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[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
吴丽萍 唐岩 李颖岳 尹丹妮 庞晓明
本研究旨在找出最适合枣和酸枣的流式细胞术流程,进而测定它们的基因组大小。结果显示,在所对比的5种裂解液中,WPB最适合枣属植物细胞裂解。以毛果杨为内标,通过比较待测样品和内参G0/G1期峰,计算得出6种枣属植物基因组大小。各枣品种的基因组大小有一定差异,平均基因组大小约为418.56Mb,其中:‘冬枣’的基因组大小为(393.60±4.72)Mb,即C-值为(0.40±0.01)pg;‘鲁枣2号’的基因组大小为(428.00±3.61)Mb,即C-值为(0.44±0.00)pg;‘金丝小枣’的基因组大小为(424.00±5.81)Mb,即C-值为(0.44±0.01)pg;‘孔府酥脆枣’的基因...
[期刊] 水产学报
[作者]
刘进 张晓军 苏琳 刘石林 汝少国 杨红生
仿刺参基因组大小测定采用流式细胞术,以鸡红血细胞DNA含量(2.5 pg/2C)为内标,用夏眠、正常和野生3个群体的仿刺参体腔细胞测定了52只刺参的单倍体基因组含量,其C-值为(0.90±0.06)pg,由此得出仿刺参基因组大小为(880.2±58.68)Mb。其中,夏眠、正常和野生群体C-值分别为(0.93±0.05)、(0.90±0.05)和(0.84±0.02)pg。运用独立样本t检验对比分析显示:(1)夏眠与正常的仿刺参基因组大小之间差异不显著,说明仿刺参基因组大小与夏眠这一生理因子不具有相关性;(2)池塘(围堰)养殖环境下与野生环境下的仿刺参基因组大小之间有显著差异,野生环境下的仿刺...
关键词：
仿刺参 基因组大小 流式细胞术
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
邹远超 符鹏 李骞 吴田 王永明 谢碧文
采用流式细胞术,以鸡(Gallus gallus)血细胞DNA含量(2.3pg/2C,C指单倍体)为标准,对5种经济鱼类白甲鱼(Onychostoma sima)、三倍体兴国红鲤(triploid Cyprinus carpio var.singuonensis)、胭脂鱼(Myxocyprinus asiaticus)、中华沙鳅(Sinibotia superciliaris)和花鱼骨(Hemibarbus maculatus)的基因组大小(或称C-值)和倍性进行测定。结果表明,5种淡水鱼类的的C-值分别为:白甲鱼(1.18±0.01)pg,三倍体兴国红鲤(1.92±0.07)pg,胭脂鱼(2.62±0.28)pg,中华沙鳅(0.89±0.01)pg,花鱼骨(1.24±0.02)pg,C-值从大到小排列依次为:胭脂鱼>兴国红鲤>花鱼骨>白甲鱼>中华沙鳅。在5种经济鱼类中,除了亲缘关系很近的白甲鱼与花鱼骨(同一科)的C-值大小差异不显著外(P>0.05),其余的种间(不同科)的C-值大小差异显著。倍性分析结果表明,白甲鱼、花鱼骨和中华沙鳅属于二倍体,兴国红鲤属于三倍体,胭脂鱼属于四倍体。
关键词：
基因组大小 DNA含量 流式细胞术
[期刊] 林业科学研究
[作者]
张苏芳 张真 王鸿斌 孔祥波 罗基同 杨忠武
本研究采用流式细胞术,以公鸡(Gallus domesticus)血红细胞DNA含量为标准,测定了我国南方几种重要松毛虫的基因组大小(或称C-值)。结果显示,马尾松毛虫(Dendrolimus punctatus)的基因组大小为563.36±7.26 Mb,其雌、雄2C DNA含量分别为1.175 6±0.016 4和1.128 6±0.013 4 pg;思茅松毛虫(Dendrolimus kikuchii)的基因组大小为719.30±9.70 Mb,其雌、雄2C DNA含量分别为1.449 2±0.021 2和1.442 8±0.018 4 pg;云南松毛虫(Dendrolimus houi...
关键词：
流式细胞仪 基因组大小 松毛虫 鸡血细胞
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
黄雄 郭英华 田林 李全梓 岳志强
以买麻藤(Gnetum montanum)为内参,测定5种常用裂解液(Tris·MgCl_2、LB01、WPB、Otto’s、Galbraith’s)对桫椤(Alsophila spinulosa)细胞核的裂解效果,并通过比较桫椤和买麻藤流式细胞仪测定的荧光峰值,计算出桫椤的基因组大小。结果表明:5种裂解液中,WPB为桫椤最佳裂解液;桫椤基因组大小为6 003.25Mb,即2C DNA含量为6.138 pg。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高静 黄晓红 曾华嵩 尤颖哲 丁少雄
采用流式细胞术,以人(Homo sapiens)淋巴细胞DNA含量(7.00pg/2C)为标准,以鱼的红血细胞为材料,测定中国6种重要经济鱼类条纹斑竹鲨(Chiloscyllium plagiosum)、斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)、赤点石斑鱼(Epinephelus akaara)、大黄鱼(Pseudosciaena crocea)、中华乌塘鳢(Bostrichthys sinensis)、大菱鲆(Scophthalmus maximus)的基因组大小(C-值)。结果显示,这6种经济鱼类的单倍体DNA含量分别为:条纹斑竹鲨(4.91±0.24)pg;斜带石斑鱼(1....
