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[期刊] 草业科学
[作者]
罗佳佳 向晨莹 刘攀道 胡璇 唐军 王文强 刘国道 陈志坚
铝毒是酸性土壤中限制作物生长和产量增加的主要因素之一。转录因子STOPs具有调控耐铝相关基因表达的功能,是植物耐铝毒的重要基因。本研究以耐铝柱花草(Stylosanthes guianensis)基因型‘TPRC2001-1’为材料,首次克隆到两个柱花草编码锌指蛋白SgSTOP1和SgSTOP2基因。这两个基因cDNA全长分别为1 515和1 077 bp,编码504和358个氨基酸残基,蛋白分子量分别为56.2和39.7 kDa。亚细胞定位预测表明,SgSTOP1和SgSTOP2均定位于细胞核中。并且,SgSTOP1和SgSTOP2均为ZF-C_2H_2家族成员,SgSTOP1和SgSTOP2均包含4个保守的锌指结构域。定量PCR结果表明,铝毒胁迫显著增强SgSTOP1在‘TPRC2001-1’根和叶中的表达(P 0.05),暗示SgSTOP1基因可能参与柱花草对铝毒胁迫的应答过程。本研究结果为进一步解析柱花草适应铝毒胁迫的分子调控机制提供了候选基因资源。
[期刊] 草业科学
[作者]
王林杰 缪野 邹晓燕 邢玉芬 蒋凌雁 刘国道 陈志坚
植物的生长和发育受土壤磷有效性的影响。柱花草(Stylosanthes guianensis)是主要的热带豆科牧草，对低磷胁迫表现出优良的适应性。由LPR基因编码的多铜氧化酶被报道在调控植物根系生长和低磷响应方面发挥重要作用。本研究分析了低磷胁迫对两个柱花草基因型生长的影响，并对SgLPR1基因进行了克隆和表达分析。结果表明：相对柱花草基因型‘TF0285’，‘TF0277’具有较高的植株干重和磷吸收效率，且低磷处理促进了‘TF0277’根系的生长。基因克隆分析表明，SgLPR1基因全长为1 713 bp，编码570个氨基酸残基，蛋白分子量为64.1 kDa，属于Cupredoxin家族成员，亚细胞定位预测SgLPR1蛋白定位于内质网上。实时定量聚合酶链反应(PCR)结果表明，SgLPR1基因在柱花草茎中表达量高于其他组织中的表达量，且在根尖大于1 cm的根段中表达量最高。相比对照处理，缺氮、缺磷和缺钾处理均增加了SgLPR1基因在柱花草叶和根中的表达量。此外，低磷处理增加了SgLPR1基因在柱花草‘TF0277’根中的表达，但其在‘TF0285’根中的表达无显著变化。本研究结果揭示了SgLPR1可能参与柱花草根系生长对低磷胁迫的应答。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
殷姗姗 李茂福 王华 李洋 张秋雷 金万梅 李天忠
为研究草莓中ＳＣＦ复合体的功能，以栽培草莓品种‘７４’为试材，采用同源克隆的方法分离出２个ＳＫＰ１基因。这２个基因核苷酸序列全长均为５１９ｂＰ，核苷酸序列相似性为９８．４６％，氨基酸序列相似性为９８．８４％，并具有特殊的‘ＧＶＤＥＤ’尾巴结构，分别命名为ＦａＳＫＰ１－１ａ和ＦａＳＫＰ１－１ｂ（基因登录号分别为ＫＵ９７５０５７和ＫＵ９７５０５８）。ＲＴ－ＰＣＲ和ＤＣａＰＳ分析发现ＦａＳＫＰ１－１ａ和ＦａＳＫＰ１－１ｂ在草莓根、茎、叶、花托、花粉、花柱、果实中均高表达，在花瓣中表达量低。上述结果表明ＦａＳＫＰ１－１可能在草莓ＳＣＦ复合体的形成过程中发挥重要作用。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈玥 李家乐 沈玉帮
