通过筛选栽培花生间具有多态性的SSR,分析总结多态性SSR的特征,旨在选择性利用SSR标记,推动栽培种花生遗传图谱构建、相关农艺性状的QTL定位和分子标记辅助育种进程。以秦皇岛光秧、石腰豆、印度窄叶、抗019、四粒红和黑花生6个不同植物学类型的中国栽培种花生为材料,选用不同设计类型的1 523个SSR标记筛选品种间多态性SSR,并对其扩增片段长度、重复基序、重复次数等进行分析。结果表明,1 523个标记中,筛选获得43对多态性SSR标记,产生123个多态性标记位点,多态性标记数占2.8%。43对多态性SSR标记中,以ARS××的多态性最高,在6个品种中多态率达6.8%。统计各种质间具多态性的S...

利用SSR标记分析了疣粒野生稻同栽培稻IR24间的遗传多样性,并对引物扩增条带类型进行了比较分析。结果表明,在所用的159对引物中共有153对引物检测到多态性位点,占总引物数的96.8%。在2个材料中共有848个位点扩增出条带,其中扩增条带片段大小相同的有67条,占总带数的7.9%。引物扩增多态性条带可以分为扩增条带片段大小不同、扩增条带数目不同和扩增条带强弱不同3种类型。说明在栽培稻中开发的SSR标记在疣粒野生稻中发生了很大的变异,不适宜进行遗传多样性分析,但仍可以应用于疣粒野生稻进行分子标记辅助选择。

选用分布于水稻12条染色体上的249对SSR引物,对9个不同类型水稻品种进行DNA扩增,筛选到具有3条以上特异扩增条带的SSR引物39对,其中能揭示籼粳多态性的引物有6对。用筛选到的引物在9个不同水稻品种间的扩增结果,初步分析了SSR标记的多态性及用于水稻指纹分析、籼粳分化分析和聚类分析的潜力。

利用914对引物(848对SSR引物和66对SFP引物),对籼型广谱持久抗瘟水稻品种湘资3150和籼型感病品种CO39的基因组多态性进行研究.结果表明,881对引物(815对SSR引物和66对SFP引物)有扩增产物,扩增率为96.39%.共筛选到220对多态性引物,多态性检出率为24.10%.SSR标记的多态性检出率为23.58%,低于SFP标记的多态性检出率(30.30%).不同染色体间多态性检出率差异较大,第10染色体的供试引物多态性检出率最高,为30%;第9染色体的多态性检出率最低,为14.55%.不同碱基数目基序的标记间多态性检出率有较大差异,其中4碱基重复型的多态性检出率最高,为27...

番茄(Solanum lycopersicum L.)基因组序列的出现为开发InDel标记提供了基础。本研究选用18个InDel和22个SSR标记对我国的59个和美国的23个鲜食番茄品种的基因组DNA多态性进行比较分析,以探讨InDel标记在分子育种中应用的可行性。结果表明:在82个品种中InDel标记比SSR标记的多态性低;InDel与SSR标记扩增到的条带数在我国的品种中差异显著,但在美国的品种中差异不显著;InDel标记扩增到的条带数在我国的品种和美国的品种间差异极显著。聚类分析发现我国育成的番茄品种间遗传差异非常小,而我国品种与国外品种间遗传差异较大。

[目的]对我国甘肃武都油橄榄品种园主要栽培品种子代进行父本分析,鉴定真实父本,探讨品种亲和性,为品种园授粉品种的选择提供科学依据。[方法]以武都油橄榄品种园114份种质为候选父本,基于14对SSR荧光标记,利用Cervus 3.0软件检测亲本分析相关参数,对‘城固32’、‘豆果’、‘贺吉布兰克’和‘皮瓜尔’4个主要栽培品种子代进行真实父本鉴定。[结果]14个SSR位点多态性高,累积排除概率随位点数增加而增大。对于单亲已知类非父排除概率(NE-2P),14个位点的累积排除概率高达0.999。通过比较子代、母本和候选父本的基因型,计算出每个候选父本的似然对数比,即LOD值,对油橄榄4个品种部分子代真实父本进行鉴定,其中‘城固32’和‘皮瓜尔’子代的主要父本为‘豆果’,‘豆果’和‘贺吉布兰克’子代的主要父本为‘小苹果’。[结论]所选高多态性和高累积排除概率的SSR位点适用于对油橄榄品种子代进行父本分析,为4个品种部分子代鉴定出真实父本,其中仅‘城固32’具有一定的自交亲和性,这为品种建园时授粉品种的选择和配置提供重要依据。

