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[期刊] 中国农业科学
[作者]
孟君仁 曾文芳 邓丽 潘磊 鲁振华 崔国朝 王志强 牛良
【目的】开发一系列高通量、低成本的桃重要性状竞争性等位基因特异PCR(Kompetitive Allele Specific PCR,KASP)标记,包括果皮有毛/无毛、果形扁平/圆形、果肉硬质/非硬质、DBF(Dominant Blood Flesh)红肉/非红肉、抗/感蚜等5对性状,加速桃优良品种培育,缩短桃育种年限。【方法】本研究在控制这些性状的候选基因及位点附近300 kb内,利用已有桃种质资源的基因组序列比对,开发KASP标记,对已知表型的桃种质材料进行基因分型验证,最终获得与目标性状紧密连锁的KASP标记。【结果】利用开发的5个性状的KASP分子标记对桃杂交分离群体和自然群体进行基因型检测,结果表明,标记鉴定结果与已知表型完全一致,准确率为100%。其中,杂交群体中果皮有毛/无毛性状分离比例为30﹕30,果形扁平/圆形分离比例为31﹕29,果实硬质/非硬质分离比例为27﹕26,抗蚜/感蚜分离比例为49﹕46,均符合孟德尔遗传1﹕1的分离定律。【结论】开发的KASP标记可高效检测桃果实外观、抗性、肉质等重要性状相关基因的等位变异,在基因型鉴定、亲本选配和杂种后代的分子标记辅助选择中有很好的应用前景。
关键词：
桃 KASP 分子标记辅助选择 育种
[期刊] 中国农业科学
[作者]
马亚茹 冯建灿 刘崇怀 樊秀彩 孙海生 姜建福 张颖
【目的】开发葡萄无核性状的SSR新分子标记,对葡萄杂种后代进行早期无核性状鉴定,为分子标记辅助育种奠定基础。【方法】对母本‘红地球’与父本‘森田尼无核’及F1代杂交群体的133份葡萄材料进行RAD-seq,将测序结果比对到参考基因组上;运用SAMtools软件生成Ca SFS软件所需的pileup和glf文件,过滤获得亲本之间的有效SNP集;采用窗口滑动的方法,确定每个窗口的基因型,选择以每15个SNP为一个窗口,每次滑动一个SNP,得到每个个体的基因型并生成bin图;对生成的bin图采用拟测交的方式利用Joinmap软件进行连锁分析,构建‘红地球’与‘森田尼无核’遗传连锁图谱;用Window QTLCartographer2.0软件进行QTL定位,在定位区间通过Perl程序语言找到符合SSR特征序列的35个SSR分子标记,用Primer premier5.0软件设计35个SSR分子标记引物对,通过HRM技术筛选亲本之间在无核性状上存在差异的SSR分子标记,并在131株F1代杂交群体及65个葡萄品种的自然群体中检测无核分型正确率、无核检测率、无核保持率。【结果】在‘红地球’与‘森田尼无核’构建的遗传连锁图谱上,将葡萄无核性状定位在chr18号染色体上,定位区间26 835 846—26 960 426,对无核的贡献率为77.9%,LOD阈值为26.3。亲本之间在无核性状上存在差异的SSR分子标记为Vv SD10,其在111 bp等位点能对葡萄无核性状进行鉴定,利用分子标记Vv SD10上的111 bp等位点通过HRM技术在葡萄F1代杂交群体及自然群体中进行葡萄无核性状的鉴定。结果表明,分子标记Vv SD10在F1代杂交群体及自然群体中的无核分型正确率分别为97%、94%,其无核检测率均为56%,无核保持率分别为77%、85%。【结论】分子标记Vv SD10在遗传群体及自然群体中的无核分型均能提供较高的准确信息,为无核葡萄的分子标记辅助育种奠定了基础。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王闵霞 白玉路 张琼 徐登武 张志勇 王平
