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[期刊] 中国农业科学
[作者]
黄雯 徐进 张昊 许景升 丁伟 冯洁
【目的】由茄科雷尔氏菌（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ ｓｏｌａｎａｃｅａＲｕｍ，简称青枯菌）引起的青枯病（ｂａｃｔｅＲｉａｌ ｗｉｌｔ ｏｆ ｐｌａｎｔｓ）是世界范围内危害最为严重的土传细菌病害之一，严重制约了多种经济作物的生产。建立高效、精准的早期诊断技术，是实现青枯病有效防控的基础。论文旨在建立一种能够特异检测青枯菌的环介导等温扩增方法（ｌｏｏｐ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｉｓｏｔｈｅＲｍａｌ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ，ｌａｍｐ），实现青枯菌的田间快速检测。【方法】通过比对分析青枯菌的ｌｐｘ ｃ基因序列，并利用在线引物设计软件ｐＲｉｍｅＲ ｅｘｐｌｏＲｅＲ ＶｅＲｓｉｏｎ ４．０得到４条ｌａｍｐ特异性引物．．．
关键词：
青枯菌 检测 环介导等温扩增
[期刊] 中国农业科学
[作者]
黄家权 晏立英 叶小文 雷永 廖伯寿
【目的】建立快速、准确的青枯菌定量检测方法,研究青枯菌与寄主植物的互作。【方法】以青枯菌hrpB为靶基因,利用实时荧光定量PCR(RTQ-PCR)方法建立青枯菌的定量检测方法,并利用该方法检测花生接种青枯菌后细菌数量的变化动态。【结果】以提取的细菌DNA为模板和以青枯菌的全细胞为模板均能对青枯菌准确定量,在未富集细菌的前提下,利用全细胞细菌定量的最低限为103 CFU/mL,检测的线性范围为103—108 CFU/mL,计数细菌的方法能准确反应青枯菌数量的差异,但该数值约是细菌平板计数法计数的1.5倍。利用RTQ-PCR计数细菌,发现接种后的3—5 d,是花生与青枯菌互作的关键时期。花生节对抑...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
何旭峰 彭焕 丁中 贺文婷 黄文坤 彭德良
【目的】建立一种基于环介导等温扩增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)技术,从植物罹病组织中直接检测象耳豆根结线虫(Meloidogyne enterolobii)的快速检测方法,为象耳豆根结线虫的监测和防治提供技术支持。【方法】根据象耳豆根结线虫与其它根结线虫ITS序列差异设计LAMP特异性引物,通过对LAMP反应条件中的Mg2+、dNTPs、甜菜碱和反应时间进行优化,同时对检测体系的特异性和灵敏度进行验证,建立一种从罹病植物组织中检测象耳豆根结线虫的LAMP快速检测方法。【结果】象耳豆根结线虫LAMP检测体系优化结果表明在Mg2+的浓度...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙晶晶 高晓建 张晓君 马丽娜 阎斌伦 白雪松 赵佳铭 毕可然 秦蕾
本研究检测了分离自发病大菱鲆、半滑舌鳎及鲤鱼的22株病原鳗弧菌(Vibrio anguillarum)毒力相关基因的携带情况,并建立了病原鳗弧菌的分子生物学检测方法。以PCR方法检测8个毒力相关基因的分布,结果显示,22株病原鳗弧菌均可扩增出6个基因(emp A、vah1、vah4、fla A、rtx A和ton B)目的条带,未扩增出vir A和ang M基因;针对vah4和rtx A设计引物进行双重PCR扩增,同一PCR反应体系可扩增出两条目的条带,灵敏度为2.4×103 CFU/ml,对照菌无任何扩增条带;以vah4设计引物进行LAMP扩增,病原鳗弧菌可扩增出阶梯状条带,呈现阳性反应,6...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
孙国荣 马少鸿 林桂香 万小菊 黄郁葱 简纪常 蔡双虎
基于荚膜多糖cpsA基因设计引物，建立海豚链球菌可视化环介导等温扩增（loop-mediated isothermal amplification，LAMP）技术，以快速检测鱼类养殖中的海豚链球菌。结果表明，LAMP最佳反应条件为65 ℃反应20 min，镁离子浓度为1.2 mmol/L、dNTPs浓度为0.64 mmol/L、内外引物比例为 16:1；特异性检测结果表明：该方法能特异性检出海豚链球菌，对无乳链球菌和其他14种菌检测结果均呈阴性；灵敏度检测结果表明，该LAMP方法灵敏度为21.2×10~(-6) ng/μL，比PCR检测方法灵敏度高100倍；适用性分析结果表明，该LAMP方法在模板中存在鱼类基因组干扰下也能正确完成检测。研究中建立的LAMP检测方法为海豚链球菌的检测提供一种可视化、灵敏、成本低的快速检测技术。
关键词：
海豚链球菌cpsA LAMP 可视化检测
