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[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
彭木 王秋玉 闫绍鹏
桦剥管菌Piptoporus betulinus作为一种褐腐真菌,是白桦木材的专性腐朽菌,在工业污染物降解和医药领域中起着重要作用。以桦剥管菌为材料,在SRAP-PCR体系优化的基础上,对来自东北主要林区(带岭、塔河、帽儿山以及敦化)不同种群的桦剥管菌进行遗传多样性分析,为桦剥管菌多态性鉴定以及进一步利用提供理论依据。结果表明:用单因素法及均匀设计法优化后的SRAP-PCR体系为10×Buffer 2.0μL、Primer各8μmol/L、dNTP 16 mmol/L、Taq polymerase 2.5
[期刊] 林业科学
[作者]
赵亚琦 成铁龙 施季森 王新民 徐阳 刘伟东 陈金慧
采用L16(45)正交设计,对鹅掌楸属SRAP-PCR反应的5个因素(Mg2+、dNTPs、引物、Taq酶和模板DNA浓度)在4个水平上进行优化试验,同时对SRAP反应影响较大的Mg2+、Taq酶、模板DNA浓度进行单因素分析。建立鹅掌楸属植物SRAP-PCR最适反应体系(20μL),反应条件为:Mg2+3.0 mmol·L-1,dNTPs0.3 mmol·L-1,引物浓度0.9μmol·L-1,Taq酶2.0μmol·min-1,模板DNA 90 ng,10×PCR buffer 2μL,不足部分以ddH2O补足。利用优化的SRAP体系对鹅掌楸属10个不同地理种源进行遗传多样性分析。筛选出1...
关键词：
鹅掌楸属 SRAP 体系优化 遗传多样性
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
令狐斌 侯思宇 孙朝霞 黄可盛 路阳 韩渊怀 许冬梅
通过正交试验设计,比较苦荞序列相关多态性-聚合酶链式反应(Sequence related amplified polymorphism-polymerase chain reaction,SRAP-PCR)扩增反应体系的组合,选出最佳扩增体系用于苦荞SRAP分子标记进行遗传多样性分析。其中最佳SRAP-PCR反应扩增体系为Taq DNA聚合酶2 U、Mg2+1.5 mmol/L、DNA模板75ng、引物0.5μmol/L。从238对SRAP引物组合中筛选出20对多态性较高的引物组合,并对15个苦荞品种进行遗传多样性分析。结果表明:20对引物组合共扩增出128个位点,其多态性信息量(Polym...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
陈华增 李健 何玉英 李吉涛 王清印
利用正交设计L16(45)对影响中国对虾SRAP分子标记分析的5个因素(Taq酶,Mg2+,模板DNA,dNTP和引物浓度)在4个水平上进行了优化,筛选出各反应因素的最佳水平为:20μl反应体系中包含1.0UTaq酶,2.0mmol/L的Mg2+,40.0ng的模板DNA,0.125mmol/L的dNTP以及0.4μmol/L的引物,退火温度为53.5℃。研究表明,各因素的不同水平对扩增结果有显著影响,其中Mg2+影响最大,影响大小顺序依次为Mg2+,Taq酶,引物,dNTP和模板DNA。利用优化的SRAP分子标记体系对中国对虾"黄海1号"第12世代选育群体进行了遗传多样性分析,实验结果表明,...
