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[期刊] 中国农业科学
[作者]
魏丹丹 刘燕 杜洋 李刚 李婷 袁明龙 王进军
【目的】通过磁珠富集法构建柑橘全爪螨(Panonychus citri)微卫星富集文库,发掘柑橘全爪螨基因组微卫星(g ssr)序列。同时,利用柑橘全爪螨转录组数据库,筛选其功能微卫星(Est-ssr)分子标记,设计柑橘全爪螨微卫星(ssr)引物并验证其适用性。【方法】在提取柑橘全爪螨高质量基因组Dna的基础上,使用链霉亲和素偶联的磁珠与生物素标记的微卫星探针结合,亲和性捕捉由限制性内切酶酶切产生的含ssr的单链基因组Dna目的序列,经Pcr扩增为双链后,克隆并构建ssr富集文库,测序筛选ssr序列。另一方面,基于柑橘全爪螨转录组数据,利用msatcommanDEr软件发掘其功能微卫星标记。采...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
胡雪松 于淼 李池陶 贾智英 石连玉
利用PCR结合测序方法,在鲤(Cyprinus carpio)类胰岛素生长因子-I(insulin-like growth factor-I,IGF-I)基因内含子1和内含子2中各鉴定1个微卫星多态性位点,分别命名为intron1189和intron2310,这两个位点均以4碱基为重复单元。以黑龙江鲤(Cyprinus cario haematopterus,YL)(n=263)、德国镜鲤选育系(Cyprinus carpio L.mirror,JL)(n=229),及荷包红鲤抗寒品系(Cyprinus carpio var.wuyuanensis,HL)(n=255)为研究对象,评估了这两个...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
罗明 白志毅 李应森 李家乐
采用磁珠富集法,以生物素标记的(CA)10寡核苷酸为探针,构建了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)基因组微卫星富集文库。根据微卫星位点的侧翼序列设计引物,随机挑选扩增出与预期大小相符的32对引物,引物荧光标记后对24个三角帆蚌个体分别进行PCR扩增,共筛选出20对多态性较好的引物。结果表明,20个微卫星位点的等位基因数为5~20,有效等位基因数2.321 3~13.260 3。观察杂合度和期望杂合度分别为0.318 2~1.000 0和0.582 5~0.946 1;PIC值0.547 2~0.919 9;其中14个位点符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。本研究...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
邓丽丽 李德龙 蔡年辉 周军 孙琪 唐红燕 王大玮 许玉兰
以思茅松针叶为材料,采用IllumIna HIseq2000平台测序,得到121 882条无冗余的序列,对这些序列进行ssR位点搜索,共获得3534个ssR位点,出现频率为2.9%,分布平均距离25kb。所搜索的ssR以单核苷酸重复类型最多,其次为三核苷酸和二核苷酸,而四、五、六核苷酸重复类型较少(<1%...
关键词:
思茅松 高通量测序 微卫星
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张金勇 何暮春 项子龙 柳淑芳 庄志猛
以金乌贼(Sepia esculenta)转录组测序获得的177,951条Unigene为对象,采用Micro Satellite (MISA)软件检测及分析其中的简单重复序列(Simple sequence repeat, SSR)位点信息。结果显示,在金乌贼转录组中共检测出161,327个SSR位点,分布在64,933条Unigene中,SSR位点发生频率为36.49%,出现频率为90.66%。其中,最主要的重复类型为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占SSR总数的46.00%、39.93%和9.48%。SSR所包含的重复基元中,A/T是单核苷酸的优势重复基元,AT/AT和AC/GT是二核苷酸的优势重复基元类型。有66,004个重复基元长度≥20 bp,占SSR总数的40.91%,且其中含有低级重复基元(二、三核苷酸重复)SSR位点数量占优。以上结果表明,金乌贼转录组中SSR位点出现频率较高且类型丰富、多态性潜能较高,研究结果可为更好地开发金乌贼SSR分子标记、种质资源保护利用、遗传多样性评价和分子标记辅助育种等提供参考。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
辛亚平 高雪 马云 郭亚宁 陈若愚 昝林森 许尚忠 张英汉
提取鲁西牛血液DNA样品,PCR扩增后用基因自动测序仪进行基因扫描分型,研究Y-STR微卫星位点UMN0929,UMN0108,UMN0920和INRA124在鲁西牛群体中的遗传多态性。结果发现,156头无亲缘关系的鲁西牛公牛在4个Y-STR微卫星位点均有遗传多态性;UMN0929检测到4种等位基因,UMN0108检测到5种等位基因,UMN0920和INRA124均检测到2种等位基因。UMN0929、UMN0108、UMN0920和INRA124位点各等位基因的频率分别为0.25,0.41,0.17,0.17;0.14,0.28,0.28,0.14,0.16;0.38,0.62和0.73,0....
