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[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
许靖诗 乌云塔娜 叶生晶 王淋 冯延芝
目前在梨种质研究中仍然缺乏足够的SSR引物,因此筛选多态性丰富的SSR标记引物,为进一步研究梨种质资源的群体遗传学特征等提供参考。运用SSR标记技术,从初选后的42对SSR引物中筛选出多态性好、稳定性高的引物。筛选出的12对引物对40个梨样的DNA序列进行了SSR-PCR扩增,共检测出159个等位基因,平均每个位点检测到13.25个等位基因;平均每个等位基因有效数目为1.236 4,平均I值为0.286 6,平均Nei指数值为0.165 3;系统聚类分析表明,所有样品可以分为3个类群,即栽培梨、日本梨、野生秋子梨。筛选的12对多态性丰富的SSR引物适合用于梨种质资源群体遗传学特征分析,为梨种质...
关键词：
梨 种质资源 SSR分子标记 引物筛选
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
韩志强 任勇谕 夏宇飞 耿喜宁 杜康 康向阳
【目的】针对毛白杨优树种质资源形态学差异小、不易区分等问题,利用多态SSR引物构建优树种质资源指纹图谱,为毛白杨种质资源管理、新品种选育、知识产权保护等提供参考。【方法】本研究以山东冠县毛白杨种质资源库469个优树无性系为对象,从毛白杨SSR多态引物筛选入手,通过荧光SSR引物PCR扩增和毛细管电泳仪检测筛选SSR引物,并构建指纹图谱。【结果】在2 317对SSR引物中,共计得到清晰、特异、多态、稳定扩增的SSR引物406对,这些SSR引物在19条染色体上的分布数量介于3～39对之间,利用BLAST比对分析可将其中389对SSR引物定位到毛果杨基因组,构建了毛白杨优树种质资源多态SSR引物库。应用多态性较高的SSR核心引物,以及特异的SSR辅助引物相结合的技术策略,筛选出25对多态性较高的SSR核心引物,以及13对特异的SSR辅助引物,构建了毛白杨种质资源库内469个优良无性系指纹图谱库,并完成了指纹图谱的QR编码。【结论】本研究成功构建了毛白杨种质资源多态SSR引物库和优树无性系指纹图谱库,对与毛白杨类似的林木种质资源遗传变异研究以及品种鉴定、系谱分析等具有重要意义。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王红霞 张志华 赵书岗 赵悦平 玄立春
以亲缘关系较近的辽宁1号、辽宁2号、辽宁3号、辽宁6号、辽宁8号为试材,将AFLP技术体系在核桃研究上进行优化,并筛选出20对多态性高的AFLP引物组合,用于核桃种质遗传多样性分析。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈冬梅 陈祥旭 孙红艳 林瑞余 林文雄
以来自国内外的289份大麦品种和90份小麦品种为材料,进行室内化感潜力评价和田间试验考察其抗草性能,结果表明,供试大麦材料中有36个品种(占总数12.5%)显示出较强的化感作用潜力;22个品种(占总数的7.9%)显示较弱或无化感作用潜力.54个田间抗草性能较好的大麦品种中37个品种在室内化感潜力评价中对莴苣根长的抑制率(inhibitoryrate,IR)>50%.从供试小麦材料中筛选出5个特强化感潜力品种,分别为81-214、115/青海麦、百泉3199、92L89和92H31,对莴苣根长的IR依次为69.1%、68.5%、68.7%、69.1%和65.2%;13个品种(占总数的14.4%)...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
