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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
耿攀 阮小凤 杨勇 赵红星
【目的】用SSR标记分析柿属植物种质资源的遗传多样性,为其有效利用提供依据。【方法】以7个柿种或变种的48份材料为研究对象,利用30对SSR标记对其进行遗传多样性分析。采用NTSYS-pc2.10e分析软件对SSR数据进行聚类分析。【结果】共检测到83个等位基因,每对SSR引物检测到3～6个等位基因变异,平均为4.9个。供试柿品种间的遗传相似系数介于0.397～1.000,平均为0.698,范围较大,说明柿资源种类较多、来源较广泛、遗传多样性较丰富。48份柿材料在相似系数为0.66水平上分为4大类,第Ⅰ类包括浙江柿和5个美洲柿及1个柿品种;第Ⅱ类只有2个资源,即油柿和野柿;第Ⅲ类为柿种下的大部...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
陈罡 颜廷武 刘巍 郭志富 尤文忠
为研究辽宁省槭属植物种质资源遗传多样性水平并构建分子指纹图谱，为分子水平上鉴定槭属种质提供技术支撑，也为辽宁省槭属植物种质资源开发、保存利用及新品种选育奠定基础，本研究利用ＳＲＡＰ分子标记技术，对辽宁省内的１１份槭属植物主栽品种和１９份不同种源红花槭种质为材料，利用１１０对ＳＲＡＰ引物进行ＰＣＲ扩增，产物用８％非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，并统计多态性引物的总扩增条带数、多态性条带数和多态性比率。利用ＮＴＳＹＳ－ＰＣ２．１和ＥｘＣＥｌ软件统计ＳＲＡＰ－ＰＣＲ条带数据，按照相似系数法和非加权组平均法进行聚类分析，计算遗传相似性系数，绘制树状聚类图，并构建３０份槭属种质资源指纹图谱。从１１０对ＳＲ．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
任小平 张晓杰 廖伯寿 雷永 黄家权 陈玉宁 姜慧芳
【目的】评价ICRISAT花生微核心种质资源的遗传多样性水平,揭示ICRISAT花生微核心种质资源遗传多样性,验证传统植物学分类的可靠程度,为充分发掘、利用ICRISAT花生微核心种质资源提供必要信息。【方法】采用27对花生SSR引物,对ICRISAT微核心花生种质168份材料(来自世界五大洲42个国家)进行遗传多样性分析;利用NTSYS-pcV2.0软件进行主成分分析(PCA)并绘制三维空间聚类图;利用Popgene V1.32估算种质群间的Nei78遗传距离等参数并进行UPGMA聚类分析,采用MEGA3.1绘制种质群间聚类图。【结果】27对SSR引物共扩增出115条多态性条带,每对引物平均...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘勇 孙中海 刘德春 吴波 陶建军
结合SSR引物和AFLP分子标记对110份柚类基因型、12份野生近缘种进行遗传多样性研究。结果表明,SSR标记的335个位点中99.1%为多态性位点,每个位点可检测到9.85个等位基因,基因多样度(GD)变幅为0.1939～0.9073,获得了46个特异性SSR标记;AFLP标记的343个位点中72%为多态性位点,3对引物平均期望杂合度变幅为0.21863～0.28445,平均每对引物组合能产生82个多态位点,获得了44个AFLP特异性标记。UPGMA聚类结果显示,122份基因型在相似系数0.61时,分成8个组群,其中柚类主要由沙田柚品种群、文旦品种群与庞大的杂种柚品种群组成。分类结果将有利于...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈少瑜 李江 陈伟 罗婷 陈绍安