关键词：
基因组大小 经济鱼类 流式细胞术
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
武荣花 葛蓓蓓 王茂良 周燕 冯慧
以１８个中国古老月季为试材，以欧芹作为标准植物，采用２种不同的样本处理方法对其基因组大小进行测定，同时利用染色体计数法补充３个存在争议或尚未见报道的中国古老月季品种的倍性，为其基因组大小的确定提供必需的数据支持。结果表明：１）中国古老月季品种‘屏东月季’为二倍体（２ｎ＝２ｘ＝１４），‘桔囊’和‘牡丹月季’为四倍体（２ｎ＝４ｘ＝２８）。２）２种样本处理方法通过单因素方差分析发现，６个品种间差异显著，１２个品种间差异不显著。故２种处理方法均可用于基因组大小的检测，但方法Ⅱ准确度高，受外界影响小，更适宜基因组大小的检测。方法Ⅰ操作简便，可用于大规模的倍性检测。３）１８个中国古老月季品种（含二倍体、三．．．
[期刊] 林业科学
[作者]
贾芳信 周明兵 陈荣 杨海芸 高培军 徐川梅
【目的】竹类植物种类繁多，不同类型竹种染色体数目差异较大，本研究旨在揭示不同竹种染色体核型特征及其基因组大小信息，进而从核型进化角度判断不同竹种的进化顺序，分析不同竹种基因组大小与其染色体数目之间的关系。【方法】以散生竹种雷竹、黄杆乌哺鸡竹，混生竹种日本矮竹及丛生竹种鱼肚腩竹为研究材料，采用传统压片技术对这４个竹种的核型特征进行研究，同时利用流式细胞仪测定这些竹种的基因组大小。【结果】１）４种竹子的核型参数分别为：雷竹核型公式为２ｎ＝４８＝４０ｍ＋６ｓｍ＋２ｓｔ，染色体相对长度变化范围为２．４６４％～６．２６９％，臂比大于２的染色体比例为１２．５０％，最长染色体与最短染色体之比为２．５５４，核．．．
[期刊] 林业科学
[作者]
马秋月 戴晓港 陈赢男 张得芳 廖卓毅 李淑娴
利用454高通量测序技术对枣基因组进行部分测序。经序列拼接,共获得总长约为8.4 Mb的基因组序列,从中找到15 036个微卫星重复序列。其中六碱基重复类型的重复数目最丰富,共6 033个,占重复序列总数的40.1%;其次是复合型碱基2 707个和单碱基2 575个,分别占重复序列总数的18.0%和17.1%。另外,二碱基重复1 118个,三碱基1 050个,四碱基1 218个,五碱基335个,分别占重复序列总数的7.5%,7.0%,8.1%,2.2%。通过分析发现六碱基重复类型所占比例最多,但微卫星重复单元的重复次数变化却是二碱基微卫星显著高于其他各重复类型。在单碱基重复和二碱基重复这2种类...
关键词：
枣 基因组 454测序 微卫星
[期刊] 林业科学研究
[作者]
王瑶 孔祥波 张苏芳 刘福 张真 严善春
[目的]测定和分析了云南松毛虫线粒体基因组特征,从线粒体基因组水平探究鳞翅目蛾类昆虫高级阶元的系统发育关系。[方法]采用Illumina HiSeq测序方法测定了云南松毛虫线粒体全基因组序列,参考鳞翅目昆虫已知线粒体基因组的全序列对其各基因进行定位和注释。采用tRNA Scan-SE 2.0在线预测云南松毛虫线粒体基因组tRNA基因的二级结构。基于线粒体全基因组的蛋白编码序列构建了鳞翅目13个科32种蛾类昆虫的系统发育树和松毛虫属近缘种间的系统发育树。[结果]结果显示云南松毛虫线粒体基因组全长15 443 bp,包括13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和一段长度为321 bp的A+T富含区,无基因重排,存在较高的A+T含量(80.0%)。13个蛋白编码基因中除了ND2和COX1,其余均以ATN做为起始密码子。9个蛋白编码基因共享相同的终止密码子TAA(ND2、ATP8、ATP6、COX3、ND5、ND4L、ND6、CYTB和ND1),其他4个基因的终止密码子都是残缺的,COX1、COX2、ND4以T为终止密码子,ND3以TA为终止密码子。22个tRNA基因中,除了tRNA~(Ser(AGN))由于缺少DHU臂无法构成三叶草结构,其余T均为典型的三叶草结构。整个线粒体结构与鳞翅目中目前已得到的其他昆虫线粒体基因组结构一致。[结论]系统发育分析结果显示,云南松毛虫与思茅松毛虫是完全不同的近缘种,与其他松毛虫亲缘关系也较远,云南松毛虫与6种近缘种的系统发育关系为:(((((油松毛虫+文山松毛虫)+赤松毛虫)+落叶松毛虫)+(思茅松毛虫+云南松毛虫))+家蚕)。鳞翅目蛾类各科之间的系统发育关系为:((((((((毒蛾科+灯蛾科)+夜蛾科)+舟蛾科)+(尺蛾科+(蚕蛾科+(天蛾科+大蚕蛾科))))+枯叶蛾科)+(螟蛾科+草螟科))+卷蛾科)+蝙蝠蛾科)。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
