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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
周鹏 张士伟 翟锐 王志刚 徐凌飞
【目的】从早酥梨及其红皮芽变基因组中分离Ｔｙ１－ｃｏｐｉａ反转录转座子全长序列，分析序列特点，并基于其中长末端重复序列（ＬＴＲ）建立ｉＲａｐ分子标记体系。【方法】以早酥梨及其红皮芽变和极早熟芽变植株叶片为试材，根据已知的Ｔｙ１－ｃｏｐｉａ反转录转座子保守区域设计引物，利用同源克隆技术得到目的基因。根据基因两端ＬＴＲ序列设计引物，建立ｉＲａｐ分子标记体系，并对早酥梨及其芽变进行遗传分析。【结果】从早酥梨基因组中获得２条Ｔｙ１－ｃｏｐｉａ反转录转座子全长序列，分别命名为ｐｂＴｙＺＳ１和ｐｂＴｙＺＳ２，长度分别是９ ３６３和９ ６３２ｂｐ。从红色芽变基因组中获得１条序列，命名为ｐｂＴｙＲＭ１，长度为．．．
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
周鹏 仇宗浩 翟锐 梁东 徐凌飞
【目的】从早酥梨及其红色芽变基因组中克隆Ty1-copia反转录转座子逆转录酶序列,分析其特点和差异。【方法】根据Ty1-copia反转录转座子逆转录酶保守区域设计简并引物,建立并优化PCR扩增体系,回收、克隆、测序得到的目的基因序列。【结果】成功从早酥梨基因组和红色芽变材料中分别获得29,30条逆转录酶序列,序列大小均为260bp左右。生物信息学分析表明,与早酥梨相比,红色芽变的逆转录酶序列多发生终止子突变、缺失突变、替换突变。聚类分析可将所得序列分为7个家族,基于逆转录酶序列进行的不同物种进化树分析显示,第7家族序列与苹果和李具有很高的同源性,可能是反转录转座子横向传递的结果。【结论】早酥...
关键词：
梨 红色芽变 逆转录酶 进化分析
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
郭红媛 贾举庆 张莉 靳艳婷 侯莎莎 杨武德
为研究转座元件(Transposable elements,TES)在燕麦中的表达模式,以14个Ty1-copia型反转录转座子和3个Ty3-gypsy型反转录转座子序列为种子序列对燕麦属(Avena)表达序列标签(EST)数据库中的Ty1-copia和Ty3-gypsy型反转录转座子进行检索和分析。结果表明:燕麦根中反转录转座子的频率显著高于叶(P<0.05);强降雨模式的胁迫环境下叶组织中反转录转座子的EST频率显著高于大气降雨下的(P<0.05),约为正常条件下的(E
[期刊] 西南农业学报
[作者]
魏跃 颜志明 吴志明 江彪 张蜀宁
采用植物Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物,经PCR扩增从矮牵牛(Petunia hybrida Vilm.)中扩增出260 bp左右的目标条带,扩增产物经测序及序列分析,总共获得了24条逆转录酶序列。结果表明,24条逆转录酶序列长度变化范围为260~272 bp,同源性范围为49.8%~97%,经核苷酸聚类分析分为7个家族。Ty1-copia类逆转录酶在序列长度、碱基组成上具有高度异质性,翻译成氨基酸后,有18条序列是完整的,另外6条序列出现终止密码子突变或移框突变,终止密码子突变和移框突变是矮牵牛Ty1-copia类逆转座子高度异质性的重要表现。与已登陆的不同植物物种...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
崔博文 范付华 丁贵杰 杨章旗 文晓鹏