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
蔡欣 泽让东科 赵芳芳 孙磊
【目的】利用4个新分离的牦牛基因组多态微卫星位点,分析麦洼牦牛的遗传多态性及群体的遗传分化特征。【方法】以130个麦洼牦牛个体基因组DNA为模板,PCR扩增Bogr203、Bogr204、Bogr205和Bogr215 4个微卫星位点序列,通过测序进行基因分型,根据基因型计算各个位点的多态性,并推断麦洼牦牛群体的遗传分化特征。【结果】麦洼牦牛群体在4个微卫星位点具有较高的遗传多态性,平均观察杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)分别达到0.626,0.800和0.751;通过Structure软件能够较明确地将麦洼牦牛群体区分为2个亚群,这与麦洼牦牛分布地域广泛有较...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
范玉顶 张燕 汪登强 孟彦 徐进 曾令兵
本研究采用磁珠富集法分离了10对具有多态性的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)微卫星位点,并对140条长江野生草鱼组成的后备亲鱼群体的遗传结构进行了分析。结果显示:本试验得到的草鱼微卫星序列主要是以2个碱基为重复单位、重复次数在5~22之间的多重复单元,重复次数在10次以上的微卫星序列较易得到多态性;77个微卫星座位中,完美型、非完美型和混合型微卫星标记所占的比例分别为87.01%、2.60%和10.39%;群体遗传分析显示,10个多态性微卫星座位中,除了GC39座位外,其它座位都符合哈迪-温伯格平衡,适用于草鱼群体的遗传结构分析;每个座位检测到3~8个等位基因,平均有效...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
赵良杰 彭新亮 郭旭升
采用Illumina高通量测序技术对银鲴(Xenocypris argentea)肝脏组织进行转录组测序分析,筛选微卫星标记并进行多态性检验。共获得7 272个微卫星位点。随机选取48个4碱基以上重复类型的SSR位点进行引物设计和PCR验证,有47对可以扩增出清晰稳定的条带。在上述47个位点中随机选择26对在洞庭湖银鲴群体中进行多态性分析,结果表明,具有多态性的微卫星引物为21对。不同多态位点得到的等位基因数范围为3~15,平均基因数为7.29±3.94,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)以及香浓-威尔指数(H)平均值分别为0.532 7±0.211 4、0.613 6±0.196 4、0.564 6±0.198 0和1.302 0±0.577 9。21个微卫星位点中,有6个显著偏离哈代-温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE)。
[期刊] 水产学报
[作者]
黄纬杰 郭向召 张子豪 董强 熊雪梅 高泽霞
为分析草鱼全基因组微卫星特征并开发高多态性微卫星标记亲子鉴定平台,实验利用已发布的草鱼全基因组序列,开发高度多态、准确度高、重复单元在4~6碱基范围的微卫星标记。结果显示,在草鱼900.51 Mb基因组序列中共筛选到微卫星序列677 363个,总长度12 835 407 bp,占全基因组长度的 1.425 4%,平均跨度为1 329.43bp。其中单碱基重复序列出现最多,占比52.85%;二碱基重复序列其次,占比31.44%;再次是四碱基重复,占比8.05%,三碱基重复序列占比6.47%,五碱基重复序列占比1.12%;六碱基重复出现最少,仅占比0.07%。1~6碱基重复类型中优势重复单位分别是A/T、AC/GT、AAT/ATT、AGAT/ATCT、AATAT/ATATT、AACCCT/AGGGTT。随机挑选重复序列为4~6个碱基的110个位点设计引物,在草鱼繁殖亲本群体中扩增,筛选出15对多态性引物,经CERVUS 3.0软件分析15个位点平均期望杂合度0.802~0.959,模拟分析结果鉴定准确率为100%,置信度为95%。通过对20个家系子代192个个体进行亲本来源鉴定,所有子代均成功匹配到正确父母本,鉴定准确率达到100%。本研究分析了草鱼全基因组微卫星特征,并利用多态性微卫星位点进行草鱼亲子鉴定,为草鱼微卫星的功能和应用研究以及草鱼的育种工作奠定基础。
关键词:
草鱼 全基因组 微卫星 亲子鉴定
[期刊] 中国农业科学
[作者]
高立志 刘映红 万宣伍 王佳 洪枫
【目的】筛选可用于柑橘大实蝇(Bactrocera minax)种群遗传研究的微卫星标记。【方法】选取33对柑橘大实蝇同属种柑橘小实蝇(B.dorsalis)、木瓜实蝇(B.papayae)、瓜实蝇(B.cucurbita)、东澳番茄实蝇(B.cacuminata)中多态性较好微卫星引物,通过对PCR扩增产物进行琼脂糖电泳初筛选及变性聚丙烯酰胺凝胶电泳再筛选,并对其等位基因频率、多态信息含量和有效等位基因数等指数进行分析。【结果】33对微卫星引物中有12对引物对柑橘大实蝇有扩增条带,其同源率为36.4%。6个微卫星位点在柑橘大实蝇上共检测到23个等位基因,平均等位基因数为3.83个;6对微卫星...
