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[期刊] 林业科学
[作者]
刘长英 赵爱春 李军 吕蕊花 余亚圣 王茜龄 鲁成 余茂德
以果叶兼用新桑品种‘嘉陵30号’的果实为材料,采用同源克隆法和抑制PCR法克隆桑树查尔酮异构酶基因(MaCHI)全序列。该基因的基因组序列全长2402bp,包含2112bp长的ORF和290bp长的3'UTR序列,ORF由4个外显子和3个内含子组成,该基因编码219个氨基酸。预测MaCHI编码蛋白质的分子质量为23.8ku,理论等电点为5.29。采用RT-PCR法分析MaCHI在不同组织中的表达水平,在叶片和果中的表达量较高,在根中表达量较低。构建pET-28a(+)-MaCHI原核表达重组质粒,并在大肠杆菌中诱导表达。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘秀明 杨文婷 张雪萌 焦重达 姚娜 杨美英 官丽莉 李海燕 李校堃
【目的】克隆红花(Carthamus tinctorius L.)黄酮合成途径中的关键酶查尔酮异构酶(Chalcone isomerase,CHI)基因的全长序列,研究其组织表达特异性,为红花代谢调控研究提供参考。【方法】利用RT-PCR技术克隆CHI基因的cDNA全长,并对其全长基因进行生物信息学分析;构建系统发育树,研究其与相似序列的同源性;利用实时荧光定量PCR方法,分析CHI基因在红花不同开花时期的表达量。【结果】CHI基因全长1 161bp,开放阅读框长654bp,编码217个氨基酸,理论分子质量约为23.14ku,等电点为5.67,序列含有典型的加尾信号序列AATAA和Poly(A...
[期刊] 林业科学
[作者]
冀宪领 盖英萍 马建平 牟志美
景天庚酮糖-1,7-二磷酸酶(SBPase)是卡尔文循环过程中的关键酶。利用RACE技术得到景天庚酮糖-1,7-二磷酸酶基因全长cDNA,命名为MSBPase(GenBank登录号:DQ995346)。MSBPase全长为1527bp,该序列含有1个1179bp的完整开放读码框,编码393个氨基酸,蛋白质理论分子质量约为42.6ku,等电点为5.85,其氨基酸序列与其他植物中已分离的SBPase有很高的同源性。对MSBPase编码的蛋白质(命名为MSBPase)进行结构预测分析表明,该蛋白富含无规卷曲(coil),高达64.29%,其次是α-螺旋(helix),为22.19%,而β-折叠(st...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
乔枫
为探究枸杞查耳酮异构酶CHI1基因在不同组织中的表达模式和功能，利用同源克隆的方法获得1个枸杞（Lycium chinense）LcCHI1基因（Genbank No. OR026273），通过生物信息学方法分析其理化性质、结构及进化关系，利用荧光定量PCR(qRT-PCR)技术对其组织表达的特异性进行分析，并进行原核表达分析。结果表明：1）枸杞查耳酮异构酶LcCHI1基因的cDNA序列全长695 bp，开放阅读框为633 bp，编码210个氨基酸，含有1个保守的Chalcone＿3 family结构域。2）氨基酸序列比对显示，LcCHI1蛋白符合Chalcone蛋白结构特征且与其他物种Chalcone蛋白具有高度的相似性。聚类分析表明，LcCHI1蛋白与茄科的CHI蛋白单独聚成一支。3)LcCHI1在枸杞花、嫩叶与嫩枝中表达量较高，在根中表达量较低。随着枸杞果实的发育，LcCHI1表达呈先升高后降低趋势，在变色果中表达量最高。4）在原核表达载体中构建LcCHI1重组蛋白，经SDS-PAGE电泳分析在63 ku处出现表达蛋白。综上，LcCHI1基因在枸杞花和变色果中表达较高，并能进行原核蛋白表达，研究结果为枸杞类黄酮合成途径中CHI基因的功能验证奠定基础。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王茜龄 余亚圣 杨艳 李军 刘长英 吕蕊花 余茂德
【目的】以桑树栽培品种桂优62号为材料,克隆桑树硝酸还原酶(nitrate reductase,NR)基因全长cDNA和DNA序列并分析其序列特征,在此基础上研究桑树硝酸还原酶基因在桑树细胞脱分化和分化过程中的表达特征以及影响因素,为进一步阐述硝酸还原酶在桑树生长发育中的作用机制奠定基础。【方法】基于单倍体川桑(Morus notabilis Schneid)基因组数据(http://morus.swu.edu.cn/morusdb)注释的scaffold570序列设计特异引物,硝酸钾处理桑树叶片48 h后使用RNAiso Plus(TaKaRa)和改良CTAB法提取总RNA及基因组DNA,分...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
周兴文 李纪元 范正琪
利用RT-PCR和RACE技术,从我国珍稀濒危植物金花茶花瓣中获得了查尔酮异构酶(Chalcone isomerase,CHI)基因的cDNA全长,命名为Cn-CHI,GenBank登录号HQ269805.1。碱基序列分析表明,Cn-CHI基因全长953bp,包含56 bp的5’非翻译区、204 bp的3’非翻译区和一个长为693 bp编码230个氨基酸的开放阅读框。氨基酸序列比对分析表明,Cn-CHI基因编码蛋白与蔷薇科、杜鹃花科、茄科等植物的CHI蛋白同源性都在75%以上,与山茶科山茶属茶树CHI蛋白同源性高达99%。相对荧光定量PCR分析表明,Cn-CHI基因在金花茶花蕾发育过程中呈现先...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
