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[期刊] 林业科学
[作者]
程晓甜 阿地力·沙塔尔 张伟 李新泉
新入侵重大检疫性害虫枣实蝇(Carpomya vesuviana)于2007年首次在吐鲁番地区发现,对该地区枣(Zizyphus jujuba)产业造成了毁灭性损失,且疫情有向其他地区扩散的趋势。枣实蝇原产印度,现已扩散至阿富汗、塔吉克斯坦、泰国、意大利等国家(张润志等,2007)。枣实蝇以成虫产卵和幼虫蛀
关键词：
枣实蝇 Cytb 进化树 亲缘关系
[期刊] 中国水产科学
[作者]
熊丹 李敏 李永振 李玉芳 张魁 陈作志
对采集于中国南海北部近岸和南沙西南部陆架海域７个采样点共２４６尾短尾大眼鲷（Ｐｒｉａｃａｎｔｈｕｓ ｍａｃｒａｃａｎｔｈｕｓ）样品进行了线粒体细胞色素ｂ基因（ｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅ ｂ，ｃｙｔ ｂ）序列的扩增与分析，获得了长度为６８４ ｂＰ的同源序列。碱基ａ、ｔ、ｃ、Ｇ含量分别为２２．７％、２８．４％、３３．４％、１５．５％，共检测到多态位点９２个，定义了９０个单倍型。其遗传多样性表现出高单倍型多样性（０．８１３０～０．９０１２）和低核苷酸多样性（０．００４０～０．００５３）的特点。两两群体间的Ｆｓｔ分析显示，大部分群体间的Ｆｓｔ值均小于０．０５，且差异不显著（Ｐ＞０．０５），样本总体分化指数仅．．．
关键词：
种群判别 短尾大眼鲷 细胞色素b 南海
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
姜石生 贺一原 朱道弘 曹元清
摘要对湖南桃江、广东广宁、广西桂林、重庆永昌、四川长宁等5个黄脊竹蝗Rammeacris kiangsu Tsai地理种群线粒体16S rRNA基因进行测序,并经Clustal X同源排序后得506 bp序列。对获得的序列分析表明,A,T,G,C平均含量分别为32.0%,37.7%,17.6%,12.6%,其中保守位点数504个,变异位点数2个,自裔位点2个,所有碱基转换总数为1,颠换总数为1。利用MEGA4.0软件重建系统发生树,发现其中这5个黄脊竹蝗种群分化程度很低。从而可以说明其群体遗传多样性单一。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
岳丽佳 熊良伟 王帅兵 王权 王米雪 陈浩然
对江苏省扬州高邮、苏州张家港、泰州海陵3个地区宽体金线蛭自然群体的线粒体Cytb基因全序列进行了测定和分析。结果显示:宽体金线蛭Cytb基因全长1 146 bp,样本的A、G、T、C平均含量分别为27.57%、15.77%、43.49%、13.17%,A+T含量(71.06%)明显高于G+C含量(28.94%)。在77个宽体金线蛭样本中,共检测到96个多态位点,其中有58个简约信息位点,获得47个单倍型,共享单倍型数目1个。3个宽体金线蛭群体的平均单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为0.9781、0.0133、15.20,其中泰州海陵群体的单倍型多样度(0.987 7)和核苷酸多样度(0.013 1)最高。3个群体间的遗传分化指数F_(st)为0.065 1～0.175 6,且差异显著(P<0.05),不同群体间存在一定的遗传分化。分子方差分析(AMOVA)表明,11.13%的变异来自群体间,88.87%的变异来自群体内。用邻接法构建的单倍型系统发育进化树显示,不同地理群体的个体呈交错分布,没有形成明显的地理谱系。中性检验和核酸不配对分布结果表明,3个宽体金线蛭野生群体总体大小保持相对稳定,没有发生明显的种群扩张。
关键词：
宽体金线蛭 Cytb 遗传多样性
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李梦荣 田雪 庞小磊 王良炎 胡菊 董传举 李学军 王团记
实验利用线粒体COI基因和Cytb基因的片段序列分析比较了黑锦鲤(Cyprinus carpio Karasugoi Koi)、三色锦鲤(C.carpio Taisho Sanshoku Koi)、红白锦鲤(C.carpio Kohaku Koi)、黄金锦鲤(C.carpio Kigoi Koi)、全白锦鲤(C.carpio Platinum Ogon Koi)和全红锦鲤(C.carpio Higoi Koi)6个锦鲤(Cyprinus carpio Koi)养殖品系的遗传多样性和系统进化关系。结果显示:基因序列分析得到的单倍型数分别为7、6。6个品系均具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。群体间遗传分化系数Fst、遗传距离和AMOVA等结果显示品种间变异高于品种内变异,黑锦鲤和黄金锦鲤间、红白锦鲤和三色锦鲤间不存在显著遗传差异,其余品系间差异显著。根据COI和Cytb基因单倍型构建的品系间NJ系统进化树得到相同结果,黑锦鲤和全红锦鲤遗传关系较近,聚为一支。三色锦鲤、红白锦鲤和黄金锦鲤遗传关系较近,聚为一支。全白锦鲤与其他品系的亲缘关系均较远,单独形成一个分支。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