康利允 李晓慧 高宁宁 梁慎 常高正 李海伦 王慧颖 徐小利 赵卫星
【目的】挖掘和筛选耐低氮、氮高效的甜瓜种质资源，提高甜瓜的氮效率。【方法】以59个甜瓜品种(系)为供试材料，采用田间试验进行施氮(CK,200 kg/hm~2)与不施氮(LN,0 kg/hm~2)处理，对甜瓜成熟期主要农艺性状、产量、氮吸收与利用等相关性状进行分析，研究不同甜瓜品种(系)间产量、氮素积累量及氮素生理利用率间的差异及相关性。【结果】施氮处理下不同甜瓜品种(系)果实纵径、果实横径、果肉厚、果形指数、单瓜重、叶干重、茎干重、果干重、植株干重等主要农艺性状的变异幅度为15.79%～22.96%,不施氮处理不同甜瓜品种(系)主要农艺性状的变异幅度为18.16%～30.93%;施氮处理下不同甜瓜品种(系)叶氮含量、茎氮含量、果氮含量、叶氮积累量、茎氮积累量、果氮积累量、植株氮积累量及氮生理利用率等氮吸收与利用相关性状的变异系数变化幅度为14.69%～26.00%,不施氮处理不同甜瓜品种(系)氮吸收与利用相关性状的变异系数变化幅度为16.40%～39.44%,不施氮处理甜瓜的主要农艺性状、氮吸收与利用相关性状的变异系数明显大于施氮处理，表明不同甜瓜品种(系)在耐低氮方面存在显著的遗传差异性，且氮素供应不足时更容易鉴别不同甜瓜品种(系)的耐低氮能力。相关分析表明，2种施氮水平下，甜瓜产量与果实纵径、果实横径、果实肉厚、果形指数、单瓜重、叶干重、茎干重、果干重、植株干重、叶氮积累量、茎氮积累量、果氮积累量、植株氮积累量均呈显著或极显著正相关。基于2种氮水平下的产量差异将不同甜瓜品种(系)耐低氮能力划分为4类，分别为双高效型、低氮高效型、高氮高效型和双低效型；2种氮水平下，4类氮效率品种间的产量、植株干重、植株氮积累量和氮生理利用率差异均达到极显著水平。【结论】双高效型和低氮高效型甜瓜对氮肥反应不敏感，在氮素供应不足时亦能吸收利用更多的氮素，获得较高的产量，适合低氮条件下种植，属于耐低氮型。
关键词：
甜瓜 氮效率 农艺性状 氮吸收与利用
[期刊] 林业科学
[作者]
刘果 张党权 谢耀坚 谷振军 章怀云
桉树是桃金娘科(Myrtaceae)桉属(Eucalyptus)、杯果木属(Angophora)和伞房属(Corymbia)3个属的树种总称,约有945种。桉树具有生长迅速、轮伐期短、耐干旱、耐贫瘠、适应性广等优良特性,且用途广、经济效益高,因此,桉树现已被世界近百个国家与地区引种,遍布于地中海地区、东南亚、美洲和非洲,目前已经成为世界第二大类造林树种(陈少雄等,2008;欧阳乐军等,2008;祈述雄,2006)。我国自1890年引种桉树以来,已有120
[期刊] 华北农学报
[作者]
王利英 乔军 石瑶 王振英 李素文
为应用分子标记建立一套快速准确的杂交种鉴定方法,利用已有的236对SSR分子标记对3个茄子品种进行多态性标记筛选,并进行待测品种的分子标记纯度鉴定以及田间纯度鉴定,获得特定品种的指纹信息。结果显示,筛选出用于茄子纯度鉴定的多态性引物15对,利用该系列引物进行纯度鉴定,品种1-2010、3-2010和9-2010纯度结果分别为98%,96%和100%,在此基础上获得了对应品种的指纹信息。应用SSR进行茄子品种纯度鉴定与田间检测结果一致,证明分子标记检测茄子杂交种纯度可行且高效,具有一定的理论和应用价值。
关键词：
茄子 纯度鉴定 多态性引物 SSR
[期刊] 林业科学研究
[作者]
王芳 廖柏勇 李培 刘明骞 李俊成 吴琳瑛 林玮 陈晓阳
