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[期刊] 中国农业科学
[作者]
高亚梅 韩毅强 汤辉 孙东梅 王彦杰 王伟东
【目的】分析根瘤菌基因组中的简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs),为其在根瘤菌遗传多样性研究中的应用提供有益的信息。【方法】利用公共的微生物串联重复序列数据库资源,对已测序的3种根瘤菌基因组中SSRs的结构类型、分布、丰度等进行系统的比较分析。【结果】大豆慢生根瘤菌(Bradyrhizobium japonicum)、百脉根根瘤菌(Mesorhizobium loti)和苜蓿中华根瘤菌(Sinorhizobium meliloti)基因组中的SSRs分别为1410个、859个和638个,3种根瘤菌基因组中长重复的四、五、六核苷酸基序更为丰富,变异性更高。数目...
关键词：
根瘤菌 基因组 微卫星序列
[期刊] 水产学报
[作者]
魏峦峦 沈和定 张雨 方磊 张坤霞 陈诚
采用LA-PCR技术对瘤背石磺线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,瘤背石磺线粒体基因组序列全长13 957 bp,由22个tRNA、2个rRNA、13个蛋白编码基因和19个长度为2～138 bp的非编码区组成。4个蛋白质编码基因和8个tRNA基因从L链编码,其余基因均从H链编码。蛋白质基因的起始密码子,除ND2为TTG以外,均为典型的起始密码子ATN。COⅢ和Cytb基因使用了不完全终止密码子T,其余基因均使用典型的TAA或TAG。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现tRNASer缺少DHU臂,tRNASer和tRNAThr的反密码子环上有9个碱基,而不是通常的7个碱基。最长的非...
[期刊] 华北农学报
[作者]
樊连梅 李哲斐 韦革宏
为了发挥微生物和植物在重金属矿尾区铜污染土壤的共同修复作用,本研究从陕西省凤县矿尾区天蓝苜蓿根瘤中筛选分离到一株抗重金属铜的菌株,定名为CCNWSX0020。该菌株在YMA琼脂平板上抗铜浓度为3.0mmol/L,TY液体培养基中抗铜浓度为1.4 mmol/L,因此,它是研究根瘤菌抗铜机制的良好菌株。该菌株经生理生化分析、G+C mol%测定、DNA同源性分析及16S rDNA序列相似性比较,鉴定为苜蓿中华根瘤菌(Sinorhizobium melilo-ti),它与苜蓿中华根瘤菌LMG6133的菌株(GenBank登录号为X67222)相似性为99.7%。由于根瘤菌具有独特的生物学地位,即能够...
关键词：
重金属 铜 根瘤菌 16S rDNA
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
周岿 夏薇 丁晨红 周俊初
采用质粒快速检测法从供试33株费氏中华根瘤菌中分别检测出2~4个内源大质粒。用根据豌豆根瘤菌的repC基因设计1对引物RC1和RC3,从供试菌株及3株华癸中生根瘤菌和1株大豆慢生根瘤菌中扩增得到repC基因片段,证明在费氏中华根瘤菌中广泛存在repC基因。通过对扩增产物的测序,并与已报道的repC基因序列进行聚类分析,发现供试菌株可分为2个群,群a和群b,群内十分保守,但群间差异明显;其中群b的序列与已知类型的差异明显。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
黄宝灵 吕成群 余永昌 张慧 武波
为了开发利用我国人工林豆科树种根瘤菌的种质资源,该研究对华南地区两个人工林豆科树种厚荚相思和卷荚相思的根瘤菌两个代表菌株HJ06和JJ06进行了16S rDNA全序列测定,将此全序列与根瘤菌各已知种及相关种的16S rDNA全序列进行了比较及聚类分析,得到系统发育树状图.在系统发育树状图中,HJ06位于Rhizobium分支中并与根瘤菌属各个种的相似性达95%以上;JJ06位于Mesorhizobium分支中并与中慢生根瘤菌属各个种的相似性达97%以上.表明它们分别为不同的根瘤菌种,证明了从国外引种于中国华南的相思树种其根瘤菌具有多样性和复杂性.