【目的】我国主栽苹果品种根据亲本构成可分为富士族系、元帅族系、金冠族系和国光族系，分析不同族系果实的香气特征和遗传特性，为果品品质研究和香气育种提供参考。【方法】采取固相微萃取和气相色谱质谱（SPME-GC-MS）联用技术对4个族系的50个苹果品种果实香气物质进行检测，利用变异系数（CV）和主成分分析（PCA）解析不同族系间香气物质的显著性和特征。【结果】50个品种共检测出146种香气成分，酯类（38种）、醛类（29种）和醇类（19种）为主要香气物质，共占总含量的72.82%，其中酯类在数量和含量上变异系数均大于醛类和醇类。富士族系和元帅族系的总香气成分数量显著多于金冠族系（P<0.05），酯类物质数量显著多于金冠族系和国光族系（P<0.05），醛类和醇类物质的数量在不同族系间未达到显著水平。以香气值大于1为标准确定出28种特征性香气成分，其中8种成分在40个品种以上均被检测出，是苹果的典型香气成分。对28种特征性香气成分进行主成分分析，共提取8个主成分，结合香气成分的嗅感特征将50个不同品种划分为4个代表不同香型的区域，富士族系和元帅族系在4个区域均有分布，金冠族系和国光族系主要分布在青香型和淡香型区域，浓香型区域主要为元帅族系，甜香型区域主要为富士族系。不同的选育方式对金冠族系和国光族系影响更大，表现为杂交品种的相似系数、与对照共有的香气成分占比显著低于芽变品种（P<0.05）；在所有族系中，芽变选育品种出现超亲现象的香气数量均多于杂交品种。【结论】富士族系和元帅族系的果实风味更加丰富，富士族系、元帅族系、金冠族系和国光族系的果实风味分别表现为甜香型、浓香型、青香型和淡香型；杂交能够提高后代香气成分的含量，并增加香气构成的复杂性；芽变对后代的香气成分种类影响较小，对香气含量的影响更大，其超亲现象多于杂交后代。

利用AFLP,SRAP和SSR3种不同类型的分子标记技术,研究了作图亲本F-3与HZL04-1间的多态性。结果表明,这3种标记技术多态性检测效率不同,其中,AFLP揭示作图亲本间多态性效率最高,SRAP次之,SSR多态性检测效率最低。选择高效揭示多态性的分子标记技术是提高黄瓜遗传图谱构建效率的关键。分析探讨了几种分子标记技术的优缺点,认为应用AFLP,SRAP构建黄瓜遗传图谱为最佳,SSR可以作为补充的标记。

以20个梨栽培品种为例,利用SSR标记构建梨分子身份证体系。从分布在梨17个连锁群的60对SSR引物中筛选出分别位于17条染色体的17对多态性引物对20个梨栽培品种进行扩增,共检测到等位基因136个,每对引物检测到的等位基因数在5~11之间,平均8个;共检测到基因型203个,每个引物检测到的基因型在7~17之间,平均为12个,表明所选引物具有较高的鉴别力。多态信息含量指数(PIC)变幅为0.614~0.848,平均为0.733。38个双引物组合可区分全部供试品种。根据引物对不同品种扩增条带大小进行编码,然后将每个品种17个SSR位点的赋值依次组合,建立了20个梨栽培品种的分子身份证。

作物遗传作图与QTL定位常应用在源于两自交系的单交群体上,是利用2个亲本之间的遗传多态信息;而育种实践中经常用到的四交群体却很少用于遗传作图。本研究将异交物种中F1分离群体的作图方法应用于常异花授粉作物棉花上,以4个陆地棉栽培品种泗棉3号、苏棉12、中4133和8891为亲本,构建陆地棉品种间四交作图群体泗棉3号/苏棉12//中4133/8891,利用JoinMap3.0构建了1张陆地棉栽培品种间的SSR标记遗传图谱。该图谱由56个连锁群组成,总长为2113.3cM,含有286个SSR多态位点,覆盖率达42.3%;单个连锁群的标记数2~24个,平均5.2个;长度为0.37~125cM,平均38...

