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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
喻红稠 覃悦 韩长志
具有脂蛋白信号肽的蛋白参与细胞膜结构构建、细胞膜稳定性维护、信号转导和转运等过程，在维持细菌生理功能、致病性和耐药性等方面发挥重要作用.树生黄单胞杆菌是杧果生产中的重要病原之一，目前尚缺乏有关该菌脂蛋白信号肽蛋白的研究.本研究基于树生黄单胞杆菌的全基因组序列，通过LipoP v1.0在线程序分析，获取了175条具有脂蛋白信号肽的蛋白序列，并对这些蛋白开展了包括保守结构域、信号肽、跨膜区结构域、亚细胞定位和理化性质等的生物信息学分析.结果表明：144个脂蛋白氨基酸序列长度集中于100～500个之间；163条蛋白序列具有信号肽，仅有13条蛋白序列具有明显的保守结构域；90个蛋白定位在线粒体；这些蛋白在亲(疏)水性最强氨基酸残基及其位置方面存在较大的差异.此外，通过遗传关系分析进一步明确了与树生黄单胞杆菌中脂蛋白信号肽蛋白具有较高同源性和较近亲缘关系的其他物种，而大部分脂蛋白信号肽间的同源性并不高.
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
韩长志 王娟
为明确黄单胞菌Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ ｃａｍｐｅｓｔｒｉｓ ｐｖ．ｒａｐｈａｎｉ ７５６ｃ（Ｘｃｒ）中存在的Ⅵ型分泌蛋白（ｔｓｓ）数量及其所具有的信号肽、保守ｍｏｔｉｆ等信息以及该菌中ｔｓｓ与其他病菌中同源序列之间的遗传关系，利用关键词对Ｘｃｒ蛋白质数据库进行搜索，并对Ｘｃｒ中ｔｓｓ氨基酸序列开展信号肽、跨膜结构域以及保守基序（ｍｏｔｉｆ）的生物信息学分析，同时，对Ｘｃｒ中所含有的ｔｓｓ与其他病原菌中同源序列之间的遗传关系进行分析。明确Ｘｃｒ中存在３个ｔｓｓ，分别命名为ｔｓｓａ、ｔｓｓＢ、ｔｓｓｃ，上述ｔｓｓ均含有高于５０％比例的！螺旋结构，均定位在细胞膜上以及具有３个保守ｍｏｔｉｆ，而就信号．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
马建荣 余永红 宋卉 刘戈飞 沈晓萌
【目的】拟运用生物信息学的方法对目标基因进行预测分析，为后续展开水稻白叶枯病菌FabG及脂肪酸代谢途径的实验室研究提供参考。【方法】利用大肠杆菌(Escherichia coli)FabG(EcFabG)序列，在Xoo PXO99~(A)菌株基因组中经同源性比对发现，PXO＿03085、PXO＿00989、PXO＿03629、PXO＿02411、PXO＿02878、PXO＿02709所编码蛋白与大肠杆菌FabG具有同源性，将该6个基因分别命名为XoofabG1～XoofabG6并将其编码蛋白命名为XooFabG1～XooFabG6。进一步运用生物信息学在线分析软件对这6个蛋白与EcFabG进行了理化性质、蛋白结构、亲水性、跨膜结构、信号肽、磷酸化位点及蛋白相互作用网络方面进行预测分析。【结果】6个蛋白（XooFabG1～XooFabG6）在理化性质、亲水性和信号肽方面区别较大，其中XooFabG1是一个不稳定蛋白，属于短链脱氢酶家族，具有酮脂酰ACP还原酶活性，但蛋白稳定性差，很可能与细菌应激状态下的反应有关。XooFabG3被标注为3-酮脂酰ACP还原酶，与EcFabG相比，功能相差较大，推测与辅因子和维生素的代谢相关。XooFabG5具有酮脂酰ACP还原酶结构域(KR domain)，但该结构域在蛋白质序列中所处位置与EcFabG相比差异较大，推测其催化底物可能与EcFabG不同。XooFabG6在各方面的性质与EcFabG最接近，推测XooFabG6为3-酮脂酰ACP还原酶并参与脂肪酸合成代谢。但XooFabG2和XooFabG4的功能还不明确。【结论】本文通过预测分析黄单胞菌水稻致病变种中6个同源蛋白的特性，推测了其中4个蛋白可能具有的功能，对研究Xoo的脂肪酸合成途径具有一定意义。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
侯丽媛 江经纬 蒋建东 许志辉 梁志清
