 871个,22.74%);最后是四碱基和五碱基微卫星,二者仅占所有微卫星信息的0.8...
关键词：
枣 转录组测序 RNA测序 微卫星特征
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
邓丽丽 李德龙 蔡年辉 周军 孙琪 唐红燕 王大玮 许玉兰
以思茅松针叶为材料，采用ＩｌｌｕｍＩｎａ ＨＩｓｅｑ２０００平台测序，得到１２１ ８８２条无冗余的序列，对这些序列进行ｓｓＲ位点搜索，共获得３５３４个ｓｓＲ位点，出现频率为２．９％，分布平均距离２５ｋｂ。所搜索的ｓｓＲ以单核苷酸重复类型最多，其次为三核苷酸和二核苷酸，而四、五、六核苷酸重复类型较少（＜１％．．．
关键词：
思茅松 高通量测序 微卫星
[期刊] 草业科学
[作者]
刘倩倩 谭宇尘 姚宝辉 康宇坤 苏军虎
利用第二代高通量测序技术对高原鼢鼠(Eospalax baileyi)大脑组织进行转录组测序,筛选微卫星标记,分析其组成与特征,并检验其多态性,为高原鼢鼠微卫星标记的开发及后续研究等奠定基础。结果发现:在获得的29 090个微卫星标记中单核苷酸重复A/T是重复次数最多的类型(54.31%),其次为二碱基重复CA/TG (10.46%),其他碱基重复类型仅占16.79%。随机选取104个微卫星位点进行引物设计,发现有43个位点扩增成功。12个多态性位点经毛细管电泳检测发现,等位基因数为3～12个,观测杂合度(Ho)为0.263～0.937,平均值为0.651,期望杂合度(He)为0.285～0.844,平均值为0.600。使用Bonferroni校正后,有2个微卫星位点显著偏离哈迪–温伯格平衡(P 0.01)。多态信息含量(PIC)在0.251～0.816,全部为中度多态性(0.250 0.500)。这些微卫星标记为高原鼢鼠的亲权关系鉴定、种群遗传学等研究提供了基础数据。
[期刊] 水产学报
[作者]
傅建军 徐如卫 薛婷 杨福生 姜虎成 李家乐
为进一步了解中国当前主要养殖鳅类种质资源现状,实验采用7个微卫星标记和线粒体D-Loop部分序列,对泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus,MA)、大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus,PD)和台湾大泥鳅(未见种属分类,TW)3种泥鳅进行群体遗传变异分析。结果显示,6个微卫星位点在3种泥鳅中均能获得有效扩增,1个微卫星标记(Mac239)只在MA中获得特异性扩增,而在PD和TW中未能获得有效扩增条带。在3种泥鳅共90尾个体的D-Loop部分序列中发现32个单倍型,仅在PD和TW间存在1个共享单倍型。实验中共检测到65个变异位点,其中MA与PD和TW间存...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
余仲东 刘小勇 曹支敏
目的比较和分析中国松杨栅锈菌与国外该菌在ITS序列上的差异和中国该菌种内群体分化状况。方法对来自中国不同地域的松杨栅锈菌的5个生理小种11个菌系核糖体ITS序列和微卫星序列多态性进行了研究。结果中国菌系同英国菌系ITS序列同源性高(99.8%),同法国、加拿大、德国的菌系同源性略低(99.5%),中国菌系间ITS序列完全相同。ISSR标记表明,供试的11个菌系可区分为西部、北方两大菌群。小种C2同C4、C1、C3小种遗传多样性差异显著,其余小种间无显著差异。小种分化与遗传分化不一定相符,C2小种在遗传上表现单一。结论该菌ITS序列高度保守,不适合种下阶元划分,各菌系ITS序列无显著差异。ISS...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
谢楠 刘凯 冯晓宇 姚桂桂 潘彬斌
乌鳢（Ｃｈａｎｎａ ａｒｇｕｓ，♂）、斑鳢（Ｃｈａｎｎａ ｍａＣｕｌａｔｕｓ，♀）是杂交鳢＂杭鳢１号＂的亲本。利用高通量测序技术对乌鳢和斑鳢的肝脏进行转录组测序获得大量Ｅｓｔ序列后，利用ｍＩｓａ软件进行微卫星信息分析，结果表明，通过转录组测序获得乌鳢Ｅｓｔ序列５９ ９５９条，长度４５ ｍｂ，发现１５ ４２８个ｓｓｒ，出现频率为２５．７３％；获得斑鳢Ｅｓｔ序列４４ ３３７条，长度２７ ｍｂ，发现８ ４３９个ｓｓｒ，出现频率为１９．０３％。在乌鳢和斑鳢Ｅｓｔ－ｓｓｒ中，重复单元以１～２碱基重复为最多，并以长度小于１６ ｂｐ的短重复序列为主，间隔ｓｓｒ和复合ｓｓｒ的Ｅｓｔ序列ｒｐＫｍ均值要低于单纯型．．．
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘汝 许强华
采用磁珠富集法筛选三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的微卫星序列。经Sau3AI酶切后的200～1000bp DNA纯化片段,与两端已知序列的人工接头连接,用含有生物素标记的(CA)12和(GA)12探针杂交,根据磁珠的链酶亲和素与生物素特异结合的特性,捕获含微卫星序列的单链DNA,以此为模板用人工接头序列为引物进行PCR扩增,随后将获得的片段连接到PMD18-T载体上,转化至DH5α感受态细胞中,成功构建了微卫星富集文库。测序其中的60个阳性克隆,得到42条微卫星序列(基因登录号为:HQ283153-HQ283194),除探针使用的CA/GT、GA/CT重复外,还...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
屈政委 宋红梅 汪学杰 刘奕 牟希东 刘超 胡隐昌
采用RAD-seq(Restriction-site associated DNA sequencing)对印尼虎鱼(Datnioides pulcher)进行简化基因组测序,获得13 308 806个高质量干净读长(HQ clean reads),利用SSR搜索软件在所得序列中共检测到26 359个SSR位点,由496种重复基序组成,主要分布在三、四、五碱基重复类型中,单碱基重复序列中最多的类型为A/T,二碱基重复序列中以AC/GT和AG/GT重复单元为主,三碱基重复序列中以AGG/CCT、AGC/CTG、AGG/CCT为优势类型;在数量上,二碱基重复类型SSR位点最多(19 492个),占总SSR位点的73.95%;除了单核苷酸类型外,SSR基序的重复次数主要集中在4-9之间,多态性SSR数目为2 783个。根据SSR位点两翼序列,利用Primer 5.0成功设计出20 066对SSR引物,引物设计成功率为76.13%,依据测序数据中的重复类型和重复数,随机选择100个二至五碱基重复类型SSR在6个虎鱼样本中验证其可用性和多态性,有73对引物通过扩增可获得有效目的片段,其中20个SSR验证为具有多态性。开发所得SSR序列可用于印尼虎鱼及其近缘物种遗传分析、遗传图谱构建以及分子标记辅助育种等工作,同时也证实了利用简化基因组测序技术开发SSR标记和发现样品间具有多态性的SSR标记的可能性。
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