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张学勇 李大勇
以小麦为重点 ,对小麦族植物中 DNA重复序列的划分、特点及其功能进行了概括 ,着重介绍了重复序列在基因组分化、DNA转座及在染色体联会和配对中的作用 ,并用一些实例就重复序列在起源和进化、染色体分子指纹图谱绘制、分子标记辅助选择及染色体操作中的应用作了比较全面的介绍。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
姚涵 汤才国 赵静 郑琪 李滨 郝晨阳 李振声 张学勇
【目的】偃麦草（Ｔｈｉｎｏｐｙｒｕｍ）是小麦（ＴｒｉＴｉｃｕｍ ａｅｓＴｉｖｕｍ Ｌ．）的多年生野生近缘植物，具有许多可用于小麦品种改良的优异基因。利用基因组特异重复序列可以研究物种的进化关系、绘制染色体指纹图谱及检测外源染色质。克隆十倍体长穗偃麦草（Ｔｈ．ｐｏｎＴｉｃｕｍ（ｈｏｓＴ）Ｌｉｕ ａｎｄ Ｗａｎｇ）基因组特异重复序列，可用于鉴定和追踪导入到小麦背景中的偃麦草遗传物质。【方法】通过构建十倍体长穗偃麦草小片段质粒文库，并对文库进行高密度点杂交（ｄｏＴ－ｂＬｏＴ ｈｙｂｒｉｄｉｚａＴｉｏｎ）筛选，结合荧光原位杂交（ｆＬｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ｉｎ ｓｉＴｕ ｈｙｂｒｉｄｉｚａＴｉｏｎ，ｆｉ．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘福秀 阮小蕾 何云蔚 李华平
【目的】了解水稻瘤矮病毒(RGDV)基因组结构与功能。【方法】根据已报道的RGDV基因组各片段末端序列及其反向重复特性,采用4轮RT-PCR的方法扩增RGDV基因组第6片段(S6),用生物学软件进行序列分析。【结果】得到了该病毒S6的全序列。S6全长1651bp,G+C含量39.13%,包含一个长的ORF,起始于第25位,终止于第1497位,编码490个氨基酸,分子量为53.3kD。【结论】该蛋白与伤瘤病毒(WTV)的P7的相似性为30.0%,与水稻矮缩病毒(RDV)的P7的相似性为31.7%。这是RGDVS6全序列的首次报道。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
伍茜 杨威 赵位 程建国 罗燕 王印 杨泽晓 姚学萍
[目的]对分离自林麝化脓肺脏的1株疑似铜绿假单胞菌(PA)进行鉴定,并分析其致病和耐药机制,为林麝PA感染化脓性疾病的防控奠定基础。[方法]将病原菌分离纯化后,依次进行生化试验、16S rRNA序列分析、药敏试验和小鼠致病性试验,并通过全基因组测序,对分离菌株进行群体进化和物种分型分析以及基因功能注释。[结果]分离自林麝化脓肺脏的1株疑似铜绿假单胞菌经鉴定与PA相符,命名为FMDP001。药敏试验显示其对阿莫西林、头孢曲松、氨曲南、多粘菌素B和林可霉素耐药;对小鼠半数致死量为9.4×10~5 CFU/mL。全基因组序列分析显示该菌基因组大小为6 955 100 bp,序列类型为ST1249,与B136-33株同源性最高,且两菌株基因组平均核苷酸一致性(ANI)值达98.93%;全基因组中共有357个序列编码FMDP001与致病性相关的基因,根据功能分为黏附、铁摄取、胞外毒性蛋白和调控系统;84个序列编码耐药基因,其中多药耐药外排泵为主要成分。[结论]从林麝化脓肺脏中分离到1株致病性较强的PA,并获得ST1249型林麝源PA的全基因组序列,序列显示该菌携带大量药物外排泵及生物膜形成相关基因,决定其具有多重耐药特性,哌拉西林等可作为该类型PA感染的临床用药。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
彭玉红 焦如珍 牟新涛
为了探讨木本豆科植物根瘤菌对不良环境的抵抗能力,对分离自海南尖峰岭国家自然保护区的9株根瘤菌进行了初步研究。结果发现:9株根瘤菌最适生长pH值均为7,最适NaCl含量均为10.0 g.kg-1;菌株CAF224的最适生长温度为37℃,菌株CAF416、CAF438和CAF279的最适温度为20~28℃,其余5株为28℃。9株根瘤菌均可在pH值4~11、NaCl 20.0 g.kg-1、37℃条件下生长,其中CAF224和CAF276菌株耐受pH值3;CAF226可以在40.0 g.kg-1NaCl培养基中生长;CAF276可耐受20 min 50℃、10 min 60℃高温。不同宿主、不同生态...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
