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[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
潘亚丹 鲁翠云 孙志鹏 刘天奇 张渴新 郑先虎
为了筛选可用于遗传选育的标记，用微卫星标记分析了梭鲈快速生长品系F3群体的遗传结构，评估了不同基因型与生长性状（体质量、全长、体长、体高、体厚、头长、吻长、尾柄高、尾柄长）的相关性。遗传结构评估结果显示：群体平均等位基因数为4.5，观测杂合度为0.746(0.520～0.954)，期望杂合度为0.691(0.441～0.851)，平均多态信息含量为0.641(0.412～0.843)，群体处于高度多态水平（PIC>0.5）。基因型与性状关联分析结果显示38个微卫星标记与至少1个性状表现出不同程度的相关性（P<0.05），其中HLJSL018、HLJSL021、HLJSL022等21个标记与相应性状的相关性达到极显著水平（P<0.01）。9个性状检测到2～21个显著相关的微卫星标记，与体长呈显著相关的标记最少（HLJSL039和HLJSL042）(P<0.05)；与尾柄高呈显著相关的标记最多（21个），其中HLJSL018、HLJSL021和HLJSL022等11个标记与其呈极显著相关（P<0.01）。与体质量呈显著相关的标记有8个，其中HLJSL018和HLJSL067与其呈极显著相关（P<0.01）。以高于总体均值且比例达5%以上为优势基因型的筛选标准，在38个标记共获得195个优势基因型，每个标记获得1～10个优势基因型，其中HLJSL073获得优势基因型最少，HLJSL079获得优势基因型最多。本研究评估了梭鲈选育群体的遗传结构，获得了与性状显著相关的标记，研究结果可用于指导梭鲈遗传选育。
关键词：
梭鲈 基因型 生长性状 关联分析
[期刊] 水产学报
[作者]
刘浩 白俊杰 李胜杰 樊佳佳 全迎春
ｇｈｒｅｌｉｎ是脊椎动物的一种脑肠肽，有促进摄食的功能，并能促进生长激素（ｇｈ）释放，参与能量平衡调控和糖类代谢。为探索ｇｈｒｅｌｉｎ基因多态性与大口黑鲈生长性状的相关性，针对大口黑鲈ｇｈｒｅｌｉｎ基因的启动子序列，实验采用直接测序法获得了２个ＳｎＰＳ位点：Ｓ１（Ａ－６４２Ｃ）和Ｓ２（Ａ－６３９Ｃ）。随机选取同批繁殖、同塘养殖的大口黑鲈采用ＳｎＡ ＰＳｈｏｔ方法进行ＳｎＰＳ位点检测和分型。结果显示，实验群体在ｇｈｒｅｌｉｎ基因２个ＳｎＰＳ位点上基本处于哈温平衡，Ｓ１和Ｓ２共组成５种双倍型（Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３、Ｄ４和Ｄ５）。基因型与生长性状的相关性分析结果表明，Ｓ１位点ＡＣ型个体在体高与全长上显著．．．
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
赵宪林 曹少杰 王若勇 颜伟俊
【目的】探讨POU1F1基因的多态性与藏羊生长性状之间的关联性,寻找与藏羊生长性状相关的分子标记。【方法】利用DNA测序方法检测藏羊POU1F1基因的多态位点并对其进行基因分型,分析单一多态位点不同基因型及双倍型与藏羊生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因第4内含子上检测出1个多态位点g.14205G>A,在第5内含子上检测出2个多态位点g.15223G>A和g.15286A>G。关联性分析表明,g.14205G>A位点上AA基因型的体质量和体长分别极显著(P<0.01)和显著(PA位点上GG基因型
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
谭义洲 丁考仁青 褚敏 郭宪 马晓明 包鹏甲 阎萍 梁春年
