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[期刊] 林业科学研究
[作者]
罗辑 周国英 朱积余
昆虫病毒是专性侵染节肢动物的一类微生物,包括核型多角体病毒、颗粒体病毒、质型多角体病毒、痘病毒、虹彩病毒等很多类群。核型多角体病毒属于杆状病毒科(Rhabdoviridae)核型多角体病毒属(Nucleopolyhedrovirus),是昆虫病毒中最大的类群。它能够专一性地侵染并杀死一种或者几种农林害虫,并且对害虫天敌、环境、人畜无害,是一种值得推广的绿色生物农药。本文总结了获得全基因组序列的核型多角体病毒,综述了核型多角体病毒的基因组主要功能基因(RNA转录相关基因、DNA复制相关基因、结构相关基因)及其他基因,并对核型多角体病毒今后的发展方向进行了展望。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陈绳亮 罗保君 常国辉 李天宪 张忠 赵林
应用限制性内切酶图谱分析法，估算茶毛虫核型多角体病毒（ＥｐＮＰＶ） 基因组大小为１３１．０９ ｋｂ；通过随机克隆，将ＥｐＮＰＶ 基因组８ 条ＢａｍＨ Ⅰ酶切片段中的６ 条、１３ 条Ｐｓｔ Ⅰ酶切片段中的７ 条、２６ 条ＥｃｏＲ Ⅰ酶切片段中的７ 条、２１ 条Ｈｉｎｄ Ⅲ酶切片段中的７ 条、１４ 条Ｘｂａ Ⅰ酶切片段中的９ 条分别克隆至载体ＰＴＺ１９Ｒ，构建了ＥｐＮＰＶ基因组的部分质粒文库。
[期刊] 华北农学报
[作者]
卢峰 吕香玲
高粱是世界上最主要的禾谷类作物之一,是日趋重要的生物燃料作物。同时,它也是一种最有害的杂草的先祖,是许多具有复杂基因组的热带草的植物学模型,开展其基因组学研究具有重要意义。目前已经构建了高粱种内和种间的遗传图谱,完成了高粱全基因组的测序,这为探索高粱基因和功能的对位提供了保障。笔者对高粱基因组遗传图谱、物理图谱及基因组特征、序列分析、QTL定位及关联遗传学等几方面的研究进展进行了整理和总结,为开展相关研究工作及想了解相关信息的广大学者提供了参考信息和研究方向的建议。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
罗辑 周国英 朱积余
油桐尺蛾核型多角体病毒广西株基因组序列由Sanger测序的方法得到。拼接后获得了121 268 bp序列,GC含量为36.76%。以长度不小于50 aa的序列认定为功能基因,共预测到131个开放阅读框,通过Blast比对,其中87个能注释到功能基因。对基因组序列进重复序列分析,共发现SSR位点174个,同源重复序列1个。在SSR位点中,包含6种长度的重复基序,且以富含AT的重复基序为主。同源重复序列两端为一59 bp片段或其一部分组成的重复序列,两端分别重复12次和7次,中间则为一段与重复片段无关的236 bp片段。与武汉株相比,广西株病毒在37个核心基因中有4个存在蛋白序列长度上的差异,而在...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
游欣欣 卞超 陈洁明 孙颖 石琼
作为两栖鱼类的代表,弹涂鱼处于从水生鱼类进化到陆生四肢动物的重要过渡环节。从2012年开始,深圳华大基因研究院与深圳野生动物救护中心、厦门大学等单位合作,共同实施弹涂鱼全基因组测序计划,有关基因组(结合转录组)的第一篇文章已在Nature Communications上发表(2014,5:5594)。本文就弹涂鱼两栖习性的基因组学研究进展进行综述,探讨弹涂鱼适应两栖习性的分子机制,并对以基因组数据为基础的后续研究进行展望,以期为国内外同仁相关基因组学研究提供参考。
关键词：
全基因组测序 基因组学 转录组 弹涂鱼
[期刊] 林业科学
[作者]
江泽慧
概述竹类植物基因组学研究进展,包括RAPD,RFLP,AFLP,ISSR等分子标记的开发与应用,开花、细胞壁生物合成、光合作用、抗逆等相关的重要功能基因研究,基因组测序与比较基因组学等;在分析和综述的基础上,提出竹类植物分子生物学研究基础薄弱、功能基因鉴定困难等不足,并明确遗传转化体系的建立、比较基因组学与功能基因组学研究、分子标记辅助育种是今后竹类植物基因组学研究的重点。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘永清 周常勇 周彦