【目的】白叶枯病是水稻主要病害之一,经常会引起水稻严重减产。利用寄主自身对白叶枯病的抗性,不仅能提高水稻产量,还能减少因大量施用农药造成的环境污染。研究表明Xa23对白叶枯病有较好抗性并已成功用于水稻抗白叶枯病抗性育种中。已有的Xa23分子标记均位于基因外侧。为了提高分子标记的准确性,并简化分子标记辅助选择步骤,本研究拟开发一个位于Xa23基因内部的分子标记以利于水稻抗白叶枯病育种实践。【方法】抗白叶枯病材料CBB23与感病材料JG30、日本晴、MDJ8等在Xa23基因启动子区存在序列差异和缺失,通过测序确认该差异序列存在于待改良材料川恢907、川航恢908、川恢991、川恢992中,针对差异序列设计引物开发分子标记,该引物以Xa23基因供体CBB23的DNA为模板能扩增出特异PCR产物,其他则不能扩增到特异PCR产物。利用该分子标记对部分水稻重要种质资源的Xa23基因型进行了鉴定。【结果】本研究开发了一个位于Xa23基因启动子区的分子内标记,该分子标记为显性标记,以阳性或杂合体对照DNA为模板均扩增到一条198 bp左右的亮带,阴性对照中则无对应的条带。利用该标记对354个引自不同稻区的水稻亲本进行Xa23基因背景鉴定,发现5个材料包括华航G528、R418、R419、R433、R440含有Xa23基因,其他亲本不含有Xa23基因。【结论】本研究开发了一个位于Xa23基因内部的分子标记,这不仅提高了分子标记辅助育种的准确性,还通过简化检测步骤提升了检测效率。本标记的开发可为Xa23的高效利用提供技术参考。
关键词：
白叶枯病 Xa23 分子标记 显性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李晨旭 刘志涛 庄丽芳 亓增军
【目的】百萨偃麦草(Thinopyrum bessarabicum L?ve,2n=2x=14,JJ或EbEb)是小麦改良的重要亲缘物种,开发染色体特异分子标记对于加快其有利基因向小麦中的转移和应用有重要意义。【方法】利用百萨偃麦草分蘖期叶片RNA-seq获得的EST序列与节节麦D基因组序列进行比对,鉴定出4 957条没有相似性的序列作为筛选百萨偃麦草特异序列的基础序列。从这些基础序列中随机选择部分序列设计EST-PCR引物507对,通过在普通小麦中国春、百萨偃麦草和中国春-百萨偃麦草双二倍体中的扩增分析,筛选出百萨偃麦草基因组特异标记,然后在已经选育出的8个小麦-百萨偃麦草异染色体系中进行染...
关键词：
百萨偃麦草 转录组 分子标记 易位系
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨英军 张开春 李荣旗 林珂 尹淑萍 姜全 张晓明
以桃品种京玉和美味的正反交后代 6 9株为试材 ,采用RAPD指纹分析技术 ,获得了控制桃果实性状有毛 /无毛、白肉 /黄肉这 2个基因的RAPD分子连锁标记 ,其中多态性扩增DNA片段OPP2 0 - 2 2 0 0与果实有毛 /无毛基因的连锁遗传距离为 5.0cM ,多态性扩增DNA片段OPU0 3-850与果实白肉 /黄肉基因的连锁距离为 9 6cM。
关键词：
RAPD标记 桃 油桃 桃果肉色
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈英之 韦绍丽 刘驰 周维永 马增凤 黄大辉 刘亚利 陈乔 杨新庆 杨朗 白德朗 李容柏
直立穗型基因是水稻中与株型相关的有重要利用价值的基因。通过对直立穗型的性状遗传、籼稻直立穗型与弯穗型品系的性状比较、基因的分子标记开发和杂交后代的标记辅助选择进行分析研究,结果表明,直立穗无论在粳稻还是在籼稻遗传背景中均表现为单基因不完全显性遗传,显性度达到73.3%~93.7%。直立穗型基因与第9染色体上的SSR标记RM566、RM24423和RM7048紧密连锁,图距分别为5.8、0.43和0.85 cM,用这3个标记对杂交后代辅助育种选择的准确率在66.7%~100%之间,其中RM24423辅助选择的准确率为100%。与弯穗型杂交后代育种品系比较,籼稻直立穗型品系株高和穗长略短、穗数略少...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李东明 杨爱国 吴彪 孙秀俊 周丽青 刘寒苗 张广明
