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[期刊] 林业科学研究
[作者]
刘宏毅 陈全助 叶小真 陈慧洁 李慧敏 冯丽贞
[目的]利用生物信息学方法探讨ABC转运蛋白在焦枯病菌对桉树侵染过程中的解毒作用,为揭示桉树焦枯病致病机制奠定基础。[方法]本文利用BLAST、HMMER、Pfam数据库、TCDB数据库在全基因组内对桉树焦枯病菌的ABC转运蛋白进行鉴定和分类,并通过Prot Camp和IBS分别进行亚细胞定位和结构域图绘制,依据同源性对其功能进行推测分析。[结果]表明:桉树焦枯病菌共有70个ABC转运蛋白,它们分属于8个亚族。71%的转运蛋白位于细胞膜,10%位于液泡,其余部分位于线粒体、过氧化物酶体、内质网等内膜系统上
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
刘宏毅 叶小真 陈慧洁 李慧敏 丁奕 杨泽慧 冯丽贞
利用Blast及TCDB数据库对桉树焦枯病菌(Calonectria pseudoreteaudii)的Cpsit1基因进行鉴定;再利用SMART数据库和Prot Param、TMHMM、PHD、Pro Comp 9.0在线分析工具对Cpsit1基因编码蛋白的理化性质、跨膜螺旋、蛋白质二级结构和亚细胞定位进行预测分析;最后采用qRT-PCR方法对CpSit1基因在焦枯病菌侵染桉树过程中的表达情况进行分析.结果表明:CpSit1基因长度为1 780 bp,其编码的蛋白序列共有592个氨基酸残基组成,并将其鉴
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
张清华 陆芝 张晓阳 刘宏毅 丁奕 叶小真 冯丽贞
通过生物信息软件及qPCR对桉树焦枯病菌MDR蛋白的序列特征、蛋白结构、理化性质及MDR基因在不同条件下的表达情况进行分析.结果表明,MDR转运蛋白均由α-折叠、无规则卷曲、β-转角,所占百分比α-折叠>β-转角>无规则卷曲.三级与二级结构预测均显示桉树焦枯病菌MDR具有典型的MDR蛋白结构,说明该蛋白家族的进化比较保守;CpABCB10基因参与调控分生孢子稳定性和萌发,CpABCB4和CpABCB9基因参与调控金属离子的转运,CpABCB7和CpABCB8基因参与调控桉树焦枯病菌的抗药机制.此外,CpABCB7基因还能参与调控桉树焦枯病菌的整个致病过程.
[期刊] 林业科学研究
[作者]
叶小真 杨婕 冯丽贞 江仲鹏 陆芝 刘雨菁 李丽红 陈全助
[目的]克隆桉树苯丙氨酸解氨酶基因(PAL),分析其序列特征及在焦枯病菌诱导下的表达特征,为探究桉树抗焦枯病机理提供理论支撑。[方法]通过SOE-PCR技术从尾细桉M1中克隆PAL基因,利用real-time PCR分析其在焦枯病菌诱导下的表达特性。[结果]克隆得到尾细桉M1 PAL基因,其ORF序列长2 142 bp,编码713个氨基酸,与其他已发表的桉树PAL相似性均在99%以上。序列分析发现,其编码蛋白是一类稳定的亲水性蛋白,含有丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸3个磷酸化位点,二级结构以α-螺旋和β-折叠为主,具有典型的苯丙氨酸和组氨酸解氨酶保守结构域。进一步分析桉树不同品系PAL基因的表达趋势,结果发现,不同品系PAL基因在焦枯病菌诱导下均表现为明显的上调表达,且抗性越强,PAL基因越早上调,上调表达量越大。[结论]从尾细桉M1中克隆得到的PAL基因具有典型的PAL家族成员特征,推测该基因可能通过参与酚类防御性物质或者信号分子SA等物质的合成,进而在桉树抵抗焦枯病菌侵染的过程中发挥重要作用。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
杨泽慧 陆芝 李丽红 江仲鹏 冯锦秀 冯丽贞
采用qPCR检测Calonectria pseudoreteaudii YA51的MAPK基因在盐胁迫、氧胁迫、细胞壁干扰物质胁迫、桉树组织诱导以及不同发育时期5种条件下的表达情况.结果表明CpKss1参与致病过程,CpKss1、CpSlt2和CpIme2与菌丝生长发育有关,CpKss1、CpHog1和CpIme2参与病菌高渗胁迫反应,CpSlt2参与调控氧胁迫反应和细胞壁完整性,且4个MAPK基因所介导的级联通路间可能存在既相互独立又相互协作的关系.