吴芸 李盼盼 闫吉美 黄锡阳
【目的】探明赤水乌骨鸡品种群体的遗传多样性和起源进化特点，为赤水乌骨鸡的种质资源评估、遗传资源保护和利用提供理论依据。【方法】采用PCR扩增及测序技术对60只赤水乌骨鸡的Cytb基因进行全长序列研究，采用生物信息学方法进行遗传多样性及起源进化分析。【结果】赤水乌骨鸡Cytb基因序列全长为1 143 bp，碱基T、C、A和G的平均占比分别是24.1%、36.4%、27.5%和12.0%。Cytb基因序列分析发现共有13个突变位点，均为颠换，单倍型多样性（Hd）为0.796，核苷酸多样性（Pi）是0.00191，平均核苷酸差异（K）为2.180。单倍型网络图显示在赤水乌骨鸡Cytb基因序列的9种单倍型中Hap3和Hap2为优势单倍型。赤水乌骨鸡Cytb基因9种单倍型与红色原鸡5个亚种Cytb基因序列构建的系统发育树表明Hap1与GGS12聚为一类，Hap2与GGM1聚为一类，Hap6、Hap7和Hap3聚与GGM3形成一个小分支，Hap8和Hap9与GGS3、GGS4和GGM2聚在一起形成一个分支，Hap4和Hap5则是自成一支。【结论】赤水乌骨鸡群体遗传多样性较高，可能起源于原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)和原鸡印度亚种(Gallus gallus murghi)。
[期刊] 水产学报
[作者]
刘连为 许强华 陈新军
为准确掌握柔鱼的种群遗传结构,拟通过线粒体DNA的COI和Cytb基因序列分析方法对柔鱼不同产卵季节群体的遗传多样性和遗传结构进行研究。经PCR扩增与测序分别获得600 bp COI与481 bp Cytb基因序列。基于COI基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为24、(0.729±0.033)、(0.005 70±0.003 25)和3.421。基于Cytb基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为28、(0.852±0.016)、(0.006 45±0.003 73)和3.101。分析认为,北太平洋...
[期刊] 水产学报
[作者]
周发林 江世贵 姜永杰 黄建华 马之明
对中国南海海域5个斑节对虾野生群体三亚群体(SY)、深圳群体(SZ)、阳江群体(YJ)、湛江群体(ZJ)、北海群体(BH)——100个样品的16S rRNA序列进行PCR扩增,并对扩增产物进行了测序。用CLUSTAL_X排序软件对测序所得的100个16S rRNA序列进行比对。通过ARLEQUIN软件对所得100个16S rRNA序列进行比较分析,共检测出28个变异位点,19种单倍型。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的核苷酸多样性(π)依次分别为0.004 35,0.005 86,0.010 50,0.010 81,0.011 68。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的单...
[期刊] 水产学报
[作者]
孙鹏 尹飞 彭士明 施兆鸿
通过PCR扩增与测序分别获得了长度为642 bp和1 138 bp的条石鲷线粒体COⅠ和Cytb基因片段。分析表明,COⅠ序列共定义了11个单倍型,存在21个多态性位点,发生转换4次,颠换5次。A、T、G、C碱基的平均含量分别为24.5%、30.6%、18.8%和26.1%。Cytb序列共定义了11个单倍型,存在26个多态性位点,发生转换4次,颠换3次。A、T、G、C碱基的平均含量分别为24.9%、28.3%、14.8%和32.0%。基于COⅠ和Cytb两基因序列的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均碱基差异(K)分别为0.795、0.008 83、5.667和0.770、0.00...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
陈康 王伟峰 陈秀荔 朱威霖 王焕岭
为揭示中国大獭蛤(Lutraria maxima)遗传多样性现状,基于线粒体Cytb和D-Loop序列,分析了北海、涠洲岛、湛江、厦门、福州大獭蛤5个地理群体的遗传多样性及遗传结构。结果显示:基于Cytb和D-Loop序列获得的单倍型数分别为73和27,总体单倍型多样性指数/核苷酸多样性指数分别为0.834 5±0.030 3/0.002 3±0.001 4、0.445 6±0.049 8/0.001 4±0.001 3。分子变异分析(analysis of molecular variance, AMOVA)结果显示,99.68%(Cytb)和101.16%(D-Loop)变异来自群体内,0.32%(Cytb)和-1.16%(D-Loop)变异来自群体间;遗传距离分别为0.001 8～0.002 9(Cytb)和0.000 8～0.002 0(D-Loop),群体间分化指数F_(st)值分别为-0.008 0～0.010 1(Cytb)和-0.014 3～-0.007 2(D-Loop),且均无显著分化(P>0.05)。中性检验Tajima’s D和Fu’s F_S值均为负值(P<0.05),核苷酸不配对分布曲线呈现单峰型,这些都表明大獭蛤种群在近期经历过扩张现象,扩张时间约在更新世晚期,距今约为1.3×10~4～6.6×10~4年。上述结果表明,大獭蛤具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数的特征,群体间无明显遗传分化,可作为一个管理保护单位。研究可为中国东、南海沿岸地区大獭蛤资源保护和持续发展与利用提供基础的参考材料。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杜予州 王莉萍 陆亚娟 郑福山 陆自强