本研究以前期获得的栉江珧(Atrina pectinata)转录组数据为基础,筛选获得10550条微卫星标记(SSR),检出率为8.2%,平均9.01 kb出现1个SSR位点。设计并合成120对SSR引物,筛选得到36对能够稳定扩增的引物,并利用已获得的36对SSR引物对青岛海区栉江珧进行了群体遗传多样性分析。结果显示,12对引物的扩增片段表现出多态性,共产生42个等位基因,平均每个位点产生3.5个等位基因,平均观测杂合度(H_o)、平均期望杂合度(H_e)和平均多态信息含量(PIC)分别为0.417、0
[期刊] 林业科学
[作者]
张圣 黄华宏 林二培 童再康
简单序列重复(Simple Sequence Repeats,SSR)标记是基于SSR中核苷酸单位串联重复次数不同而开发的一种分子标记技术,具有多态性丰富、呈共显性遗传、易于PCR检测,在基因组上分布均匀等特点(Powell et al.,1996)。直接利用现有的EST(Expressed Sequence Tag)序列开发SSR标记就是目前采用较多的一种策略。
关键词：
杉木 台湾杉 EST SSR 遗传多样性
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
张雪云 张晓龙 李娜 孔青洋 于超 潘会堂 张启翔 罗乐
【目的】单叶蔷薇是蔷薇属唯一的单叶物种，目前已被列为国家二级濒危保护植物，开发高效的分子标记可以为单叶蔷薇居群遗传多样性分析、克隆生长格局等研究提供重要的数据支撑，为其居群遗传资源的保育提供理论指导。【方法】利用Krait v1.3软件对单叶蔷薇全基因组序列中1～6核苷酸重复的SSR位点进行搜索并分析其序列特征，进而采用Primer Premier3.0软件设计引物。选取16个单叶蔷薇样本通过琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳检验引物的有效性和多态性。最后用POPGENE32软件和PowerMarker3.25软件对高多态性引物扩增产物数据进行遗传参数分析，利用软件NTSYS-pc2.10对16个单叶蔷薇样本进行聚类分析。【结果】单叶蔷薇基因组序列上共识别出142 083个SSR位点，其中二核苷酸重复类型数目最多，占比46.95%。单核苷酸至六核苷酸重复型中占比最高的基序类型分别为A/T、AT/AT、AAG/CTT、AAAT/ATTT、AAAAT/ATTTT和AAAAAG/CTTTTT，充分表明A/T为优势碱基。单叶蔷薇基因组SSR序列长度变化范围为12～1 026 bp，不同的核苷酸重复类型均呈现长度越长数量越少的规律，区间长度为10～15 bp的SSR位点数量最多，占比47.42%。合成的140对引物中112对可以获得清晰的目的条带，引物有效率为80%；最后筛选出多态性高、稳定性好的14对引物在16份单叶蔷薇样本中检测到等位基因58个，PIC值在0.314 3～0.675 9之间，等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon信息指数（I）及PIC值平均分别为4.142 9、2.576 9、1.080 8和0.529 2。Pearson相关分析结果表明所筛选引物的PIC值与SSR长度间并无显著相关性。通过聚类分析发现，筛选出的14对引物能够将基于不同居群的单叶蔷薇进行较好地区分，遗传相似系数在0.45～0.86之间。【结论】利用单叶蔷薇全基因组大规模开发的SSR标记数量丰富且类型多样，筛选出的高多态性SSR位点将为后续单叶蔷薇居群遗传多样性研究发挥重要作用。
