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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
曹锡文 刘兵 章元明
近十几年来,利用双亲分离群体数量性状表型观测值来鉴定数量性状主基因+多基因混合遗传模式的研究时有报道,其结果可指导作物育种实践。然而,随着计算机技术的进步,本课题组研制的软件操作性、算法和功能模块等方面都存在一定缺陷。在Microsoft Visual Studio 2010操作平台下,利用C++语言研制了Windows界面友好的植物数量性状分离分析(segregation analysis,SEA)软件包,其中采用了线性算法包Clapack V3.1.1解线性方程组并估计一阶遗传参数,更精确地计算适合性检验的概率,增加了结果输出模块和计算分离群体植株或家系的主基因型后验概率。新软件包计算更稳...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
谢尚潜 耿青春 章元明
为使偏分离群体连锁图矫正方法能被广泛应用,在Microsoft Visual Studio 2010操作平台下,利用C++语言研制了Windows界面友好的DistortedMap软件包。结果显示:DistortedMap软件包具有遗传群体模拟、偏分离群体连锁图矫正和数量性状基因座定位的功能。使用该软件包可获得偏分离标记间遗传距离的无偏估计值并消除标记偏分离对QTL定位的影响。
关键词：
偏分离 连锁图 QTL定位 软件包
[期刊] 统计与决策
[作者]
马建群
为满足统计部门对计算机软件技术的迫切需要,从这一期起,我们辟出专栏陆续介绍一些比较实用的适合于基层统计人员掌握的软件知识。欢迎广大读者为本栏写稿。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张维理
【目的】在农业与环境研究领域,受研究条件和手段限制,多数研究实际上只能集中于点过程、局部地区或某一时段问题,只能关注某些特定主题相关现象和机制。由此产生大量分散数据。通过坐标关联可以对原先在各自独立研究中获取的不同类型数据与证据进行关联,这种连接可能赋予原先所认知的过程以新的涵义。海量空间数据分析方法能够从多渠道、多角度获得对事物的认知,并能够利用新的数据与证据不断修订假设。大数据分析的主要难点是海量空间信息不仅体量大,还要根据数据异质类型进行差异化抽提、整合和表达,难以采用现有主流软件工具,针对这一问题,本研究旨在创建一个能够以自动化和人机交互方式对异源、异质海量空间信息进行抽提、整合与大尺...
关键词：
智能制图工具 大数据 农业 环境
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
乐也 王青 杨韫嘉 徐欢 刘卫东 关文彬
品种鉴定、选优评价、性状可塑性研究等需要对多个性状整合,通过降维处理解决多个性状的计算难题,而诸多研究采用统计学软件对性状的整合分析,并未取得理想结果。以文冠果营养器官的性状指标(根插幼苗的生长性状、分配性状)和生殖器官的性状指标(花朵性状、花序性状)为例,应用康奈尔生态软件Canoco和SPSS两种统计软件,进行主成分PCA分析。结果证实:多元性状的整合,Canoco-PCA明显优于SPSS-PCA,其原因在于前者原始数据的标准化采用中心化,而后者采用离差标准化;以Canoco-PCA前2个排序轴作因变量、性状作自变量进行双重筛选逐步回归,给出的方程可用于性状评价、可塑性研究等,为植物性状整...
[期刊] 统计与决策
[作者]
张在金
国家统计局曾经从系统论的角度,就社会、经济、文教、卫生等方面选择出有代表性的12项指标,经过科学计算和量化分析,评定出中国农村综合实力百强县,并于去年12月与经济日报社等单位联合在中国革命博物馆举办的"百舸争流"展览.那么,百强县是如何产生的呢?这就是本文将要介绍的国际上著名的统计分析软件包SAS.
