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[期刊] 中国农业科学
[作者]
马庆华 王贵禧 梁丽松
【目的】建立和优化枣的选择性扩增微卫星(SAM)技术体系,丰富枣群体遗传学研究的方法,同时为枣利用SAM法开发SSR引物提供技术参考和模板。【方法】以冬枣、大荔龙枣和金丝小枣为试材,采用CTAB法提取样品DNA,对SAM试验过程中的酶切-连接、抑制性扩增、预扩增、选择性扩增等关键因子进行研究。【结果】利用PstⅠ和MseⅠ双酶切系统,分步法进行酶切-连接是后续试验成功的关键,抑制性扩增(20.0μL体系)模板取酶切连接液2.0μL,预扩增和选择性扩增(20.0μL体系)的模板分别取上步扩增的稀释产物各2.0μL;抑制性扩增和预扩增反应中,ExTaq取0.5U,反应25个循环,产物稀释20倍进行...
[期刊] 华北农学报
[作者]
齐靖 董祯 申连英 毛永民 陈亮
以冬枣DNA为研究对象,利用单因素试验,分析了Mg2+浓度、dNTP浓度、Taq酶含量、引物浓度、模板DNA含量以及退火温度对ISSR-PCR扩增的影响,经优化建立了枣属植物最适ISSR-PCR反应体系,25μL反应液中包含1×PCR Buffer、2.0 mmol/L Mg2+、0.25 mmol/L dNTP、1.5 UTaq酶、1.25μmol/L引物和50 ng模板,最适退火温度为58℃。PCR反应体系的建立为应用ISSR标记技术开展枣种群遗传变异分析和构建遗传图谱奠定基础。
关键词：
枣 ISSR 体系优化
[期刊] 水产学报
[作者]
李佳凯 王志勇 韦信键 蔡明夷 刘洋 刘贤德
利用本实验室开发的微卫星标记,通过优化退火温度、引物浓度、循环次数等条件,建立了3组大黄鱼微卫星多重PCR体系,每组包含3个微卫星位点,用3组微卫星多重PCR分析了一个大黄鱼选育群体JD-01的遗传多样性。结果显示,该群体的平均等位基因为12.111,平均有效等位基因为7.408,平均多态信息含量为0.846,平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.825、0.868,香农多样性指数为2.165。运用Cervus 3.0软件,对已知系谱关系的9个大黄鱼家系及对应亲本进行了亲子鉴定分析,以验证3组微卫星多重PCR在亲子鉴定中的准确性。结果显示,使用该3组微卫星多重PCR体系进行亲子鉴定准确率为100...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
刘杨 陈火英 魏毓棠
利用番茄材料研究了番茄SSR技术中PCR体系的主要成分对SSR扩增结果的影响,并比较了采用聚丙烯酰胺凝胶和琼脂糖电泳检测扩增产物多态性的差异。结果表明:番茄SSR的反应程序为94℃预变性2min;94℃变性30s,50℃复性30s,68℃延伸30s,35个循环;最后72℃延伸8min为佳。反应体系中,模板DNA的适宜浓度为20～40ng,适宜的引物浓度为0.4μmol·L-1,dNTP的适宜浓度为200μmol·L-1,Mg2+的最适浓度范围为2.0mmol·L-1,Taq聚合酶在15μL反应体系中宜加入0.65U。PCR产物检测时聚丙烯酰胺凝胶的分辨率显著高于琼脂糖电泳。
关键词：
番茄 微卫星标记 反应体系
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭光艳 李瑞芬 张敬原 葛荣朝 赵茂林 黄占景 沈银柱
用227对小麦微卫星引物对多枝赖草基因组DNA进行PCR扩增,共有81对引物有扩增产物,占所用引物的35 7%。这81对小麦微卫星引物涉及101个微卫星位点,覆盖了小麦全部7个部分同源群。其中有76对引物可在多枝赖草和中国春及丰抗13间扩增出多态性标记。这说明多枝赖草虽然和普通小麦亲缘关系较远,但小麦SSR引物还是可以在多枝赖草上应用的,这不仅拓宽了小麦微卫星引物的使用范围,更重要的是为使用小麦微卫星引物对普通小麦与多枝赖草远缘杂交种质材料进行深入研究奠定了基础。