关键词：
单叶蔷薇 SSR 标记开发 多态性
[期刊] 华北农学报
[作者]
贾新平 邓衍明 孙晓波 梁丽建
为加速分子标记在鸟巢蕨研究中的应用，利用鸟巢蕨ＥＳＴ序列开展了ＥＳＴ－ＳＳＲ标记的开发和应用研究。利用ＭＩＳＡ软件对鸟巢蕨ＥＳＴ序列进行ＳＳＲ位点查找，分析ＥＳＴ－ＳＳＲ的总体特征，并利用ＰＲＩＭＥＲ ３．０软件设计４０对引物，选用１０份蕨类材料检测引物的多态性。从４２ ９０７条鸟巢蕨ＥＳＴ序列中检测到６ ０６７个ＳＳＲ位点，其出现频率为１／６．６２ ｋｂ，包括１０６种重复基元。在鸟巢蕨ＥＳＴ－ＳＳＲ中，二核苷酸重复（２ ８７３个，４７．３５％）是最主要的类型，其次是三核苷酸（１ １０７个，１８．２５％）和单核苷酸（９７２个，１６．０２％）。出现最多的重复基元是ＡＧ／ＴＣ（１ ３７１个，２２．．．．
关键词：
鸟巢蕨 分子标记 EST-SSR
[期刊] 华北农学报
[作者]
朱金燕 王晴晴 王军 范方军 李文奇 王芳权 王绪鹏 仲维功 杨杰
水稻垩白是衡量水稻外观品质优劣的重要指标之一,降低稻米的垩白是培育优质水稻品种的前提。Chalk5是一个能显著降低稻米垩白从而提高稻米外观品质的主效基因。为提高垩白基因Chalk5在育种中的选择效率,在前人克隆的基础上,根据其启动子区域存在的2个功能突变位点,分别设计等位基因特异PCR(ARMS-PCR)引物,最终筛选出2对Chalk5基因的功能标记Chalk12、NChalk12和Chalk22、NChalk22,通过PCR产物测序的方法对这2对标记的检查结果进行了验证,说明Chalk12、NChalk
[期刊] 华北农学报
[作者]
李曼 史晓蕾 邸锐 刘志芳 孟庆民 付才 杨春燕 王冬梅 张孟臣 张洁 闫龙
为了开发稳定可靠、操作简便的大豆分子标记，以12份地理来源不同的大豆种质资源为材料，通过基因组10倍深度重测序开发长片段插入/缺失(InDel)标记，并应用2018年黄淮海大豆多点鉴定96份参试品系DNA指纹图谱构建。结果表明，在参试材料中，共检测到插入/缺失片段长度大于20 bp的InDel标记66 561个，平均每条染色体InDel标记的数量为3 262个；位于内含子的InDel占比12.35%,位于基因上游序列和下游序列的InDel占比分别为25.83%,20.44%,位于基因间隔区的InDel占比34.39%,位于外显子的InDel占比0.19%,位于5′-UTR和3′-UTR的InDel占比分别为0.93%和1.51%;片段长度介于20～40 bp的InDel数量为42 453个，41～60 bp为13 044个，61～80 bp为5 034个，81～100 bp为2 285个，大于100 bp为2 413个；从检测到的66 561个InDel位点中，根据插入/缺失片段长度，在基因组中随机选区160个InDel位点，利用引物设计、PCR和琼脂糖凝胶电泳等技术，在55℃的退火温度条件下，开发出32个有且仅有2个等位变异、基于1%琼脂糖凝胶电泳技术易于分辨的长片段插入/缺失标记。应用新开发的32个标记，构建了2018年黄淮海大豆多点鉴定96个参试品系DNA指纹图谱，参试的大豆材料纯度为96.84%,没有同物异名现象发生。研究开发的InDel标记稳定可靠、操作简便，可应用于大豆DNA指纹图谱构建、种子纯度检测等工作。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
裴丹 刘众杰 葛孟清 董天宇 任艳华 房经贵