[期刊] 西南农业学报
[作者]
吴永升 邵俊明 周瑞阳 黄开健
全基因组选择是新近开始在植物数量性状研究和植物育种中应用的一种分析方法。它以连锁不平衡为基础,利用BLUP(best linear unbiased prediction)分析方法准确估计某一群体每一遗传标记的育种值,从而只利用这些预测的育种值来进行选择。文章综述了全基因组选择的原理、方法以及全基因组选择在植物育种方面的研究进展,探讨各种因素对全基因组选择的影响,并讨论了全基因组选择在植物数量性状分子育种研究中可能的应用。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘政国 王先裕 刘志敏 肖喜祝
以绿苦瓜自交系P1做母本,野生苦瓜P2做父本配制出F1代,然后进行自交和回交获得F2,B1,B2世代.通过田间试验,对叶长、茎粗和节间长的基因效应进行了研究.结果表明:茎粗和节间长两个性状符合加性—显性遗传模型,而叶长不符合加性—显性遗传模型.叶长的加性效应比显性效应重要,节间长的加性效应也高于显性效应,茎粗的加性效应和显性效应同样重要,三者的狭义遗传率分别为0.1694,0.6418和0.3679.
关键词：
苦瓜 植物学性状 遗传分析
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
张海平 房伟民 陈发棣 丁跃生 崔娜欣 顾俊杰
对睡莲属60份材料33个形态性状进行统计分析,结果表明:睡莲属植物具有丰富的形态多样性,平均多样性指数为1.446,总体上是数值性状形态多样性指数大于非数值性状;平均变异系数36.39%,变异系数和多样性指数的变化趋势相反。通过主成分分析,将33个性状综合为5个主成分,第一主成分的方差贡献率为28.71%,第二主成分的方差贡献率为18.85%;基于形态性状的聚类分析把60份材料聚为2类,第1类16份材料均为热带睡莲,其心皮离生、叶缘有锯齿,第2类44份材料均为耐寒睡莲,其心皮合生、叶缘无锯齿、无胎生现象。
[期刊] 水产学报
[作者]
徐清腾 吴昊天 江丽华 陆颖
为了帮助水生动物学研究者解决群体遗传学基础分析的困难，本实验在调研现有的水生动物重测序数据分析研究和成果的基础上，基于水生动物群体遗传学的常用方法和通用分析软件，构建可于本地运行的、能够完成大部分基因组重测序数据基础计算的软件包。软件包首先将质控过滤后的重测序数据与参考基因组序列进行比对，利用比对结果检测基因组的遗传变异，对群体进行系统发育分析、群体结构分析、主成分分析、遗传多样性重要量化指标的计算和选择性消除分析等，并通过R或Python语言工具包对分析结果进行可视化。根据该软件包对来自3个群体、共约30尾大黄鱼个体的简化基因组测序数据进行分析测试的结果，完成了软件包携带的测序数据比对、单核苷酸多态性(SNP)鉴定、系统进化树构建、群体结构预测、连锁不平衡检测和多样性指标等计算功能，并且较好地图形可视化了分析结果。该群体基因组重测序分析的简易软件包可用于野生和自然群体的群体遗传学分析的大部分基础统计、计算和绘图，适合包括水生生物学在内的相关领域的生物学研究者进行群体基因组学研究。本研究为水生动物重测序数据分析提供便利，节约科研时间，减少人力物力成本。相关源码和使用说明文档已公开上传至GitHub:https://github.com/xqteng/Re-seq＿analysis。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王力荣 朱更瑞 方伟超
国际遗传资源研究所1980 年编制的桃[Prunus persica ( L.) Batsch]种质资源评价系统对于所有的数量性状均无数值指标,中国1990 年出版的《果树种质资源描述符》中的桃仅个别性状具有数量指标或参照品种。本研究根据国家果树种质郑州桃圃1986～2002 的调查资料,建立了桃主要植物学数量性状描述规范。346～476份桃品种资源主要性状及其变异系数分别为花径19.55%,果实纵径14.24%、果实横径10.36%、果实侧径11.44%,核长度19.04%、核宽度10.86%、核厚度11.19%,叶长度7.9%、叶宽度10.55%和叶柄长度19.03%。根据其分布状况,提出...