【目的】揭示思茅松主要分布区内11个群体共338份种质资源遗传多样性水平和遗传结构状况，为思茅松育种群体构建及高轮次遗传改良提供理论依据。【方法】用筛选出的18对引物进行SSR-PCR扩增，产物经毛细管电泳后用PowerMarker v3.25、GenALEx v6.4.1及Structure 2.3.4等软件分析思茅松种质资源的遗传多样性。【结果】思茅松种质资源的遗传多样性较为丰富。18对SSR引物共检测到120个等位基因，平均每个位点的等位基因数为6.667个；种质资源的平均期望杂合度（H_(e)）为0.524；平均Shannon信息指数（I）为1.016；平均多态信息指数（PIC）为0.468。思茅松种质资源的遗传变异主要来源于群体内的个体。种质资源的群体分化系数（F_(ST)）平均为0.091，即群体间的遗传变异只占总变异的9.1%，分子方差分析（AMOVA）得到了同样的结果。各位点的基因流（N_(m)）平均为4.627（N_(m) > 1），较大的基因流减小了群体间的分化。STRUCTURE分析将338份思茅松种质资源划分为2个类群，基于Nei’s遗传距离的UPGMA聚类将11个群体划分成3组，普洱市6个群体聚为一组；西双版纳州的2个群体、临沧市和保山市的各1个群体聚为一组；德宏州的1个群体单独为一组。【结论】思茅松种质资源具有丰富的遗传多样性，遗传变异主要来源于群体内，在进行思茅松的遗传改良时，应根据其遗传结构特征，重点选择多样性高的群体，也要特别关注对群体内优良单株的选择。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李永祥 李斯深 李立会 杨欣明 李秀全
为了比较ISSR和SSR标记在披碱草属(ElymusL.)植物研究中的可应用性,用33个ISSR引物和137对小麦SSR引物对该属12个物种进行了分析。筛选出18个ISSR引物和14对小麦SSR引物可用于遗传多样性分析。12个物种的PCR分析表明,18个ISSR引物和14对SSR引物的多态性位点百分率分别为84%和91%,均表现出较高多态性,基于两种标记的种间聚类状况与物种的倍性水平和形态学相似程度存在较高一致性。在12个种间,ISSR的标记指数MI值(10.2)为SSR(4.3)的2.4倍,表明ISSR具有更大的标记效率;但在亲缘关系较近的肥披碱草、圆柱披碱草、麦宾草和披碱草等4个种间,SS...
关键词：
披碱草 ISSR SSR 遗传多样性
[期刊] 林业科学
[作者]
王永清 付燕 杨芩 罗楠 邓群仙 严娟 曾建国 阮光伦
采用ISSR技术对41份枇杷属植物材料进行分类和遗传多样性研究。从100条引物中筛选出20条引物共产生436条带,其中多态性带392条,占89.9%。平均有效等位基因数为1.3,平均Nei’s基因多样性指数为0.2085,平均Shannon信息指数为0.3323,表明枇杷属植物中具有较丰富的遗传多样性。发现特异性条带33个,但并未发现春季开花或秋冬开花的特异标记,所用ISSR标记分析枇杷属植物的亲缘关系所得聚类结果表明,开花时期不能作为枇杷属植物的分类依据。相似系数0.722可将41份枇杷属植物分为野生类群和栽培类群,而栽培品种却不能按单一性状进行聚类。对枇杷属植物的分类方法进行讨论。
关键词：
枇杷属 ISSR 分类 遗传多样性
[期刊] 草业科学
[作者]
侯燕红 郭海霞 段新慧 周凯 韩博 何承刚 姜华
野豌豆属(Vicia)植物是重要的绿肥作物，对其进行种质鉴定并阐明遗传多样性，可为野豌豆属植物资源的保护和利用提供理论依据。本研究测定并分析了9份野豌豆属植物资源的种子表型和核糖体内转录间隔区(ITS)的序列，将两者结合对其进行种质鉴定并分析遗传多样性。结果表明，种子表型性状中百粒重的变异系数最大，为63.88%，种子长、种子厚和种脐长/种子长的遗传多样性指数最大，均为1.68;ITS序列分析发现，野豌豆属植物rDNA的5.8S区比较保守，ITS1区和ITS2区的变异位点分别为72和37个，ITS1区变异率为29.6%高于ITS2区的17.5%,ITS单倍型多样性为0.972，核苷酸多样性为0.032 4,K2P遗传距离为0.004 4～0.561 6，种子表观聚类图和ITS序列的系统发育树基本一致。将种子表观与ITS序列特征分析相结合可作为野豌豆属植物材料鉴别区分的依据，9份野豌豆属植物资源间具有丰富的遗传多样性。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
吴硕 傅建敏 乌云塔娜 梁玉琴
利用从NCBI上下载的9 474条EST(Expressed Sequence Tags)序列,设计并开发EST-SSR引物,用于柿属种质资源的遗传多样性研究。下载的初始序列拼接成1 390条重叠序列和4 097条无重复序列。用SSRHunter软件搜索到601条EST序列中含有540个SSR。SSR出现频率为10.96%,其中以2核苷酸为主。依据检出的SSR-ESTs序列设计SSR引物100对,对9个柿属(Diospyros L.)种质资源样品进行了PCR扩增,其中42对引物有扩增带,占设计引物的42%,其中30对引物有多态性,占可扩增引物的71.4%。同时发现引物15是美洲柿(雄)的特异引...