关键词：
桉树焦枯病菌 MAPK qPCR
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
叶小真 郭文硕 冯丽贞 金亚杰 杨新新 刘宏毅 连鑫坤 李慧敏
以桉树焦枯病强致病菌株ＣａｌｏｎｅＣｔｒｉａ ｐｓｅｕｄｏｒｅｔｅａｕｄｉｉ Ｙａ５１为材料，对其原生质体生成条件进行优化．结果表明，收集１ ｇ（湿重）培养２４ ｈ的菌丝，以０．８ ｍｏｌ·ｌ～（－１）ｎａ Ｃｌ为渗透压稳定剂，置于１０ ｍ ｌ含２０ ｍｇ·ｍ ｌ～（－１）崩溃酶和３０ ｍｇ·ｍ ｌ～（－１）裂解酶的混合酶液中，在３０℃、１００ ｒ·ｍｉｎ～（－１）条件下裂解４ ｈ，原生质体生成量可达３．７２×１０７个·ｍ ｌ～（－１），在ｓｒ培养基上的再生率为３２．３３％．
关键词：
桉树焦枯病菌 原生质体 生成量 条件优化
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈全助 郭文硕 冯丽贞 缪三华 林家杉
为了解丽赤壳属种的分布动态,科学防控焦枯病菌危害,经柯赫法则进行致病性验证,通过β-微管蛋白、组蛋白H3和翻译延伸因子-1α3个基因序列比对以及形态特征观察,对福建省苗圃地采集的尾细桉M1和巨桉5号扦插苗焦枯病菌进行鉴定.结果表明,供试菌株与已知种Calonectria kyotensis Terashita(无性型:Cylindrocladium floridanum Sobers&Seymour)的形态基本一致,且亲缘关系相近,将其鉴定为Ca.kyotensis.该菌能够侵染桉树引起焦枯病在国内为首次报道.
关键词：
桉树 焦枯病 形态学特征 系统发育
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
杨凡 李治平 董迎辉 任建峰
腺苷三磷酸结合盒转运蛋白(ATP binding cassette transporter， ABC transporter)家族是最古老的膜蛋白家族之一，广泛存在于原核生物和真核生物体内，利用ATP水解释放的能量对氨基酸、脂质、抗生素等物质进行跨膜运输，参与生物体内多种生理活动。目前，对软体动物ABC转运蛋白家族的鉴定，仅在虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)、栉孔扇贝(Chlamys farreri)和长牡蛎(Crassostrea gigas) 3种双壳类中有系统研究，对缢蛏(Sinonovacula constricta) ABC转运蛋白家族的鉴定和表达模式分析尚未见报道。利用缢蛏基因组和转录组数据，运用本地及NCBI在线BLAST程序、FGENESH+、SMART、ExPASy、MEGA X、Mev 4.90和MapInspect等生物信息学分析工具，在全基因组水平系统地鉴定出52个缢蛏ABC转运蛋白，并对转运蛋白基因外显子数目、染色体定位等信息进行分析；通过系统进化分析，将缢蛏ABC转运蛋白家族分为8个亚家族，即ABCA～ABCH；通过比较分析不同物种ABC转运蛋白家族，推测基因串联复制事件对软体动物ABC转运蛋白家族成员数目的增加有影响。ABC转运蛋白基因在缢蛏不同发育时期和组织的表达分析显示，ABCC和ABCG亚家族多个基因在缢蛏稚贝时期表达量达到最高值，ABC转运蛋白基因在鳃、肝胰腺与性腺中表达种类较多。软体动物作为第二大动物类群，目前仅有3个物种的ABC转运蛋白得到了系统分类，缢蛏ABC转运蛋白基因家族的系统鉴定与表达模式分析为研究软体动物ABC转运蛋白基因的进化和缢蛏ABC转运蛋白功能提供了基础资料。
关键词：
缢蛏 ABC转运蛋白 序列分析 表达模式