关键词：
桃 种质资源 植物学数量性状 描述
[期刊] 西南农业学报
[作者]
韩学琴 金杰 刘海刚 李贵华 鲍忠祥 张德 何璐 袁理春
为建立数量化、规范化的麻疯树种质资源描述系统,以便更好地为麻疯树种质资源的研究服务,2011-2012年在云南省农业科学院热区生态农业研究所热带能源作物种质资源圃内对60份麻疯树品种(种质)资源的叶长、叶宽、叶柄长、花序长、雌花数、雄花数、雌雄花比例、果横径、果纵径、果形指数等10项植物学数量性状指标进行了测定,使用SAS软件进行数据统计分析并绘制各数量性状频率分布直方图。结果表明,雌雄花比例变异系数最大(32.07%),果形指数变异系数最小(4.18%);叶长、叶宽、花序长、雄花数、果纵径和果形指数为正态分布,其他4项性状数据为偏正态分布,雌雄花比例的偏态度最大(2.29),果横径的偏态度最...
[期刊] 林业科学
[作者]
周兰英 王永清 张丽 胡泽明
选择44个在杜鹃分类中的重要性状用SPSS10.0进行分析,其中二元性状18个、多元性状13个、数量性状13个。Q聚类采用平均欧氏距离平方系数,R聚类采用相关系数距离,聚类方法采用类间平均链锁法。Q聚类结果将46种杜鹃花属植物分为特征明显的2大类群,即有鳞类杜鹃和无鳞的常绿类杜鹃,在2大类群下的聚类结果与传统的形态分类基本吻合,但美容杜鹃和汶川星毛杜鹃的亚组归属值得商榷。R聚类结果表明性状被分为明显不同的组,鳞片出现部位、花器构造、外部器官尺寸等性状群内有较强的相关关系。主成分分析中,前3个主成分累积贡献率达60.39%,表明杜鹃分类中存在重要性状,主要是有无鳞片、有无腺体和毛被以及叶、花、果...
关键词：
杜鹃花属 数量分类 主成分分析 聚类分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
曹丽霞 陈贵林
分析了20份南瓜材料24个植物学性状的多样性,结果表明,中国南瓜、印度南瓜、美洲南瓜、裸仁南瓜和黑籽南瓜在皮壳质量、千粒重、根干质量、茎干质量、主茎长和果实性状上差异较大。主成分分析表明,种子长、种子宽、种子厚、皮壳质量、千粒重、子叶宽、茎干质量、主茎长、种仁质量、出仁率、种皮色、叶干质量和单瓜种子数是植物学多样性的主要指标。通过聚类分析,20份材料分为5个类群,与南瓜的传统分类基本一致,美洲南瓜与裸仁南瓜的亲缘关系最近,与印度南瓜和中国南瓜亲缘关系较远,与黑籽南瓜和华南大板最远。初步探讨了籽用南瓜的植物学多样性,筛选出1份优良的大白板型有壳籽用南瓜材料,并提出皮壳质量、千粒重、茎干质量、主茎...
关键词：
籽用南瓜 植物学性状 聚类 主成分分析
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
谭素娥 费江松 房伟民 陈发棣 滕年军
[目的]本文旨在探明菊属植物自交亲和性及自交后代部分性状表现,为菊属植物杂交育种提供中间材料。[方法]采用花药离体萌发、花药活体萌发的方法对22份菊属材料进行测定。通过对自交结实材料种子结实率和亲和指数的测定来判定菊属植物的自交亲和性。采用SPSS 20.0软件对自交后代与亲本进行性状差异分析。[结果]泉水野菊、成都野菊、狼山野菊、‘钟山金山’‘钟山金桂’‘钟山紫荷’‘钟山醉容’自交结实,自交结实率分别为1.39%、0.58%、1.07%、0.28%、0.68%、3.30%、0.21%,而‘Qx-017’
关键词：
菊属 自交不亲和 花粉萌发
文献操作()
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