牛钟相 常维山 唐珂心 姜世金
双歧杆菌(Bifidobacterium)为人和动物肠道中的主要正常菌群,它具有保障人和动物健康、增强胃肠道消化功能、促进新陈代谢和抗肿瘤等作用,日益受到人们的重视。细菌基因组DNA的提取是研究细菌遗传变异,建立DNA文库等分子生物学研究的基本方法。G+C mol%是细菌分类学和菌种鉴定的重要指标。笔者用巨量法和微量法相结合,提取了高纯度的双歧杆菌基因组DNA,并测定其解链温度(T_m)。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
侯建敢 朱霞 李玉 刘朴
为探究网柄细胞状黏菌的表观形态特征与其遗传信息之间的关系,选择细胞裂解液OTTO及荧光染料碘化丙啶,以酿酒酵母Saccharomyces cerevisiae为内标,采用流式细胞术对隶属于网柄菌属Dictyostelium的9个种进行基因组大小的测定,并将所获得的9种网柄细胞状黏菌基因组大小的数据分别与其孢堆果大小及孢子团直径的数值进行线性回归分析。结果表明,被测网柄细胞状黏菌基因组大小约为27.23～47.07 Mb,且其基因组大小与孢堆果大小和孢子团直径均呈正相关。
关键词：
网柄菌 C值 孢堆果 孢子团
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王海妮 吴云锋 安凤秋 顾沛雯 张昭亮
【目的】枣疯病是枣树上由植原体引起的一种毁灭性病害,遍布于中国华北、西北、华东、华南等25个省(市)的枣区,造成了巨大的经济损失。【方法】经PCR扩增,分别对中国陕西的彬县、阎良、武功、佳县、杨凌,河北沧州和山东德州7个枣区的枣疯病样品和杨凌4个酸枣丛枝病样品植原体16SrDNA基因保守序列和延伸因子tuf基因进行克隆和测序。【结果】获得枣疯病和酸枣丛枝病植原体的16SrDNA基因片段均为1239bp,tuf基因均为851bp。通过序列同源性比较,结果表明中国陕西、河北、山东的枣疯病的病原一致,归属于植原体16SrⅤ-B组。由于枣疯病和酸枣丛枝病的植原体16SrDNA有5个碱基的差异,tuf基...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
马志杰
为了解牦牛基因组和转录组研究现状,以"牦牛、基因组、转录组和高通量测序"为关键词,对2012—2018年的研究进展进行文献检索。研究发现:在牦牛基因组研究方面,已有研究对牦牛基因组进行了首次测序和重测序分析,构建了基因组"草图"和变异图谱,比较了家、野牦牛及与其他物种间全基因组水平上的异同,阐释了牦牛高原适应的遗传学机制,探究了牦牛的驯化和群体历史发展动态,初步揭示了牦牛与普通牛种间杂交渐渗状况,并对部分性状(如角、多肋性状)进行了全基因组关联分析和遗传机理揭示;在牦牛转录组研究方面,已有研究对牦牛睾丸、卵巢、心脏等多个组织器官及不同发育阶段的卵母细胞和胚胎细胞进行了转录组分析,发掘出一批潜在的与牦牛经济性状及一些生物学变化相关的差异表达基因。为推动牦牛分子育种进程,应进一步利用高通量测序技术获得牦牛大数据,继续完善牦牛全基因组结构。
关键词：
牦牛 基因组 转录组 高通量测序
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吴丽婷 阮小蕾 沈文锦 谭小勇 翟国会 李华平
【目的】证明中国湛江地区菠萝上是否存在菠萝杆状DNA病毒(Pineapple bacilliform comosus virus,PBCoV),并获得PBCoV的基因组全序列,分析该病毒与其它Badnavirus病毒分离物间的分子差异。【方法】设计特异引物,通过反向PCR及分段克隆两种方法扩增PBCoV,克隆后测序获得PBCoV基因组全序列,利用不同生物学软件进行序列分析。【结果】PBCoV基因组为环状结构,全长7543bp;含有3个典型的ORFs,推测其编码蛋白的分子量分别为20.4、14.0和217.6kD。其基因组与GenBank登录的PBCoV ORF3部分核苷酸序列同源性87%-97...
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