［目的］借鉴以往楝属文献报道的ＳＳＲ引物，筛选高度多态性、稳定性高、重复性好的苦楝ＳＳＲ引物，为苦楝遗传图谱构建、ＱＴＬ定位和分子标记辅助选择育种等研究领域应用奠定基础。［方法］本研究采用单因素法和正交试验设计进行ＳＳＲ－ＰＣＲ反应体系优化，并利用该体系以８个不同种源的苦楝基因组ＤＮＡ为模板，从１３５对候选ＳＳＲ引物中进行引物筛选。［结果］苦楝ＳＳＲ－ＰＣＲ最优反应体系为：１．０μＬ ５０ Ｎｇ·μＬ～（－１）模板ＤＮＡ，１．２μＬ １００μｍｏＬ·Ｌ～（－１）引物，１．０μＬ １０ ｍｍｏＬ·Ｌ～（－１）Ｄ ＮＴＰＳ，０．８μＬ ２５ ｍｍｏＬ·Ｌ～（－１）ｍｇ～（２＋），０．１５μＬ ５ ．．．
关键词：
苦楝 SSR-PCR 体系优化 引物筛选
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赖运平 王丽容 何巧林 张浙峰 张新明 堵苑苑 余毅
为筛选一组适合甘蓝型油菜DNA指纹鉴定的核心SSR引物,进而构建甘蓝型油菜品种的SSR指纹图谱库,本研究采用6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术和毛细管电泳技术,对952对甘蓝型油菜SSR引物进行筛选。采用入选的核心引物,以等位变异大小形式,构建184份甘蓝型油菜品种的指纹图谱,并对影响等位变异大小的因素进行分析。综合考虑引物多态性信息含量(PIC)、条带清晰度、重复性及染色体分布,确定47对核心引物。结果表明,47对引物检测到51个位点,平均每条染色体2.6个,PIC值介于0.2314~0.9253,平均为0.6004。等位变异大小影响因素分析结果表明,荧光基团(6-FAM、HEX、ROX和TAM...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
黄芳芳 何长青 闫丽君 汪灵丹 徐刚标
在单因素试验基础上,采用正交试验优化影响观光木SSR-PCR扩增的5种主要影响因素,获得最佳反应体系(10μL)为:Mg2+1.0 mmol,d NTP 0.20 mmol,引物0.25μmol,Taq DNA聚合酶0.75 U,模板DNA 60ng。利用优化SSR-PCR扩增体系,从12对引物中筛选出5对多态性高、重复性好的引物。这为进一步开展观光木种群遗传多样性研究奠定了前期实验基础。
关键词：
观光木 SSR 体系优化 引物筛选
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
李光友 徐建民 吴世军 杜志鹄 韩超 王伟 陆钊华 李宝琦
以SSR分子标记法分析尾叶桉(Eucalyptus urophylla)及其杂种间关系,采用改良CTAB法提取总DNA,同时优化提取方法和PCR扩增条件。从文献中选取尾叶桉100对SSR引物中筛选出多态性高、稳定性好的17对引物作为实验尾叶桉杂种材料的SSR分析引物,为进一步对其进行遗传多样性和有效基因资源利用研究奠定基础和提供依据。
关键词：
尾叶桉家系 DNA提取 SSR引物筛选
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
李响 杨楠 赵凯歌 陈玉星 唐锐君 陈龙清
从蜡梅转录组数据库组装的83 257个Unigene中分析得到11 868个1~6核苷酸重复的EST-SSR候选位点。在所有序列中,10 284个序列存在EST-SSR位点,SSR的发生频率为12.35%,转录组序列中平均每5 kb长度就有1个SSR位点分布,1 370个Unigene含有2个以上的SSR位点,634个位点以复合的重复形式出现。其中2核苷酸重复和3核苷酸数量最多,分别占总数的44.81%和26.20%。重复基元类型共206种,其中最多的类型为2核苷酸重复AGCT,占总数的39.85%,其次为3核苷酸重复AAGCTT,占总数的11.54%。针对所有EST-SSR位点共过滤出7...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