[目的]探索欧拉型藏羊解偶联蛋白2(UCP2)和解偶联蛋白3(UCP3)基因的多态性及其与生长性状的关联性,为运用分子标记辅助育种方法提高欧拉型藏羊的生长性状提供理论依据。[方法]以239头成年欧拉型藏羊为试验对象,采用PCR产物直接测序技术检测UCP2和UCP3基因的遗传多态性,并将其与体质量、体高、体斜长和胸围生长性状进行关联性分析。[结果]在欧拉型藏羊UCP2基因上筛选出2个SNPs位点,分别为g.52130414C>T和g.52130584 G>A,其中g.52130414 C>T位点产生TT、CT和CC 3种基因型,g.52130584 G> A位点产生AA、AG和GG 3种基因型;在UCP3基因上筛选出1个SNP位点g.52157335 C>T,产生CC、CT和TT 3种基因型。基因多态性分析表明,3个SNPs位点均为错义突变位点,属于中度多态,且均符合Hard-Weinberg平衡适应性检验(P>0.05)。关联分析结果显示,UCP2基因g.52130414 C>T位点TT基因型欧拉型藏羊体质量显著高于CT基因型(PA位点AA基因型欧拉型藏羊体质量和体斜长均极显著高于AG和GG基因型(P<0.01),AA和GG基因型欧拉型藏羊胸围均显著高于AG基因型(PT位点CC基因型欧拉型藏羊体质量显著高于CT基因型(P<0.05),TT基因型欧拉型藏羊胸围显著高于CT基因型(P<0.05)。3个多态位点基因型组合分析发现,5个发生频率较高的双倍型中,D5型欧拉型藏羊体质量极显著高于D1、D2、D3型(P<0.01),体高显著高于D3型(P<0.05),体斜长显著高于D1、D3、D4型(P<0.05)且极显著高于D2型(P<0.01)。[结论]UCP2和UCP3基因多态性与欧拉型藏羊的部分生长性状显著相关,UCP2和UCP3基因可作为欧拉型藏羊生长性状选育的候选基因。D5双倍型为优势基因型,可在选育工作中优先考虑。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
宋成义 赵芹 高波 王宵燕 吴晗 周辉云 经荣斌 毛九德
【目的】获得猪POU1F1基因启动子区的多态信息,揭示其在不同品种中的分布特点,阐明其与生长性状的关联性。【方法】采用PCR克隆、DNA测序和PCR-RFLP技术进行POU1F1基因启动子区多态分析,利用一般线形模型分析其与生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因1.5 kb的启动子区域内发现5个多态位点;其中,5 bp短片段插入或缺失突变的A等位基因频率在引入品种猪中最高,在培育品种中中等,在中国地方品种最低。一般线形模型分析表明,该多态位点与猪的生长性状存在显著相关。多重比较分析发现,AA基因型个体的体高、体长、胸围和体重显著高于AB和BB基因型个体(P<0.05),而AB和BB基因型...
关键词：
猪 POU1F1基因 多态 生长性状
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
刘德武 杜颖军 张豪 吴珍芳 张细权 杨关福
根据猪Leptin基因的已知序列设计引物(序列号:U66254、AF026976),PCR扩增产物用变性高效液相色谱技术(DHPLC)和直接测序法进行单核苷酸多态性(SNP)筛查,对其中的4个SNP位点(C3469T、C3952G、C4115T和C4227T)进行基因型与生长性状的关联分析。结果共获得35个多态位点,其中C4115T和C4227T位点在长蓝F2资源群中分别缺少1个基因型,且与各性状相关不显著;C3469T位点与猪的平均日增重存在极显著相关(P<0.01),TT型和CC型显著高于TC型;C3952G位点与猪的体长和眼肌面积等存在一定相关(P<0.1)。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
崔爱君 徐永江 王滨 姜燕 柳学周
利用2b-RAD技术对119尾黄条(鱼师） (Seriola lalandi)个体进行测序，共获得黄条(鱼师）SNP分子标记26665个，对黄条(鱼师）个体的体质量和全长这2个重要生长性状进行全基因组关联分析，筛选与体质量和全长性状相关的SNP位点和候选基因。结果显示，黄条(鱼师）体质量性状中共筛选到17个体质量显著关联的SNP位点，找到17个可能的候选基因，全长性状共筛选到12个潜在显著关联位点，找到12个可能的候选基因。利用KEGG数据库对可能的候选基因进行Pathway分析，得知候选基因主要参与了细胞或组织生长发育相关的代谢通路调控过程，可能是影响黄条(鱼师）生长性状密切相关的重要候选SNP位点和功能基因，结果可为今后黄条(鱼师）种质资源可持续利用和育种提供遗传信息资料积累。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