为了研究C1qC基因在草鱼(Ctenopharyngodon idella)免疫过程中所起的作用,利用RT-PCR和RACE方法克隆获得了C1qC基因cDNA全长序列,经序列分析表明,所克隆的C1qC cDNA全长为916 bp,包括开放阅读框(open reading frame,ORF)735 bp,5′端非编码区(untranslated region,UTR)89 bp和3′端非编码区(UTR)92 bp。735 bp的ORF共编码244个氨基酸,相对分子量为26 162.5 U。同源性分析表明,草鱼与斑马鱼(Danio rerio)的相似度最高,达到71%。经草鱼呼肠孤病毒(gras...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
李冰冰 刘国峰 魏书 黄龙全 张剑韵
维生素B_6(VB_6)在植物体内参与多种生化反应,对植物生长至关重要,吡哆醛还原酶(PLR)是VB_6代谢转换的作用酶,催化吡哆醛(PL)生成吡哆醇(PN),对维持细胞内VB_6的动态平衡发挥重要作用,而PLR在植物中鲜有报道。以拟南芥Arabidopsis thaliana吡哆醛还原酶氨基酸序列At PLR1为模板,在公用数据库通过同源比对获得数条烟草Nicotiana tabacum Nt PLR1基因的片段,结合互补脱氧核糖核酸(c DNA)的末端快速扩增-聚合酶链式反应(RACE-PCR)技术获
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
陈婷婷 李旭凯 王如意 彭良才 夏涛
本研究旨在对棉花来源的果胶甲酯酶基因进行克隆和功能分析。通过RACE技术克隆了2个棉花果胶甲酯酶基因的cDNA,命名为GhPME1和GhPME2。序列分析发现:GhPME1和GhPME2的最大开放阅读框分别为1 704和1 752bp,分别编码含有567和582个氨基酸的蛋白质。蛋白质结构预测显示这2个蛋白结构相似,包含PMEI和Pectinesterase结构域。RT-PCR和实时荧光定量PCR结果显示在陆地棉的纤维发育过程中,GhPME1和GhPME2的表达峰值分别在9和4DPA(开花后天数),然后依次降低。而在海岛棉纤维中,这2个基因的表达均呈现逐渐上升的趋势,表达峰值分别出现在开花后2...
关键词：
棉纤维 果胶甲酯酶 基因表达
[期刊] 华北农学报
[作者]
张伟 姬明丽 郭前进 千智斌
为了研究红鳍东方鲀ＳＲＥＢＰ－１和ＳＲＥＢＰ－２基因的功能及在脂肪代谢中的分子机制，从红鳍东方鲀脂肪组织提取总ＲＮＡ，反转录获得ｃ ＤＮＡ模板，利用设计的引物ＰｃＲ扩增获得ＳＲＥＢＰ－１和ＳＲＥＢＰ－２开放阅读框（ＯＲＦ），ＳＲＥＢＰ－１基因ＯＲＦ区的ｃ ＤＮＡ序列长度为３ ３３０ ＢＰ，编码１ １０９个氨基酸，ＳＲＥＢＰ－２基因ＯＲＦ区的ｃ ＤＮＡ序列为３ ４４４ ＢＰ，编码１ １４７个氨基酸。实时荧光定量ＰｃＲ检测ＳＲＥＢＰ－１基因在红鳍东方鲀不同组织中的表达特征，结果表明，ＳＲＥＢＰ－１在脑组织中表达丰度最高，其次为眼、脂肪组织、肠、鳃、脾脏、心脏及肝脏，在肌肉中表达丰度最低。将ＳＲＥＢ．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
黄钢 熊琦婕 张英洁 周俊飞 陈利红
