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年份: 2024(1); 2016(1)

作者: 张(2); 王(2); 乐(1); 亚(1); 亚龙(1); 刘(1); 华(1); 吝(1); 姜(1); 婷(1); 康(1); 彭(1); 斐(1); 春(1); 晨(1); 李(1); 李玉(1); 杰(1); 欧(1); 段(1); 淑(1); 然(1); 燕(1); 玉(1); 舒(1); 艳(1); 苓(1); 茂(1); 茹(1); 蒙(1)

学科: 及其(1); 害(1); 梨(1); 植(1); 植物(1); 治(1); 物(1); 虫(1); 虫害(1); 防(1); 防治(1)

机构: 业(2); 作物(2); 农(2); 农业(2); 大学(2); 学院(2); 实验(2); 实验室(2); 室(2); 研究(2); 资源(2); 部(2); 重点(2); 业大(1); 中国(1); 中国农业(1); 主任(1); 人大(1); 人大常委会(1); 会(1); 保(1); 保护(1); 全国(1); 全国人(1); 全国人大(1); 全国人大常委会(1); 农业大学(1); 农业科学(1); 农业部(1); 农村(1)

基金: 农(2); 划(2); 国家(2); 家(2); 科学(2); 计划(2); 项目(2); 03(1); 1001404(1); 11(1); 18(1); 18zda324(1); 20110204110001(1); 2012(1); 2012bak11b03(1); 2019(1); 2019yfd1001404(1); 31071687(1); 324(1); astip(1); b(1); bak(1); caas(1); caas-astip(1); yfd(1); zda(1); 一(1); 专项(1); 业(1); 中国(1)

期刊: 农(2); 农林(2); 大学(2); 学学(2); 学报(2); 林(2); 版(2); 科学(2); 科技(2); 科技大(2); 科技大学(2); 自然(2); 自然科(2); 自然科学(2); 西北(2)

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梨PucA CO、PucA CS基因家族鉴定及其生物信息学分析

[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版) [作者] 刘亚龙欧春青张艳杰李舒然王晨吝茹雪姜淑苓王斐

【目的】对梨Puc ACO、Puc ACS基因家族进行生物信息学分析,为进一步研究Puc ACO、Puc ACS基因家族在梨生长发育过程中的功能奠定基础。【方法】在‘中矮1号’基因组中鉴定出梨Puc ACO、Puc ACS基因家族,利用Ex PASy、Plant-m PLo、Net Phos等软件分析Puc ACO、Puc ACS蛋白的理化性质,使用TBtools分析Puc ACO、Puc ACS基因家族的基因结构、构建进化树及共线性分析,使用Swiss-Model、I-TASSER、ROBETTA预测Puc ACS、Puc ACO蛋白的3D模型,并使用SAVEs6.0对其进行质量评估,再使用VMD对Puc ACO、Puc ACS蛋白的三级结构进行美化。【结果】共鉴定出8个梨Puc ACO基因和8个梨Puc ACS基因,其中梨Puc ACO基因编码蛋白长度为226～322个氨基酸,核苷酸序列一致性及氨基酸序列同源性分别为38.05%～99.78%和29.39%～99.70%,相对分子质量为25.75～36.54 ku,等电点为5.07～5.84;所有Puc ACO基因编码的蛋白质均为亲水性蛋白质,部分为不稳定蛋白,亚细胞均位于细胞质中,脂肪系数为76.13～89.25,热稳定性比较好。梨Puc ACS基因编码的蛋白长度为432～794个氨基酸,核苷酸序列一致性及氨基酸序列同源性分别为31.79%～100%和30.00%～100%,相对分子质量为48.41～89.77 ku,等电点为5.48～8.41;不稳定系数均大于40,为不稳定蛋白质;Puc ACS2位于细胞质中,其余均位于叶绿体中;脂肪系数为77.17～84.40,热稳定性较好,均为亲水性蛋白质。Puc ACS和Puc ACO蛋白生物学功能主要以丝氨酸磷酸化修饰为主,均不含信号肽位点,无跨膜结构,且不含GPI锚定蛋白位点。二级结构预测结果表明,Puc ACS、Puc ACO蛋白质结构均以α-螺旋和无规则卷曲为主,Puc ACS中包含多个保守的脯氨酸,Puc ACO中包含多个保守的组氨酸。梨Puc ACS基因家族分为3类,Puc ACO基因家族可以分为2类,Puc ACS、Puc ACO家族各成员的基因结构和保守基序差异较小,内含子数量和所包含的基序大致相同。梨Puc ACS、Puc ACO基因家族启动子顺式作用元件分析结果表明,该启动子中存在多种与植物生长调控、植物激素调节、逆境诱导等相关的作用元件。拟南芥与梨共存在24对共线性关系,其中Puc ACS家族与拟南芥构建了16对共线性关系,Puc ACO家族与拟南芥构建了8对共线性关系。梨物种内部的共线性分析结果表明,Puc ACO家族之间存在3对共线性关系,Puc ACS家族之间存在4对共线性关系。【结论】鉴定出8个梨Puc ACS基因和8个梨Puc ACO基因,其生物信息学分析结果丰富了梨Puc ACS和Puc ACO基因的分子生物学理论。

关键词：梨遗传育种 Puc ACS Puc ACO 生物信息学基因结构蛋白质结构

基于线粒体COⅠ和COⅡ基因的沙果小食心虫与梨小食心虫的分子鉴定

[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版) [作者] 王康李玉婷郑燕段辛乐张蒙彭雄陈茂华

【目的】建立基于线粒体ＣＯⅠ和ＣＯⅡ基因序列的沙果小食心虫、梨小食心虫分子鉴定方法。【方法】田间采集试虫，利用ＰＣＲ和基因测序技术，扩增２种食心虫的线粒体ＣＯⅠ和ＣＯⅡ基因，将获得的ＣＯⅠ和ＣＯⅡ基因序列在ＧｅｎＢａｎｋ中进行ＢＬａＳＴ比对，并通过ＧｅｎｅＤＯＣ软件分析基因序列相似性，利用ＭｅＧａ５．０５软件分别计算基于ＣＯⅠ和ＣＯⅡ基因序列的遗传距离，并分别构建ＣＯⅠ和ＣＯⅡ基因的系统发育树。【结果】在分析的２种食心虫样本中，沙果小食心虫ＣＯⅠ基因的种内相似度在９９．４％以上，梨小食心虫ＣＯⅠ基因的种内相似度在９９．６％以上，２种食心虫ＣＯⅠ基因的种间相似度为９５．０％～９５．６％；沙果小．．．

关键词：沙果小食心虫梨小食心虫 COⅠ基因 COⅡ基因单倍型分子鉴定

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