［目的］为了丰富马尾松遗传信息，开发更多适用于马尾松的新型分子标记。［方法］依据马尾松Ｔｙ１－ｃｏｐｉａ类型和Ｔｙ３－ｇｙｐｓｙ类型反转录转座子ＲＴ序列的保守区域设计引物，建立了马尾松ｉＲａｐ－ｐｃＲ技术体系并以１２个基因型个体为材料进行验证。［结果］４２条引物中筛选出多态性丰富、重复性好的２９条进行ｐｃＲ扩增，共获得２２７条谱带，其中多态性条带２０７个，多态性比例为９１．１９％，平均观测等位基因数（Ｎａ）为１．９１１ ９±０．２８４ １，有效等位基因数（Ｎｅ）为１．４６８ ０±０．２８８ ２，Ｎｅｉ’ｓ基因多样性指数（Ｈ）为０．２９１ １±０．１４４ ９，ｓＨａＮＮｏＮ’ｓ信息指数（ｉ）为０．．．
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
江树业 孙梅 何予卿 陈洪 陈启锋
本研究首次报道了籽粒苋中也存在 copia类反转录转座子 ,进一步验证了 copia类反转录转座子广泛存在于高等植物中 .采用 PCR方法分离鉴定了来自 4个种 2 7个基因型中的 5 3个 RT酶区序列 .序列分析表明 ,籽粒苋中的 copia类反转录转座子不但具有长度多样性、种间多样性、种内多样性 ,而且来自相同基因型的反转录转座子之间也存在高度异质性 .Southern杂交分析表明 ,籽粒苋中的 copia类反转录转座子以多拷贝形式存在 .Northern杂交分析表明 ,籽粒苋中的 copia类反转录转座子可能失去了转座活性 .本研究还对采用 PCR技术分离全长的 copia类反转录转座...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
孙俊 房经贵 王飞 孙其宝 章镇 王昆
应用改良的Pearce方法分离苹果Ty1-copia类逆转座子RNaseH-LTRs,分离到的RNaseH-LTR_(10)序列已在GenBank注册(登录号DQ534515),该序列长度为299 bp。分析结果表明其5′端为含有终止密码子的RNaseH基因,PPT(polypurinetract)之后是3′-LTR,PPT起始于终止密码子内10 bp处,3′-LTR的起始标志末端倒转重复序列(inverted repeat,IR)TG紧随其后。LTR_(10)的正链和反链均含有多个启动子的特征结构TATA box和CAAT box,α-淀粉酶启动子的保守序列及受不同胁迫条件作用的调控元件,如...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
郭玉双 陈静 刘筱嘉 余世洲 余婧 林世锋 邹颉 付强 张孝廉 赵杰宏 任学良
［目的］分析烟草中ＬＴＲ类反转录转座子对植物生长发育的影响。［方法］利用同源克隆及ＲＡＣＥ的方法，从烟草栽培品种‘贵烟１号’Ｃ ＤＮＡ中克隆得到了１个烟草反转录转座子的全长Ｃ ＤＮＡ序列，命名为ＮＴＲＴ１（ＧＥＮ ＢＡＮｋ登录号：ｋＣ８９９０７７）。利用实时定量ＲＴ－ＰＣＲ研究了该基因在烟草不同组织中的表达水平；构建了基于双生病毒卫星诱导的ＮＴＲＴ１的基因沉默载体，以中国番茄黄化曲叶病毒（ＴｏｍＡＴｏ ｙＥＬＬｏｗ ＬＥＡｆ ＣｕＲＬ ＣｈｉＮＡ ｖｉＲｕｓ，ＴｙＬＣＣＮｖ）为辅助病毒在烟草中沉默了该基因，并调查了基因沉默后的表型。［结果］序列分析表明：该基因全长５ ０４６ ＢＰ，编码３个ｏＲ．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
石凤敏 云锦凤 赵彦 张瑞霞
以蒙古冰草DNA为模板,采用PCR扩增的方法从蒙古冰草(Agropyron mongolicumKeng)中分离得到了一个类反转录转座子基因序列,命名为MwRRT(GenBank:GQ855806.1)。序列分析结果表明:该序列长为1 005 bp,包含780 bp的开放阅读框,编码260个氨基酸。经GenBank中BLAST程序分析表明,该片段98~255处氨基酸与水稻(Oryza sativa)预测逆转录转座子蛋白Ty3-gypsy亚类、预测种属特异抗原—聚合酶(Gag-Pol)前体和预测聚合酶氨基酸同源性为47%;与高粱(Sorghum bicolor)的预测GAG-POL前体氨基酸同源...