植物DREB转录因子在应答干旱、低温和高盐等非生物胁迫过程中发挥着重要作用,为了探讨二穗短柄草BdDREB1H转录因子在应答逆境胁迫的作用,对其序列进行了克隆、生物信息学和转录激活分析。然后利用qRT-PCR法对其在根、茎、叶3种组织和冷、干旱、盐和过氧化氢4种非生物胁迫条件下的表达模式进行了研究。结果显示,BdDREB1H转录因子基因全长编码框为735 bp,编码244个氨基酸,相对分子量26.34 ku,理论等电点5.63,不稳定指数(Ⅱ)64.17,为不稳定蛋白质;总亲水平均值-0.261,为亲水蛋白。多序列比对与结构域分析结果表明,BdDREB1H转录因子含有一个典型的AP2结构域,属于AP2/EREBP (APETALA2/ethylene-responsive element binding protein)超家族的DREB亚家族成员。进化分析显示,它与普通小麦的CBF蛋白亲缘关系较近,序列相似性64.44%。酵母单杂分析显示,BdDREB1H转录因子具有转录活性。组织表达分析显示,BdDREB1H基因在根、茎、叶中均有表达,其中在茎中表达量最高。胁迫处理表达分析结果表明,冷处理条件下,BdDREB1H的表达先升高后下降;干旱和氧化胁迫处理条件下,BdDREB1H在2 h后表达水平均显著高于对照;而盐胁迫条件下,BdDREB1H在2 h后表达水平均显著低于对照。这些结果表明,BdDREB1H转录因子可能参与了植物逆境胁迫反应,为进一步探索其在二穗短柄草中的抗逆分子机制奠定了基础。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘金梦 秦贝贝 黎航航 肖调义 苏建明
采用RT–PCR和cDNA末端快速扩增技术克隆草鱼(Ctenopharyngodon idellus) II型小肽转运载体(PepT2)基因全长cDNA序列，对其进行生物信息学和共线性分析，并采用实时荧光定量PCR技术检测分析健康草鱼PepT2基因在不同组织中的表达情况。结果表明：草鱼PepT2基因的cDNA序列全长为2733 bp，包括开放阅读框2169 bp(编码722个氨基酸残基)，5′非编码区82 bp和3′非编码区482 bp；草鱼PepT2基因结构含有20个外显子和19个内含子；预测蛋白相对分子质量为8.032×10~(4)，等电点为6.01，该蛋白具有与哺乳动物同源蛋白类似的12个螺旋跨膜结构，并且在跨膜区9和10之间有1个大的外环，跨膜区氨基酸高度保守，含有6个蛋白激酶C磷酸化位点和3个N–糖基化位点；预测的PepT2蛋白三级结构包含有18个α–螺旋和21个β–折叠；氨基酸序列同源性分析结果显示，草鱼PepT2氨基酸序列与斑马鱼(Danio rerio)的同源性最高，为86.65%，与其他所比较的物种的同源性则为52.83%～68.15%；系统进化树分析表明，草鱼与斑马鱼的亲缘关系最近；与斑马鱼相比，草鱼PepT2所在的染色体保留着大多数基因，具有保守的基因块；实时荧光定量表达分析表明，草鱼PepT2在肠道中表达量最高，其次是肾脏。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘金梦 秦贝贝 黎航航 肖调义 苏建明
采用RT–PCR和cDNA末端快速扩增技术克隆草鱼(Ctenopharyngodon idellus) II型小肽转运载体(PepT2)基因全长cDNA序列，对其进行生物信息学和共线性分析，并采用实时荧光定量PCR技术检测分析健康草鱼PepT2基因在不同组织中的表达情况。结果表明：草鱼PepT2基因的cDNA序列全长为2733 bp，包括开放阅读框2169 bp(编码722个氨基酸残基)，5′非编码区82 bp和3′非编码区482 bp；草鱼PepT2基因结构含有20个外显子和19个内含子；预测蛋白相对分子质量为8.032×10~(4)，等电点为6.01，该蛋白具有与哺乳动物同源蛋白类似的12个螺旋跨膜结构，并且在跨膜区9和10之间有1个大的外环，跨膜区氨基酸高度保守，含有6个蛋白激酶C磷酸化位点和3个N–糖基化位点；预测的PepT2蛋白三级结构包含有18个α–螺旋和21个β–折叠；氨基酸序列同源性分析结果显示，草鱼PepT2氨基酸序列与斑马鱼(Danio rerio)的同源性最高，为86.65%，与其他所比较的物种的同源性则为52.83%～68.15%；系统进化树分析表明，草鱼与斑马鱼的亲缘关系最近；与斑马鱼相比，草鱼PepT2所在的染色体保留着大多数基因，具有保守的基因块；实时荧光定量表达分析表明，草鱼PepT2在肠道中表达量最高，其次是肾脏。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