［目的］本研究旨在发掘木质纤维素降解菌种资源，并寻找木质纤维素降解关键酶基因和代谢通路。［方法］以纤维素为唯一碳源，从土壤、腐叶混合物中分离出２７株具有纤维素降解能力的细菌。通过测定纤维素酶活力，将降解效果最优菌株进行全基因组测序。通过与同属细菌的全基因组序列的比对构建贝叶斯树。［结果］菌株Ｊ１内切纤维素酶、滤纸酶和β－葡萄糖苷酶活力峰值分别为０．３９、０．１８和０．１１ ＩＵ·ｍ Ｌ～（－１），并将菌株Ｊ１鉴定为假黄单胞菌（ＰｓｅＵｄｏｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ ｓＰ．）。ＣＬＵｓｔｅｒｓ ｏｆ ｏｒｔｈｏＬｏｇｏＵｓ ｇｒｏＵＰｓ（Ｃｏｇ）和Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ－ａＣｔＩｖｅ ｅｎｚｙｍｅ．．．
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
刘笑天 仇昊 田莉 师亮 任昂 赵明文 谢荣
[目的]本文旨在对灵芝中主要的转录因子家族同源蛋白进行筛选，分析其序列特性和乙酸处理下的转录水平变化，为深入研究灵芝的基因表达及产物代谢调控提供理论基础。[方法]运用生物信息学方法，分析灵芝蛋白数据库，将其与公共数据库中的19种真菌常见转录因子家族进行比较，从中筛选出灵芝转录因子家族同源蛋白。对bZIP转录因子家族进行生物信息学特性分析。通过乙酸处理组的转录组数据分析它们的转录水平变化。[结果]经数据库的比对，获得来自19个家族的261个灵芝转录因子同源蛋白，其中含有OB-fold、Zn2Cys6和C2H2保守结构域的同源蛋白数目最多，分别为61、55和40个。进化树分析结果表明，灵芝中bZIP转录因子同源蛋白可分为4个亚组。染色体定位结果显示，Chr3上的转录因子同源蛋白数量最多，Chr13上的最少。亚细胞定位预测结果表明，位于核仁和细胞质的转录因子同源蛋白数目较多，分别为108和78个。乙酸处理组的转录组数据表明，含有TEA结构域的GL22568＿R1乙酸处理后转录水平显著下调；含有C2H2结构域的GL16029＿R1，含有Zn2Cys6结构域的GL17627＿R1、GL16724＿R1和GL21326＿R1乙酸处理后转录水平显著上调。[结论]灵芝转录因子家族分类较多，分布较广，其中分属于TEA、C2H2和Zn2Cys6三个转录因子家族的5个同源蛋白能够响应乙酸处理。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
刘笑天 仇昊 田莉 师亮 任昂 赵明文 谢荣
[目的]本文旨在对灵芝中主要的转录因子家族同源蛋白进行筛选，分析其序列特性和乙酸处理下的转录水平变化，为深入研究灵芝的基因表达及产物代谢调控提供理论基础。[方法]运用生物信息学方法，分析灵芝蛋白数据库，将其与公共数据库中的19种真菌常见转录因子家族进行比较，从中筛选出灵芝转录因子家族同源蛋白。对bZIP转录因子家族进行生物信息学特性分析。通过乙酸处理组的转录组数据分析它们的转录水平变化。[结果]经数据库比对，获得来自19个家族的261个灵芝转录因子同源蛋白，其中含有OB-fold、Zn2Cys6和C_2H_2保守结构域的同源蛋白数量最多，分别为61、55和40个。进化树分析结果表明，灵芝中bZIP转录因子同源蛋白可分为4个亚组。染色体定位结果显示，Chr 3上的转录因子同源蛋白数量最多，Chr 13上的最少。亚细胞定位预测结果表明，位于核仁和细胞质的转录因子同源蛋白数量较多，分别为108和78个。乙酸处理组的转录组数据表明，含有TEA结构域的GL22568＿R1在乙酸处理后转录水平显著下调；含有C_2H_2结构域的GL16029＿R1以及含有Zn2Cys6结构域的GL17627＿R1、GL16724＿R1和GL21326＿R1在乙酸处理后转录水平显著上调。[结论]灵芝转录因子家族分类较多，分布较广，其中分属于TEA、C_2H_2和Zn2Cys6三个转录因子家族的5个同源蛋白能够响应乙酸处理。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵直 吴钢 王闵霞 朱旭东 蒲志刚 张志勇 彭正松 蔡平钟