赵英杰 吕品 周祥山 张元兴
为研究家驴基因组重复序列,通过2次羟基磷灰石柱层析,分离纯化家驴Cot 0-Cot 0.1之间的基因组高度重复DNA序列,用于构建家驴基因组Cot文库,并向GenBank提交了18条重复序列,其中4条含有LINEs序列片段,4条含有SINEs序列片段,3条含有卫星序列片段,4条含有简单重复序列片段,1条含有LTR-逆转录转座子片段,2条未知功能的重复序列。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵志新 张蒙
【目的】串联重复序列存在于大多数真核生物基因组中,对于生物基因表达调控具有重要意义。本研究从基因组角度探究串联重复序列在克莱门柚基因不同区域的模体特征,为重复序列在基因调控中的作用提供提供参考。【方法】从Phytozome数据库下载克莱门柚全基因组序列和基因注解(gene annotation)数据,然后使用Phobos version 3.3.12软件抓取1~50 bp的重复单元,检测分析串联重复序列在基因内和基因间的密度及模体类型特征。【结果】克莱门柚基因组串联重复序列高密度的主要为短序列重复单元(1~7 bp),主要重复类别是单碱基、二碱基、六碱基、三碱基、七碱基、四碱基和22碱基等,且以A和T重复为主。克莱门柚基因组中最高和次高的串联重复序列密度在5’UTR和它的直接上游区域,即UI500和UI200;CDS中密度最低,且以3n模体(如3、9、12 bp等)为主要的重复单元。【结论】串联重复序列在克莱门柚基因组中的特征,与基因转录、翻译等功能有密切的关系,本研究对串联重复序列在植物基因组中的特征及作用有借鉴作用。
关键词：
克莱门柚 串联重复序列 密度 基因组
[期刊] 华北农学报
[作者]
石凤敏 云锦凤 赵彦 张瑞霞
以蒙古冰草DNA为模板,采用PCR扩增的方法从蒙古冰草(Agropyron mongolicumKeng)中分离得到了一个类反转录转座子基因序列,命名为MwRRT(GenBank:GQ855806.1)。序列分析结果表明:该序列长为1 005 bp,包含780 bp的开放阅读框,编码260个氨基酸。经GenBank中BLAST程序分析表明,该片段98~255处氨基酸与水稻(Oryza sativa)预测逆转录转座子蛋白Ty3-gypsy亚类、预测种属特异抗原—聚合酶(Gag-Pol)前体和预测聚合酶氨基酸同源性为47%;与高粱(Sorghum bicolor)的预测GAG-POL前体氨基酸同源...
关键词：
蒙古冰草 反转录转座子 克隆
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
叶莹 蔡生力 刘红
角蛋白18是角蛋白的一种,属于S型角蛋白,是在哺乳动物和两栖类动物胚胎发育中第一个表达的中间纤维蛋白。根据已发表的人、爪蟾及斑马鱼角蛋白18 DNA序列,通过DNAman同源性比较获得保守序列,并从中设计二对引物。从稀有鲫基因组中PCR扩增得到2 779 bp的角蛋白18的DNA序列片段;通过基因组步移,分别获得该基因的上游和下游序列片段;最后将获得的全基因片段克隆至质粒载体pMD19-T进行序列测定检验。结果显示所克隆的稀有鲫角蛋白18基因全长3 765 bp。对该基因进行NCBI的Blastn同源性比较分析,表明稀有鲫同斑马鱼比较角蛋白18 DNA序列存在73.6%同源相似性;同时对...
关键词：
稀有鲫 角蛋白18 克隆 基因组步移
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李双双 薛龙飞 苏爱国 雷彬彬 王玉美 华金平
线粒体是真核细胞内的重要细胞器,是一种遗传上半自主性的细胞器,编码与自身功能相关的部分基因,参与生命活动一些过程。植物的线粒体基因组较动物的更为复杂,且与植物细胞质雄性不育和物种进化密切相关。本文概述了植物线粒体基因组测序工作,并在此基础上,综述了植物线粒体基因组的大小、组成形式、基因组序列的结构特征、基因组成,分析表达特点、RNA编辑、序列重组,以及线粒体基因组进化、线粒体相关的雄性不育机理研究的研究进展。
关键词：
植物 线粒体 基因组 序列分析
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