岳静宇 刘明 雷家军 薛莉
红花草莓是一种可食用的观赏花卉,花色是红花草莓最主要的观赏性状。miRNAs作为重要的转录后调节因子,在植物中发挥着重要的作用,但在红花草莓中尚未见报道。通过对红花草莓品种四季红不同发育进程的花蕾进行miRNA和降解组测序,利用趋势分析,筛选到与花色调控相关的差异FamiR156a及其差异靶基因FaSPL13A,对其进行克隆、过表达载体的构建、生物信息学分析和表达分析。结果表明:FamiR156a前体序列为104 bp,靶基因FaSPL13A编码区序列为1236 bp,并对获得的序列分别进行生物信息学分析和系统进化树构建,发现FamiR156a前体序列与蔷薇科的苹果、桃同为一个分支,FaSPL13A的氨基酸序列与蔷薇科的森林草莓和月季聚类在同一分支上,说明它们亲缘关系较近、功能相似且克隆结果准确。同时,构建了FamiR156a及其靶基因FaSPL13A过表达载体pRI-101-AN-FamiR156a和pRI-101-AN-FaSPL13A,成功转入到农杆菌中。随着花蕾的发育,花瓣的颜色逐渐加深,实时荧光定量结果发现,FaSPL13A基因在红花草莓花瓣中表达逐渐下降,而FamiR156a的表达量逐渐升高,二者表达量呈相反趋势,表明在红花草莓花瓣呈色过程中FamiR156a及其靶基因FaSPL13A是负调控的关系,从而说明FamiR156a可能调控红花草莓花瓣的着色。研究结果为揭示红花草莓花瓣花青苷的生物合成提供了转录后水平调控的分子依据,为进一步深入研究红花草莓花瓣呈色机理及分子育种奠定了基础。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王爱菊 唐金富 赵祥云 朱立煌
【目的】分离百合的LFY类基因,检测百合中LFY类基因的拷贝数并分析其表达模式。【方法】利用RT-PCR结合RACE的策略克隆百合的LFY类基因,通过Southern杂交检测百合中LFY类基因的拷贝数,通过RT-PCR分析LiLFY1基因的表达模式。【结果】获得了包括全长开放阅读框(ORF)的LiLFY1基因的cDNA序列。与已克隆的LFY类蛋白的同源性分析表明,LiLFY1编码的蛋白与单子叶植物水稻和玉米的LFY类蛋白具有更高的同源性。Southern杂交结果表明,二倍体百合中有2个拷贝的LFY类基因。LiLFY1基因在百合的幼嫩花芽和顶端分生组织中表达,而在根、茎、成熟的叶片和成熟花的各轮...
[期刊] 林业科学
[作者]
金群英 林二培 彭华正 桑庆亮 华锡奇
竹笋的形成和生长发育过程涉及侧枝形态发生,探讨侧枝发育有关基因在竹笋发育过程中的作用,对于阐明竹笋发育基因调控机制有重要意义。利用禾本科TB1同源基因在序列上的保守性,在基因上游的非编码区设计简并引物,通过RT-PCR技术,从早竹笋中克隆到一个1296bp的cDNA序列,该序列包含1个编码349个氨基酸的阅读框,在氨基酸水平上与玉米TB1相似性达64.7%,定名为PpTB1。序列分析比对表明,PpTB1基因的编码产物含有保守的SP区、TCP区和R区,属于基因家族的1个成员。进化分析进一步表明,竹子TB1相似基因是玉米TB1基因的同源基因,且竹子TB1同源基因的分歧时间介于水稻和现有其他TB1同...