潘德灼 林伟彬 谭芳林 陈伟
以秋茄(Kandelia candel)叶片为试验材料,采用RT-PCR的方法获得秋茄查尔酮合酶(chalcone synthase,CHS)基因的cDNA序列,命名为KcCHS,GenBank登录号为KX673194.1.序列分析结果表明,KcCHS基因的cDNA序列长度为1170bp,编码389个氨基酸,属于CHS超家族.序列比对结果显示,秋茄与其他物种的CHS基因核苷酸序列具有较高的相似性,平均达到80%以上.系统进化分析显示,KcCHS基因与余甘子CHS基因亲缘关系最近.实时荧光定量PCR分析表明
关键词：
秋茄 查尔酮合酶基因 克隆 盐胁迫
[期刊] 西南农业学报
[作者]
周露 崔群香 刘同金 班秋妍 袁颖辉 宁坤 范俊俊 张敏 沈慧玲
【目的】探究茄子花青素合成通路中关键酶SmCHI2的蛋白特性和表达特性，为完善茄子花青素生物合成途径和品质育种提供一定的理论基础。【方法】通过同源克隆获得茄子SmCHI2基因全长序列，利用在线分析工具对其蛋白理化性质进行预测，利用ClustalX1.7、GeneDoc2.7.0和Mega6.0软件进行蛋白序列比对和系统进化树分析，利用qRT-PCR分析SmCHI2的表达模式。【结果】SmCHI2编码区全长633 bp，编码210个氨基酸。蛋白理化性质分析显示SmCHI2蛋白分子量为23.98 kDa，理论等电点为4.81，且为不稳定的亲水性蛋白。二级和三级结构预测显示SmCHI2蛋白结构主要包括α-螺旋、随机卷曲、延伸链和β-转角。多序列比对表明SmCHI2与LcCHI（枸杞AIC33515.1）、LrCHI（黑枸杞AQZ26680.1）、CaCHI2（辣椒XP＿016573438.1）和StCHI3（马铃薯XP＿006365329.1）等Ⅳ型CHI蛋白具有相同的活性和识别位点，且在系统进化树中属于同一分支。亚细胞定位结果显示，SmCHI2蛋白在细胞核、细胞膜和细胞质中均有分布。表达分析显示，SmCHI2基因主要在紫色组织中表达，且在白色果皮中表达量显著低于紫色果皮。【结论】茄子中Ⅳ型CHI蛋白SmCHI2正调控茄子花青素的生物合成。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王阳 卢虹 黄镇 刘璐 刘霞 刘亚萍 田正书 徐爱遐
类黄酮是一种重要的植物次生代谢产物,查耳酮异构酶(CHI)是类黄酮生物合成早期阶段的一个关键酶,在种皮发育和颜色形成过程中具有重要的调控作用。为深入研究CHI基因在种皮发育和颜色形成中的作用及生物学功能。以16份三大类型黄、褐籽油菜为试验材料,采用同源克隆法克隆得到CHI基因的序列,并进行分子进化分析。将克隆得到的序列利用NCBI在线软件预测ORF Finder分析该基因的开发阅读框(ORF),结果发现,CHI基因ORF长度为756 bp或759 bp,编码251个或252个氨基酸。利用DNAMAN(v5
关键词：
油菜 查尔酮异构酶 CHI 克隆 SNP
[期刊] 中国农业科学
[作者]
植爽 任艳红 唐星 徐凤翔 王传宏 赵爱春 王茜龄
【目的】克隆桑树的谷氨酸脱氢酶基因GDH,了解其结构、组织特异性表达以及调控特点,并获得桑树谷氨酸脱氢酶蛋白,为进一步研究谷氨酸脱氢酶(glutamate dehydrogenase,GDH)在桑树氮代谢过程中的功能奠定基础,也为多年生木本植物的GDH研究提供参考。【方法】根据川桑基因组数据库搜索GDH同源序列设计引物,以杂交桑品种桂桑优62号(M.atropurpurea Roxb.)c DNA为模板,通过RT-PCR克隆获得Ma GDHs。利用NCBI上BLAST和CDD进行氨基酸序列比对和保守结构域
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
吴彦庆 姜宇 赵大球 陶俊
为了揭示查尔酮异构酶基因(chalcone isomerase gene,CHI)在芍药花瓣中的表达规律与特点,以不同芍药托桂型品种(‘金辉’‘彤云金焰’‘红楼锦菊’)4个不同发育时期(花蕾期、初开期、盛开期、衰败期)中的内、外花瓣为对象,用qPCR分别检测CHI基因的表达水平,分析其在不同芍药品种、不同发育时期以及内外花瓣之间的表达差异。结果显示:不同发育时期同一品种芍药花瓣组织CHI基因的表达量存在一定差异,从花蕾期到衰败期整体表现为上升趋势;不同品种同一发育时期‘彤云金焰’花瓣组织(内瓣和外瓣)CH
[期刊] 西南农业学报
[作者]
扈东青 林强 戴瑞强 赵卫国 张英华 刘赵越 刘利 张林 潘刚
根据桑树表达序列标签(ESTs),采取RT-PCR方法克隆了一个编码桑树光合系统ⅡPsbR基因的全长cDNA序列,以期为从分子水平上揭示桑树高效光合作用的机制奠定基础。序列分析表明,该基因全长623 bp,存在56 bp的5’-UTR和306 bp的3’-UTR,其开放阅读框(ORF)长261 bp,编码86个氨基酸,预测蛋白质分子质量为8.95 kD,等电点为11.09。同源分析表明,桑树光合系统ⅡMPsbR基因与花生、大豆编码氨基酸具有较高的同源性;根据MPsbR基因的氨基酸序列与其他20个物种的氨基酸同源序列构建的系统进化树表明,桑树与花生、海桑、梨、大豆的亲缘关系较近。半定量RT-PC...