以分离的3株苏云金芽孢杆菌质粒为模板,通过设计一对特异引物,PCR扩增得到3条全长3.6 kb的基因序列,其各自都包含一个完整的开放阅读框,编码序列全长分别是3468、3450、2697 bp(Genebank登录号分别为GQ385073,GQ385074,GQ385075);它们与cry1A类基因同源性都高达95%以上;分别编码1159、1150和902个氨基酸。并在此基础上采用生物信息学方法对这3个基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、跨膜结构域、疏水性/亲水性、亚细胞定位、跨膜结构域以及功能域等方面进行了预测和分析。为转基因抗虫植物和微生物杀虫工程菌的构建提供了基因来源。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
李昊阳 施杨 丁亚娜 徐吉臣
扩展蛋白是植物细胞壁的重要组成部分,广泛存在于植物基因组中,具有疏松细胞壁组分、增加细胞壁柔韧性的作用,在植物的生长发育及抗性等多个方面起着重要的作用。全基因组序列分析显示,杨树中的扩展蛋白基因家族包含36个成员,分属于EXPA、EXPB、EXLB和EXLA 4个亚家族。系统生物信息学分析表明,杨树扩展蛋白基因具有保守的序列特征和稳定的蛋白结构,包括9种不同的内含子起源模式以及6个高频密码子。基因表达分析显示,该家族基因在杨树木材形成相关的组织/器官中表达丰度较高,对林木生殖发育也起着重要的作用。研究结果展示了杨树扩展蛋白基因家族的基本信息和特点,为深入研究杨树扩展蛋白基因的功能搭建平台。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张鹏 王莉 陈雯莉
应用NCBI、Expasy等在线生物信息学网站与生物信息学软件对蓝细菌各菌株的PipX进行多序列同源对比分析,获得保守序列,预测了二级结构与结构域,分析了pipX的基因簇等。分别构建了蓝细菌的16S rDNA进化树以及基于PipX的分子进化树,同时也对与PipX相互作用的NtcA和PⅡ构建分子进化树进行了比较分析,了解它们之间起源与进化的关系。由此推测PipX可能是蓝细菌氮代谢途径中除NtcA、PⅡ外的另一个关键调控蛋白,有着重要的生理功能。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
韩长志 王娟
为明确黄单胞菌Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓｃａｍｐｅｓｔｒｉｓｐｖ．ｒａｐｈａｎｉ７５６ｃ（Ｘｃｒ）中存在的Ⅵ型分泌蛋白（ｔｓｓ）数量及其所具有的信号肽、保守ｍｏｔｉｆ等信息以及该菌中ｔｓｓ与其他病菌中同源序列之间的遗传关系，利用关键词对Ｘｃｒ蛋白质数据库进行搜索，并对Ｘｃｒ中ｔｓｓ氨基酸序列开展信号肽、跨膜结构域以及保守基序（ｍｏｔｉｆ）的生物信息学分析，同时，对Ｘｃｒ中所含有的ｔｓｓ与其他病原菌中同源序列之间的遗传关系进行分析．明确Ｘｃｒ中存在３个ｔｓｓ，分别命名为ｔｓｓ ａ、ｔｓｓ Ｂ、ｔｓｓ ｃ，上述ｔｓｓ均含有高于５０％比例的ａ螺旋结构，均定位在细胞膜上以及具有３个保守ｍｏｔｉｆ，而就信号．．．
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
孙超 王力 齐仁立 姜东凤
【目的】克隆猪Musclin基因,分析和预测其编码蛋白的结构与功能。【方法】从猪肌肉组织中提取总RNA,RT-PCR扩增获得Musclin基因,对其进行克隆和测序,并根据生物信息学分析方法,利用Tmpred、SignalP3.0、TargetP 1.1等分析软件,对猪Musclin蛋白的跨膜结构、信号肽、细胞定位、结构特征等进行分析和预测。【结果】猪Musclin蛋白主要集中在分泌途径上,存在于细胞外,其核苷酸序列与家兔的具有较高的相似性,氨基酸序列32～45位和55～63位存在2个可能的强跨膜螺旋区,该蛋白的空间结构以α螺旋、β转角和无规则卷曲为主;其1～26位氨基酸序列是一段信号肽,在26...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
周康奇 潘贤辉 刘奕 牟希东 郑曙明 胡隐昌 宋红梅 杨叶欣