关键词：
早竹 竹笋发育 TB1同源基因
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王杉 徐文腾 李明 王洁 王磊 翟介明 陈松林
虹彩病毒是造成斑石鲷(Oplegnathus punctatus)工厂化养殖中大规模死亡的主要病原,其感染力极强,感染后的斑石鲷死亡率高,严重影响了斑石鲷养殖产业发展。转化生长因子TGF-β1是一种重要的免疫调节因子,在病毒免疫应答中发挥重要作用。为研究TGF-β1在斑石鲷被虹彩病毒感染过程中发挥的作用,运用RACE和实时荧光定量qRT-PCR技术对TGF-β1进行了基因克隆,并对其进行在不同组织、不同时间点相对表达量的差异分析。结果显示,斑石鲷TGF-β1基因c DNA序列全长为3157 bp,5’非编码区长712 bp,3’非编码区长1278 bp,开放性阅读框长1167 bp,编码388个氨基酸,基因组包含6个外显子和5个内含子。同源分析发现,TGF-β1和鱼类相似度较高,与半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)的同源性最高,为76.67%。TGF-β1在斑石鲷健康组织(肝脏、脾脏、肾脏、头肾、心脏、鳃、胃、肠和皮肤)中均有表达,在头肾、肠、肝脏和皮肤组织中表达量较高,而在脾脏和肾脏组织表达量较低。为进一步研究TGF-β1在病毒感染过程中相对表达量的变化,对健康斑石鲷注射虹彩病毒进行刺激,随后比较了TGF-β1在脾脏、肝脏、肾脏、头肾4个不同组织、不同时间点的相对表达量的差异,在头肾、脾脏和肝脏中,病毒刺激后TGF-β1的表达量均出现升高,但在脾脏和肝脏中,峰值出现在刺激后第4天,而在头肾中峰值出现在感染后的第10天。在肾脏中,病毒刺激后的TGF-β1的表达呈现下降趋势,0 d表达量最高,4、7 d依次降低,7 d降至最低,10 d有所恢复。以上研究表明,TGF-β1可能响应了虹彩病毒对机体的刺激,可能在对病毒免疫应答中发挥作用。而病毒感染后不同组织中TGF-β1相对表达量的差异,则值得进一步研究。
关键词：
斑石鲷 虹彩病毒 TGF-β1
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李明玉 石杨 李斌 王若霖 肖强 陈龙 陈稷 杨其亮 黄进
【目的】克隆水稻镉（Cadmium，Cd）响应基因OsGLP1-2，并对其进行生物信息学及Cd胁迫处理的表达模式分析，为探索OsGLP1-2基因在水稻中应对重金属胁迫的分子机制提供基础。【方法】以水稻为材料，利用PCR克隆OsGLP1-2基因，并利用生物信息学方法对其顺式作用元件、二级结构和疏水性等进行分析，用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）检测其在100 μmol/L Cd处理下，水稻茎部和根部中的表达特征，再利用转基因酵母进行Cd耐受性分析。【结果】水稻OsGLP1-2基因编码区（CDS）序列长度为651 bp，编码216个氨基酸，其编码蛋白的相对分子量为22.48 kDa，理论等电点（PI）为7.16，为稳定性的中性疏水性蛋白，含有Cupin结构域，属于Cupin家族，该家族在植物防御等方面发挥着重要作用。同源家族进化树表明该基因是单独的一支，但与大麦HvGER5a的亲缘关系最为接近，表明OsGLP1-2可能具有HvGER5a类似的功能。二级结构分析结果表明该蛋白含有10个β折叠、8个α螺旋和17个无规卷曲结构。并且OsGLP1-2具有光、干旱等环境诱导相关的调节元件以及生长素、赤霉素和茉莉酸甲酯等激素相关调节元件，表明目的基因可能参与水稻对非生物胁迫的响应。100 μmol/L Cd处理下，在6 h时地上部分目的基因的表达水平约为对照组3倍，且地下部分也为对照组的3倍，即OsGLP1-2基因能对Cd产生响应。最后斑点实验表明该基因在酵母中无明显表型。【结论】成功克隆了水稻OsGLP1-2基因，且该基因对Cd有一定的响应，可为水稻应对重金属胁迫的反应机制提供参考依据。
关键词：
镉 水稻 OsGLP1-2 表达分析
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