[期刊] 林业科学
[作者]
韩淑梅 李军 吕蕊花 王晓红 刘长英 赵爱春 鲁成 余茂德
【目的】桑树乳胶蛋白基因在抗虫防御过程中起着重要的作用。从桑树基因组数据库中鉴定桑树MLX56基因家族,并进行基因进化、基因结构及基因的表达分析,为桑树MLX56基因的功能研究及利用奠定基础。【方法】利用桑树基因组数据库,采用生物信息学方法,分析桑树MLX56基因家族结构及进化关系,并对MLX56基因家族成员进行鉴定;利用MEGA4.1软件进行系统进化树分析;通过半定量RT-PCR技术研究MLX56基因在桑树不同种及不同组织之间的表达水平,构建原核表达载体p ET-28a-MLX56-6,并将其转入大肠杆菌BL21(DE3)中,IPTG诱导融合蛋白表达,分别收集不同诱导时间段的菌液,SDS-P...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
周军 陶建敏 彭日荷 熊爱生 蔡斌 徐锦涛 金晓芬 张斌 高峰 高建杰 章镇 姚泉洪
克隆了葡萄查尔酮合成酶基因4(CHS4),并采用半定量RT-PCR技术,以actin为内参,分析了CHS4在巨峰葡萄果实发育阶段不同组织的表达。对CHS4的序列分析表明:CHS4含有1个内含子,2个外显子;与CHS1、CHS2、CHS3在核苷酸水平的同源性分别为99.3%、92.6%和76.0%。半定量RT-PCR分析结果表明:CHS4在果皮、果肉、种子、叶片和根系中均有表达,在花后30d的果皮中表达强烈,随后迅速降低,到花后70d表达又增强;CHS4在花后30～45d的果肉中表达强烈,随后迅速降低;在花后45d的种子中也表达强烈,随果实发育,其表达逐渐下降。高温处理抑制CHS4在巨峰葡萄幼叶...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
杨丹 鲍军秀 陈沛 王斐 汤寿伍 刘海峰 李鸿彬
为研究陆地棉查尔酮异构酶CHI(chalcone isomerase)在彩色棉纤维发育及响应胁迫中的作用，对陆地棉基因组中GhCHI基因家族进行鉴定，开展蛋白理化性质、结构域、启动子顺式作用元件、蛋白质高级结构、系统进化分析，利用转录组数据和实时荧光定量PCR分析其表达特征。结果显示，从陆地棉基因组中鉴定获得12个GhCHI基因家族成员，可分为2个亚家族，具有典型的查尔酮超家族结构域，编码201～452个氨基酸，主要为亲水性蛋白，二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主。GhCHI基因启动子顺式作用元件类型主要包含光反应元件、激素响应元件及参与类黄酮生物合成调控的元件等。表达分析结果显示GhCHI1、GhCHI2、GhCHI3、GhCHI4与纤维发育密切相关，尤其在彩色棉纤维发育后期的色素沉积着色时期表达水平较高；这4个基因在叶、花托、雌蕊中也具有较高的表达水平；GhCHI1、GhCHI2、GhCHI3在热胁迫、盐胁迫和干旱胁迫下均受到显著的诱导表达。GhCHI1―GhCHI4蛋白互作分析结果显示，它们可能和参与类黄酮合成的2-氧代戊二酸3-双加氧酶和类黄酮3'-单加氧酶等蛋白质存在相互作用。结果表明，GhCHI1、GhCHI2、GhCHI3和GhCHI4基因在彩色棉的纤维发育和胁迫应答中发挥重要作用。
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