王世杰 王雪婷 杜向前 陈洪刚 张会恰 杨敏生
【目的】利用经过长期筛选的11对SSR引物对50份杨树新品种(系)进行扩增,探究11对引物的品种鉴定能力和核心引物的筛选依据,为杨树新品种的鉴定、育种工作和核心引物的筛选工作奠定基础。【方法】使用毛细管电泳技术对扩增结果进行检测,计算等位重复序列数、Shannon信息指数和引物多态性信息指数等。按0/1矩阵记录扩增条带的有无,并通过非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析。计算单个引物和11对引物组合的遗传相似系数,分析遗传相似系数之间的相关性,剔除相关性较低的引物,再对剩余的引物组合进行聚类分析。【结果】11对引物共扩增出122个DNA片段,平均每对引物扩增的等位重复序列数为11.091个;不同引物PIC值的变化范围是0.530～0.908,平均值为0.803。11对引物的聚类结果显示,当支距为0.40时,参试样品可以分为2个大类;当支距为0.37时,可分为4个亚类,聚类结果与品种(系)的谱系来源基本吻合。在11对现有引物的基础上,通过分析单个引物和11对引物的遗传相似系数之间的相关性,优化得到9对核心引物。相关性分析和聚类分析表明,优化后的9对引物具有高效鉴定能力和亲缘关系聚类效果。【结论】本研究证实SSR分子标记可以有效鉴定杨树新品种,并较好反映品种之间的亲缘关系;同时,利用遗传相似系数的相关性可优化现有的引物,为杨树的育种及核心引物的筛选工作提供了参考。
关键词：
杨树新品种 SSR标记 核心引物
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王且鲁 刘奕 宋红梅 汪学杰 刘超 牟希东 胡隐昌 罗建仁
利用ＭＩＳＡ软件对双须骨舌鱼（ＯＳｔｅＯｇｌＯＳＳｕＭ ｂＩｃＩｒｒｈＯＳｕＭ）性腺转录组测序获得的１８８ ４６１条ｕｎＩｇｅｎｅ进行ＳＳｒ检测，结果在１１ ９１７个ｕｎＩｇｅｎｅ中共检测到ＳＳｒ位点１２ ５７８个，其中包含２个及以上ＳＳｒ位点的ｕｎＩｇｅｎｅ有６３３个。ＳＳｒ的发生频率为６．３２％，平均分布距离为９ ９４９ ｂｐ。在筛选到的ＳＳｒ位点中，优势重复基序为二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸，其中二核苷酸重复基序数量最多，占总数的５０．５２％。重复基元类型共２１６种，其中数量最多的类型为二核苷酸重复Ａｃ／ｇｔ，占总数的２０．６６％。从所有筛选出的ＳＳｒ位点中随机选取５０个位点并运用ｐｒＩ．．．
[期刊] 林业科学研究
[作者]
湛欣 鲁好君 赵帅 陈晓阳 邓小梅
［目的］本研究旨在建立红椿ＳＳＲ－ＰＣＲ最佳反应体系，并筛选适于红椿ＳＳＲ分析的高多态性引物。［方法］通过Ｌ１６（４５）正交试验设计，确立红椿ＳＳＲ－ＰＣＲ最佳反应体系；利用优化后的体系对来自楝科植物的１３５对ＳＳＲ引物，在６个不同的红椿居群中进行扩增，筛出能有效扩增的引物并进一步筛选出适于红椿的高多态性引物。［结果］（１）１０μＬ基于荧光ｄ ＵＴＰ的ＳＳＲ－ＰＣＲ体系中包含：１０×ｂＵｆｆｅＲ １．０μＬ，Ｔａｑ酶（５ Ｕ·μＬ－１）０．１μＬ，Ｍｇ ＣＬ２（２５ＭＭｏＬ·Ｌ－１）０．８μＬ，ｄ ＮＴＰ（２００ ＭＭｏＬ·Ｌ－１）０．０２５μＬ，荧光ｄ ＵＴＰ（１ ＮＭｏＬ·μＬ－１）０．０．．．
关键词：
SSR 红椿 体系优化 引物筛选
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