关键词:
柑橘大实蝇 微卫星引物 等位基因 多态性
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
毛瑞鑫 鲁翠云 刘福军 赵莹莹 谷晶晶 常玉梅 梁利群 孙效文
利用磁珠富集和放射性杂交相结合构建了中华绒螯蟹基因组微卫星文库。并利用生物素标记的(GA)12探针进行微卫星片段的富集。将得到的片段与pGEM-T载体连接后转入DH5α大肠杆菌中,然后利用γ-32P同位素标记的(GA)12探针进行第二次筛选。结果共获得微卫星基因组文库1 500个菌,杂交前菌落PCR检测阳性克隆率为62.5(;杂交后得到的阳性克隆为447个,占29.8(。经测序,有248个克隆含有重复次数大于5次的微卫星序列。在得到的微卫星序列中,重复单元除GA/CT外,还观察到三碱基、四碱基重复单元。根据侧翼序列设计引物164对,选择合成50对,通过优化PCR反应条件,结果有21对引物可扩增...
关键词:
中华绒螯蟹 微卫星 磁珠富集
[期刊] 西南农业学报
[作者]
孙俊丽 张冰 潘天彪 廖海洪 梁旦 农素群 马青艳
为了解广西7个地方猪种的遗传多样性、遗传关系和群体的遗传结构,利用4对微卫星引物(SW2415、SW2623、SW742、SW1118)对7个广西地方猪种群体的等位基因频率、群体多态信息含量、有效等位基因数、杂合度和遗传距离进行了检测研究。4个微卫星位点在广西7个地方猪群中共检测出49个等位基因,每个位点平均等位基因数12.25个,观测杂合度范围为0.5473~0.7039,预期杂合度范围为0.6294~0.7754,群体内近交系数FiS>0,这表明种群处于杂合度缺失状态。F统计量的3个固定指数FiS为0.1142,Fit为0.2042,FSt为0.1016,总群体属中度分化,总群体近交系数平...
关键词:
地方猪种 微卫星 遗传多样性 广西
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨丽红 黄海 王进军
【目的】研究高温胁迫对柑橘全爪螨(Panonychus citri)存活及生殖的影响,揭示该螨在高温条件下的种群动态规律。【方法】柑橘全爪螨采自中国农业科学院柑橘研究所,在人工气候室饲养10代后用于试验,饲养条件为温度(25±1)℃,相对湿度75%—80%,光周期14 h﹕10 h(L﹕D),寄主植物为盆栽柑橘苗。挑取雌成螨于离体柑橘叶片上,让其产卵12 h,然后移除雌成螨,收集的卵继续饲养至后若螨时,采用叶蝶法单头饲养到成螨。将雌成螨单头分别置于32、35、38及41℃恒温培养箱中热激一定时间,然后再放回上述人工气候室条件下,每个叶碟上再放1头雄成螨,每个处理至少设30个重复,以25℃为对照...
关键词:
柑橘全爪螨 高温胁迫 存活 生殖
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
朱富伟 邓乐晔 翁群芳 胡美英
【目的】研究辐照对不同虫态柑橘全爪螨(Panonychus citri Mcgregor)的杀灭效果,确定有效的辐照剂量,以达到检验检疫目的。【方法】用不同剂量Co60-γ射线辐照处理卵、幼螨、前若螨(0,100,200,300,400Gy)和成螨(0,200,400,600,800Gy),研究辐照强度对不同虫态柑橘全爪螨卵孵化率和成螨死亡率的影响。【结果】柑橘全爪螨24h卵经200Gy的γ射线辐照处理后均不能正常孵化,故200Gy的γ射线对柑橘全爪螨的24h卵具有明显致死效果;幼螨期柑橘全爪螨经400Gy剂量处理后,死亡率达到96%,300~400Gy的γ射线可以使幼螨期的柑橘全爪螨不育;4...
关键词:
柑橘全爪螨 辐照 致死作用 不育作用
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