为探究卵黄蛋白受体(Vitellogenin receptor,Vtgr)在双须骨舌鱼性腺发育的作用及组织表达规律,本研究运用RACE技术首次克隆获得双须骨舌鱼vtgr cDNA全序列,该序列全长为2 841 bp,开放阅读框(ORF)为2 556bp,编码氨基酸851个,5’端非编码区26 bp,3’端非编码区258 bp。生物信息学分析显示,vtgr蛋白分子质量为93.6 ku,等电点为4.78,含有8个低密度脂蛋白受体A结构域(LDLa),5个低密度脂蛋白受体YWTD结构域(LY),2个类表皮生长因子结构域(EGF),1个钙结合类表皮生长因子结构域(EGF-CA),1个跨度为23个氨基酸的跨膜结构域,属于极低密度脂蛋白受体(vldlr),是亲水性跨膜蛋白。多序列比对分析表明,双须骨舌鱼vtgr高度保守,与美丽硬仆骨舌鱼(Scleropages formosus)相似度最高为95.96%。系统进化树分析发现,与美丽硬仆骨舌鱼聚为一支,与鲽形目、鲤形目、鲑形目亲缘性较远。qRT-PCR结果分析发现,双须骨舌鱼vtgr在雌雄鱼的8个不同组织中均有表达,在卵巢和精巢中的相对表达量显著高于鳃、肝、脾、心脏、头肾、脑等组织(P<0.05)。此外,vtgr在雌雄鱼性腺发育Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ期表达分析表明,在卵巢中vtgr相对表达量依次递减,且Ⅱ期显著高于Ⅲ和Ⅳ期(P0.05),但Ⅱ和Ⅲ期表达量显著低于卵巢(P<0.05)。研究表明,vtgr基因编码区序列有较高保守性。Vtgr在双须骨舌鱼前期卵巢发育中发挥着重要作用。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
李曦婷 王超 薛彦杰 李化生 张翔 尹荣兰 董俏 刘梦志 李睿 尹荣焕
在沈阳某规模化养猪场疑似感染副猪嗜血杆菌的病猪肺脏中分离到一株革兰氏阴性多形态杆菌，根据培养特性、生化试验结果、副猪嗜血杆菌１６ｓ ｒ ｒＮＡ的ＰＣｒ检测以及对ＰＣｒ产物进行测序，测序结果比对显示该分离株与ＧｅＮ ＢＡＮｋ中的ＨＰｓ同源性为９９％，因此将分离菌株鉴定为副猪嗜血杆菌。抗生素药物敏感试验结果表明：分离株对羧苄西林、氨苄西林、头孢唑啉、头孢曲松、头孢哌酮药物较敏感；对卡那霉素、复方新诺明、头孢他啶、四环素耐药。１６ｓ ｒ ｒＮＡ遗传进化关系显示：分离株与副猪嗜血杆菌２株血清５型的１６ｓ ｒ ｒＮＡ序列位于一个分支上，遗传进化关系比较相近，核苷酸同源性在９７．４％～１００％之间，可初步．．．
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
朱小宁 余兴龙 李润成 颜运秋 刘俊琦 罗维 杨大为 葛猛 王亚 李薇
从湖南省内送检的疑似患多发性浆膜炎与关节炎的猪病料中分离到12株细菌,细菌学试验证明12株细菌均符合副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,HPS)形态、培养和生化特性.根据HPS16SrRNA序列设计引物对12株细菌进行PCR扩增,均得到预期目的条带,将扩增片段测序并运用DNAStar软件与GenBank中不同血清型HPS基因序列进行比对,表明其与Genbank中已公布的不同血清型HPS菌株16SrRNA序列的同源性为90.4%～99.9%,其中与血清5型同源性最高,对所测序列与参考序列进行遗传进化树分析,结果表明其中11株属于血清5型HPS.
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
张香美 李平兰
为了解类植物乳杆菌L-XM1 plnBCD编码蛋白的生物学特性,并推测其功能,综合运用RPS-Blast、InterProscan和TMHMM Server等多种生物信息学软件预测分析plnBCD编码蛋白的理化性质、疏水性、磷酸化位点、保守性功能域及二级结构,并用Swiss-model同源建模。结果表明:plnB编码蛋白为疏水性蛋白,定位于细胞质膜上,有6个跨膜区、21个磷酸化位点和1个HATPase_c结构域,具有大多数组氨酸蛋白激酶的基本性质。其二级结构以α-螺旋和延伸链为主要构件,其空间结构与组氨酸蛋白激酶的结构特征一致。plnC及plnD编码蛋白均为亲水性蛋白,不具有跨膜区,定位于细胞...
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