本文从选育和利用抗(耐)柑橘衰退病毒(Citrus tristeza virus,CTV)的柑橘品种和砧木、弱毒株交叉保护、转基因诱导的CTV抗性等方面综述抗柑橘衰退病毒基因工程研究进展,并就人工miRNA(artificalmicroRNA,amiRNA)介导抗性加以展望,旨在为更好地控制CTV危害提供借鉴。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
徐进 冯洁
植物细菌性青枯病是由茄科雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum Yabuuchi et al.)引起的一种世界性重大病害。作为复合种,青枯菌在与寄主长期协同进化过程中,表现出广泛的生态和寄主适应性。Fengan和Prior提出青枯菌演化型分类框架,用以描述青枯菌种以下的遗传多样性。青枯菌种内表型特征差异的本质是其基因组较其它植物病原细菌更为复杂和更具可塑性。笔者对近期青枯菌遗传多样性和致病基因组学方面的研究进展进行了归纳和讨论。
关键词：
青枯菌 遗传多样性 演化型 致病基因组学
[期刊] 华北农学报
[作者]
孙发仁 王怀宽 季敏
从豆天蛾(Clanis bilineata tsingtauica Mell)的幼虫中分离到(?)株核型多角体病毒,其多角体的平面图象多为六边形和近圆形,直径0.6～2.0μm,病毒粒子杆状,两端圆滑,大小约50nm×320nm.室内和田间试验表明,该株病毒对豆天蛾幼虫有比较强的致病力.对三龄幼虫的致死中浓度(LC_(50))为1.4×10~(4.8)个多角体/ml,y=3.24+0.54x.田间防治效果可达70%左右,与苏云金杆菌制剂或其他害虫病毒制剂混用,防治效果达90%以上,好于常用化学农药氧化乐果,且残效作用较长.该病毒对家蚕、柞蚕和瓢虫无致病作用.
关键词：
大豆 豆天蛾 核型多角体病毒 防冶效果
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
方静平 林艺华 杨川毓 陈如凯
本文综述了番木瓜环斑病毒（ＰａＰａｙａ ＲｉｎｇｓＰｏｔ ＶｉＲｕｓ，ＰＲｓＶ）的生物学特性、防治措施及抗ＰＲｓＶ转基因番木瓜在国内外研究进展，通过基因转化对番木瓜基因组结构和功能的影响及外源基因整合主要技术方法等内容的阐述，展望了转基因番木瓜的研究前景．
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
马相如 郭爱珍 肖少波 金梅林 陈焕春
“严重急性呼吸道综合征”(SARS)由于危害严重,引起人们的高度重视,在各国科研人员努力下,目前已完成了十几个毒株的分离与全基因组测序工作。本研究对世界各地分离的SARS毒株的基因组全序列进行比较,发现不同毒株的同源性在99.8％以上,SARS病毒的遗传稳定性较高;将SARS病毒与其它冠状病毒基因组以及编码蛋白质序列进行比较分析,证实SARS病毒是一种新的冠状病毒,可能进化起源较早,并发现SARS病毒和牛冠状病毒同源程度最高。SARS病毒orflab、orfla、S、M、N编码区氨基酸序列和牛冠状病毒同源程度最高,鼠肝炎病毒次之。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
潘梦 付余 王笑言 徐永亮 杨汉春 张大丙