熊琪 张年 李小姗 李晓锋 索效军 杨前平 陶虎 陈明新
为研究SKIP基因对山羊生长发育的影响,并寻找与山羊生长性状相关的分子标记,利用绵羊与牛SKIP基因的同源序列设计引物,RT-PCR扩增得到一段长1 350bp的山羊SKIP基因表达序列,包括其完整编码区序列,编码449个氨基酸的蛋白。通过序列Blast比较和系统发育树的构建,发现山羊SKIP与绵羊SKIP序列相似性最高(99.52%)。利用生物信息学分析SKIP蛋白的理化性质,预测SKIP蛋白分子质量为52ku,等电点为5.18,包含典型的疏水区域和磷脂酰肌醇5-磷酸磷酸酶结构域,定位在细胞质(60.9
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
彭娜 曾丹 王晓清 王佩 罗志嘉 李潇 周先文
采用四引物扩增受阻突变体系PCR法对中华鳖的2个SNP位点进行验证,并统计其基因型频率。采用方差分析法分析2个SNP位点与中华鳖6个生长性状(体质量、背甲长、背甲宽、腹甲长、体高和裙边宽度)的差异。结果显示,只有A–1609G位点上的体高和裙边宽度有显著差异;这2个SNP位点的不同基因型共组成6种双倍型(去掉频率小于3%的双倍型D1、D6和D9),ANOVA分析结果表明这6种双倍型的6个生长性状间均存在显著差异,D4双倍型6个生长性状的均值最大,属于生长优势双倍型。筛选到的IGF2基因上的2个SNP位点具
[期刊] 西南农业学报
[作者]
周迪 蒋桂荣 欧仁 谢艳 李波 王燕 杨蓉 李俊 沈银 敖叶 王昌毅
【目的】探究PPP3CA基因对赤水乌骨鸡生长性状的影响，为赤水乌骨鸡的遗传改良、分子育种提供依据。【方法】以赤水乌骨鸡为研究对象。采用PCR扩增和直接测序技术对其PPP3CA基因全部外显子进行多态位点筛选，运用RNAfold WebServer和Structural Bioinformatics Group在线软件预测PPP3CA蛋白质二级结构和三级结构，计算基因频率、基因型频率、纯合度、杂合度、有效等位基因数和多态信息含量，并对HardyWeinberg平衡状态进行分析；采用SPSS对不同多态位点所对应的基因型与体尺指标进行相关性分析。【结果】在外显子7处发现C29T、T50C和T63G共3个错义突变位点，外显子16处发现1个错义突变位点G720A；χ~(2)检验表明上述几个基因座均偏离Hardy-Weinberg平衡状态；C29T位点突变的CC型显著提高个体的体重、骨盆宽和胸围；T50C位点突变的CC型显著提高个体的体重、胫长和龙骨长；T63G位点的TT型显著提高个体的胫长和龙骨长；G720A位点的AA型极显著提高个体的胫长和龙骨长，CC型显著提高个体的体斜长。C29T位点的CC型、T50C位点的CC型、T63G的TT型和G720A位点的AA型均为优势基因型，但C29T和T50C位点碱基突变为不利突变，而T63G和G720A位点的突变为有利突变，且G720A位点更有利于赤水乌骨鸡生长，可作为赤水乌骨鸡分子标记辅助选育参考位点。【结论】本研究首次探讨PPP3CA基因与鸡生长性状的相关性，并在家鸡的PPP3CA基因外显子中发现4个多态位点，表明PPP3CA基因对赤水乌骨鸡生长性状具有一定影响，可作为赤水乌骨鸡分子标记辅助选育参考位点，研究结果可为今后赤水乌骨鸡的遗传改良育种提供参考依据，并为进一步研究鸡PPP3CA基因奠定了基础。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李爱民 马云 杨东英 蓝贤勇 胡沈荣 雷初朝 张春雷 陈宏
【目的】揭示鲁西牛ANGPTL6(angiopoietin-like protein 6)基因的遗传变异特征,发现与鲁西牛生长性状显著相关的候选分子标记,为鲁西牛分子育种积累基础资料。【方法】以183头鲁西牛血样为材料,运用DNA池测序和PCR-RFLP等技术检测ANGPTL6基因的序列变异。【结果】检测到鲁西牛ANGPTL6基因内含子中3个新的SNPs。χ2检验表明这3个多态位点均处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05)。遗传变异特征分析显示,T2359C和G3258T位点属于中度多态性,C2403A位点属于低度多态性。连锁不平衡和单倍型分析表明,鲁西牛ANGPTL6基因3个多态位点之间为弱...