关键词：
柿属 EST SSR标记 遗传多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨维泽 左应梅 张金渝 杨天梅 杨绍兵 杨美权 邓先能 许宗亮 陈秀花 李新华
【目的】利用EST-SSR标记分析云南省珠子参野生资源的遗传多样性。【方法】利用17对人参属EST-SSR引物对云南省珠子参主要分布区的19个珠子参野生居群进行遗传多样性分析。【结果】在物种水平,17对人参属EST-SSR引物在19个珠子参居群中共检测到346个位点,其中多态位点296个,平均为17. 4个,珠子参的等位基因数(A)为1. 8555,Nei’s基因多样性(H)为0. 2023、Shannon指数(I)为0. 3230;在居群水平,19个居群的等位基因数(A)为1. 0954～1. 2977,Nei’s基因多样性(H)为0. 1043～0. 1387,Shannon指数(I)为0. 0309～0. 1077,多态位点数(PPB)为8. 67%～29. 77%。居群间的遗传分化系数(Gst)为0. 6357,居群每代迁移数(Nm)为0. 2866。遗传相似度和聚类分析的结果表明,19份珠子参居群被划分为2个大类群,其中第二类群16个居群被分为4个小类群。【结论】珠子参总体上具有丰富的遗传多样性,但各个居群的遗传多样性不高,居群间缺乏基因交流;居群间遗传分化水平高,遗传差异主要存在于居群间;聚类分析显示,不同表型的珠子参虽然形态差异较大,但遗传差异不大。
关键词：
珠子参 EST-SSR标记 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王丽侠 程须珍 王素华 徐宁 梁辉 赵丹
【目的】分析小豆起源国中国丰富的小豆种质资源的遗传多样性及群体结构,提高这些种质在育种中的利用效率。【方法】选用51对SSR引物对国内外145份小豆种质进行多样性评价,并分析了中国小豆种质资源间的遗传关系和遗传结构。【结果】共检测出222个等位变异,每SSR位点的等位变异数为2～13不等,平均为4.35个,其中分布频率低于5%的等位变异数占35.9%。多态性信息含量(PIC值)为0.014～0.838,平均为0.472。不同种质间遗传相似性系数为0.227～0.951,平均为0.482。比较分析发现,湖北、陕西等省小豆资源的遗传变异最丰富,且遗传背景与中国主产区小豆存在较大差异。基于NTSYS...