为揭示国内新型鸭肝炎病毒(DHV)基因组3′末端的序列特点,用3′RACE和RT-PCR克隆DHV分离株C-GY株的基因组3′末端序列,并以GenBank中已知全序列的22株DHV作为参照,进行比较分析。结果表明,C-GY株基因组3′末端包含1 359 nt的3D、终止密码子TAA3、66 nt的3′UTR和15 nt的poly(A)。与其他DHV相同之处:C-GY的3D蛋白含453个氨基酸,亦包含小RNA病毒RNA聚合酶的5个特征基序。C-GY的3′UTR长度与台湾新型DHV相同,仅比韩国新型缺少1个C,但比DHV血清1型(DHV-1)长52 nt。分析3D和3′UTR核苷酸序列,可见C-G...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
崔正秀 孙柳清 肖苗苗 王燕飞 罗永平 赫娟 玉山江·麦麦提 陈伟
【目的】研究南瓜蚜传黄化病毒(Cucurbit aphid-borne yellows virus, CABYV)的分子特征、遗传结构和进化机制，对于明确该病毒病在田间发生的流行规律和制定长期可持续的防控策略具有重要意义。【方法】从新疆阿克苏市随机采集了疑似感染CABYV的120份甜瓜叶片，采用RT-PCR方法进行病毒检测，序列采用MEGA 7.0构建系统发育树，使用DnaSP v5.10分析不同序列之间的遗传多样性，采用RDP v.4.31软件分析CABYV序列可能发生的重组事件。【结果】经RT-PCR验证，38个样品为CABYV阳性，检出率为31.67%。从这些阳性样品中分离、测序、克隆得到了一个新的CABYV-2分离物。该分离物基因组长度为5497 bp,编码6个开放阅读框。与NCBI数据库中的来自不同国家的23个CABYV分离物相比，CABYV-2与KR231942.1的同源性最高，与JF939812.1的同源性最低。进化树分析结果表明，24个分离物由于地理因素的不同被分为2个分支，其中CABYV-2与KR231942.1聚在一起，属于分支1。遗传多样性与中性检验结果说明CABYV存在高度变异且种群不断扩展。重组分析结果表明，有EU636992.1和KR231949.1两个重组事件，重组加剧了CABYV的变异。【结论】CABYV在我国分布广泛且种群不断扩展，成为瓜类植物生产的限制因素。CABYV新疆阿克苏市分离株与韩国分离株KR231942.1亲缘关系最近，与来自欧洲国家的分离株亲缘关系最远，分支1和分支2分离株之间存在较大的遗传差异，CABYV在不同宿主间的重组加剧了CABYV的变异，重组和负选择可能是影响CABYV遗传变异的重要原因。
关键词：
CABYV 基因组克隆 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈豪泰 张杰 孙德惠 马丽娜 刘湘涛 刘永生
【目的】明确口蹄疫病毒基因组的结构特征及其变异与结构、功能的关系以及系统发生关系。【方法】利用DNAstar和Clustalx程序进行184个口蹄疫病毒基因组序列的同源性分析、多重排比。【结果】口蹄疫病毒基因组ORF大小有所差异,范围为6963～7120 nt,编码2320～2339 aa的多聚蛋白。核苷酸和氨基酸序列的同源性,7个不同血清型间>77.6%和>78.3%,本研究发现了可能和生物学功能相关的新的保守和变异区域。【结论】口蹄疫病毒RNA的变异类型丰富和多样性程度较高,自然界存在的毒株可能大于血清学和测序发现的FMDV的毒株数目。
关键词：
毒株数目 口蹄疫 遗传变异
[期刊] 中国农业科学
[作者]
盛晔 闵丹 李轶女 张志芳 朱越雄 朱江
【目的】研究新发现的斜纹夜蛾核型多角体病毒Ⅱ株基因ORF13的结构与功能。【方法】根据SpltMNPV Ⅱ ORF13基因序列设计引物,经PCR扩增并克隆ORF13。在生物信息学分析基础上进行启动子活性分析和转录时相分析。构建ORF13片段的原核表达载体,表达并纯化融合蛋白后制备多克隆抗体。【结果】核苷酸序列分析表明,起始密码子上游-84bp处发现杆状病毒晚期启动子基序ATAAG,没有发现明显的早期启动子基序。启动子活性分析和转录时相分析证实,ORF13是一个早期和晚期都表达的基因,在病毒感染2 h就开始转录,18 h达到最高峰,24 h以后转录水平有所下降,但基本维持恒定。pET-28a-O...
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