关键词：
蒙古冰草 反转录转座子 克隆
[期刊] 中国水产科学
[作者]
丁炜东 曹丽萍 曹哲明 邴旭文
转座子是动植物基因组的重要组成部分，在前期研究中发现建鲤（Ｃｙｐｒｉｎｕｓ Ｃａｒｐｉｏ ｖａｒ．ｊｉａｎ）基因组中存在一个ｔｙ３－ｇｙｐｓｙ反转录转座子类型的转座子，并将其命名为ｊｒＥ转座子（ｊｉａｎ Ｃａｒｐ ｒＥｔｒｏｔｒａｎｓｐｏｓｏｎ，ｊｒＥ）。为了研究ｊｒＥ反转录转座子在建鲤基因组中的功能，采用ｐＣｒ扩增、荧光定量ｐＣｒ和原位杂交等方法对ｊｒＥ转座子的特性进行了研究。ｊｒＥ反转录转座子全长５１２６ ｂｐ，具有５？端４７０ ｂｐ和３？端４５３ ｂｐ长末端重复片段（ｌｏｎｇ ｔＥｒｍｉｎａｌ ｒＥｐＥａｔ Ｅｎｄ，ｌｔｒ），中间的开放阅读框（ｏｒＦ）包括核心蛋白基因（ｇａｇ）和酶基因区．．．
关键词：
建鲤 反转录转座子 拷贝数 原位杂交
[期刊] 林业科学
[作者]
胡慧 周明兵 杨萍 汤定钦
【目的】微型颠倒重复序列（ＭＩＴＥ）是ＤＮＡ转座子中一类依赖自主转座子提供的转座酶进行转座的非自主转座子。以毛竹中与水稻Ｍ ＰＩＮｇ同源的ＭＩＴＥ——Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１为例，研究Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１的结构特点和转座特性，并分析Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１的转座对其附近基因表达的影响，进而了解转座子对毛竹基因组多态性形成和基因表达调控的作用。【方法】利用ＭＥｇＡ５．１，ＤＮＡｓＴＡｒ，ＷＥｂ Ｌｏｇｏ ３－ＣｒＥＡＴＥ等软件对Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１的末端反向重复序列（ＴＩｒ）、靶位点重复序列（ＴｓＤ）、插入位点序列偏好性等进行系统的研究和分析，并计算Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１在毛竹基因组中的插入时间．．．
[期刊] 林业科学
[作者]
胡慧 周明兵 杨萍 汤定钦
【目的】微型颠倒重复序列(MITE)是DNA转座子中一类依赖自主转座子提供的转座酶进行转座的非自主转座子。以毛竹中与水稻m Ping同源的MITE——Ph Tourist1为例,研究Ph Tourist1的结构特点和转座特性,并分析Ph Tourist1的转座对其附近基因表达的影响,进而了解转座子对毛竹基因组多态性形成和基因表达调控的作用。【方法】利用MEGA5.1,DNAStar,Web Logo 3-Create等软件对Ph Tourist1的末端反向重复序列(TIR)、靶位点重复序列(TSD)、插入位点序列偏好性等进行系统的研究和分析,并计算Ph Tourist1在毛竹基因组中的插入时间...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
押辉远 王卫东 谷运红 秦广雍
用转座子显示技术研究了小麦反转录转座子Wis2-1A在剂量为5×1017N+/cm2的低能离子束处理后的转录对其邻近基因表达的影响,结果发现,在较高剂量下,由于Wis2-1A的高水平转录导致其邻近的某些基因沉默.
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陶金 乔光 文晓鹏 刘涛 彭志军
基于火龙果Ty1-copia类反转录转座子的长末端重复序列信息设计引物,采用5因素4水平L16(45)的完全随机正交试验,对Mg2+浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶用量、引物浓度和DNA含量进行优化,建立火龙果IRAP分子标记反应体系。结果表明,25μL反应体系含基因组DNA 20ng、2.5mmol/L MgCl2、0.10mmol/L dNTPs、10×PCR Buffer 2.5μL、Taq DNA聚合酶0.75U、0.25μmol/L LTR引物,0.080g/mL的非变性PAGE胶适于IRAP多态性检测。
[期刊] 华北农学报
[作者]
贾甜甜 郭大龙 侯小改 刘改秀 王丽娜 张修铭 李双双
以牡丹基因组为模板,利用简并引物进行PCR扩增,得到了编码Ty1-copia类反转录转座子反转录酶(RT基因)的序列,测序后所得序列长度为240 bp,包含2个开放读码框,共编码63个氨基酸。经NCBI中BLAST比对结果显示,洛阳红牡丹RT基因与枸杞、甜菜等RT基因的同源性均在70%以上。经MEGA和DNAstar软件分析表明,该片段在进化上与梅、杨、茶和苹果等落叶木本植物的同源性序列存在更高的同源性和更近的亲缘关系,与枸杞、鹰嘴豆、番茄、草莓等草本植物的同源性序列亲缘性较远。
关键词：
牡丹 反转录转座子 RT基因 克隆
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