【目的】通过对美洲斑潜蝇β-tubulin基因序列的比较,分析不同寄主种群和地理种群的遗传分化情况。【方法】对中国美洲斑潜蝇Liriomyza sativae Blanchard 5个寄主种群以及6个地理种群的β-微管蛋白基因(β-tubulingene)进行测序,运用软件DNAStar和MEGA对美洲斑潜蝇不同地理种群及寄主种群的β-tubulin基因序列的遗传分歧及相似性进行分析,并建立系统发生树。【结果】DNAStar和MEGA两种软件对美洲斑潜蝇不同寄主种群以及地理种群间的遗传关系的分析可得到相似的结果。在美洲斑潜蝇寄主种群和地理种群序列变异分析中,共发现8个变异位点,序列长度比较保守...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
彭士明 施兆鸿 侯俊利 张浩 赵峰
利用PCR技术扩增我国3个不同海域(渤海湾、东海的舟山海域、南海的广东沿海)银鲳(Pampus argenteus)线粒体COⅠ的基因片段,得到长度为604bp的片段,比较分析了3个不同地区48尾银鲳线粒体COⅠ基因序列的变异和遗传结构。结果显示,48条序列共检测出多态性位点30个,其中简约信息位点6个,各群体内的多态性位点分别为渤海8个、舟山26个、广东1个;48个个体具有18个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.6622和0.0028。AMOVA分析结果表明,群体间的遗传变异占总遗传变异的-1.03%,而101.03%的遗传变异源于群体内,3群体总的遗传分化指数(FST)为-0.0...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
刘良国 杨品红 杨春英 王文彬 韩庆
运用PCR扩增、克隆、测序等技术对洞庭青鲫(Carassius auratus var.Dongtingking)、彭泽鲫(C.auratusvar.Pengze)、普通鲫(C.auratus)、红鲫(C.auratus var.red)、日本白鲫(C.auratus cuvieri)等5个鲫品系线粒体DNA ATPase8和ATPase6基因序列的碱基组成、变异情况和分子系统进化进行了比较分析。结果显示:5个鲫品系线粒体DNA ATPase8/6基因序列碱基的平均组成为A:32.6%,C:25.5%,G:12.6%,T:29.4%,序列分歧率为0.5%～4.0%,其中普通鲫和日本白鲫的分歧率...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
孙玲 王凤成 王秋实 刘彦群 仝振祥 冀万杰 张博 王学英
以22个柞蚕品种(品系)为材料,采用PCR技术分别扩增其线粒体DNA(mtDNA)的细胞色素b基因(Cytb),测定5’端485bp的核苷酸序列,并采用Dnaman软件进行分析,结果表明:供试22个柞蚕品种可分成2组,2组之间只在294bp处有一个差异位点。从GenBank中调取柞蚕豫早1号品种Cytb基因的5’端相应序列(AY242996),与本试验测得的柞蚕青黄1号和青6号对应的核苷酸序列进行了同源性比较,结果表明:青黄1号和青6号的同源性达99.8%,青黄1号和豫早1号的同源性达98.6%,青6号和柞早1号的同源性达98.8%。可见,不同柞蚕品种的表型虽然不同,但在Cytb基因水平上其核...
关键词：
柞蚕 线粒体 细胞色素b基因 序列分析
[期刊] 水产学报
[作者]
魏峦峦 沈和定 张雨 方磊 张坤霞 陈诚
采用LA-PCR技术对瘤背石磺线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,瘤背石磺线粒体基因组序列全长13 957 bp,由22个tRNA、2个rRNA、13个蛋白编码基因和19个长度为2～138 bp的非编码区组成。4个蛋白质编码基因和8个tRNA基因从L链编码,其余基因均从H链编码。蛋白质基因的起始密码子,除ND2为TTG以外,均为典型的起始密码子ATN。COⅢ和Cytb基因使用了不完全终止密码子T,其余基因均使用典型的TAA或TAG。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现tRNASer缺少DHU臂,tRNASer和tRNAThr的反密码子环上有9个碱基,而不是通常的7个碱基。最长的非...
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