葡萄是具有重要经济价值的果树之一，其遗传育种学广受研究者关注。由于葡萄童期长、遗传杂合度高，传统杂交育种选育新品种通常耗时长、效率低。因此，通过构建葡萄遗传连锁图谱、对数量性状位点(quantitative traits locus, QTL)进行定位能够解析葡萄杂交群体中分子标记与表型之间的关系，更有针对性地选择育种亲本并对后代杂交群体进行早期鉴定，开展分子标记辅助育种(marker-assisted selection, MAS),加快育种进程。随着分子生物学和基因组测序技术的发展，自2000年开展了基因定位研究后，越来越多的QTL得到了解析。本文对近20年来发现的葡萄抗霜霉病、抗白粉病、抗根瘤蚜、浆果大小、无核、果皮颜色等重要基因的QTL定位情况进行了综述，重点介绍了葡萄色泽性状相关Myb基因定位及其在MAS中的应用，以期挖掘葡萄种质资源中与抗性、品质性状形成和调控相关的关键基因，推动葡萄定向分子设计育种进程，以及提升我国葡萄育种水平。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
裴丹 刘众杰 葛孟清 董天宇 任艳华 房经贵
葡萄是具有重要经济价值的果树之一，其遗传育种学受到广大研究者的关注。但是，由于葡萄具有童期长、遗传杂合度高等特点，传统杂交育种选育新品种耗时长、效率低。因此，通过构建葡萄遗传连锁图谱、对数量性状位点（quantitative traits locus，QTLs）进行定位能够解析葡萄杂交群体中分子标记与表型之间的关系，更有针对性的选择育种亲本并对后代杂交群体进行早期鉴定，开展分子标记辅助育种（marker-assisted selection，MAS），加快育种进程。随着分子生物学和基因组测序技术的发展，自2000年开展了基因定位研究后，越来越多的QTLs得到了解析。本文就近20年来发现的葡萄抗霜霉病、抗白粉病、抗根瘤蚜、浆果大小、无核、果皮颜色等重要基因的QTL定位情况进行了综述，重点介绍了葡萄色泽性状相关Myb基因定位及其在MAS中的应用。以期挖掘葡萄种质资源中与抗性、品质性状形成和调控相关的关键基因，推动葡萄定向分子设计育种的进程，有助于提升我国葡萄育种水平。
[期刊] 华北农学报
[作者]
钟婷婷 郭诗芬 卢文斌 肖钢
为了准确高效的筛选抗根肿病材料,提高甘蓝型油菜根肿病抗性育种效率。通过对甘蓝型油菜抗病亲本的Crr1基因与感病亲本中相应的同源基因LOC103834349进行测序,寻找SNP位点,针对第1 486-1 487上的非同义突变位点,开发了一套精准检测抗感根肿病基因型的竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive Allele Specific PCR,KASP)标记。利用该KASP标记对来自42个F_2群体的771个单株进行分型检测,其中315个单株含有纯合感病基因型GG,322个单株含有纯合抗病基因型AA,134个单株含有杂合等位基因型GA。其中对编号为2033的F_2群体中125株材料的KASP分型情况进行χ~2检测,其中纯合抗病基因型AA 30株,纯合感病基因型GG 33株,杂合基因型GA 62株,经χ~2检测,抗病材料与感病材料符合3∶1理论值,抗病纯合基因型、抗病杂合基因型与感病纯合基因型的比值符合1∶2∶1理论值,说明该抗病位点为显性单基因抗病位点。结合田间表型检测鉴定,AA分型和杂合的GA分型单株田间检测均为抗病表型,GG分型均为感病表型,KASP分型结果与田间鉴定结果一致。比对结果说明该KASP标记对根肿病抗、感植株进行正确分型,表明基于Crr1基因和LOC103834349的SNP位点开发的KASP标记可以准确高效的应用于油菜抗根肿病材料的分子标记辅助选择育种。
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