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙晶晶 高晓建 张晓君 马丽娜 阎斌伦 白雪松 赵佳铭 毕可然 秦蕾
本研究检测了分离自发病大菱鲆、半滑舌鳎及鲤鱼的２２株病原鳗弧菌（Ｖｉｂｒｉｏ ａｎｇｕｉｌｌａｒｕｍ）毒力相关基因的携带情况，并建立了病原鳗弧菌的分子生物学检测方法。以ＰＣｒ方法检测８个毒力相关基因的分布，结果显示，２２株病原鳗弧菌均可扩增出６个基因（ｅｍＰａ、Ｖａｈ１、Ｖａｈ４、ｆｌａａ、ｒｔｘａ和ｔｏｎｂ）目的条带，未扩增出Ｖｉｒａ和ａｎｇｍ基因；针对Ｖａｈ４和ｒｔｘａ设计引物进行双重ＰＣｒ扩增，同一ＰＣｒ反应体系可扩增出两条目的条带，灵敏度为２．４×１０３ Ｃｆｕ／ｍｌ，对照菌无任何扩增条带；以Ｖａｈ４设计引物进行ｌａｍＰ扩增，病原鳗弧菌可扩增出阶梯状条带，呈现阳性反应，６株对照菌无阶梯．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
王永 赵新 景海春 兰青阔 朱珠 程奕
以无乳链球菌纤连蛋白fbs基因为主要研究对象,采取环介导等温扩增技术(Loop-Mediated Isothermal Amplification,LAMP),针对fbs基因的6个区域设计4条特异性引物,利用一种链置换DNA聚合酶(BstDNA polymerase)在63℃保温1 h,通过荧光显色即可完成对无乳链球菌的检测工作。结果显示,LAMP方法能够特异性检测fbs基因,其检测灵敏度是常规PCR方法的100倍,并与实时荧光定量PCR方法相当。所建立的针对无乳链球菌fbs基因的LAMP检测方法具有高度的特异性及稳定性,结果可靠,非常适合无乳链球菌的快速检测。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
于劼豪 黄郁葱 孙良娟 钟键 鲁义善 简纪常 蔡双虎
为加强对哈维氏弧菌（Vibrio harveyi）早期快速诊断，本研究探究建立一种基于环介导等温扩增（LAMP）技术的可视化快速检测方法。基于环二聚体磷酸二酯VieA基因序列在哈维氏弧菌中的保守性，将其作为靶基因设计引物并初步建立LAMP反应体系，对LAMP反应体系中各反应物浓度、内外引物比例、反应时间和反应温度进行优化，并对优化后的LAMP反应的特异性和灵敏度进行检测；分别在优化后的LAMP反应体系中加入SYBR Green I、钙黄绿素-锰离子或羟基萘酚蓝作为指标剂对LAMP反应产物进行可视化判别，从而建立了一种针对哈维氏弧菌的LAMP可视化检测方法。研究表明该LAMP反应体系最佳反应温度60℃、反应时间60 min、Mg~(2+)浓度1.2 mmol·L~(-1)、dNTPs浓度0.64 mmol·L~(-1)、甜菜碱浓度0.25 mmol·L~(-1)及内外引物比例16:1；该反应体系能特异性检测到哈维氏弧菌，且灵敏度为3.4×10~(-6 )ng·μL~(-1)。可视化指标剂钙黄绿素-锰离子的添加比例为12:1或羟基萘酚蓝的添加浓度为390 μmol·L~(-1)时LAMP反应结果的可视化效果最好，临床应用表明该LAMP可视化技术能准确并特异性地检测到珍珠龙胆石斑鱼和凡纳滨对虾组织中感染的哈维氏弧菌。本研究提供了一种简单、快速和结果可视化的哈维氏弧菌LAMP检测方法，可以为水生动物哈维氏弧菌的现场检测和弧菌病的早期诊断提供技术支持。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
涂志刚 杨海朋 崔婧 严耿杰 李丹萍 周永灿 邱名毅
哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)是引起海南省后水湾深水网箱养殖卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)"烂身病"的主要病原菌。为了能够快速诊断该病原菌,急需建立一种耗时短、准确以及便捷的检测方法。本研究利用分离到的致病菌株QT520的ToxR基因序列设计特异性引物和加入SYTO-9特异荧光染料,建立了一种可以实时、快速检测哈维氏弧菌的LAMP法(RT-LAMP)。该方法对哈维氏弧菌的基因组DNA及菌液灵敏度分别为100 fg/μL和10~3 cfu/mL,与Real-time PCR法检测灵敏度相当,比普通PCR的检测灵敏度要分别高1000倍和10倍,能有效区分哈维氏弧菌与坎氏弧菌(Vibrio campbellii);可以实时观察检测结果,且检测时间只需要40 min;具有耗时短、特异性和灵敏度高、仪器便携、操作简单且能实时观察检测结果等优点,非常适合在生产现场进行哈维氏弧菌的检测。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李彬 杜露平 何孔旺 孙冰 倪艳秀 温立斌 张雪寒