利用分布于水稻12条染色体上的190个SNPs位点,对97个水稻品种进行了遗传多样性和遗传结构分析。结果表明,190个SNPs位点中有92个具有多态性,多态性比率为48.42%。品种间的遗传相似系数(GS)变化范围在0.34～1.00之间,平均GS为0.87。贝叶斯聚类和UPGMA法聚类的结果相似,均将供试材料分成籼、粳2个亚种,且品种间的亲缘关系与地理来源关系不大。通过SNPs标记的遗传多样性分析结果表明,供试材料在亚种内的亲缘关系较近、遗传基础狭窄,部分供试品种具有相似的遗传背景。

【目的】鉴定花生RNA-seq数据中的SSR位点,明确转录组中SSR位点的分布和结构特点,开发与花生基因相关联的SSR标记,为花生重要功能基因的挖掘、等位变异研究和分子标记辅助育种奠定基础。【方法】根据栽培种花生全生育期中22种不同类型的组织RNA-Seq数据,使用MISA软件分析SSR位点分布及特征,采用Primer3设计基因关联的SSR引物,并利用电子PCR软件对引物的质量进行检测,随机合成38对引物,进行多态性检测。【结果】从52 280条转录本中共鉴定19 143个SSR位点,分布于14 084条转录本,发生频率为26.94%。重复单元类型为单核苷酸—五核苷酸,以单核苷酸和三核苷酸为重复单元的SSR位点数最多,分别占位点总数的39.24%和38.40%。各重复单元优势基序类型分别为A/T、AG/CT、AAG/CTT、AAAG/CTTT和AACAC/GTGTT,占所在重复单元中的比例分别为97.62%、72.01%、30.96%、24.59%和16.67%。重复单元的重复次数为5—47次,单个SSR位点的长度的分布范围为10—47 bp,基序长度主要集中在10—14 bp;复合SSR位点的长度范围为21—249 bp,以31—40 bp为主。鉴定的SSR位点中共有13 477个SSR位点可以进行引物设计,其中5 020条转录本序列对应到特定的基因,共包含5 859个可进行引物设计的SSR位点,这些SSR位点在A基因组和B基因组共20条染色体上不均匀分布,其中B03染色体上SSR位点最多,为484个。对特定基因SSR引物进行电子PCR检测,在A.duranensis、A.ipaensis、A.hypogaea基因组中有效扩增位点分别为4 468、4 929和10 188个,有效引物数分别为3 968(67.74%)、4 232(72.25%)和5 174(88.33%)对,在A. hypogaea基因组中,SSR引物扩增位点主要以2个位点为主,其中,有1 477对引物单位点扩增。根据SSR引物扩增位点在栽培种花生基因组中的位置信息绘制了SSR位点的物理图谱。在38对SSR引物中,共有35对(92.1%)SSR引物可以扩增出清晰的条带,其中,有11对(28.9%)SSR引物在2个品种间扩增出差异条带。【结论】鉴定了13 477个可进行标记开发的SSR位点,开发、检测了5 859个基因相关SSR标记,在栽培种花生基因组中具有较高的扩增效率,并构建了基因相关SSR位点的物理图谱。

从国际公共生物数据库检索获得绵羊皮肤组织EST中筛选SSR,搜索到含有SSR的196条EST,共209个SSR位点,占整个绵羊皮肤组织EST数据库的6.3%,其中双碱基重复最多,占总SSR的71.8%,AC/TG重复在双碱基类型中最丰富,占双碱基微卫星序列总数的67%。根据筛选到的SSR设计并合成引物22对,其中18对在中国美利奴羊上有目的扩增条带。选用重复性好、多态性高的5对引物在中国美利奴羊、多浪羊和罗姆尼羊三个群体内进行PCR扩增,共检测到25个等位基因,位点多态信息含量变化范围为0.5030～0.7583,多态信息丰富;三个群体内等位基因类型、频率分布差异较大,发现了半细毛和细毛羊群体...

利用RAPD标记分析了梅16个栽培品种间的遗传变异。32个10碱基的随机引物扩增出181条谱带,其中138条为多态性谱带。相似系数的计算结果表明:梅栽培品种间存在较大的遗传多态性,但主要表现在真梅系与杏梅系、樱李梅系之间;聚类分析结果显示,RAPD能区分开梅的3个系,并且支持形态学分类中将枝姿作为一级分类标准的论断。

试验对外源DNA导入花生变异体的D8株行进行了数量性状的比较、相关性分析和聚类分析。结果表明:来自D4代同一株行的10个D8株行相比较,主茎高、侧枝长、总分枝数等性状无显著差异,叶长、果长及果皮厚3个性状差异显著或极显著;单株生产力与其他性状的相关程度不同,与果长呈极显著正相关,与主茎高呈显著负相关;将10个株行聚为3类,结果与系谱图并不完全一致。