关键词：
小麦微卫星引物 多枝赖草
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张菁 陆仁后 邱涛
采用人工合成的 6个串联重复寡聚核苷酸单引物 ,以及 2个加锚的二核苷酸引物 ,利用SPAR和ASSR技术 ,对中华绒螯蟹 (Eriocheirsinensis)基因组进行PCR扩增 ,结果发现 ,对于GC含量丰富的三、四核苷酸引物如(CGA) 5、(GACA) 4 ,在不同退火温度的PCR反应中 ,都能扩增出清晰的条带 ,可以作为PCR扩增引物 ;反之 ,GC含量
[期刊] 淡水渔业
[作者]
辛苗苗 张书环 汪登强 汪珂 张磊 霍来江 危起伟
应用荧光引物和自动测序技术,检测了10个自主研发的微卫星分子标记在68个中华鲟(Acipenser sinensis)个体中的遗传多态性。结果表明,10个微卫星标记共检测到124个等位基因,等位基因数为7~22,期望杂合度为0.730 26~0.873 95,Shannon-Wiener多样性指数为1.561 61~2.219 60。基于亲子鉴定排除率不低于0.99的标准,最终确定Asi-75067、Asi-67648、Asi-67123、Asi-73843、Asi-72040、Asi-70421和Asi-56700等7个微卫星标记为中华鲟亲子鉴定的核心体系,其单亲、父权和双亲的累积排除率分别...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘文芬 冯艳微 王卫军 陈建强 杨建敏
本研究对实验室开发的12对短蛸(Amphioctopus fangsiao)高多态性微卫星标记进行优化组合,构建了4组三重PCR体系,对短蛸4个母本(♀1、♀2、♀3和♀4)、104个子代及19个候选父本进行亲权鉴定,分析其交配模式。结果显示,构建的4组三重PCR体系可有效鉴定短蛸的亲权关系,104个子代鉴定率为94.23%。♀1组样品鉴定出12个子代,父本数为3个;♀2组样品鉴定出40个子代,父本数为7个;♀3组样品鉴定出19个子代,父本数为2个;♀4组样品鉴定出27个子代,父本数为4个;并且♂2、♂3、♂7和♂10均与2个以上的母本发生了交配。由此分析得出,短蛸交配模式存在多雌多雄关系。研究结果为高效开展短蛸人工繁育、增养殖及放流工作提供了重要参考。
关键词：
短蛸 微卫星多重PCR 交配模式
[期刊] 华北农学报
[作者]
谢欢 杨文香 彭巧慧 赵丽娟 刘力伟 张娜 刘大群
以Thatcher及23个以Thatcher为遗传背景的小麦抗叶锈病近等基因系为材料,开展了MITE扩增体系的建立研究,获得了适合小麦MITE分子标记的扩增体系及不同引物的退火温度,所用56对引物有27对获得稳定扩增。
关键词：
小麦叶锈病 抗病基因 MITE 分子标记
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
徐田军 陈松林 田永胜
为了检测由3个牙鲆基础群体组合交配建立的4个选择性繁育后代群体的遗传多样性水平,本研究利用10对微卫星引物分析了其遗传结构信息。计算结果表明,等位基因数3～10个,平均等位基因数5.7个,有效等位基因数1.3571～4.5979,平均有效等位基因数2.9832,各个位点的平均观测杂合度0.2083～1.0000,平均期望杂合度0.2081～0.7956,多态信息含量0.1671～0.7501,其中中度多态位点两个,高度多态位点7个,各群体的多态信息含量从大到小依次为日本亲鱼与抗病亲鱼杂交后代群体、抗病亲鱼自繁后代群体、抗病亲鱼与黄海野生亲鱼繁殖后代群体、日本亲鱼自繁后代群体。分析结果表明,4个...