关键词：
中国对虾 正交设计 SRAP 遗传多样性
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘佳 张梦雅 任世龙 王永芳 马继芳 全建章 刘磊 董志平 白辉 李志勇
了解谷瘟病菌的变异和群体结构，为今后谷瘟病的防控及抗病品种培育提供理论基础。利用20对SRAP引物对采自9个地区的90株谷瘟病菌菌株进行了PCR扩增，利用NTSYSpc-2.11F软件进行数据分析，通过UPGMA方法进行聚类分析，使用Popgene 32软件计算各群体间的遗传多样性指数。结果表明，筛选出了8对引物用于谷瘟病菌的遗传多态性分析，这8对引物共扩增出条带1 728条，其中多态性条带1 492条，多态性比率为86.34%。对90株病原菌进行聚类分析，其相似性系数为0.77～0.85,遗传相似系数为0.802时，所有菌株被分为27个遗传宗谱(L1～L27),其中L1为绝对优势组群，共包含来自山东、河北、山西、河南和辽宁5个省份的29株谷瘟病菌，占总菌株的32.22%。经Popgene 32软件计算分析，9个地区谷瘟病菌的Nei′s遗传多样性指数(H)为0.141 4～0.288 1,Shannon′s信息指数(I)为0.196 0～0.441 6,河北夏谷区Nei′s遗传多样性指数和Shannon′s信息指数最高，遗传多样性最丰富，而海南群体遗传多样性最低。对不同地区谷瘟病菌群体比较，吉林群体与海南群体的遗传亲缘关系最远，而河北夏谷区群体与河北春谷区群体的亲缘关系最近。可见，不同地区谷瘟病菌的遗传多样性丰富，各菌株间存在遗传分化，但菌株间的遗传分化与地理来源无明显相关性。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
周鹏 林玮 朱芹 周祥斌 吴林瑛 陈晓阳
采用相关序列扩增多态性分子标记方法，对７个省份２３个种源的刨花润楠进行遗传多样性分析。结果表明：１）１２对引物组合共扩增出１５７条带，其中１１５条为多态性条带，占总条带数的７３．２４％；２）１２对引物的多态性指数介于０．４０６～０．５０２，平均值为０．４７６；３）通过分子方差分析发现，刨花润楠种源内差异占总差异的７２．１９％，种源间差异占总差异的２７．８１％，种源内差异为刨花润楠差异的主要来源；４）基于遗传距离的聚类分析显示，２３个种源的刨花润楠可分为４类：第１类为湖南、广东、广西的所有参试种源和江西多数种源，第２类为浙江参试的３个种源，第３类为江西婺源和安徽黄山２个种源，第４类为福建参试的４．．．
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
刘明骞 陈丽君 丁美美 欧阳昆唏 惠文凯 李俊成 陈晓阳
采用相关序列扩增多态性(Sequence-related amplified polymorphism,SRAP)分子标记方法,对收集到的来源于11个国家的19个剑豆种群进行遗传多样性分析。结果表明:1)在扩增出的274条清晰条带中,具有多态性的有144条,占总数的52.6%;2)28对引物的多态性指数(Polymorphism information content,PIC)介于0.16~0.43,平均值为0.28;3)剑豆总遗传多样性指数(Ht)为0.285 6,基因流(Nm)为0.065 6;4)通过分子方差分析(Analysis of molecular variance,AMOVA)...
关键词：
剑豆 相关序列扩增多态性 遗传多样性
[期刊] 林业科学
[作者]
廖柏勇 王芳 陈丽君 刘明骞 欧阳昆唏 阙青敏 惠文凯 李培 陈晓阳
【目的】利用相关序列扩增多态性（ＳＲＡＰ）分子标记对来自１７个省（区）的３１个苦楝种源进行遗传多样性分析，为苦楝种质资源的保存和育种计划的制订提供依据。【方法】通过ＳＲＡＰ分子标记获得１／０数据矩阵，计算ＳＲＡＰ分子标记各项遗传参数，同时进行分子方差分析（ＡＭＯＶＡ）。随后计算遗传距离矩阵并进行主坐标分析（ＰＣＯ Ａ）、邻接法聚类分析（ＮｅｉｇｈｂＯｕＲ－ＪＯｉＮｉＮｇ）以及遗传距离和地理距离ＭＡＮｔｅｌ相关性分析。【结果】从７８３对ＳＲＡＰ引物中筛选出的２０对引物可扩增出２５７条清晰的条带，其中１４５条具有多态性。引物多态性信息指数（ＰｉＣ）为０．２６２～０．４７８，均值为０．３８５。ＰｉＣ．．．
关键词：
苦楝 SRAP 遗传多样性 亲缘关系
[期刊] 林业科学
[作者]
黄勇
利用SRAP分子标记,从126对引物组合中筛选出11对引物,对小果油茶全分布区的19个居群514个样品进行遗传多样性分析。结果表明:11对引物组合总共扩增出226条谱带,平均每对引物组合扩增20.55条谱带,其中多态性条带为226,占条带总数的100%。19个居群的遗传距离为0.0216～0.1645,显示了较近的亲缘关系。UPGMA聚类结果表明,除了福建6个居群和江西3个以外,其余地理位置相近的居群未能聚在一起。多态性比率(PPB)、Nei’s基因多样度(H)及Shannon信息指数(I)变化幅度分别为84.96%～95.58%,0.3213～0.3887及0.4732～0.5676;从物种...
关键词：
小果油茶 SRAP标记 遗传多样性
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
吴月燕 陶巧静 李波 许丹叶
以西洋杜鹃Rhododendron hybridum功能叶片为试验材料,采用改良的十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法提取西洋杜鹃基因组DNA,并且运用L16(44)正交试验设计,在4个水平上对影响西洋杜鹃相关序列扩增多态性(SRAP)反应的镁离子(Mg2+)浓度、Taq酶用量、三磷酸碱基脱氧核苷酸(dNTPs)浓度、引物浓度等4个因素进行了优化,确立了一套适用于西洋杜鹃的稳定可靠、重复性强的SRAP-PCR反应体系。实验发现,其最佳反应体系(20.0μL)为:Mg2+浓度1.750 mmol·L-1,dNTPs浓度0.175 mmol·L-1,Taq酶1.500×16.67 nkat,引物0....