[期刊] 西南农业学报
[作者]
马建荣 余永红 宋卉 刘戈飞 沈晓萌
【目的】拟运用生物信息学的方法对目标基因进行预测分析，为后续展开水稻白叶枯病菌FabG及脂肪酸代谢途径的实验室研究提供参考。【方法】利用大肠杆菌(Escherichia coli)FabG(EcFabG)序列，在Xoo PXO99~(A)菌株基因组中经同源性比对发现，PXO＿03085、PXO＿00989、PXO＿03629、PXO＿02411、PXO＿02878、PXO＿02709所编码蛋白与大肠杆菌FabG具有同源性，将该6个基因分别命名为XoofabG1～XoofabG6并将其编码蛋白命名为XooFabG1～XooFabG6。进一步运用生物信息学在线分析软件对这6个蛋白与EcFabG进行了理化性质、蛋白结构、亲水性、跨膜结构、信号肽、磷酸化位点及蛋白相互作用网络方面进行预测分析。【结果】6个蛋白（XooFabG1～XooFabG6）在理化性质、亲水性和信号肽方面区别较大，其中XooFabG1是一个不稳定蛋白，属于短链脱氢酶家族，具有酮脂酰ACP还原酶活性，但蛋白稳定性差，很可能与细菌应激状态下的反应有关。XooFabG3被标注为3-酮脂酰ACP还原酶，与EcFabG相比，功能相差较大，推测与辅因子和维生素的代谢相关。XooFabG5具有酮脂酰ACP还原酶结构域(KR domain)，但该结构域在蛋白质序列中所处位置与EcFabG相比差异较大，推测其催化底物可能与EcFabG不同。XooFabG6在各方面的性质与EcFabG最接近，推测XooFabG6为3-酮脂酰ACP还原酶并参与脂肪酸合成代谢。但XooFabG2和XooFabG4的功能还不明确。【结论】本文通过预测分析黄单胞菌水稻致病变种中6个同源蛋白的特性，推测了其中4个蛋白可能具有的功能，对研究Xoo的脂肪酸合成途径具有一定意义。
[期刊] 中国科学技术大学学报
[作者]
侯文韬 王亮 徐达 陈宇星 周丛照
ABC转运蛋白,即ATP结合盒转运蛋白(ATP binding cassette transporters),是一类广泛存在于生物界的主动运输蛋白.它由四个结构域组成:两个跨膜结构域(transmembrane domain,TMD)和两个核酸结合结构域(nucleotide-binding domain,NBD).ABC转运蛋白通过NBD水解三磷酸腺苷(adenosine triphosphate,ATP)将底物逆化学势能经由TMD进行跨膜运输.ABC转运蛋白广泛参与各种生理过程,因为几乎所有具有生理功能的分子都是ABC转运蛋白的底物.人类基因组共编码48个ABC转运蛋白,其功能的异常与人类重大疾病直接相关.本文简要介绍人类ABC转运蛋白的分类和结构特征,并着重关注人类ABC转运蛋白结构与功能研究的最新进展以及与人类重大疾病的关系.
关键词：
ABC转运蛋白 分类 结构 人类疾病
[期刊] 西南农业学报
[作者]
余功明 胡春锦 魏源文 史国英 岑贞陆 覃丽萍 黎起秦 黄思良
为建立水稻纹枯病菌菌体蛋白的双向电泳技术,获得分辨度高、重复性好的双向电泳图谱。采用了酚抽提法、TCA/丙酮沉淀法和丙酮沉淀法进行水稻纹枯病菌菌体蛋白质的提取,利用17 cm、pH 5～8的IPG胶条对样品进行双向电泳,用PDQuest 8.0软件对电泳图谱进行分析,确定电泳的最佳参数。结果显示:采用17 cm、pH 5～8的IPG胶条能得到较好的双向电泳图谱;同一样品的三种不同蛋白提取方法(酚抽提法、TCA/丙酮沉淀法和丙酮沉淀法)分别得到1278、885、827个蛋白质点。酚抽提法能有效去除样品中的盐分和小分子的干扰,得到背景清晰的蛋白图谱;TCA/丙酮沉淀法和丙酮沉淀法所得图谱有一定的杂...