[期刊] 水产学报
[作者]
于凌云 白俊杰 樊佳佳 李小慧 叶星
采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术对大口黑鲈肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因全序列进行了SNPs位点筛选和分型,共筛选到2个单核苷酸多态性(SNPs)位点(C-1453T和T+33C),其中C-1453T位于启动子E8box和Octamer(+)调控元件之间的区域,T+33C的突变位于第一外显子区域,属于同义突变,氨基酸没有发生变化;利用一般线性模型分析单标记位点与大口黑鲈生长性状(体重、体长、体高、体宽和眼间距)相关性,均未达到显著水平(P>0.05)。将2个SNPs位点不同基因型组合成6种双倍型(去掉频率小于3%的组合),关联分析表明,双倍型D2在体重、体长、体高...
[期刊] 水产学报
[作者]
李胜杰 姜鹏 樊佳佳 白俊杰 李锐 朱新平
肌球蛋白是肌肉细胞的重要组成成分,影响肌纤维的组成和肌肉生长。为了研究肌球蛋白重链(MYH)基因多态性与大口黑鲈生长性状的相关性,本研究采用PCR技术扩增得到编码区序列全长为9759 bp的大口黑鲈MYH基因,该基因包含37个外显子和36个内含子,编码1940个氨基酸。采用直接测序法在MYH基因上筛选到8个单核苷酸多态性标记(SNP)位点(A-305G、G-558C、A-2784C、A-2816G、T-4765A、C-6206T、C-6811T和G-6935T),有4个位于外显子上,其中2个属于同义突变。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张跃环 武祥伟 秦艳平 肖述 马海涛 李军 张扬 喻子牛
为进一步检测熊本牡蛎(Crassostrea sikamea)多嵴和无嵴品系F3的连续选择反应,以2个品系F2上选组为材料,开展2个品系F3混合上选研究,评估2个品系F3生长性状的选择反应、现实遗传力及遗传改进量,解析选育过程中选择效应、品系效应及二者交互作用对生产性状的影响。结果表明:多嵴品系F3生长性状具有较高的现实遗传力,表现出较好的遗传改良效果;无嵴品系F3表现出中等现实遗传力水平,但仍具有一定程度的遗传改良潜能。养成期360日龄时,多嵴品系子代壳高、鲜重的选择反应分别为0.70、0.76;现实遗
[期刊] 中国水产科学
[作者]
徐磊 白俊杰 李胜杰
选择已经获得的8个与大口黑鲈(Micropterus salmoides)生长性状相关的分子标记,其中4个单核苷酸多态性标记分别位于IGF-I、POU1F1、PSSIII和MSTN基因上,4个微卫星位点分别是JZL60、JZL67、MisaTpw76和MisaTpw117。从养殖群体中筛选出具有4个以上优势基因型数量的大口黑鲈亲鱼20尾进行群体繁殖,其中雌鱼9尾,雄鱼11尾。所产子代进行同塘饲养,9月龄时随机挑选288尾进行体质量测量与STR基因分型。结果显示:子代体质量为103~401 g,含有生长优势基因型的数量在1~6之间,含有1~6个生长优势基因型的个体其平均体质量依次为227.83、...
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