关键词：
牙鲆 养殖群体 遗传多样性 微卫星分析
[期刊] 中国水产科学
[作者]
贾智英 梁利群 孙效文
采用小片段克隆法构建了方正银鲫[(Carassius auratus gibelio(Block)]部分基因组文库,并采用非影印的方法将转化子转移到硝酸纤维素滤膜上。用人工合成、并经放射性同位素[γ-32P]ATP标记的(CA)15探针对构建的基因组文库进行筛选,获得137个阳性克隆,经测序得到微卫星序列130个,其中完美型、非完美型、混合型分别占64.3%、16.9%和18.8%。应用引物设计软件Primer Primer5.0进行引物设计,得到引物103对。合成30对引物,随机选取其中5对进行PCR扩增。结果表明,这5对引物均可以稳定扩增,并且观测杂合度均较高
关键词：
雌核发育 银鲫 微卫星DNA
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李东宇 孔杰 孟宪红 栾生 罗坤 卢霞 曹宝祥
为了在遗传分析研究中提高效率并节约成本，本研究从已报道的凡纳滨对虾（Ｌｉｔｏｐｅｎａｅｕｓ ｖａｎｎａｍｅｉ）微卫星位点中选取多态性较高的位点，基于各位点的扩增片段大小及退火温度等因素进行微卫星位点的组合。通过不断优化位点组合、反应体系及反应程序，成功建立了１个五重、２个四重和１个三重ｐＣＲ反应体系，并将其应用于１１个凡纳滨对虾家系的亲权鉴定。结果显示，四组多重ｐＣＲ体系中的１６个微卫星位点在１１个凡纳滨对虾家系中的平均等位基因数（ｎａ）为６，平均多态信息含量（ｐｉＣ）为０．５８１３，平均观测杂合度（Ｈｏ）为０．５１３，平均期望杂合度（Ｈｅ）为０．６３６。利用ＣｅＲｖｕｓ３．０软件，对已知系谱．．．
关键词：
凡纳滨对虾 微卫星多重PCR 亲权鉴定
[期刊] 林业科学研究
[作者]
缪迎春 苏建荣 张志钧
采用交互正交设计L64(421)对濒危植物云南红豆杉简并锚定微卫星-PCR反应体系分别进行了5因素(Taq酶;Mg2+;dNTP;DNA及引物)4水平的优化筛选,SAS软件统计分析表明:3个单因素(Taq酶;Mg2+;dNTP)和2个交互作用(Taq×Mg2+,Mg2+×dNTP)对此反应体系有显著影响作用。云南红豆杉简并锚定微卫星-PCR反应的优化体系是:在20μL反应体系中含有1×PCR buffer,Taq酶4 U,Mg2+(2.0 mmol.L-1),dNTP(0.4 mmol.L-1),DNA75 ng,引物(1.0μmol.L-1),退火温度(54℃)。交互正交设计既能快捷有效地筛...
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
曹福亮 王国霞 李广平 花喆斌
为了对影响银杏Gingko biloba简单序列重复区间扩增-聚合酶链式反应(ISSR-PCR)扩增反应体系的因素进行优化,采用ISSR-PCR扩增技术和UVP凝胶电泳成像技术对模板DNA浓度、Taq酶用量、引物用量、dNTP的用量以及退火温度等因素进行筛选和优化。筛选优化后的反应条件:Taq酶0.3μg,2μL 10×Buffer(含15 mmol.L-1MgCl2),模板DNA40 ng,dNTP 0.2 mmol.L-1,引物0.5μmol.L-1,Mg2+1.5 mmol.L-1。PCR扩增程序:94℃变性5 min,然后进行38个循环:94℃变性30 s,48~53℃(根据引物而定)...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张永德 范光丽 雷初朝 常秀云 张军凤 陈宏
采用正交试验设计,从Mg2+、TaqDNA聚合酶、dNTP、微卫星引物和随机引物浓度等方面对朱鹮RMAPD扩增体系进行了优化。结果表明,朱鹮RMAPD扩增的最佳体系为:10×Buffer 2.0μL,MgCl23.13 mmol/L,TaqDNA聚合酶1 U,dNTP 0.10 mmol/L,微卫星引物0.20μmol/L,随机引物0.50μmol/L,模板DNA 3.75 mg/L,最后补ddH2O至20μL。将该体系用于朱鹮RMAPD分析,得到了重复性和稳定性良好的朱鹮RMAPD试验结果。
关键词：
朱鹮 RMAPD 扩增体系 正交试验设计
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