为提高猪Hokovirus(PHoV)检测的敏感性和简便性,本研究采用环介导等温扩增(LAMP)技术,建立了一种敏感、特异、快速、简便、实用的检测PHoV的技术。针对PHoV VP1/2基因保守区设计4条引物,进行LAMP扩增,对扩增反应进行优化并检测其敏感性和特异性。结果表明,所建立的方法最佳反应时间为60 min,反应温度为65℃,该方法具有良好的特异性,与其它常见动物病毒(PRRSV、PCV2、CSFV、PRV、PPV、JEV)无交叉反应,对PHoV的最低检出量为10拷贝,其敏感性是PCR方法的10倍,且通过加入荧光染料可直接判定结果。研究表明,该方法特异性强、敏感性高,且操作简便、检测...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
唐婕 刘二龙 卢丽 李斐然 王永奇 刘文华
根据GenBank已公布的化脓隐秘杆菌溶血素((Pyolysin,PLO)基因设计6条引物,建立一种灵敏的环介导等温扩增方法(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)用于化脓隐秘杆菌(Arcanobacterium pyogenes)的快速检测,并对检测方法的特异性和灵敏度进行验证。对化脓隐秘杆菌、鼠伤寒沙门氏菌、非O1霍乱弧菌、单增李斯特氏菌、表皮葡萄球菌、金黄色葡萄球菌、嗜水气单孢菌、副溶血性弧菌、蜡样芽孢杆菌等9株实验菌株进行的特异性试验表明,建立的LAMP方法仅对化脓隐秘杆菌的检测结果为阳性;该方法的检测灵敏度在DNA水平上可达112 f...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
车勇良 陈如敬 王隆柏 江斌 吴学敏 刘玉涛 严山 庄向生 周伦江
【目的】建立一种可快速检测副猪嗜血杆菌的环介导等温扩增(LAMP)方法。【方法】根据GenBank中副猪嗜血杆菌肽聚糖相关脂蛋白(PalA)基因序列,在其保守区域设计外引物、内引物和环引物用于LAMP检测。优化副猪嗜血杆菌LAMP检测的反应体系,在反应产物中加入SYBR GreenⅠ,对检测结果进行肉眼判定,建立副猪嗜血杆菌可视化LAMP检测方法,评价该检测方法的特异性、敏感性。用建立的副猪嗜血杆菌可视化LAMP检测方法对临床分离的8株不同血清型副猪嗜血杆菌进行检测。从疑似患副猪嗜血杆菌病的猪体内采集10种体液,用所建立的可视化LAMP检测方法进行检测。【结果】建立了副猪嗜血杆菌可视化LAMP...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
刘宁宁 易萍 郭爱珍 胡长敏 陈颖钰
为建立一种能够快速、高效检测牛溶血性曼氏杆菌（Mannheimia haemolytica）的可视化LAMP检测法，利用LAMP引物设计软件，以溶血性曼氏杆菌保守基因lktC序列设计内引物、外引物及环引物，对其反应温度、Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度等条件进行优化，并检测了方法的敏感性、特异性及实用性。结果显示，该方法在68.2℃、6 mmol/L Mg~(2+)、1.6 mmol/L dNTPs条件下达到最佳，40 min内完成检测并可通过肉眼判定结果，对细菌的最低检测限为6.7×10~(-1) cfu/μL，对lktC重组质粒的最低检测限为7.9×10~2 copies/μL，敏感性高；与15种病原均不发生交叉反应，特异性好；对背景清晰小鼠肺组织样本检测结果显示该方法实用性良好，且优于普通PCR方法。表明该方法可快速、高效检测牛溶血性曼氏杆菌。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
赖多 王德林 邵雪花 秦健 庄庆礼 肖维强
【目的】建立余甘子果实斑点病菌快速、便捷、灵敏、可视的环介导等温扩增技术（loop-mediated isothermal amplification,LAMP）检测方法,为该病害的风险预判和科学防治提供依据。【方法】以余甘子果实斑点病致病菌间座壳菌（Diaporthe phoenicicola）的翻译延伸因子EF-1α基因为靶序列,设计LAMP特异性扩增引物;以余甘子间座壳菌DNA为模板,优化反应温度、反应时间、d NTPs浓度、Mg2+浓度和内外侧引物浓度比,建立LAMP检测最佳反应体系,测试其特异性和灵敏性,并对余甘子发病果实进行实际检测。【结果】适用于余甘子果实斑点病LAMP检测的最佳引物为引物组合4（EF4-F3/EF4-B3和EF4-FIP/EF4-BIP）;LAMP检测最佳反应条件为d NTPs浓度1.0 mmol/L,Mg2+浓度4 mmol/L,内外侧引物质量比6∶1,反应温度63℃,反应时间50 min。优化后的LAMP检测方法可特异性地检出余甘子间座壳菌（D. phoenicicola）,检测灵敏度可达0.01 ng/μL,且在实际应用中准确率高达100%。【结论】首次建立了余甘子果实斑点病致病菌间座壳菌LAMP可视化快速检测方法,该方法特异性强、灵敏度高,操作简单,可用于田间余甘子果实斑点病菌的快速检测。
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