关键词：
水稻纹枯病菌 总蛋白 提取方法 双向电泳
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
王水琦 陈坚 甘勇辉
用不同浓度的2,4-D与IAA对桉树叶盘进行了愈伤组织的诱导及植株再生的试验,建立了新的桉树再生体系.进一步用含甜椒抗菌基因(hrap)的农杆菌侵染桉树叶盘,发现侵染后对愈伤组织诱导率无明显影响,却抑制了桉树的植株再生.对再生苗的PCR和Sou thern杂交检测证实已将hrap基因已转入桉树植株的基因组中.
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
冯丽贞
为筛选桉树对焦枯病(Cylindrocladium quinqueseptatum Morgan)的抗性生化指标,对福建省11个桉树主栽种系接种焦枯病菌前后桉树体内叶绿素含量和叶绿素a/b值进行了研究.结果表明,接种前桉树体内叶绿素含量和叶绿素a/b值与桉树对抗焦枯病抗性不呈正比;接种后抗病种系体内叶绿素含量和叶绿素a/b值下降幅度小,回升速度快,回升后数值均超过接种前;而感病种系叶绿素含量随接种时间的延长而显著降低,叶绿素a/b值在接种的中后期出现小幅回升后继续下降.因此,接种后桉树的叶绿素含量和叶绿素a/b值的变化率可反映出桉树抗焦枯病能力的大小,可以把它们作为桉树对焦枯病的抗性鉴定的辅助...
关键词：
桉树 焦枯病 叶绿素 抗病性
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
邵若玄 沈忆珂 周文彬 方佳 郑炳松
ABC(ATP-binding cassette)转运蛋白家族庞大,种类繁多,包括全转运子和半转运子等2种类型。全转运子的核心单元包括2个核苷酸结构域(NBD)和2个跨膜结构域(TMD),而半转运子只含有1个膜结构域(MSD)和1个NBD。植物ABC转运蛋白不仅参与植物体内激素、脂质、金属离子、次生代谢物和外源物质的运输,并且有利于植物与病原体间的相互作用和植物体内离子通道调控等重要的生理过程的进行,是一类重要的跨膜运输蛋白家族。HUGO系统中ABC家族分为A～H 8个亚族,模式植物基因组测序的完成极大促进了ABC转运蛋白的研究与发现,近几年已从多种植物中克隆了不同亚族的基因并研究其表达与功能...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
张凯强 韩长志
植物病原真菌中的糖苷水解酶（GH）是参与破坏植物细胞壁的重要酶类，在其致病过程中发挥着重要作用。基于前期所获得的胶孢炭疽菌Cg1中20个GH蛋白，通过STRING网络在线分析与其相似性较高的两个炭疽菌种——胶孢炭疽菌Cg-14和果生炭疽菌Nara gc5相关蛋白的互作关系。结果发现，两个炭疽菌菌株GH蛋白的互作情况极为相似。其中：GH5的互作蛋白数量最多，且GH5、GH6、GH7、GH11之间均存在明显互作关系；GH28亚家族中两个蛋白之间互作但不与其他GH亚家族蛋白互作；与单独GH蛋白存在互作关系的其他类蛋白多参与多糖催化、碳水化合物代谢等过程。此外，利用生物信息学分析工具对上述蛋白进行了分子对接、亚细胞定位及遗传关系分析。结果发现：不同蛋白之间均存在多个相互作用的氨基酸位点；仅归属于GH72亚家族的3个蛋白定位于质膜，其余蛋白均定位于细胞外；胶孢炭疽菌Cg1、Cg-14以及果生炭疽菌Nara gc5中GH蛋白明显分为四大类。其中：GH43亚家族中的3个蛋白分属于不同分支，亲缘关系较远；GH5中的3个蛋白有两个属于同一分支，另一个单独在一个分支；而GH7、GH11、GH28亚家族内部的蛋白均属于同一分支。本研究结果可为深入研究核桃炭疽病菌中GH家族蛋白的协同作用机制提供参考。
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