关键词：
小豆 SSR 遗传多样性
[期刊] 草业科学
[作者]
许利英 周青平 陈仕勇 陈有军 李亚萍 田莉华
采用EST-SSR分子标记对来自四川、西藏、青海的24份中华羊茅(Festuca sinensis)进行了遗传多样性和亲缘关系的研究。研究结果表明,筛选的17条引物共检测到102个位点,多态性位点每条引物5~8个;平均多态性位点6个,平均多态性位点百分率(PPB)93%;遗传距离变幅范围0.188~0.675,平均值0.486,多态性信息含量指数PIC值在0.240~0.470变化,平均值为0.381,这揭示了供试的中华羊茅种质资源具有较为丰富的遗传多样性。聚类分析和主成分分析结果表明,供试材料间亲缘关系与其地理来源等相关性较低,其中I-2-23-7和I-14-1-1野生材料表现出了独特的遗传特性,与其他供试材料间均具有较远的亲缘关系。通过地理海拔的分析,发现分布于中度海拔(3 000-3500m)的中华羊茅种质具有最高的Nei’s基因多样性(0.304 3)和香农多样性(0.462 2),遗传变异较高。本研究结果为青藏高原中华羊茅种质资源的保护和利用提供了重要的参考。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
张馨方 张树航 李颖 郭燕 王广鹏
利用筛选出的21对SSR引物对7个燕山板栗群体142份资源和1个太行山板栗群体9份资源进行遗传多样性分析,并构建不同群体的聚类树状图和主坐标分析图,旨在为燕山板栗种质资源的遗传背景明晰和创新利用提供依据。结果表明:21对引物共检测到71个等位变异位点,变异范围为2～6,平均每对SSR引物可检测到3.38个等位位点;多态性信息含量为0.614 5～0.972 3,平均0.866 8。8个板栗群体有效等位基因数Ne、Nei’s多样性指数H、Shannon’s信息指数I、总遗传多样性指数Ht、群体内遗传多样性指数Hs分别为1.457 8、0.309 9、0.468 0、0.306 2和0.291 2,说明燕山板栗群体的遗传多样性和变异度较高,其中遵化群体的多态性位点百分率最高,为97.18%,青龙和迁西群体次之,分别为95.77%和94.37%,表明遵化、迁西一带是燕山板栗资源遗传多样性最为丰富的区域。UPGMA聚类分析表明,迁西和宽城群体间的遗传相似性最大,亲缘关系最近;怀柔和邢台(太行山)群体间的遗传相似性最小,遗传差异较大。聚类分析图和主坐标分析图可将燕山板栗主产区青龙、迁西、宽城、兴隆、遵化和怀柔群体资源划为1类,而处于太行山区邢台群体为1类,说明燕山板栗和外来品种存在明显的差异,各群体的遗传关系和地理来源有一定关联性。
关键词：
燕山板栗 种质资源 遗传多样性 SSR
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
路娟 吴俊 张绍铃 吴华清 张妤艳
利用SSR分子标记技术深入探讨了梨主要栽培种白梨(Pyrus bretschneideri Rehd.)、砂梨(Pyrus pyrifolia(Burm.f.)Na-kai)、秋子梨(Pyrus ussuriensis Maxim.)、西洋梨(Pyrus communis L.)、新疆梨(Pyrus sinkiangensis Yü)和野生种以及种间杂交新选育品种共150份资源的遗传多样性、亲缘关系以及系统分类地位。通过筛选出的25对SSR引物共检测到407个位点,不同引物检测位点数5～25个,其中多态性位点数390个,占检测位点的95.82%,检测位点杂合度为0.4～0.7,不同品种间的遗传...
关键词：
梨 遗传多样性 亲缘关系 SSR
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李洪超 杜菲 于晓丹 郭宁 张蕴薇
利用从本试验32对引物中筛选得到的7对稳定可靠的SSR标记引物,对10份柳枝稷种质材料进行遗传多样性的SSR分析。结果表明:不同种质材料在7个位点的PIC值在0.669～0.881之间,遗传相似系数在0.385 4～0.905 7范围内波动。依据遗传距离和引物,应用非加权组平均法(UPGMA)对材料进行聚类分析,其中引物5211_B07的聚类结果和遗传距离的聚类结果相同:5个登记品种材料和野生种质材料No.2聚为一类,种质间遗传关系较近;其他4份野生种质聚为另一大类。
关键词：
柳枝稷 种质遗传多样性 SSR 聚类分析
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