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李蕊倩 何瑞 张跃兵 徐玉梅 王建明
【目的】建立镰刀菌ISSR反应体系和进行镰刀菌的ISSR遗传多样性分析。【方法】利用ISSR-PCR技术,对影响PCR扩增效果的一些因素和ISSR引物进行筛选和优化,通过聚类分析图对镰刀菌遗传多态性进行研究。【结果】镰刀菌ISSR-PCR分析最适宜的反应条件是以UBC885为引物,在20μl反应体系中,2.0mmol·L-1Mg2+,0.5UTaqDNA聚合酶,0.2mmol·L-1dNTPs,0.4μmol·L-1引物,30ng的DNA模板,退火温度为52℃。通过对27株镰刀菌进行了ISSR的遗传多样性分析,选用的11个引物共扩增出79个DNA片段,其中多态性位点为65个,占总扩增片段的82...
关键词：
镰刀菌 ISSR-PCR 遗传多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王兵伟 覃嘉明 覃永嫒 黄安霞 秦洪波 时成俏
利用SRAP分子标记技术对46个糯玉米自交系进行遗传多样性研究及杂种优势群划分。结果表明:46个糯玉米自交系可分为9个类群,分析结果与这些自交系综合性状的差异性表现基本一致。参照部分糯玉米自交系进行的配合力测试结果来看,高产组合的双亲基本都在不同的类群,而类内杂交较难产生优良的杂交组合,这也从实践角度说明SRAP标记技术对糯玉米杂种优势群的划分是合理可信的。
关键词：
SRAP 糯玉米自交系 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
唐源江 曹雯静 吴坤林
【目的】探究国兰种质资源遗传多样性水平,并构建分子指纹图谱及分子身份证,为在分子水平上鉴定国兰种质提供技术支撑,也为国兰种质资源开发、保存利用及种质创新奠定基础。【方法】以收集于华南及邻近地区的139份国兰栽培品种和野生种质为材料,采用改良的CTAB法提取基因组DNA,由13条正向引物和16条反向引物随机组成208对SRAP引物,每对引物用品种‘宋梅’和‘大勋’扩增产物进行筛选;PCR扩增产物应用6%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,电泳胶图进行人工读带,并计算多态性引物的总扩增条带数、多态性条带数和多态性条带比率。按照Botstein公式计算多态信息含量;用POPGENE32软件计算观测等位基因数、...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
赵秀香 苏燕妮 伏颖 赵艳琴 孙宏伟 孙剑萍 吴元华
以烟草靶斑病菌（Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ ｓｏｌａｎｉ）基因组Ｄｎａ为模板，采用单因素和正交设计ｌ＿（１６）（４～５）相结合的方法对影响ｉｓｓＲ－ＰｃＲ反应的主要因子进行优化，并对采自东北三省烟区的２０个烟草靶斑病菌菌株进行ｉｓｓＲ分析，建立了适宜于病菌的ｉｓｓＲ分子标记的最佳反应体系，即２０μｌ的反应体系中含有模板Ｄｎａ ３０ｎｇ，Ｍｇ～（２＋）浓度２．０ＭＭｏｌ·ｌ～（－１），Ｄ ｎｔＰ浓度０．２０ ＭＭｏｌ·ｌ～（－１），ｔａｑ酶１．０Ｕ，引物浓度０．４μＭｏｌ·ｌ～（－１）。利用优化的反应体系从２０个ｉｓｓＲ引物中筛选出１３个多态性和重复性好的引物，对２０个烟草靶斑病菌菌株进行ｉｓｓＲ分．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
高帆 张宗文 吴斌
【目的】从分子水平优化并构建用于中国苦荞种质资源遗传多样性分析的SSR分子标记体系,为综合评价中国苦荞种质资源提供依据。【方法】以50份苦荞种质为试验材料,用正交设计法[L16(45)]筛选适用于苦荞SSR标记分析的PCR反应体系,浓度梯度检测最佳胶分离效果,并从250对不同科属作物SSR引物中筛选出19对引物进行苦荞遗传多样性分析。【结果】优化的苦荞SSR反应体系为DNA模板30 ng,Taq酶2.0 U.L-1,dNTP、引物和Mg2+终浓度分别为150μmol.L-1、0.1μmol.L-1、2.0 mmol.L-1,总体积为25μL,6%聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。SSR引物筛选率为7.6...
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苦荞 SSR 遗传多样性
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